UMR 232

Des plantes tropicales constituent le cœur des travaux de recherche de l’unité DIADE. Ces travaux visent à comprendre la nature et le rôle des mécanismes de diversification structurale et fonctionnelle du génome des plantes tropicales. Les études portent aussi sur leur diversité et les structures de leurs populations, ainsi que les mécanismes d’adaptation aux variations naturelles ou aux modifications d’origine anthropique.
Les recherches sont fondées principalement sur la génétique, l’épigénétique, la biologie du développement, la physiologie, la systématique, l’évolution, mais intègrent aussi d’autres approches telle que la modélisation, la télédétection, l’écologie, etc. Les études s’appuient généralement sur la confrontation de plantes modèles (riz, Arabidopsis, tomate, peuplier) et d’espèces d’intérêt agronomique ou écologique (caféiers, filaos, ignames, maïs, palmiers, mils).
Les résultats de ces recherches contribuent à la production de connaissances fondamentales, mais aussi au développement de nouvelles stratégies visant à la sécurité alimentaire des communautés du Sud.

Tutelles : Université de Montpellier, IRD
Label : UMR_D 232
Département scientifique : Biologie Agrosciences
École doctorale : GAIA

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UMR 232 DIADE
911 Av. Agropolis
34394 Montpellier cedex 5
Tél. : +33 (0)4 67 41 62 21

Publications (extraction HAL)

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Publications HAL de la structure 168433

