UMR 5290MIVEGEC develops integrative research on the molecular and ecological mechanisms that maintain and/or amplify the maintenance and transmission of pathogens.

The themes cover a broad spectrum, combining fundamental aspects of biology, genetics, ecology and evolution of parasitic and symbiotic systems with more finalised objectives of developing tools and strategies capable of reducing the spread of diseases in humans and animals, in particular through integrated management of ecosystems and the control of insect vectors

This places MIVEGEC at the interface between Public Health and Environment, Biology and Medicine, Ecology and Evolution.

This research applies to various infectious models (parasites, viruses, bacteria, etc.) as well as to non-infectious models such as cancer.

Label : Joint Research Unit (UMR)
Main supervisors: CNRS, UM, IRD
Secondary supervision: INRAE
Scientific Department: Biology, Ecology, Evolution, Environment, Earth and Water Sciences
Doctoral schools: Chemical and Biological Sciences for Health; Biodiversity, Agriculture, Food, Environment, Earth, Water

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2022

Article dans une revue

titre
Phylogenetic relationship between the endosymbiont “Candidatus Riesia pediculicola” and its human louse host
auteur
Alissa Hammoud, Meriem Louni, Dorothée Missé, Sébastien Cortaredona, Florence Fenollar, Oleg Mediannikov
article
Parasites & Vectors, 2022, 15 (1), pp.73. ⟨10.1186/s13071-022-05203-z⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03663771/file/s13071-022-05203-z.pdf BibTex
titre
Active Surveillance Program to Increase Awareness on Invasive Fungal Diseases: the French RESSIF Network (2012 to 2018)
auteur
Stéphane Bretagne, Karine Sitbon, Marie Desnos-Ollivier, Dea Garcia-Hermoso, Valérie Letscher-Bru, Sophie Cassaing, Laurence Millon, Florent Morio, Jean-Pierre Gangneux, Lilia Hasseine, Loïc Favennec, Estelle Cateau, Eric Bailly, Maxime Moniot, Julie Bonhomme, Nicole Desbois-Nogard, Taieb Chouaki, André Paugam, Bernard Bouteille, Marc Pihet, Frédéric Dalle, Odile Eloy, Milène Sasso, Magalie Demar, Patricia Mariani-Kurkdjian, Vincent Robert, Olivier Lortholary, Françoise Dromer, The French Mycoses Study Group, Céline Damiani, Hervé Dupont, Julien Maizel, Anne Totet, Jean-Philippe Bouchara, Anne Pauline Bellanger, Ana Berceanu, Jean Christophe Navellou, Emeline Scherer, Philippe Abboud, Christine Aznar, Denis Blanchet, Félix Djossou, Sophie Cayot, Cyril Garrouste, Olivier Lesens, Cécile Moluçon, Céline Nourrisson, Philippe Poirier, Éloïse Bailly, Louise Basmaciyan, Bouhemad Belaid, Mathieu Blot, Denis Caillot, Pierre-Emmanuel Charles, Jean Pierre Quenot, Emmanuelle Amazan, Emilie Baubion, André Cabie, Cyrille Chabartier, Christophe Deligny, Violaine Emal, Olivier Flechelle, Yves Hatchuel, Yohann Le Govic, Harold Merle, Charline Miossec, Jean-Marie Turmel, Ruddy Valentino, Marie-Fleur Durieux, Pascal Turlure, Victor Mercier, Martine Gari-Toussaint, Karine Risso, Loïc Simon, Cedric Bretonnière, David Boutoille, Thomas Gastinne, Karim Lakhal, Elise Launay, Thierry Lepoivre, Pierre Peterlin, Fanny Rialland, Patrice Le Pape, Etienne Canoui, Naima Dahane, Solène Kerneis, Cécile Angebault, Marie-Elisabethh Bougnoux, Nadia Guennouni, Fanny Lanternier, Bennedicte Neven, Mehdi Oualha, Anne Scemla, Emilie Sitterlé, Felipe Suarez, Julie Toubiana, Stéphane Bonacorci, Alexandre Alanio, Anne Bergeron, Blandine Denis, Maud Gits-Muselli, Samia Hamane, Sophie Touratier, Christine Chaumeil, Lilia Merabet, Joelle Claudéon, Elodie Curlier, Valérie Galantine, Jean Claude Gallois, Samuel Markowicz, Muriel Nicolas, Pascal Musson, Kinda Schepers, Alida Minoza, Catherine Kauffmann-Lacroix, Hélène Guégan, Damien Costa, Marion Dehais, Gilles Gargala, Odile Bajolet, Firouze Banisadr, Joel Cousson, Chantal Himberlin, Antoine Huguenin, Dominique Toubas, Pierre Flori, Caroline Mahinc, Hélène Raberin, Julie Denis, Raoul Herbrecht, Paul-Michel Mertes, Fehrat Meziani, Marcela Sabou, Francis Schneider, Anne-Isabelle Bertozzi, Pamela Chauvin, Elena Charpentier, Olivier Cointault, Claire Cottrel, Karen Delavigne, Stanislas Faguer, Judith Fillaux, Emilie Guemas, Xavier Iriart, Lucie Lelièvre, Jean Ruiz, Frédéric Bastides, Adélaïde Chesnay, Guillaume Desoubeaux, Audrey Therby, Elisabeth Chachaty, Bertrand Gachot
article
mBio, American Society for Microbiology, 2022, pp.e0092022. ⟨10.1128/mbio.00920-22⟩
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https://hal.univ-angers.fr/hal-03658122/file/mbio.00920-22.pdf BibTex
titre
Discrimination of 15 Amazonian Anopheline Mosquito Species by Polymerase Chain Reaction—Restriction Fragment Length Polymorphism
auteur
S. Vezenegho, J. Issaly, R. Carinci, P. Gaborit, Romain Girod, Isabelle Dusfour, S. Briolant
article
Journal of Medical Entomology, Entomological Society of America, 2022, 59 (3), pp.1060-1064. ⟨10.1093/jme/tjac008⟩
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BibTex
titre
The rs429358 Locus in Apolipoprotein E Is Associated With Hepatocellular Carcinoma in Patients With Cirrhosis
auteur
Hamish Innes, Hans Dieter Nischalke, Indra Neil Guha, Karl Heinz Weiss, Will Irving, Daniel Gotthardt, Eleanor Barnes, Janett Fischer, M Azim Ansari, Jonas Rosendahl, Shang-Kuan Lin, Astrid Marot, Vincent Pedergnana, Markus Casper, Jennifer Benselin, Frank Lammert, John Mclauchlan, Philip Lutz, Victoria Hamill, Sebastian Mueller, Joanne Morling, Georg Semmler, Florian Eyer, Johann von Felden, Alexander Link, Arndt Vogel, Jens Marquardt, Stefan Sulk, Jonel Trebicka, Luca Valenti, Christian Datz, Thomas Reiberger, Clemens Schafmayer, Thomas Berg, Pierre Deltenre, Jochen Hampe, Felix Stickel, Stephan Buch
article
International Hepatology Communications, Elsevier, 2022, 6 (5), pp.1213-1226. ⟨10.1002/hep4.1886⟩
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BibTex
titre
QuantiFERON-TB Gold Plus Assay in Patients With Latent vs. Active Tuberculosis in a Low Incidence Setting: Level of IFN-γ, CD4/CD8 Responses, and Release of IL-2, IP-10, and MIG
auteur
Séverine Carrère-Kremer, Pratt Kolia-Diafouka, Amandine Pisoni, Karine Bolloré, Marianne Peries, Sylvain Godreuil, Arnaud Bourdin, Philippe van de Perre, Edouard Tuaillon
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2022, 13, ⟨10.3389/fmicb.2022.825021⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03653964/file/2022%20Carr%C3%A8re-Kremer%20et%20al.%2C%20Quanti%20FERON%20TB.pdf BibTex
titre
Epidemic models: why and how to use them
auteur
Mircea Sofonea, Simon Cauchemez, Pierre-Yves Boëlle
article
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2022, 41 (2), pp.101048. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101048⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03638186/file/ACCPM_Edito_WhyHow.pdf BibTex
titre
Challenges for mathematical epidemiological modelling
auteur
Pascal Crepey, Harold Noël, Samuel Alizon
article
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2022, 41 (2), pp.101053. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101053⟩
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https://hal.ehesp.fr/hal-03607991/file/Cr%C3%A9pey%20et%20al-2022-Challenges%20for%20mathematical%20epidemiological%20modelling.pdf BibTex
titre
Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis : Multicenter Evaluation of the Toxoplasma RealCycler Universal PCR Assay on 168 Characterized Human Samples
auteur
Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Denis Filisetti, Sophie Cassaing, Emmanuelle Varlet-Marie, Florence Robert-Gangneux, Laurence Delhaes, Juliette Guitard, Hélène Yéra, Patrick Bastien, Hervé Pelloux, Yvon Sterkers
article
Journal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology (ASIP), 2022, ⟨10.1016/j.jmoldx.2022.03.009⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03688137/file/Progenie-Brenier%20Pinchart%20et%20al%20-JMDi.pdf BibTex
titre
Longitudinal Survey of Coronavirus Circulation and Diversity in Insectivorous Bat Colonies in Zimbabwe
auteur
Vimbiso Chidoti, Hélène de Nys, Valérie Pinarello, Getrude Mashura, Dorothée Missé, Laure Guerrini, Davies Pfukenyi, Julien Cappelle, Ngoni Chiweshe, Ahidjo Ayouba, Gift Matope, Martine Peeters, Elizabeth Gori, Mathieu Bourgarel, Florian Liégeois
article
Viruses, MDPI, 2022, 14 (4), pp.781. ⟨10.3390/v14040781⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03663465/file/viruses-14-00781.pdf BibTex
titre
Detection and genetic diversity of Mopeia virus in Mastomys natalensis from different habitats in the Limpopo National Park, Mozambique
auteur
Lourenço Mapaco, Laurent Crespin, Dércio Rodrigues, Joelle Gouy de Bellocq, Josef Bryja, Mathieu Bourgarel, Dorothée Missé, Alexandre Caron, Jose Fafetine, Julien Cappelle, Florian Liégeois
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2022, 98, ⟨10.1016/j.meegid.2022.105204⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03576784/file/1-s2.0-S1567134822000016-main.pdf BibTex
titre
Comprehensive Comparative Analysis of Standard Validated, Genetic, and Novel Biomarkers to Enhance Prognostic Risk-Stratification in Patients With Hepatitis C Virus Cirrhosis
auteur
Hamish Innes, Alex Walker, Jennifer Benselin, Jane Grove, Vincent Pedergnana, M. Azim Ansari, Shang-Kuan Lin, John Mclauchlan, Sharon Hutchinson, Eleanor Barnes, William Irving, Indra Neil Guha
article
Clinical and translational gastroenterology, Nature Pub. Group, 2022, 13 (3), pp.e00462. ⟨10.14309/ctg.0000000000000462⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03684536/file/Innes_CTG_2021.pdf BibTex
titre
Understanding dynamics of Plasmodium falciparum gametocytes production: Insights from an age-structured model
auteur
Ramsès Djidjou-Demasse, Arnaud Ducrot, Nicole Mideo, Gaëtan Texier
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2022, 539, ⟨10.1016/j.jtbi.2022.111056⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03030234/file/main_JTB_R4.pdf BibTex
titre
A preoperative nomogram for predicting long-term survival after resection of large hepatocellular carcinoma (>10 cm)
auteur
Eloy Ruiz, Pascal Pineau, Claudio Flores, Ramiro Fernández, Luis Cano, Juan Cerapio, Sandro Casavilca-Zambrano, Francisco Berrospi, Ivan Chávez, Benjamin Roche, Stephane Bertani
article
HPB, Wiley, 2022, 24 (2), pp.192-202. ⟨10.1016/j.hpb.2021.06.006⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03275264/file/PIIS1365182X21001775.pdf BibTex
titre
The ecological significance of arthropod vectors of plant, animal, and human pathogens
auteur
Thierry Lefèvre, Nicolas Sauvion, Rodrigo P.P. Almeida, Florence Fournet, Haoues Alout
article
Trends in Parasitology, Elsevier, 2022, 38 (5), pp.404-418. ⟨10.1016/j.pt.2022.01.004⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03615705/file/Lefevre%202022%20author%20revised%20version.pdf BibTex
titre
Could Sterile Aedes albopictus Male Releases Interfere with Aedes aegypti Population in Reunion Island?
auteur
Harilanto Felana Andrianjakarivony, David Damiens, Lucie Marquereau, Benjamin Gaudillat, Nausicaa Habchi-Hanriot, Louis-Clément Gouagna
article
Insects, MDPI, 2022, 13 (2), pp.146. ⟨10.3390/insects13020146⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03684652/file/insects-13-00146.pdf BibTex
titre
Monitoring insecticide resistance of adult and larval Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) in Phnom Penh, Cambodia
auteur
Sébastien Boyer, Pierre-Olivier Maquart, Kalyan Chhuoy, Kimhuor Suor, Moeun Chhum, Kimly Heng, Sokkeang Leng, Didier Fontenille, Sebastien Marcombe
article
Parasites & Vectors, 2022, 15 (1), pp.44. ⟨10.1186/s13071-022-05156-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03571708/file/85_Boyer_2022_insecticide_resistance_Aedes_aegypti_Cambodia.pdf BibTex
titre
Cancer risk across mammals
auteur
Orsolya Vincze, Fernando Colchero, Jean-Francois Lemaître, Dalia Conde, Samuel Pavard, Margaux Bieuville, Araxi Urrutia, Beata Ujvari, Amy Boddy, Carlo Maley, Frédéric Thomas, Mathieu Giraudeau
article
Nature, Nature Publishing Group, 2022, 601 (7892), pp.263-267. ⟨10.1038/s41586-021-04224-5⟩
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https://hal-cnrs.archives-ouvertes.fr/hal-03541977/file/s41586-021-04224-5.pdf BibTex
titre
High throughput single-cell genome sequencing gives insights into the generation and evolution of mosaic aneuploidy in Leishmania donovani
auteur
Gabriel Negreira, Pieter Monsieurs, Hideo Imamura, Ilse Maes, Nada Kuk, Akila Yagoubat, Frederik Van den broeck, Yvon Sterkers, Jean-Claude Dujardin, Malgorzata Domagalska
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2022, 50 (1), pp.293-305. ⟨10.1093/nar/gkab1203⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03675646/file/gkab1203.pdf BibTex
titre
Cáncer de hígado: ¿Antigua o nueva amenaza para los jóvenes de países en vía de desarrollo?
auteur
Juan Cerapio, Juan Contreras-Mancilla, Ramiro Fernández, Jean-Jacques Fournié, Eric Deharo, Stephane Bertani, Pascal Pineau, Sandro Casavilca-Zambrano, Eloy Ruiz
article
Revista peruana de ciencias de la salud, Universidad de Huánuco, 2022, 4 (1), pp.5-8. ⟨10.37711/rpcs.2022.4.1.362⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03549586/file/234-Texto%20del%20art%C3%ADculo-967-1-10-20220128.pdf BibTex
titre
Getting out of crises: Environmental, social-ecological and evolutionary research is needed to avoid future risks of pandemics
auteur
Delphine Destoumieux-Garzón, Franziska Matthies-Wiesler, Nicolas Bierne, Aurélie Binot, Jérôme Boissier, Anaïs Devouge, Jeanne Garric, Kim Gruetzmacher, Christoph Grunau, Jean-François Guégan, Sylvie Hurtrez-Boussès, Anke Huss, Serge Morand, Clare Palmer, Denis Sarigiannis, Roel Vermeulen, Robert Barouki
article
Environment International, Elsevier, 2022, 158, 12 p. ⟨10.1016/j.envint.2021.106915⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03428100/file/Destoumieux-GarzonEnvInt2021.pdf BibTex
titre
Impact of health system strengthening on delivery strategies to improve child immunisation coverage and inequalities in rural Madagascar
auteur
Elinambinina Rajaonarifara, Matthew Bonds, Ann Miller, Felana Angella Ihantamalala, Laura Cordier, Benedicte Razafinjato, Feno Rafenoarimalala, Karen Finnegan, Rado Rakotonanahary, Giovanna Cowley, Baolova Ratsimbazafy, Florent Razafimamonjy, Marius Randriamanambintsoa, Estelle Raza-Fanomezanjanahary, Andriamihaja Randrianambinina, C Jessica Metcalf, Benjamin Roche, Andres Garchitorena
article
BMJ Global Health, BMJ Publishing Group Ltd, 2022, 7 (1), pp.e006824. ⟨10.1136/bmjgh-2021-006824⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03529747/file/e006824.full.pdf BibTex
titre
The evolution and ecology of benign tumors
auteur
Justine Boutry, Sophie Tissot, Beata Ujvari, Jean-Pascal Capp, Mathieu Giraudeau, Aurora Nedelcu, Frédéric Thomas
article
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Reviews on Cancer, Elsevier, 2022, 1877 (1), ⟨10.1016/j.bbcan.2021.188643⟩
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BibTex
titre
Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics
auteur
Bastien Reyné, Quentin Richard, Christian Selinger, Mircea T. Sofonea, Ramsès Djidjou-Demasse, Samuel Alizon
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03623917/file/mmnp220048.pdf BibTex
titre
Use of different cotton pest control strategies (conventional, organic and transgenic) had no impact on insecticide resistance in Anopheles gambiae s.l. populations in Burkina Faso, West Africa
auteur
Moussa Namountougou, Dieudonné Diloma Soma, Ibrahim Sangare, Rousseau Djouaka, Aristide Hien, Mahamadi Kientega, Alexandre Kaboré, Simon Sawadogo, Azize Millogo, Mahamoudou Balboné, Thierry Baldet, Jean-Bosco Ouedraogo, Thibaud Martin, Frédéric Simard, Georges Anicet Ouedraogo, Abdoulaye Diabaté, Olivier Gnankiné, Roch Kounbobr Dabiré
article
International Journal of Pest Management, Taylor & Francis, In press, pp.1-12. ⟨10.1080/09670874.2022.2051642⟩
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BibTex
titre
The mosquito microbiome includes habitat-specific but rare symbionts
auteur
Hans Schrieke, Loïs Maignien, Florentin Constancias, Florian Trigodet, Sarah Chakloute, Ignace Rakotoarivony, Albane Marie, Gregory l'Ambert, Patrick Makoundou, Nonito Pages, A. Murat Eren, Mylène Weill, Mathieu Sicard, Julie Reveillaud
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, Elsevier, 2022, 20, pp.410-420. ⟨10.1016/j.csbj.2021.12.019⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03624763/file/1-s2.0-S2001037021005286-main.pdf BibTex
titre
An epi‐evolutionary model for predicting the adaptation of spore‐producing pathogens to quantitative resistance in heterogeneous environments
auteur
Frédéric Fabre, Jean-Baptiste Burie, Arnaud Ducrot, Sébastien Lion, Quentin Richard, Ramsès Djidjou-Demasse
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2022, pp.95-110. ⟨10.1111/eva.13328⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03465168/file/Fabre_EvolApp_2021.pdf BibTex
titre
Antimicrobial resistance in enterobacterales recovered from urinary tract infections in France
auteur
E. Farfour, L. Dortet, Thomas Guillard, N. Chatelain, A. Poisson, A. Mizrahi, D. Fournier, R.A. Bonnin, N. Degand, P. Morand, F. Janvier, V. Fihman, S. Corvec, L. Broutin, Cécile Le Brun, N. Yin, G. Héry-Arnaud, A. Grillon, E. Bille, H. Jean-Pierre, M. Amara, F. Jaureguy, C. Isnard, Vincent Cattoir, T. Diedrich, E. Flevin, A. Merens, H. Jacquier, M. Vasse
article
Pathogens, MDPI, 2022, 11 (3), pp.356. ⟨10.3390/pathogens11030356⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03633007/file/pathogens-11-00356-v3.pdf BibTex
titre
Cancer Susceptibility as a Cost of Reproduction and Contributor to Life History Evolution
auteur
Antoine Dujon, Justine Boutry, Sophie Tissot, Jean-François Lemaître, Amy Boddy, Anne-Lise Gérard, Alexandra Alvergne, Audrey Arnal, Orsolya Vincze, Delphine Nicolas, Mathieu Giraudeau, Marina Telonis-Scott, Aaron Schultz, Pascal Pujol, Peter Biro, Christa Beckmann, Rodrigo Hamede, Benjamin Roche, Beata Ujvari, Frédéric Thomas
article
Frontiers in Ecology and Evolution, Frontiers Media S.A, 2022, 10, pp.861103. ⟨10.3389/fevo.2022.861103⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03663551/file/fevo-10-861103.pdf BibTex
titre
A Cohort Study on the Duration of Plasmodium falciparum Infections During the Dry Season in The Gambia
auteur
Katharine Collins, Sukai Ceesay, Sainabou Drammeh, Fatou Jaiteh, Marc-Antoine Guery, Kjerstin Lanke, Lynn Grignard, Will Stone, David Conway, Umberto D’alessandro, Teun Bousema, Antoine Claessens
article
Journal of Infectious Diseases, Oxford University Press (OUP), In press, ⟨10.1093/infdis/jiac116⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03664364/file/Collins22.pdf BibTex
titre
In Silico Characterisation of Putative Prophages in Lactobacillaceae Used in Probiotics for Vaginal Health
auteur
Anna-Ursula Happel, Brian Kullin, Hoyam Gamieldien, Heather Jaspan, Arvind Varsani, Darren Martin, Jo-Ann Passmore, Rémy Froissart
article
Microorganisms, MDPI, 2022, 10 (2), pp.214. ⟨10.3390/microorganisms10020214⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03539275/file/microorganisms-10-00214.pdf BibTex
titre
First Evidence of Natural SARS-CoV-2 Infection in Domestic Rabbits
auteur
Matthieu Fritz, Daphné de Riols de Fonclare, Déborah Garcia, Stéphanie Beurlet, Pierre Becquart, Serge Rosolen, Alexandra Briend-Marchal, Eric Leroy
article
Veterinary Sciences, MDPI, 2022, 9 (2), pp.49. ⟨10.3390/vetsci9020049⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03635487/file/2022%20vetsci-09-00049-v2.pdf BibTex
titre
Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics
auteur
Bastien Reyné, Quentin Richard, Christian Selinger, Mircea Sofonea, Ramsès Djidjou-Demasse, Samuel Alizon