2019

Article dans une revue

titre
Seed comparative genomics in three coffee species identify desiccation tolerance mechanisms in intermediate seeds
auteur
Anna Stavrinides, Stéphane Dussert, Marie-Christine Combes, Isabelle Fock-Bastide, Dany Severac, Jérôme Minier, Aldecinei Bastos-Siqueira, Vincent Demolombe, Sonia Hem, Philippe Lashermes, Thierry Joët
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-16/erz508. ⟨10.1093/jxb/erz508⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-02403786/file/erz508.pdf BibTex
titre
Species delimitation in the genus Greenwayodendron based on morphological and genetic markers reveals new species
auteur
Brandet‐j. Lissambou, Thomas l.P. Couvreur, Christiane Atteke, Tariq Stévart, Rosalía Piñeiro, Gilles Dauby, Franck k. Monthe, Davy u. Ikabanga, Bonaventure Sonké, Bertrand M’batchi, Olivier j. Hardy
article
Taxon, Botanischer Garten und Botanisches Museum, 2019, 68 (3), pp.455-470. ⟨10.1002/tax.12064⟩
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titre
PUCHI regulates very long chain fatty acid biosynthesis during lateral root and callus formation
auteur
Duy-Chi Trinh, Julien Lavenus, Tatsuaki Goh, Yohann Boutté, Quentin Drogue, Virginie Vaissayre, Frederique Tellier, Mikael Lucas, Ute Voß, Pascal Gantet, Jean-Denis Faure, Stéphane Dussert, Hidehiro Fukaki, Malcolm Bennett, Laurent Laplaze, Soazig Guyomarc’h
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2019, 116 (28), pp.14325-14330. ⟨10.1073/pnas.1906300116⟩
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titre
MooSciTIC: Training of trainers in West African research and higher education
auteur
Ménonvè Atindehou, Kifouli Adeoti, Laura Estelle Yêyinou Loko, Thierry Beulé, Emmanuel Paradis, Gustave Djedatin, Christine Tranchant-Dubreuil, Francois Sabot, Latifou Lagnika, Estelle Jaligot
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2019, 17 (6), pp.e3000312. ⟨10.1371/journal.pbio.3000312⟩
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titre
Plant Pangenome: Impacts On Phenotypes And Evolution
auteur
Christine Tranchant-Dubreuil, Mathieu Rouard, Francois Sabot
article
Annual Plant Reviews, Wiley Online Library 2019, ⟨10.1002/9781119312994.apr0664⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02053647/file/Plant%20Pangenome%20%20Impacts%20On%20Phenotypes%20And%20Evolution.pdf BibTex
titre
The genome sequence of segmental allotetraploid peanut Arachis hypogaea
auteur
David Bertioli, Jerry Jenkins, Josh Clevenger, Olga Dudchenko, Dongying Gao, Guillermo Seijo, Soraya Bertioli, Longhui Ren, Andrew Farmer, Manish Pandey, Sergio Samoluk, Brian Abernathy, Gaurav Agarwal, Carolina Ballén-Taborda, Connor Cameron, Jacqueline Campbell, Carolina Chavarro, Annapurna Chitikineni, Ye Chu, Sudhansu Dash, Moaine El Baidouri, Baozhu Guo, Wei Huang, Kyung Do Kim, Walid Korani, Sophie Lanciano, Christopher Lui, Marie Mirouze, Márcio Moretzsohn, Melanie Pham, Jin Hee Shin, Kenta Shirasawa, Senjuti Sinharoy, Avinash Sreedasyam, Nathan Weeks, Xinyou Zhang, Zheng Zheng, Ziqi Sun, Lutz Froenicke, Erez Aiden, Richard Michelmore, Rajeev Varshney, C. Corley Holbrook, Ethalinda Cannon, Brian Scheffler, Jane Grimwood, Peggy Ozias-Akins, Steven Cannon, Scott Jackson, Jeremy Schmutz
article
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2019, 51 (5), pp.877-884. ⟨10.1038/s41588-019-0405-z⟩
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titre
Regulation of FUSCA3 Expression During Seed Development in Arabidopsis
auteur
Thomas James Roscoe, Virginie Vaissayre, Gaël Paszkiewicz, Fernando Clavijo, Zsolt Kelemen, Caroline Michaud, Lo�c Lepiniec, Bertrand Dubreucq, Dao-Xiu Zhou, Martine Devic
article
Plant and Cell Physiology, Oxford University Press (OUP), 2019, 60 (2), pp.476-487. ⟨10.1093/pcp/pcy224⟩
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titre
Genomics of microgeographic adaptation in the Amazonian hyperdominant tree Eperua falcata Aubl. (Fabaceae) [Preprint]
auteur
Louise Brousseau, P.V.A. Fine, E. Dreyer, G.G. Vendramin, I. Scotti
article
BioRxiv, 2019, preprint no.312843, 27 p. [en ligne]. ⟨10.1101/312843⟩
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titre
Amborella – Bearing witness to the past ?
auteur
Valerie Poncet, Philippe Birnbaum, Valerie Burtet-Sarramegna, Alexandre de Kochko, Bruno Fogliani, Gildas Gateble, Sandrine Isnard, Tanguy Jaffré, Dominique Job, François Munoz, Jérôme Munzinger, Charles P Scutt, Rémi Tournebize, Santiago Trueba, Yohan Pillon
article
Annual Plant Reviews Online, Wiley, 2019, 3, pp.1 - 41. ⟨10.1002/9781119312994.apr0689⟩
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titre
A third of the tropical African flora is potentially threatened with extinction
auteur
T. Stévart, G. Dauby, P Lowry Ii, A. Blach-Overgaard, Vincent Droissart, D Harris, B Mackinder, G. Schatz, Bonaventure Sonké, M.S.M. Sosef, J.-C Svenning, J Wieringa, T Couvreur
article
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2019, 5 (11), pp.eaax9444
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02373952/file/Dauby_etal_Science_Advances_2019_5_11.pdf BibTex
titre
Use, trade, socio-economic and cultural importance of Raphia palms: an underutilized resource in Africa
auteur
Suzanne Mogue Kamga, Grischa Brokamp, Ariane Cosiaux, Abdon Awono, Susanne Fürniss, Anders Barfod, John Fogoh Muafor, Philippe Le Gall, Bonaventure Sonké, Thomas l.P. Couvreur
article
Economic Botany, Springer Verlag, In press
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titre
Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa
auteur
Léo-Paul Dagallier, Steven Janssens, Gilles Dauby, Anne Blach-Overgaard, Barbara Mackinder, Vincent Droissart, Jens-Christian Svenning, Marc Sosef, Tariq Stévart, David Harris, Bonaventure Sonké, Jan Wieringa, Olivier Hardy, Thomas Couvreur
article
New Phytologist, Wiley, In press, ⟨10.1111/nph.16293⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02407084/file/Dauby_etal_New_Phytol_2019.pdf BibTex
titre
Effect of the seeds provenance and treatment on the germination rate and plants growth of four forest trees species of Côte d’Ivoire
auteur
Sélastique Doffou Akaffou, Aimé Kouassi Kouame, Nestor Bi Boh Gore, Georges Yao Abessika, Perla Hamon, Sylvie Sabatier, Jérôme Duminil
article
Journal of Forestry Research, Springer Verlag, In press
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Communication dans un congrès