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03629334/file/mmnp220048%283%29.pdf BibTex
titre
Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics
auteur
Baptiste Elie, Bénédicte Roquebert, Mircea Sofonea, Sabine Trombert-Paolantoni, Vincent Foulongne, Jérémie Guedj, Stéphanie Haim-Boukobza, Samuel Alizon
article
Journal of Medical Virology, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1002/jmv.27757⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03651890/file/SARS_CoV2_within_host_wildtype_alpha_delta_v2_nolineno.pdf BibTex
titre
Using a pupal exuvia to designate the undamaged neotype of a species belonging to a complex of sibling species – the case of Aedes coluzzii (Diptera, Culicidae)
auteur
Audric Berger, Gilbert Le Goff, Philippe Boussès, Nil Rahola, Jean-Baptiste Ferré, Diego Ayala, Vincent Robert
article
Parasite, EDP Sciences, 2022, 29, pp.1-8. ⟨10.1051/parasite/2022020⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03623918/file/parasite210169.pdf BibTex
titre
Detecting anal human papillomavirus infection in men who have sex with men living with HIV: implications of assay variability
auteur
Montserrat Torres, Ana Silva-Klug, Elena Ferrer, Maria Saumoy, Loris Trenti, Sara Tous, Ana Esteban, Nuria Baixeras, Isabel Catala, August Vidal, Ignacio Bravo, Daniel Podzamczer, Silvia de Sanjose
article
Sexually Transmitted Infections, BMJ Publishing Group, In press, ⟨10.1136/sextrans-2021-055303⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03671143/file/2022%20Torres%20Detecting%20anal%20human%20papillomavirus%20infection%20in%20men%20who%20have%20sex%20with%20men%20living%20with%20HIV-%20implications%20of%20assay%20variability.pdf BibTex
titre
Les lois de la contagion. Fake news, virus, tendances…
auteur
Samuel Alizon
article
Natures Sciences Sociétés, EDP Sciences, A paraître, 30 (1)
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03664004/file/Alizon2022_Kucharski.pdf BibTex
titre
Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020
auteur
Samuel Alizon, Christian Selinger, Mircea Sofonea, Stéphanie Haim-Boukobza, Jean-Marc Giannoli, Laetitia Ninove, Sylvie Pillet, V. Thibault, Alexis de Rougemont, Camille Tumiotto, Robin Stephan, Céline Bressollette-Bodin, Maud Salmona, Anne-Sophie L’honneur, Sylvie Behillil, Caroline Lefeuvre, Julia Dina, Sébastien Hantz, Cédric Hartard, David Veyer, Héloïse Delagrèverie, Slim Fourati, Benoît Visseaux, Cécile Henquell, Bruno Lina, Vincent Foulongne, Sonia Burrel
article
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03175551/file/AlizonEtal2022_SFM.pdf BibTex
titre
Dengue virus infection modifies mosquito blood-feeding behavior to increase transmission to the host
auteur
Benjamin Wong Wei Xiang, Wilfried Saron, James Stewart, Arthur Hain, Varsha Walvekar, Dorothée Missé, Frédéric Thomas, R. Manjunatha Kini, Benjamin Roche, Adam Claridge-Chang, Ashley St. John, Julien Pompon
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2022, 119 (3), pp.e2117589119. ⟨10.1073/pnas.2117589119⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03521021/file/Xiang%20et%20al%202022-PNAS.pdf BibTex
titre
Biodiversity and vector‐borne diseases: Host dilution and vector amplification occur simultaneously for Amazonian leishmaniases
auteur
Arthur Kocher, Josselin Cornuault, Jean‐charles Gantier, Sophie Manzi, Agathe Chavy, Romain Girod, Isabelle Dusfour, Pierre-Michel Forget, Marine Ginouves, Ghislaine Prevot, Jean‐françois Guégan, Anne-Laure Bañuls, Benoît Thoisy, Jérôme Murienne
article
Molecular Ecology, Wiley, 2022, ⟨10.1111/mec.16341⟩
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Chapitre d'ouvrage

titre
Global dynamics of a spore producing pathogens epidemic system with nonlocal diffusion process
auteur
Ramsès Djidjou-Demasse, Cassandra Lemdjo, Ousmane Seydi
article
Nonlinear Analysis, Geometry and Applications, 2022
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Pré-publication, Document de travail

titre
Principal spectrum point and application to nonlocal dispersal operators
auteur
Ramsès Djidjou-Demasse, Mocatar Kandé, Ousmane Seydi
article
2022
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03691803/file/Nonlocaltheory_eigenvalue_DKS.pdf BibTex

2021

Article dans une revue

titre
Traits of a mussel transmissible cancer are reminiscent of a parasitic life style
auteur
E. Burioli, M. Hammel, N. Bierne, F. Thomas, Maryline Houssin, D. Destoumieux-Garzón, G. Charrière
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.24110. ⟨10.1038/s41598-021-03598-w⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03498948/file/s41598-021-03598-w.pdf BibTex
titre
Tuberculosis Diagnosis in HIV-Infected Children: Comparison of the 2012 and 2015 Clinical Case Definitions for Classification of Intrathoracic Tuberculosis Disease
auteur
Olivier Marcy, Sophie Goyet, Laurence Borand, Philippe Msellati, Vibol Ung, Mathurin Tejiokem, Giang Do Chau, Francis Ateba-Ndongo, Abdoul Salam Ouedraogo, Bunnet Dim, Paul Perez, Julien Asselineau, Guislaine Carcelain, Stephane Blanche, Christophe Delacourt, Sylvain Godreuil
article
Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society, Oxford University Press 2021, ⟨10.1093/jpids/piab113⟩
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titre
First evaluation of antibody responses to Culex quinquefasciatus salivary antigens as a serological biomarker of human exposure to Culex bites: A pilot study in Côte d’Ivoire
auteur
Bi Zamble H. Zamble, Serge Yao, Akré Adja, Mahfoud Bakli, Dounin Zoh, Françoise Mathieu-Daudé, Serge Assi, Franck Remoue, Lionel Almeras, Anne Poinsignon
article
PLoS Neglected Tropical Diseases, Public Library of Science, 2021, 15 (12), pp.e0010004. ⟨10.1371/journal.pntd.0010004⟩
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titre
Amputation of a type II diabetic patient with cutaneous leishmaniasis due to Leishmania major
auteur
Arezki Izri, Amina Bendjaballah-Laliam, Denis Sereno, Ihcene Djenad, Zoubir Harrat, Mohammad Akhoundi
article
BMC Infectious Diseases, BioMed Central, 2021, 21 (1), pp.1227. ⟨10.1186/s12879-021-06909-8⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-03555486/file/s12879-021-06909-8.pdf BibTex
titre
A non-destructive sugar-feeding assay for parasite detection and estimating the extrinsic incubation period of Plasmodium falciparum in individual mosquito vectors
auteur
Edwige Guissou, Jessica Waite, Matthew Jones, Andrew Bell, Eunho Suh, Koudraogo Yameogo, Nicaise Djègbè, Dari Da, Domonbabele Hien, Rakiswende Yerbanga, Anicet Ouedraogo, Kounbobr Roch. Dabiré, Anna Cohuet, Matthew Thomas, Thierry Lefèvre
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-88659-w⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450545/file/s41598-021-88659-w.pdf BibTex
titre
Correction to: How effective are strategies to control the dissemination of antibiotic resistance in the environment? A systematic review (vol 9, 4, 2020)
auteur
Anais Goulas, Drifa Belhadi, Alexandre Descamps, Antoine Andremont, Pierre Benoit, Sophie Courtois, Christophe Dagot, Nathalie Grall, David Makowski, Sylvie Nazaret, Sylvie Nelieu, Dominique Patureau, Fabienne Petit, Céline Roose-Amsaleg, Marion Vittecoq, Barbara Livoreil, Cédric Laouenan
article
Environmental Evidence, BioMed Central, 2021, 10 (1), pp.9. ⟨10.1186/s13750-021-00222-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03216922/file/s13750-021-00222-2 BibTex
titre
Epidemiological analysis of nail aspergillosis and non‐dermatophyte moulds. Criteria for the involvement of Aspergillus in 102 cases of onychomycosis at Montpellier University Hospital, France (1991–2019)
auteur
Laëtitia Laroche, Nathalie Bourgeois, Laurence Lachaud, Philippe Rispail
article
Mycoses, Wiley, 2021, 64 (12), pp.1546-1553. ⟨10.1111/myc.13366⟩
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titre
Infection with Borrelia afzelii and manipulation of the egg surface microbiota have no effect on the fitness of immature Ixodes ricinus ticks
auteur
Georgia Hurry, Elodie Maluenda, Anouk Sarr, Alessandro Belli, Phineas Hamilton, Olivier Duron, Olivier Plantard, Maarten Voordouw
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-90177-8⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03233893/file/s41598-021-90177-8.pdf BibTex
titre
An overview of bacterial meningitis epidemics in Africa from 1928 to 2018 with a focus on epidemics “outside-the-belt”
auteur
Serge Mazamay, Jean-François Guégan, Neby Diallo, Didier Bompangue, Eric Bokabo, Jean-Jacques Muyembe, Nadège Taty, Tonton Paul Vita, Hélène Broutin
article
BMC Infectious Diseases, BioMed Central, 2021, 21 (1), ⟨10.1186/s12879-021-06724-1⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03378298/file/s12879-021-06724-1-1.pdf BibTex
titre
EvoLaps: a web interface to visualize continuous phylogeographic reconstructions
auteur
François Chevenet, Denis Fargette, Stéphane Guindon, Anne-Laure Bañuls
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2021, 22 (1), pp.#463. ⟨10.1186/s12859-021-04386-z⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03378825/file/s12859-021-04386-z.pdf BibTex
titre
What evidence exists on the impact of specific ecosystem components and functions on infectious diseases? A systematic map
auteur
Léa Lugassy, Ludivine Amdouni-Boursier, Haoues Alout, Romuald Berrebi, Christophe Boëte, Franck Boué, Nathalie Boulanger, Thierry Durand, Michel de Garine-Wichatitsky, Sylvain Larrat, Marie Moinet, Catherine Moulia, Nonito Pagès, Olivier Plantard, Vincent Robert, Barbara Livoreil
article
Environmental Evidence, BioMed Central, 2021, 10 (1), pp.11. ⟨10.1186/s13750-021-00220-4⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03279595/file/s13750-021-00220-4.pdf BibTex
titre
Predicting the public health impact of a malaria transmission-blocking vaccine
auteur
Joseph Challenger, Daniela Olivera Mesa, Dari Da, R. Serge Yerbanga, Thierry Lefèvre, Anna Cohuet, Thomas Churcher
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-21775-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450550/file/s41467-021-21775-3.pdf BibTex
titre
Effect of seasonal malaria chemoprevention plus azithromycin on Plasmodium falciparum transmission: gametocyte infectivity and mosquito fitness
auteur
Koudraogo Bienvenue Yaméogo, Rakiswendé Serge Yerbanga, Seydou Bienvenu Ouattara, Franck Yao, Thierry Lefèvre, Issaka Zongo, Frederic Nikièma, Yves Daniel Compaoré, Halidou Tinto, Daniel Chandramohan, Brian Greenwood, Adrien Belem, Anna Cohuet, Jean Bosco Ouédraogo
article
Malaria Journal, BioMed Central, 2021, 20 (1), ⟨10.1186/s12936-021-03855-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450530/file/s12936-021-03855-3.pdf BibTex
titre
Can we eradicate viral pathogens?
auteur
Samuel Alizon, Paul Turner
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (12), pp.1851-1854. ⟨10.1111/jeb.13958⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03500287/file/JEB_HAL.pdf BibTex
titre
Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France
auteur
Gonché Danesh, Baptiste Elie, Yannis Michalakis, Mircea Sofonea, Antonin Bal, Sylvie Behillil, Grégory Destras, David Boutolleau, Sonia Burrel, Anne-Geneviève Marcelin, Jean-Christophe Plantier, Vincent Thibault, Etienne Simon-Loriere, Sylvie van der Werf, Bruno Lina, Laurence Josset, Vincent Enouf, Samuel Alizon
article
Peer Community Journal, Peer Community In/Centre Mersenne, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03001114/file/DaneshEtal2021_PCJ.pdf BibTex
titre
Treating symptomatic infections and the co-evolution of virulence and drug resistance
auteur
Samuel Alizon
article
Peer Community Journal, Peer Community In/Centre Mersenne, 2021, 1, pp.e47. ⟨10.24072/pcjournal.38⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03001103/file/Alizon2021_PCJ.pdf BibTex
titre
Presence and Persistence of Putative Lytic and Temperate Bacteriophages in Vaginal Metagenomes from South African Adolescents
auteur
Anna-Ursula Happel, Christina Balle, Brandon Maust, Iyaloo Konstantinus, Katherine Gill, Linda-Gail Bekker, Rémy Froissart, Jo-Ann Passmore, Ulas Karaoz, Arvind Varsani, Heather Jaspan
article
Viruses, MDPI, 2021, Phage-Bacteria Interplay in Health and Disease, ⟨10.3390/v13122341⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03443194/file/Happel%20et%20al.%20-%202021%20-%20Presence%20and%20Persistence%20of%20Putative%20Lytic%20and%20Tem.pdf BibTex
titre
Lipid Interactions Between Flaviviruses and Mosquito Vectors
auteur
Thomas Vial, Guillaume Marti, Dorothée Missé, Julien Pompon
article
Frontiers in Physiology, Frontiers, 2021, 12, pp.763195. ⟨10.3389/fphys.2021.763195⟩
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https://hal-univ-tlse3.archives-ouvertes.fr/hal-03542654/file/Vial_2021.pdf BibTex
titre
Prevalence and Characterization of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Enterobacteriaceae in Major Hospitals in Gabon
auteur
Annicet-Clotaire Dikoumba, Richard Onanga, Larson Boundenga, Michelle Bignoumba, Edgard-Brice Ngoungou, Sylvain Godreuil
article
Microbial Drug Resistance, Mary Ann Liebert, 2021, 27 (11), pp.1525-1534. ⟨10.1089/mdr.2020.0497⟩
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titre
Human host genetics and susceptibility to ZIKV infection
auteur
Pauline Ferraris, Sineewanlaya Wichit, Nadège Cordel, Dorothée Missé
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2021, 95, pp.105066. ⟨10.1016/j.meegid.2021.105066⟩
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https://hal.ird.fr/ird-03610066/file/DMiss%C3%A9_Human%20Host%20genetics%20Pauline.pdf BibTex
titre
Inferring within‐flock transmission dynamics of highly pathogenic avian influenza H5N8 virus in France, 2020
auteur
Timothée Vergne, Simon Gubbins, Claire Guinat, Billy Bauzile, Mattias Delpont, Debapriyo Chakraborty, Hugo Gruson, Benjamin Roche, Mathieu Andraud, Mathilde Paul, Jean-Luc Guérin
article
Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2021, 68 (6), pp.3151-3155. ⟨10.1111/tbed.14202⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03479732/file/TED-07-2021.pdf BibTex
titre
Favipiravir inhibits Mayaro virus infection in mice
auteur
Michèle Bengue, Ai-Rada Pintong, Florian Liégeois, Antoine Nougairède, Rodolphe Hamel, Julien Pompon, Xavier de Lamballerie, Pierre Roques, Valérie Choumet, Dorothée Missé
article
Viruses, MDPI, 2021, 13 (11), pp.2213. ⟨10.3390/v13112213⟩
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https://hal.ird.fr/ird-03610133/file/DMiss%C3%A9_Bengue%20Favipiravir.pdf BibTex
titre
Efficacy of dihydroartemisinin/piperaquine in patients with noncomplicated Plasmodium falciparum malaria in Yaoundé, Cameroon
auteur
Mélissa Mairet-Khedim, Sandrine Nsango, Christelle Ngou, Sandie Menard, Camille Roesch, Nimol Khim, Sreynet Srun, Xavier Iriart, Thomas Lanot, Laure Otam, Francis Abega, Lawrence Ayong, Isabelle Morlais, Peggy Gandia, Benoit Witkowski, Antoine Berry
article
Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2021, 76 (11), pp.3037-3044. ⟨10.1093/jac/dkab281⟩
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titre
The Rare, the Best: Spread of Antimalarial-Resistant Plasmodium falciparum Parasites by Anopheles Mosquito Vectors
auteur
Antoine Berry, Sandie Menard, Sandrine Nsango, Luc Abate, Didier Concordet, Majoline Tsapi, Xavier Iriart, Parfait Awono-Ambéné, Benjamin Roche, Isabelle Morlais
article
Microbiology Spectrum, American Society for Microbiology, 2021, 9 (2), ⟨10.1128/Spectrum.00852-21⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03510741/file/2021-DC_%20Microbiol%20Spectrum.-00852-21.pdf BibTex
titre
Selection on ancestral genetic variation fuels repeated ecotype formation in bottlenose dolphins
auteur
Marie Louis, M Galimberti, Frederick Archer, Simon Berrow, Andrew Brownlow, Ramon Fallon, Milaja Nykänen, Joanne O’brien, Kelly M. Robertson, Patricia E. Rosel, Benoit Simon-Bouhet, Daniel Wegmann, Michael C. Fontaine, Andrew D. Foote, Oscar E Gaggiotti
article
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7, pp.eabg1245. ⟨10.1126/sciadv.abg1245⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03020428/file/2020.10.05.325159v1.full.pdf BibTex
titre
Detection of SARS‐CoV‐2 in two cats during the second wave of the COVID‐19 pandemic in France
auteur
Matthieu Fritz, Nicolas Nesi, Solène Denolly, Bertrand Boson, Vincent Legros, Serge Rosolen, Alexandra Briend‐marchal, Meriadeg Ar Gouilh, Eric Leroy
article
Veterinary Medicine and Science, Wiley, 2021, pp.Online Version of Record before inclusion in an issue. ⟨10.1002/vms3.638⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03408737/file/vms3.638.pdf BibTex
titre
Viral genome wide association study identifies novel hepatitis C virus polymorphisms associated with sofosbuvir treatment failure
auteur
David Smith, Carlota Fernandez-Antunez, Andrea Magri, Rory Bowden, Nimisha Chaturvedi, Jacques Fellay, John Mclauchlan, Graham Foster, William Irving, Peter Simmonds, Vincent Pedergnana, Santseharay Ramirez, Jens Bukh, Eleanor Barnes, M. Azim Ansari
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), pp.6105. ⟨10.1038/s41467-021-25649-6⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03684839/file/Smith_NatureComm_2021.pdf BibTex
titre
Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics
auteur
Olivier Thomine, Samuel Alizon, Corentin Boennec, Marc Barthelemy, Mircea Sofonea
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03415297/file/ThomineEtal2021.pdf BibTex
titre
Repurposing the Hybrid Capture 2 (HC2) screening test for whole-genome sequencing of human papillomaviruses