titre
AgroLD: un graphe de connaissances pour la caractérisation des mécanismes moléculaires complexes impactant le phénome des plantes
auteur
Pierre Larmande, Gildas Tagny, Manuel Ruiz
article
30es Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances, IC 2019, AFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.217-218
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02329684/file/larmande.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Cartographier les ressources pour gérer les priorités
auteur
Sébastien Hardy, Marie Sabrié, Thomas Mourier, Corinne Lavagne, V. Thivent, Isabelle Guérin, François Roubaud, Christophe Guilmoto, Mireille Razafindrakoto, Marc Pilon, Isabelle Léglise, Pierre Le Meur, Fatoumata Ouattara, Christian Seignobos, Pierre Chauveau, Eric Léonard, Dominique Guillaud, Alain Froment, Robin Robin, Michel Agier, Sophie Bava, Annabel Desgrées Du Loû, Flore Gubert, Eric Delaporte, Gonzague Jourdain, Alexandre Dumont, Serge Trèche, Jacques Berger, Pierre Traissac, Valérie Delaunay, Vincent Robert, Frédéric Darriet, Cheikh Sokhna, Michel Cot, Martine Peeters, Eric Leroy, Alice Desclaux, Marc Hougard, Didier Paugy, Michel Boussinesq, Philippe Solano, Dorothée Missé, Louis-Clément Gouagna, Jean Lemesre, Laure Banuls, Christophe E. Menkès, Morgan Mangeas, Benjamin Sultan, Thomas Condom, Marie Gosset, Serge Janicot, Jean Nocquet, Luc Le Pennec, Philippe Charvis, Yann Hello, Emmanuel Bonnet, Emilie Strady, David Point, Bernard Ollivier, Isabelle C. Biegala, Christian Feller, Christian Valentin, Eric Giraud, Eric Blanchart, Pierre Montoroi, Philippe Cecchi, Jean Albergel, Jean-Michel Vouillamoz, Vincent Simonneaux, Gil Boulet, Thierry Ruf, Geneviève Michon, Jean-Baptiste Boutrais, Laure Emperaire, Robin Duponnois, Philippe Boulanger, Eugénie Hébrard, Valerie Verdier, Boris Szurek, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Olivier Dangles, Frédérique Aberlenc, Sevastianos Roussos, Gauthier Dobigny, Marc Legendre, Daniel Gaertner, Pierre Chavance, Pascal Bach, Arnaud Bertrand, Jérôme Vialard, Jacques Merle, Bruno Voituriez, Bernard Bourlès, Pierrick Penven, Thierry Lebel, Gil Mahé, Luc Descroix, Pierre Chevallier, Stéphane Calmant, Bruno Turcq, Adrien Favreau, Jean-Louis Rajot, Raphaël Pelissier, Philippe Cury, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Hervé De Tricornot, Frédéric Simard, Jean-François Etard, Bernard Taverne, Florence Fournet, Alexis Drogoul, Marc Souris, Monique Simier, Marie Bonnin, Alain Ghesquière, Serge Hamon, Yves Vigouroux, Sophie Gonzalez, Jean-François Molino, Geneviève Bourdy, Christian Moretti, Pierre Ottino Garanger, Francisco Valdez, Benoit Antheaume, Nicolas Gratiot
article
Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud, ⟨IRD⟩, 2019, 978-2-7099-2737-6
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud
auteur
Marie-Lise Sabrié, Thomas Mourier, Corinne Lavagne, V. Thivent, Isabelle Guérin, François Roubaud, Christophe Guilmoto, Mireille Razafindrakoto, Marc Pilon, Isabelle Léglise, Pierre Le Meur, Fatoumata Ouattara, Christian Seignobos, Pierre Chauveau, Eric Léonard, Dominique Guillaud, Alain Froment, Robin Robin, Michel Agier, Sophie Bava, Annabel Desgrées Du Loû, Flore Gubert, Eric Delaporte, Gonzague Jourdain, Alexandre Dumont, Serge Trèche, Jacques Berger, Pierre Traissac, Valérie Delaunay, Vincent Robert, Frédéric Darriet, Cheikh Sokhna, Michel Cot, Martine Peeters, Eric Leroy, Alice Desclaux, Marc Hougard, Didier Paugy, Michel Boussinesq, Philippe Solano, Dorothée Missé, Louis-Clément Gouagna, Jean Lemesre, Laure Banuls, Christophe Menkès, Morgan Mangeas, Benjamin Sultan, Thomas Condom, Marie Gosset, Serge Janicot, Jean Nocquet, Luc Le Pennec, Sébastien Hardy, Philippe Charvis, Yann Hello, Emmanuel Bonnet, Emilie Strady, David Point, Bernard Ollivier, Isabelle C. Biegala, Christian Feller, Christian Valentin, Eric Giraud, Eric Blanchart, Pierre Montoroi, Philippe Cecchi, Jean Albergel, Jean-Michel Vouillamoz, Vincent Simonneaux, Gil Boulet, Thierry Ruf, Geneviève Michon, Jean-Baptiste Boutrais, Laure Emperaire, Robin Duponnois, Philippe Boulanger, Eugénie Hébrard, Valerie Verdier, Boris Szurek, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Olivier Dangles, Frédérique Aberlenc, Sevastianos Roussos, Gauthier Dobigny, Marc Legendre, Daniel Gaertner, Pierre Chavance, Pascal Bach, Arnaud Bertrand, Jérôme Vialard, Jacques Merle, Bruno Voituriez, Bernard Bourlès, Pierrick Penven, Thierry Lebel, Gil Mahé, Luc Descroix, Pierre Chevallier, Stéphane Calmant, Bruno Turcq, Adrien Favreau, Jean-Louis Rajot, Raphaël Pelissier, Philippe Cury, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Hervé De Tricornot, Frédéric Simard, Jean-François Etard, Bernard Taverne, Florence Fournet, Alexis Drogoul, Marc Souris, Monique Simier, Marie Bonnin, Alain Ghesquière, Serge Hamon, Yves Vigouroux, Sophie Gonzalez, Jean-François Molino, Geneviève Bourdy, Christian Moretti, Pierre Ottino Garanger, Francisco Valdez, Benoît Antheaume, Nicolas Gratiot
article
IRD, 2019
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HDR