auteur
A. Debernardi, W. Jarassier, C. Soret, C. Mougin, Samuel Alizon, Ignacio G. Bravo, D. Guenat, J. Prétet, Q. Lepiller
article
Archives of Virology, Springer Verlag, 2021, ⟨10.1007/s00705-021-05259-9⟩
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BibTex
titre
Performance of the RealStar ® Pneumocystis jirovecii PCR kit for the diagnosis of Pneumocystis pneumonia
auteur
Margot Salsé, Victor Mercier, Marie‐josé Carles, Catherine Lechiche, Milène Sasso
article
Mycoses, Wiley, 2021, 64 (10), pp.1230-1237. ⟨10.1111/myc.13354⟩
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BibTex
titre
SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France
auteur
Benedicte Roquebert, Stéphanie Haim-Boukobza, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Sonia Burrel, Samuel Alizon, Mircea Sofonea
article
International Journal of Infectious Diseases, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03366559/file/Manuscript.pdf BibTex
titre
Reconstructing contact network structure and cross-immunity patterns from multiple infection histories
auteur
Christian Selinger, Samuel Alizon
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009375. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009375⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03357549/file/SelingerEtal2021plosCB.pdf BibTex
titre
Quantifying transmission dynamics of acute hepatitis C virus infections in a heterogeneous population using sequence data
auteur
Gonché Danesh, Victor Virlogeux, Christophe Ramière, Caroline Charre, Laurent Cotte, Samuel Alizon
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009916. ⟨10.1371/journal.ppat.1009916⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03357552/file/DaneshEtal2021plos.pdf BibTex
titre
On the need for integrating cancer into the One Health perspective
auteur
Antoine Dujon, Joel Brown, Delphine Destoumieux-Garzon, Marion Vittecoq, Rodrigo Hamede, Aurélie Tasiemski, Justine Boutry, Sophie Tissot, Catherine Alix‐panabieres, Pascal Pujol, François Renaud, Frédéric Simard, Benjamin Roche, Beata Ujvari, Frédéric Thomas
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, ⟨10.1111/eva.13303⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03372780/file/Dujon-2021-EvolAppl-OnTheNeed.pdf BibTex
titre
Bridging Tumorigenesis and Therapy Resistance With a Non-Darwinian and Non-Lamarckian Mechanism of Adaptive Evolution
auteur
Francesco Catania, Beata Ujvari, Benjamin Roche, Jean-Pascal Capp, Frédéric Thomas
article
Frontiers in Oncology, Frontiers, 2021, 11, ⟨10.3389/fonc.2021.732081⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03442567/file/2021_Catania_Frontiers-in-Oncology.pdf BibTex
titre
Aedes albopictus Adult Medium Mass Rearing for SIT Program Development
auteur
David Damiens, Lucie Marquereau, Cyrille Lebon, Gilbert Le Goff, Benjamin Gaudillat, Nausicaa Habchi-Hanriot, Louis-Clément Gouagna
article
Insects, MDPI, 2021, 10 (8), pp.246. ⟨10.3390/insects10080246⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03358996/file/2019-3_Damiens%20et%20al.%20Medium%20Mass%20Rearing.pdf BibTex
titre
Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections
auteur
Thomas Beneteau, Christian Selinger, Mircea Sofonea, Samuel Alizon
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03357550/file/BeneteauEtal2021.pdf BibTex
titre
Geographic barriers to achieving universal health coverage: evidence from rural Madagascar
auteur
Andres Garchitorena, Felana Ihantamalala, Christophe Révillion, Laura Cordier, Mauricianot Randriamihaja, Benedicte Razafinjato, Feno Rafenoarivamalala, Karen Finnegan, Jean Andrianirinarison, Julio Rakotonirina, Vincent Herbreteau, Matthew Bonds
article
Health Policy and Planning, Oxford University Press (OUP), 2021, ⟨10.1093/heapol/czab087⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-03332070/file/czab087.pdf BibTex
titre
Évolutions et involutions dans la biomédecine. Thérapie phagique et traitement des infections bactériennes antibiorésistantes
auteur
Charlotte Brives, Rémy Froissart
article
Revue d'Anthropologie des Connaissances, Société d'Anthropologie des Connaissances, 2021, Un tournant microbien ?, 15 (3), pp.[en ligne]
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-03375004/file/rac-24239-1.pdf BibTex
titre
Predator biomass and vegetation influence the coastal distribution of threespine stickleback morphotypes
auteur
Casey Yanos, Eeke Haanstra, Fiona Colgan Carey, Sorsha Passmore, Johan Eklöf, Ulf Bergström, Joakim Hansen, Michael C. Fontaine, Martine Maan, Britas Eriksson
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2021, 11 (18), pp.12485-12496. ⟨10.1002/ece3.7993⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03408086/file/58795B14-E4E9-4F49-A42D-D0A452E983EE.pdf BibTex
titre
Additive genetic variance for traits least related to fitness increases with environmental stress in the desert locust, Schistocerca gregaria
auteur
Marie-Pierre Chapuis, Benjamin Pélissié, Cyril Piou, Floriane Chardonnet, Christine Pages, Antoine Foucart, Elodie Chapuis, Hélène Jourdan‐pineau
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, In press, 2021-09-21, ⟨10.1002/ece3.8099⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03364279/file/ece3.8099.pdf BibTex
titre
Variability in Codon Usage in Coronaviruses Is Mainly Driven by Mutational Bias and Selective Constraints on CpG Dinucleotide
auteur
Josquin Daron, Ignacio G. Bravo
article
Viruses, MDPI, 2021, 13 (9), pp.1800. ⟨10.3390/v13091800⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03345049/file/2021%20Daron%20Variability%20in%20Codon%20Usage%20in%20Coronaviruses%20Is%20Mainly%20Driven%20by%20Mutational%20Bias%20and%20Selective%20Constraints%20on%20CpG%20Dinucleotide.pdf BibTex
titre
A need for null models in understanding disease transmission: the example of Mycobacterium ulcerans (Buruli ulcer disease)
auteur
Joseph Receveur, Alexandra Bauer, Jennifer Pechal, Sophie Picq, Magdalene Dogbe, Heather Jordan, Alex Rakestraw, Kayla Fast, Michael Sandel, Christine Chevillon, Jean-François Guégan, John Wallace, M Eric Benbow
article
FEMS Microbiology Reviews, Wiley-Blackwell, 2021, ⟨10.1093/femsre/fuab045⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats
auteur
Benoît de Thoisy, Olivier Duron, Loïc Epelboin, Lise Musset, Philippe Quénel, Benjamin Roche, Florian Binetruy, Sébastien Briolant, Luisiane Carvalho, Agathe Chavy, Pierre Couppié, Magalie Pierre Demar, Maylis Douine, I. Dusfour, Sébastien Gourbière, Yanouk Epelboin, Claude Flamand, Alain Franc, Marine Ginouvès, Emeline Houël, Arthur Kocher, Anne Lavergne, Paul Le Turnier, Luana Mathieu, Jérôme Murienne, Mathieu Nacher, Roxane Schaub, Stéphane Pelleau, Ghislaine Prévot, Dominique Rousset, Emmanuel Roux, Stanislas Talaga, Pauline Thill, Sourakhata Tirera, Jean-François Guégan
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2021, 93, pp.104916. ⟨10.1016/j.meegid.2021.104916⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03261181/file/de%20Thoisy%20et%20al.%20-%202021%20-%20Ecology%2C%20evolution%2C%20and%20epidemiology%20of%20zoonotic%20a.pdf BibTex
titre
The predictive ability of the 313 variant–based polygenic risk score for contralateral breast cancer risk prediction in women of European ancestry with a heterozygous BRCA1 or BRCA2 pathogenic variant
auteur
Inge Lakeman, Alexandra van den Broek, Juliën Vos, Daniel Barnes, Julian Adlard, Irene Andrulis, Adalgeir Arason, Norbert Arnold, Banu Arun, Judith Balmaña, Daniel Barrowdale, Javier Benitez, Ake Borg, Trinidad Caldés, Maria Caligo, Wendy Chung, Kathleen Claes, J Margriet Collée, Fergus Couch, Mary Daly, Joe Dennis, Mallika Dhawan, Susan Domchek, Ros Eeles, Christoph Engel, D Gareth Evans, Lidia Feliubadaló, Lenka Foretova, Eitan Friedman, Debra Frost, Patricia Ganz, Judy Garber, Simon Gayther, Anne-Marie Gerdes, Andrew Godwin, David Goldgar, Eric Hahnen, Christopher Hake, Ute Hamann, Frans Hogervorst, Maartje Hooning, John Hopper, Peter Hulick, Evgeny Imyanitov, Claudine Isaacs, Louise Izatt, Anna Jakubowska, Paul James, Ramunas Janavicius, Uffe Birk Jensen, Yue Jiao, Esther John, Vijai Joseph, Beth Karlan, Carolien Kets, Irene Konstantopoulou, Ava Kwong, Clémentine Legrand, Goska Leslie, Fabienne Lesueur, Jennifer Loud, Jan Lubiński, Siranoush Manoukian, Lesley Mcguffog, Austin Miller, Denise Molina Gomes, Marco Montagna, Emmanuelle Mouret-Fourme, Katherine Nathanson, Susan Neuhausen, Heli Nevanlinna, Joanne Ngeow Yuen Yie, Edith Olah, Olufunmilayo Olopade, Sue Park, Michael Parsons, Paolo Peterlongo, Marion Piedmonte, Paolo Radice, Johanna Rantala, Gad Rennert, Harvey Risch, Rita Schmutzler, Priyanka Sharma, Jacques Simard, Christian Singer, Zsofia Stadler, Dominique Stoppa-Lyonnet, Christian Sutter, Yen Yen Tan, Manuel Teixeira, Soo Hwang Teo, Alex Teulé, Mads Thomassen, Darcy Thull, Marc Tischkowitz, Amanda Toland, Nadine Tung, Elizabeth van Rensburg, Ana Vega, Barbara Wappenschmidt, Peter Devilee, Christi van Asperen, Jonine Bernstein, Kenneth Offit, Douglas Easton, Matti Rookus, Georgia Chenevix-Trench, Antonis Antoniou, Mark Robson, Marjanka Schmidt, Kathleen B.M. Claes, Emmanuelle Barouk-Simonet, Muriel Belotti, Pascaline Berthet, Yves-Jean Bignon, Valérie Bonadona, Brigitte Bressac-de Paillerets, Bruno Buecher, Sandrine Caputo, Olivier Caron, Laurent Castera, Virginie Caux-Moncoutier, Chrystelle Colas, Marie-Agnès Collonge-Rame, Isabelle Coupier, Antoine de Pauw, Capucine Delnatte, Camille Elan, Laurence Faivre, Sandra Fert Ferrer, Marion Gauthier-Villars, Paul Gesta, Sophie Giraud, Lisa Golmard, Claude Houdayer, Christine Lasset, Maïté Laurent, Dominique Leroux, Michel Longy, Véronique Mari, Sylvie Mazoyer, Noura Mebirouk, Isabelle Mortemousque, Fabienne Prieur, Pascal Pujol, Claire Saule, Helene Schuster, Nicolas Sevenet, Hagay Sobol, Johanna Sokolowska, Laurence Venat-Bouvet, Munaza Ahmed, Julian Barwell, Angela Brady, Paul Brennan, Carole Brewer, Jackie Cook, Rosemarie Davidson, Alan Donaldson, Alison Dunning, Jacqueline Eason, Diana Eccles, Helen Gregory, Helen Hanson, Patricia Harrington, Alex Henderson, Shirley Hodgson, M. John Kennedy, Fiona Lalloo, Clare Miller, Patrick Morrison, Kai-Ren Ong, Aoife O’shaughnessy-Kirwan, Jo Perkins, Mary Porteous, Mark Rogers, Lucy Side, Katie Snape, Lisa Walker, Gord Glendon, Anna Marie Mulligan, Cora Aalfs, Muriel Adank, Margreet G.E.M. Ausems, Marinus Blok, Encarna Gómez Garcia, Bernadette A.M. Heemskerk-Gerritsen, Antoinette Hollestelle, Agnes Jager, Linetta Koppert, Marco Koudijs, Mieke Kriege, Hanne E.J. Meijers-Heijboer, Arjen Mensenkamp, Thea Mooij, Jan Oosterwijk, Ans M.W. van den Ouweland, Frederieke van der Baan, Annemieke van der Hout, Lizet van der Kolk, Rob van der Luijt, Carolien H.M. van Deurzen, Helena van Doorn, Klaartje van Engelen, Liselotte van Hest, Theo A.M. van Os, Senno Verhoef, Maartje Vogel, Juul Wijnen, Jonathan Beesley, Stephen Fox, Helene Holland, Kelly-Anne Phillips, Amanda Spurdle
article
Genetics in Medicine, Nature Publishing Group, 2021, 23 (9), pp.1726-1737. ⟨10.1038/s41436-021-01198-7⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03652349/file/1-s2.0-S1098360021051017-main.pdf BibTex
titre
2021 Taxonomic update of phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales
auteur
Jens Kuhn, Scott Adkins, Bernard Agwanda, Rim Al Kubrusli, Sergey Alkhovsky, Gaya Amarasinghe, Tatjana Avšič-Županc, María Ayllón, Justin Bahl, Anne Balkema-Buschmann, Matthew Ballinger, Christopher Basler, Sina Bavari, Martin Beer, Nicolas Bejerman, Andrew Bennett, Dennis Bente, Éric Bergeron, Brian Bird, Carol Blair, Kim Blasdell, Dag-Ragnar Blystad, Jamie Bojko, Wayne Borth, Steven Bradfute, Rachel Breyta, Thomas Briese, Paul Brown, Judith Brown, Ursula Buchholz, Michael Buchmeier, Alexander Bukreyev, Felicity Burt, Carmen Büttner, Charles Calisher, Mengji Cao, Inmaculada Casas, Kartik Chandran, Rémi Charrel, Qi Cheng, Yuya Chiaki, Marco Chiapello, Il-Ryong Choi, Marina Ciuffo, J. Christopher S. Clegg, Ian Crozier, Elena Dal Bó, Juan Carlos de la Torre, Xavier de Lamballerie, Rik de Swart, Humberto Debat, Nolwenn Dheilly, Emiliano Di Cicco, Nicholas Di Paola, Francesco Di Serio, Ralf Dietzgen, Michele Digiaro, Olga Dolnik, Michael Drebot, J. Felix Drexler, William Dundon, W. Paul Duprex, Ralf Dürrwald, John Dye, Andrew Easton, Hideki Ebihara, Toufic Elbeaino, Koray Ergünay, Hugh Ferguson, Anthony Fooks, Marco Forgia, Pierre Formenty, Jana Fránová, Juliana Freitas-Astúa, Jingjing Fu, Stephanie Fürl, Selma Gago-Zachert, George Fú Gāo, María Laura García, Adolfo García-Sastre, Aura Garrison, Thomas Gaskin, Jean-Paul Gonzalez, Anthony Griffiths, Tony Goldberg, Martin Groschup, Stephan Günther, Roy Hall, John Hammond, Tong Han, Jussi Hepojoki, Roger Hewson, Jiang Hong, Ni Hong, Seiji Hongo, Masayuki Horie, John Hu, Tao Hu, Holly Hughes, Florian Hüttner, Timothy Hyndman, M. Ilyas, Risto Jalkanen, Dàohóng Jiāng, Gilda Jonson, Sandra Junglen, Fujio Kadono, Karia Kaukinen, Michael Kawate, Boris Klempa, Jonas Klingström, Gary Kobinger, Igor Koloniuk, Hideki Kondō, Eugene Koonin, Mart Krupovic, Kenji Kubota, Gael Kurath, Lies Laenen, Amy Lambert, Stanley Langevin, Benhur Lee, Elliot Lefkowitz, Eric Leroy, Shaorong Li, Longhui Li, Jiànróng Lǐ, Huazhen Liu, Igor Lukashevich, Piet Maes, William Marciel de Souza, Marco Marklewitz, Sergio Marshall, Shin-Yi Marzano, Sebastien Massart, John Mccauley, Michael Melzer, Nicole Mielke-Ehret, Kristina Miller, Tobi Ming, Ali Mirazimi, Gideon Mordecai, Hans-Peter Mühlbach, Elke Mühlberger, Rayapati Naidu, Tomohide Natsuaki, José Navarro, Sergey Netesov, Gabriele Neumann, Norbert Nowotny, Márcio Nunes, Alejandro Olmedo-Velarde, Gustavo Palacios, Vicente Pallás, Bernadett Pályi, Anna Papa, Sofia Paraskevopoulou, Adam Park, Colin Parrish, David Patterson, Alex Pauvolid-Corrêa, Janusz Pawęska, Susan Payne, Carlotta Peracchio, Daniel Pérez, Thomas Postler, Liying Qi, Sheli Radoshitzky, Renato Resende, Carina Reyes, Bertus Rima, Gabriel Robles Luna, Víctor Romanowski, Paul Rota, Dennis Rubbenstroth, Luisa Rubino, Jonathan Runstadler, Sead Sabanadzovic, Amadou Alpha Sall, Maria Salvato, Rosemary Sang, Takahide Sasaya, Angela Schulze, Martin Schwemmle, Mang Shi, Xiǎohóng Shí, Zhènglì Shí, Yoshifumi Shimomoto, Yukio Shirako, Stuart Siddell, Peter Simmonds, Manuela Sironi, Guy Smagghe, Sophie Smither, Jin-Won Song, Kirsten Spann, Jessica Spengler, Mark Stenglein, David Stone, Jari Sugano, Curtis Suttle, Amy Tabata, Ayato Takada, Shigeharu Takeuchi, David Tchouassi, Amy Teffer, Robert Tesh, Natalie Thornburg, Yasuhiro Tomitaka, Keizō Tomonaga, Noël Tordo, Baldwyn Torto, Jonathan Towner, Shinya Tsuda, Changchun Tu, Massimo Turina, Ioannis Tzanetakis, Janice Uchida, Tomio Usugi, Anna Maria Vaira, Marta Vallino, Bernadette van den Hoogen, Arvind Varsani, Nikos Vasilakis, Martin Verbeek, Susanne von Bargen, Jiro Wada, Victoria Wahl, Peter Walker, Lin-Fa Wang, Guoping Wang, Yanxiang Wang, Yaqin Wang, Muhammad Waqas, Tàiyún Wèi, Shaohua Wen, Anna Whitfield, John Williams, Yuri Wolf, Jiangxiang Wu, Lei Xu, Hironobu Yanagisawa, Caixia Yang, Zuokun Yang, F. Murilo Zerbini, Lifeng Zhai, Yong-Zhen Zhang, Song Zhang, Jinguo Zhang, Zhe Zhang, Xueping Zhou
article
Archives of Virology, Springer Verlag, 2021, 166 (12), pp.3513-3566. ⟨10.1007/s00705-021-05143-6⟩
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titre
Borrelia afzelii Infection in the Rodent Host Has Dramatic Effects on the Bacterial Microbiome of Ixodes ricinus Ticks
auteur
Phineas Hamilton, Elodie Maluenda, Anouk Sarr, Alessandro Belli, Georgia Hurry, Olivier Duron, Olivier Plantard, Maarten Voordouw
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2021, 87 (18), pp.e00641-21. ⟨10.1128/AEM.00641-21⟩
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titre
Inter‐Group Social Behavior, Contact Patterns and Risk for Pathogen Transmission in Cape Buffalo Populations
auteur
Elodie Wielgus, Alexandre Caron, Emily Bennitt, Michel de Garine‐wichatitsky, Bradley Cain, Herve Fritz, Eve Miguel, Daniel Cornélis, Simon Chamaillé-Jammes
article
Journal of Wildlife Management, Wiley, In press, ⟨10.1002/jwmg.22116⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03337922/file/jwmg.22116.pdf BibTex
titre
Monocyte human leukocyte antigen-DR but not β-d-glucan may help early diagnosing invasive Candida infection in critically ill patients
auteur
Boris Jung, Clément Le Bihan, Pierre Portales, Nathalie Bourgeois, Thierry Vincent, Laurence Lachaud, Gerald Chanques, Matthieu Conseil, Philippe Corne, Pablo Massanet, Jean François Timsit, Samir Jaber
article
Annals of Intensive Care, SpringerOpen, 2021, 11 (1), pp.129. ⟨10.1186/s13613-021-00918-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03327871/file/s13613-021-00918-1.pdf BibTex
titre
Genomic Variation Influences Methanothermococcus Fitness in Marine Hydrothermal Systems
auteur
Michael Hoffert, Rika Anderson, Julie Reveillaud, Leslie Murphy, Ramunas Stepanauskas, Julie Huber
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2021, 12, pp.714920. ⟨10.3389/fmicb.2021.714920⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03471319/file/Hoffert-FiM-2021-CC-BY.pdf BibTex
titre
Impact of selection regime and introgression on deltamethrin resistance in the arbovirus vector Aedes aegypti – a comparative study between contrasted situations in New Caledonia and French Guiana
auteur
Julien Cattel, Marine Minier, Nausicaa Habchi-Hanriot, Morgane Pol, Frederic Faucon, Thierry Gaude, Pascal Gaborit, Jean Issaly, Emma Ferrero, Fabrice Chandre, Nicolas Pocquet, Jean-Philippe David, Isabelle Dusfour