titre
Intégration de données multi-échelles et extraction de connaissances en agronomie : exemples et perspectives
auteur
Pierre Larmande
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Montpellier II, 2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-02105913/file/hdr_larmande.pdf BibTex

Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Coviability of Social and Ecological Systems: Reconnecting Mankind to the Biosphere in an Era of Global Change. Vol.1 : The Foundations of a New Paradigm
auteur
Olivier Barrière, Mohamed Behnassi, Gilbert David, Vincent Douzal, Mireille Fargette, Thérèse Libourel Rouge, Maud Loireau, Laurence Pascal, Voyner Ravena-Cañete, Frédérique Seyler, Serge Morand
article
Springer International Publishing, 2019
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BibTex
titre
Coviability of Social and Ecological Systems: Reconnecting Mankind to the Biosphere in an Era of Global Change vol2 Coviability questionne by a Diversity of Situations
auteur
Olivier Barrière, Mohamed Behnassi, Gilbert David, Vincent Douzal, Mireille Fargette, Thérèse Libourel Rouge, Maud Loireau, Laurence Pascal, Voyner Ravena-Cañete, Frédérique Seyler, Serge Morand
article
Springer International Publishing, 2019
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BibTex

Poster

titre
D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity
auteur
Sophie Aubin, Anne-Francoise Adam-Blondon, Michael Alaux, Mouhamadou Ba, Stéphan Bernard, Pierre Bisquert, Robert Bossy, François Brun, Patrice Buche, Arnaud Castelltort, Olivier Corby, Julien Cufi, Romain David, Louise Deleger, Esther Dzale Yeumo, Catherine Faron Zucker, Garnier Eric, John Graybeal, Théo-Paul Haezebrouck, Pierre Larmande, Luc Menut, Franck Michel, Mark Musen, Claire Nédellec, Christian Pichot, François Pinet, Cyril Pommier, Catherine Roumet, Catherine Roussey, Konstantin Todorov, Anne Toulet, Clement Jonquet
article
14th RDA Plenary Meeting, Oct 2019, Helsinki, Finland. 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-02351000/file/D2KAB%202019-07-16_RDA_poster_light.pdf BibTex
titre
Domestication of date palms in Siwa oasis and across the Middle East and North Africa : articulate the scales of ethnography and domestication over the long term
auteur
Vincent Battesti, Muriel Gros-Balthazard
article
Harlan III, : the Third Jack R. Harlan International Symposium Dedicated to the Origins of Agriculture and the Domestication, Evolution, and Utilization of Genetic Resources, Jun 2019, Montpellier, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02270215/file/Poster%20Harlan%20III%202019%20-%20Battesti%20%26%20Gros-Balthazard%20%28e%29-s.pdf BibTex

Thèse

titre
Gene regulatory network for lateral root formation in Arabidopsis thaliana
auteur
Duy Chi Trinh
article
Plants genetics. Université Montpellier, 2019. English. ⟨NNT : 2019MONTG003⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02304191/file/2019_TRINH_archivage.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Integration of ethnobotany and population genetics uncovers the agrobiodiversity of date palms of Siwa Oasis (Egypt) and their importance to the evolutionary history of the species
auteur
Muriel Gros-Balthazard, Vincent Battesti, Sarah Ivorra, Laure Paradis, Frédérique Aberlenc, Oumarou Zango, Salwa Zehdi, Souhila Moussouni, Abbas Naqvi, Claire Newton, Jean-Frédéric Terral
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02375285/file/820407.full.pdf BibTex
titre
Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude
auteur
Margaux-Alison Fustier, Natalia Elena, Martinez-Ainsworth Jonas, Andres Aguirre-Liguori, Juliette Meaux, M-A Fustier, N Martínez-Ainsworth, J Aguirre-Liguori, Anthony Venon, Hélène Corti, Agnes Rousselet, Fabrice Dumas, Hannes Dittberner, Maria Camarena, Daniel Grimanelli, Otso Ovaskainen, Matthieu Falque, Laurence Moreau, J de Meaux, Salvador Montes, Luis Eguiarte, Yves Vigouroux, Domenica Manicacci, Maud Tenaillon
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02345676/file/Natalia.pdf BibTex
titre
The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga
auteur
Simon M Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel Markov, André Minoche, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira Peters, Anne Siegel, Camille Trottier, Hwan Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
2019
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02333021/file/307165.full.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
Dicer-like and RNA-dependent RNA polymerase gene family identification and annotation in the cultivated Solanum tuberosum and its wild relative S. commersonii
auteur
Salvatore Esposito, Riccardo Aversano, Vincenzo D’amelia, Clizia Villano, Daniela Alioto, Marie Mirouze, Domenico Carputo
article
Planta, Springer Verlag, 2018, 248 (3), pp.729-743. ⟨10.1007/s00425-018-2937-3⟩
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BibTex
titre
Molecular and epigenetic regulations and functions of the LAFL transcriptional regulators that control seed development
auteur
L. Lepiniec, M. Devic, T. Roscoe, D. Bouyer, D.-X Zhou, C. Boulard, S. Baud, B. Dubreucq
article
Sexual Plant Reproduction, Springer Verlag, 2018, 31 (3), pp.291-307. ⟨10.1007/s00497-018-0337-2⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01969458/file/Lepiniec%20et%20al%20preprint_sans%20marque.pdf BibTex
titre
A western Sahara centre of domestication inferred from pearl millet genomes
auteur
Concetta Burgarella, Philippe Cubry, Ndjido Kane, Rajeev Varshney, Cédric Mariac, Xin Liu, Chengcheng Shi, Mahendar Thudi, Marie Couderc, Xun Xu, Annapurna Chitikineni, Nora Scarcelli, Adeline Barnaud, Benedicte Rhone, Christian Dupuy, Olivier François, Cecile Berthouly-Salazar, Yves Vigouroux
article
Nature Ecology & Evolution, Nature, 2018, 2 (9), pp.1377-1380. ⟨10.1038/s41559-018-0643-y⟩
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BibTex
titre
AgBioData consortium recommendations for sustainable genomics and genetics databases for agriculture
auteur
Lisa Harper, Jacqueline Campbell, Ethalinda Cannon, Sook Jung, Monica Poelchau, Ramona Walls, Carson Andorf, Elizabeth Arnaud, Tanya Berardini, Clayton Birkett, Steve Cannon, James Carson, Bradford Condon, Laurel Cooper, Nathan Dunn, Christine Elsik, Andrew Farmer, Stephen Ficklin, David Grant, Jodi Hu, Emily Grau, Nic Herndon, Zhi-Liang Hu, Jodi Humann, Pankaj Jaiswal, Clement Jonquet, Marie-Angélique Laporte, Pierre Larmande, Gerard Lazo, Fiona Mccarthy, Naama Menda, Christopher Mungall, Monica Muñoz-Torres, Sushma Naithani, Rex Nelson, Daureen Nesdill, Carissa Park, James Reecy, Leonore Reiser, Lacey-Anne Sanderson, Taner Sen, Margaret Staton, Sabarinath Subramaniam, Marcela Karey Tello-Ruiz, Victor Unda, Deepak Unni, Liya Wang, Doreen Ware, Jill Wegrzyn, Jason Williams, Margaret Woodhouse, Jing Yu, Doreen Main