article
Pest Management Science, Wiley, 2021, 77 (12), pp.5589-5598. ⟨10.1002/ps.6602⟩
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titre
Predicting COVID-19 incidence in French hospitals using human contact network analytics
auteur
Christian Selinger, Marc Choisy, Samuel Alizon
article
International Journal of Infectious Diseases, Elsevier, 2021, 111, pp.100 - 107. ⟨10.1016/j.ijid.2021.08.029⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03267059/file/SelingerEtal2021ijid%20%281%29.pdf BibTex
titre
Avian blood parasite richness decreases with major histocompatibility complex class I loci number
auteur
Orsolya Vincze, Claire Loiseau, Mathieu Giraudeau
article
Biology Letters, Royal Society, The, 2021, 17 (8), ⟨10.1098/rsbl.2021.0253⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03418441/file/RSBL-2021-0253.R2_Proof_hi.pdf BibTex
titre
Ecological plasticity to ions concentration determines genetic response and dominance of Anopheles coluzzii larvae in urban coastal habitats of Central Africa
auteur
Neil Longo-Pendy, Billy Tene-Fossog, Robert Tawedi, Ousman Akone-Ella, Céline Toty, Nil Rahola, Jean-Jacques Braun, Nicolas Berthet, Pierre Kengne, Carlo Costantini, Diego Ayala
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.15781. ⟨10.1038/s41598-021-94258-6⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03516004/file/s41598-021-94258-6.pdf BibTex
titre
The COVID-19 pandemic in francophone West Africa: from the first cases to responses in seven countries
auteur
Emmanuel Bonnet, Oriane Bodson, Frédéric Le Marcis, Adama Faye, Emmanuel Sambieni, Florence Fournet, Florence Boyer, Abdourahmane Coulibaly, Kadidiatou Kadio, Fatoumata Diongue, Valery Ridde
article
BMC Public Health, BioMed Central, 2021, 21 (Article number: 1490), pp.1-17. ⟨10.1186/s12889-021-11529-7⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-03313193/file/s12889-021-11529-7.pdf BibTex
titre
La formation des vésicules intraluminales de l’endosome est contrôlée par la tension membranaire
auteur
Victor Mercier, Jorge Larios, Guillaume Molinard, Antoine Goujon, Stefan Matile, Aurélien Roux, Jean Gruenberg
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2021, 37 (8-9), pp.697-700. ⟨10.1051/medsci/2021096⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03337372/file/msc200463.pdf BibTex
titre
New Insights into the Biology of the Emerging Tembusu Virus
auteur
Rodolphe Hamel, Thipruethai Phanitchat, Sineewanlaya Wichit, Ronald Enrique Morales Vargas, Jiraporn Jaroenpool, Cheikh Tidiane Diagne, Julien Pompon, Dorothée Missé
article
Pathogens, MDPI, 2021, 10 (8), pp.1010. ⟨10.3390/pathogens10081010⟩
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https://hal.ird.fr/ird-03610023/file/DMiss%C3%A9_Papier%20Tembusu%20pathogens.pdf BibTex
titre
Multicenter Comparative Assessment of the TIB MolBiol Toxoplasma gondii Detection Kit and Four Laboratory-Developed PCR Assays for Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis
auteur
Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Florence Robert-Gangneux, Isabelle Accoceberry, Simon Pichard, Cécile Garnaud, Hélène Fricker-Hidalgo, Maude Lévêque, Gautier Hoarau, Hervé Pelloux, Patrick Bastien, Yvon Sterkers, Emmanuelle Varlet-Marie
article
Journal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology (ASIP), 2021, 23 (8), pp.1000-1006. ⟨10.1016/j.jmoldx.2021.05.010⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03282456/file/Tir%C3%A9ApartHAL_BrenierPinchart.pdf BibTex
titre
Is There One Key Step in the Metastatic Cascade?
auteur
Antoine Dujon, Jean-Pascal Capp, Joel Brown, Pascal Pujol, Robert Gatenby, Beata Ujvari, Catherine Alix-Panabières, Frédéric Thomas
article
Cancers, MDPI, 2021, 13 (15), ⟨10.3390/cancers13153693⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03442172/file/2021_Dujon_Cancers.pdf BibTex
titre
Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France
auteur
Mircea Sofonea, Samuel Alizon
article
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03366541/file/Anticipating%20COVID-19%20intensive%20care%20unit%20capacity%20strain%20a%20look%20back%20at%20epidemiological%20projections%20in%20France_2.pdf BibTex
titre
A new hybrid record linkage process to make epidemiological databases interoperable: application to the GEMO and GENEPSO studies involving BRCA1 and BRCA2 mutation carriers
auteur
Yue Jiao, Fabienne Lesueur, Chloé-Agathe Azencott, Maïté Laurent, Noura Mebirouk, Lilian Laborde, Juana Beauvallet, Marie-Gabrielle Dondon, Séverine Eon-Marchais, Anthony Laugé, Catherine Noguès, Nadine Andrieu, Dominique Stoppa-Lyonnet, Sandrine Caputo, Nadia Boutry-Kryza, Alain Calender, Sophie Giraud, Mélanie Léone, Brigitte Bressac- de Paillerets, Olivier Caron, Marine Guillaud-Bataille, Yves-Jean Bignon, Nancy Uhrhammer, Valérie Bonadona, Christine Lasset, Pascaline Berthet, Laurent Castera, Dominique Vaur, Violaine Bourdon, Tetsuro Noguchi, Cornel Popovici, Audrey Remenieras, Hagay Sobol, Isabelle Coupier, Pierre-Olivier Harmand, Pascal Pujol, Paul Vilquin, Aurélie Dumont, Françoise Révillion, Danièle Muller, Emmanuelle Barouk-Simonet, Françoise Bonnet, Virginie Bubien, Michel Longy, Nicolas Sevenet, Laurence Gladieff, Rosine Guimbaud, Viviane Feillel, Christine Toulas, Hélène Dreyfus, Dominique Leroux, Magalie Peysselon, Christine Rebischung, Amandine Baurand, Geoffrey Bertolone, Fanny Coron, Laurence Faivre, Vincent Goussot, Caroline Jacquot, Caroline Sawka, Caroline Kientz, Marine Lebrun, Fabienne Prieur, Sandra Fert-Ferrer, Véronique Mari, Laurence Venat-Bouvet, Stéphane Bézieau, Capucine Delnatte, Isabelle Mortemousque, Florence Coulet, Florent Soubrier, Mathilde Warcoin, Myriam Bronner, Sarab Lizard, Johanna Sokolowska, Marie-Agnès Collonge-Rame, Alexandre Damette, Paul Gesta, Hakima Lallaoui, Jean Chiesa, Denise Molina-Gomes, Olivier Ingster, Sylvie Manouvrier-Hanu, Sophie Lejeune, Pauline Pontois, Dominique Stoppa Lyonnet, Marion Gauthier-Villars, Bruno Buecher, Emmanuelle Mouret-Fourme, Jean-Pierre Fricker, Elisabeth Luporsi, Marc Frenay, Francois Eisinger, Jessica Moretta, Catherine Dugast, Chrystelle Colas, Alain Lortholary, Philippe Vennin, Claude Adenis, Tan Dat Nguyen, Annick Rossi, Julie Tinat, Isabelle Tennevet, Jean-Marc Limacher, Christine Maugard, Jean-Yves Bignon, Liliane Demange, Odile Cohen-Haguenauer, Brigitte Gilbert, Hélène Zattara-Cannoni
article
BMC Medical Research Methodology, BioMed Central, 2021, 21 (1), pp.155. ⟨10.1186/s12874-021-01299-6⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-03313811/file/s12874-021-01299-6.pdf BibTex
titre
Human-vector malaria transmission model structured by age, time since infection and waning immunity
auteur
Quentin Richard, Marc Choisy, Thierry Lefèvre, Ramsès Djidjou-Demasse
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.nonrwa.2021.103393⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03090649/file/Human-Vector-Malria-MultiStructures.pdf BibTex
titre
Evolutionary biology and development model of medicines: A necessary ‘pas de deux’ for future successful bacteriophage therapy
auteur
Rémy Froissart, Charlotte Brives
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, Special section: Virus evolution on the mutualist-parasite continuum, 34 (12), pp.1855-1866. ⟨10.1111/jeb.13904⟩
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-03426403/file/J%20of%20Evolutionary%20Biology.pdf BibTex
titre
Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021
auteur
Samuel Alizon, Stéphanie Haim-Boukobza, Vincent Foulongne, Laura Verdurme, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Bénédicte Roquebert, Mircea Sofonea
article
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03289622/file/AlizonEtal2021_delta.pdf BibTex
titre
Feasibility study of a field survey to measure antimicrobial usage in humans and animals in the Mekong Delta region of Vietnam
auteur
Nguyen Cuong, Nguyen Ly, Nguyen Van, Doan Phu, Bach Kiet, Vo Hien, Pawin Padungtod, Guy Thwaites, Marc Choisy, Juan Carrique-Mas
article
JAC-Antimicrobial Resistance, 2021, 3 (3), ⟨10.1093/jacamr/dlab107⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03565601/file/dlab107.pdf BibTex
titre
Invasive aspergillosis due to Aspergillus cryptic species: A prospective multicentre study
auteur
Sebastien Imbert, Sophie Cassaing, Christine Bonnal, Anne‐cecile Normand, Frederic Gabriel, Damien Costa, Marion Blaize, Laurence Lachaud, Lilia Hasseine, Lise Kristensen, Juliette Guitard, Christine Schuttler, Helene Raberin, Sophie Brun, Marijke Hendrickx, Renaud Piarroux, Arnaud Fekkar
article
Mycoses, Wiley, 2021, ⟨10.1111/myc.13348⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03390620/file/Imbert%20et%20al.%20-%20Invasive%20aspergillosis%20due%20to%20Aspergillus%20cryptic%20.pdf BibTex