article
Database -Weston-, Online Inc., 2018, 2018, pp.#bay088. ⟨10.1093/database/bay088⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01964769/file/bay088.pdf BibTex
titre
Cell remodeling and subtilase gene expression in the actinorhizal plant Discaria trinervis highlight host orchestration of intercellular Frankia colonization
auteur
Joëlle Fournier, Leandro Imanishi, Mireille Chabaud, Iltaf Abdou-Pavy, Andrea Genre, Lukas Brichet, Hernán Ramiro Lascano, Nacira Muñoz, Alice Vayssières, Elodie Pirolles, Laurent Brottier, Hassen Gherbi, Valerie Hocher, Sergio Svistoonoff, David Barker, Luis Wall
article
New Phytologist, Wiley, 2018, 219 (3), pp.1018-1030. ⟨10.1111/nph.15216⟩
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BibTex
titre
The Rise and Fall of African Rice Cultivation Revealed by Analysis of 246 New Genomes
auteur
Philippe Cubry, Christine Tranchant-Dubreuil, Anne-Céline Thuillet, Cécile Monat, Marie-Noelle Ndjiondjop, Karine Labadie, Corinne Cruaud, Stefan Engelen, Nora Scarcelli, Benedicte Rhone, Concetta Burgarella, Christian Dupuy, Pierre Larmande, Patrick Wincker, Olivier François, François François, Yves Vigouroux
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2018, 28 (14), pp.2274-2282.e6
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BibTex
titre
Beyond trees: Biogeographical regionalization of tropical Africa
auteur
Vincent Droissart, Gilles Dauby, Olivier Hardy, Vincent Deblauwe, David Harris, Jan Janssens, Barbara a. Mackinder, Anne Blach-Overgaard, Bonaventure Sonké, Marc Sosef, Tariq Stévart, Jens-Christian Svenning, Jan Wieringa, Thomas Couvreur
article
Journal of Biogeography, Wiley, 2018, 45 (5), pp.1153 - 1167. ⟨10.1111/jbi.13190⟩
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BibTex
titre
Transposable elements: all mobile, all different, some stress responsive, some adaptive?
auteur
Sophie Lanciano, Marie Mirouze
article
Current Opinion in Genetics & Development, 2018, 49, pp.106-114. ⟨10.1016/j.gde.2018.04.002⟩
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BibTex
titre
Dicer-2-Dependent Generation of Viral DNA from Defective Genomes of RNA Viruses Modulates Antiviral Immunity in Insects
auteur
Enzo Poirier, Bertsy Goic, Lorena Tomé-Poderti, Lionel Frangeul, Jeremy Boussier, Valérie Gausson, Hervé Blanc, Thomas Vallet, Hyelee Loyd, Laura Levi, Sophie Lanciano, Chloé Baron, Sarah Merkling, Louis Lambrechts, Marie Mirouze, Susan Carpenter, Marco Vignuzzi, Maria-Carla Saleh
article
Cell Host and Microbe, Elsevier, 2018, 23 (3), pp.353-365.e8. ⟨10.1016/j.chom.2018.02.001⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01952531/file/1-s2.0-S1931312818300878-main.pdf BibTex
titre
AgroPortal: A vocabulary and ontology repository for agronomy
auteur
Clement Jonquet, Anne Toulet, Elizabeth Arnaud, Sophie Aubin, Esther Dzale Yeumo, Vincent Emonet, John Graybeal, Marie-Angélique Laporte, Mark Musen, Valeria Pesce, Pierre Larmande
article
Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2018, 144, pp.126-143. ⟨10.1016/j.compag.2017.10.012⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01679502/file/Article_COMPAG_1-s2.0-S0168169916309541_published.pdf BibTex
titre
A protocol combining multiphoton microscopy and propidium iodide for deep 3D root meristem imaging in rice: application for the screening and identification of tissue-specific enhancer trap lines.
auteur
Charlotte Bureau, Nadège Lanau, Mathieu Ingouff, Boukhaddaoui Hassan, Anne-Cécile Meunier, Fanchon Divol Malgoire, Maria Sevilla, Delphine Mieulet, Anne Dievart, Christophe Perin
article
Plant Methods, BioMed Central, 2018, 14, pp.96. ⟨10.1186/s13007-018-0364-x⟩
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BibTex
titre
Arabidopsis pollen tube germination and growth depend on the mitochondrial calcium uniporter complex.
auteur
Benjamin Selles, Caroline Michaud, Tou Cheu Xiong, Olivier Leblanc, Mathieu Ingouff