titre
Using host genetics to infer the global spread and evolutionary history of HCV subtype 3a
auteur
Shang-Kuan Lin, Nicola de Maio, Vincent Pedergnana, Chieh-Hsi Wu, Julien Thézé, Daniel Wilson, Eleanor Barnes, M Azim Ansari
article
Virus Evolution, Oxford University Press, 2021, 7 (2), pp.veab065. ⟨10.1093/ve/veab065⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03358372/file/veab065.pdf BibTex
titre
Evaluation of Two Commercial Kits on the Automated ELITe InGenius PCR Platform for Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis
auteur
Céline Nourrisson, Maxime Moniot, Philippe Poirier, Yvon Sterkers
article
Journal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology (ASIP), 2021, 23 (7), pp.865-871. ⟨10.1016/j.jmoldx.2021.04.004⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03323951/file/Nourrisson_Tir%C3%A9APart_HAL.pdf BibTex
titre
Non-English languages enrich scientific knowledge: The example of economic costs of biological invasions
auteur
Elena Angulo, Christophe Diagne, Liliana Ballesteros-Mejia, Tasnime Adamjy, Danish A Ahmed, Evgeny Akulov, Achyut K Banerjee, César Capinha, Cheikh a K M Dia, Gauthier Dobigny, Virginia G Duboscq-Carra, Marina Golivets, Phillip J Haubrock, Gustavo Heringer, Natalia Kirichenko, Melina Kourantidou, Chunlong Liu, Martin A Nuñez, D Renault, David Roiz, Ahmed Taheri, Laura N H Verbrugge, Yuya Watari, Wen Xiong, Franck Courchamp
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 775, pp.144441. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.144441⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03192043/file/STE_06_2021.pdf BibTex
titre
Phenotypic and genetic characterization of MERS coronaviruses from Africa to understand their zoonotic potential
auteur
Ziqi Zhou, Kenrie Hui, Ray So, Huibin Lv, Ranawaka Perera, Daniel Chu, Esayas Gelaye, Harry Oyas, Obadiah Njagi, Takele Abayneh, Wilson Kuria, Elias Walelign, Rinah Wanglia, Ihab El Masry, Sophie von Dobschuetz, Wantanee Kalpravidh, Véronique Chevalier, Eve Miguel, Ouafaa Fassi-Fihri, Amadou Trarore, Weiwen Liang, Yanqun Wang, John Nicholls O, Jincun Zhao, Michael Chan, Leo Poon, Chris Ka, Pun Mok, Malik Peiris
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2021, 118 (25), pp.e2103984118. ⟨10.1073/pnas.2103984118/-/DCSupplemental⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03326479/file/e2103984118.full.pdf BibTex
titre
The kinesin of the flagellum attachment zone in Leishmania is required for cell morphogenesis, cell division and virulence in the mammalian host
auteur
Rosa Corrales, Slavica Vaselek, Rachel Neish, Laurence Berry, Camille Brunet, Lucien Crobu, Nada Kuk, Julio Mateos-Langerak, Derrick R Robinson, Petr Volf, Jeremy Mottram, Yvon Sterkers, Patrick Bastien
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2021, 17 (6), pp.e1009666. ⟨10.1371/journal.ppat.1009666⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03299396/file/journal.ppat.1009666.pdf BibTex
titre
Experimental infections with Zika virus strains reveal high vector competence of Aedes albopictus and Aedes aegypti populations from Gabon (Central Africa) for the African virus lineage
auteur
Davy Jiolle, Isabelle Moltini-Conclois, Judicaël Obame-Nkoghe, Patrick Yangari, Angélique Porciani, Bethsabée Scheid, Pierre Kengne, Diego Ayala, Anna-Bella Failloux, Christophe Paupy
article
Emerging microbes & infections, Earliest : Springer-Nature ; Latest : Taylor & Francis, 2021, 10 (1), pp.1244-1253. ⟨10.1080/22221751.2021.1939167⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03323225/file/Experimental%20infections%20with%20Zika%20virus%20strains%20reveal%20high%20vector%20competence%20of%20Aedes%20albopictus%20and%20Aedes%20aegypti%20populations%20from%20Gabon%20Central.pdf BibTex
titre
The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021
auteur
Bénédicte Roquebert, Sabine Trombert-Paolantoni, Stéphanie Haim-Boukobza, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Mircea Sofonea, Samuel Alizon
article
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03289627/file/RoquebertEtal2021_Eurosurveillance.pdf BibTex
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No leading-edge effect in North Atlantic harbor porpoises: Evolutionary and conservation implications
auteur
Yacine Ben Chehida, Roisin Loughnane, Julie Thumloup, Kristin Kaschner, Cristina Garilao, Patricia Rosel, Michael C. Fontaine
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, 14 (6), pp.1588-1611. ⟨10.1111/eva.13227⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03015895/file/2020.11.03.366542v1.full.pdf BibTex
titre
Fast Unsupervised Multi-Scale Characterization of Urban Landscapes Based on Earth Observation Data
auteur
Claire Teillet, Benjamin Pillot, Thibault Catry, Laurent Demagistri, Dominique Lyszczarz, Marc Lang, Pierre Couteron, Nicolas Barbier, Arsène Adou Kouassi, Quentin Gunther, Nadine Dessay
article
Remote Sensing, MDPI, 2021, 13 (12), pp.2398. ⟨10.3390/rs13122398⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03294302/file/2021_Dynafor_remotesensing-13-02398-v3.pdf BibTex
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A review of the potential effects of climate change on disseminated neoplasia with an emphasis on efficient detection in marine bivalve populations
auteur
Georgina Bramwell, Aaron Schultz, Craig D.H. Sherman, Mathieu Giraudeau, Frédéric Thomas, Beata Ujvari, Antoine Dujon
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 775, pp.145134. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145134⟩
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titre
Habitat segregation of plate phenotypes in a rapidly expanding population of three-spined stickleback
auteur
Britas Klemens Eriksson, Casey Yanos, Sarah Bourlat, Serena Donadi, Michael C. Fontaine, Joakim Hansen, Eglė Jakubavičiūtė, Karine Kiragosyan, Martine Maan, Juha Merilä, Åsa Austin, Jens Olsson, Katrin Reiss, Göran Sundblad, Ulf Bergström, Johan Eklöf
article
Ecosphere, Ecological Society of America, 2021, 12 (6), pp.e03561. ⟨10.1002/ecs2.3561⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02915393/file/BioRxiv_2020.05.08.083873v1.full.pdf BibTex
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Kazachstania slooffiae: An unexpected journey to a human pleural sample
auteur
Victor Mercier, M. Desnos-Ollivier, Anaïs Lamy, Martin Mahul, Milène Sasso
article
Journal of Medical Mycology / Journal de Mycologie Médicale, Elsevier Masson, 2021, 31 (2), pp.101109. ⟨10.1016/j.mycmed.2020.101109⟩
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Cytokine response following perturbation of the cervicovaginal milieu during HPV genital infection
auteur
Christian Selinger, Massilva Rahmoun, Carmen Lia Murall, Claire Bernat, Vanina Boué, Marine Bonneau, Christelle Graf, Sophie Grasset, Soraya Groc, Jacques Reynes, Christophe Hirtz, Nathalie Jacobs, Samuel Alizon
article
Immunologic Research, Humana Press, 2021, 69 (3), pp.255-263. ⟨10.1007/s12026-021-09196-2⟩
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France
auteur
Mircea Sofonea, Corentin Boennec, Yannis Michalakis, Samuel Alizon
article
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03289626/file/Sofonea_et_al_Two_waves.pdf BibTex
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Europe as a bridgehead in the worldwide invasion history of grapevine downy mildew, Plasmopara viticola
auteur
Michaël Fontaine, Frédéric Labbé, Yann Dussert, Laurent Delière, Sylvie Richart-Cervera, Tatiana Giraud, François Delmotte
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2021, 31 (10), pp.2155-2166.e4. ⟨10.1016/j.cub.2021.03.009⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02990790/file/Europe%20as%20a%20bridgehead%20in%20the%20worldwide%20invasion%20history%20of%20grapevine%20downy%20mildew%20Plasmopara%20viticola.pdf BibTex
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Detection of Plasmodium falciparum in laboratory-reared and naturally infected wild mosquitoes using near-infrared spectroscopy
auteur
Dari Da, Ruth Mccabe, Bernard Somé, Pedro Esperança, Katarzyna Sala, Josua Blight, Andrew Blagborough, Floyd Dowell, Serge Yerbanga, Thierry Lefèvre, Karine Mouline, Roch Dabiré, Thomas Churcher
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-89715-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450542/file/s41598-021-89715-1.pdf BibTex
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Unresolved advantages of multipartitism in spatially structured environments
auteur
Mark Zwart, Stéphane Blanc, Marcelle Johnson, Susanna Manrubia, Yannis Michalakis, Mircea Sofonea
article
Virus Evolution, Oxford University Press, 2021, 7 (1), ⟨10.1093/ve/veab004⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03219672/file/Zwart-VE-2021-CC-BY.pdf