article
New Phytologist, Wiley, 2018, 219 (1), pp.58-65. ⟨10.1111/nph.15189⟩
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BibTex
titre
Actinorhizal signaling molecules : Frankia root hair deforming factor shares properties with NIN inducing factor
auteur
Maimouna Cissoko, Valérie Hocher, Hassen Gherbi, Djamel Gully, Alyssa Carré-Mlouka, Seyni Sane, Sarah Pignoly, Antony Champion, Mariama Ngom, Petar Pujic, Pascale Fournier, Maher Gtari, Erik Swanson, Céline Pesce, Louis S. Tisa, Mame Oureye Sy, Sergio Svistoonoff
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2018, 9, 12 p. ⟨10.3389/fpls.2018.01494⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01956101/file/2018_Cissoko_Frontiers%20in%20Plant%20Science.pdf BibTex
titre
Sub-cellular markers highlight intracellular dynamics of membrane proteins in response to abiotic treatments in rice
auteur
Thi Thu Huyen Chu, Thi Giang Hoang, Duy Chi Trinh, Charlotte Bureau, Donaldo Meynard, Aurore Vernet, Matthieu Ingouff, Nang Vinh Do, Christophe Perin, Emmanuel Guiderdoni, Pascal Gantet, Christophe Maurel, Doan Luu
article
Rice, Springer Open, 2018, 11 (1), pp.23. ⟨10.1186/s12284-018-0209-2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01766706/file/ChuT.T.H.-et-al-Rice-2018.pdf BibTex
titre
Date Palm Agrobiodiversity (Phoenix dactylifera L.) in Siwa Oasis, Egypt: Combining Ethnography, Morphometry, and Genetics
auteur
Vincent Battesti, Muriel Gros-Balthazard, Clémence Ogéron, Sarah Ivorra, Jean-Frederic Terral, Claire Newton
article
Human Ecology, Springer Verlag, 2018, 46 (4), pp.529-546. ⟨10.1007/s10745-018-0006-y⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01716788/file/Date%20palm%20agrobiodiversity%20%28Phoenix%20dactylifera%20L.%29%20in%20Siwa%20oasis%2C%20Egypt%2C%20Combining%20ethnography%2C%20morphometry%2C%20and%20genetics%2C%20V.%20Battesti%20%26%20M.%20Gros-Balthazard%20et%20al.%20%282018%29.pdf BibTex
titre
Metabarcoding by capture using a single COI probe (MCSP) to identify and quantify fish species in ichthyoplankton swarms
auteur
C. Mariac, Y. Vigouroux, F. Duponchelle, C. García-Dávila, J. Nunez, E. Desmarais, J.F. Renno
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2018, 13 (9), pp.e0202976. ⟨10.1371/journal.pone.0202976⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01890245/file/journal.pone.0202976.pdf BibTex
titre
Response to early drought stress and identification of QTLs controlling biomass production under drought in pearl millet
auteur
Marilyne Debieu, Bassirou Sine, Sixtine Passot, Alexandre Grondin, Eyanawa Akata, Prakash Gangashetty, Vincent Vadez, Pascal Gantet, Daniel Fonceka, Laurent Cournac, Charles Tom Hash, Ndjido Ardo Kane, Yves Vigouroux, Laurent Laplaze
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2018, 13 (10)
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titre
Integrative analysis of the late maturation programme and desiccation tolerance mechanisms in intermediate coffee seeds.
auteur
Stéphane Dussert, Julien Serret, Aldecinei Bastos-Siqueira, Fabienne Morcillo, Eveline Déchamp, Valerie Rofidal, Philippe Lashermes, Hervé Etienne, Thierry Joët
article
Journal of experimental botany, 2018, ⟨10.1093/jxb/erx492⟩
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titre
Estimation of stem and leaf dry biomass using a non-destructive method applied to African Coffea species
auteur
Michelle Okoma, S. Akaffou, Philippe de Reffye, P. Hamon, S. Hamon, O. Konan, H. Kouassi, H. Legnate, V. Letort, Sylvie Sabatier
article
Agroforestry Systems, Springer Verlag, 2018, 92 (3), pp.667 - 675. ⟨10.1007/s10457-016-0031-z⟩
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https://hal-centralesupelec.archives-ouvertes.fr/hal-01823899/file/Okoma%20et%20al%202016%20-%20Allometries%20Coffea%20Agroforest%20Syst.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Growing a shared landscape: plants and humans over generations among the Duupa farmers of northern Cameroon
auteur
Eric Garine, Adeline Barnaud, Christine Raimond
article
Stépanoff, C. (Ed.); Vigne, J.-D. (Ed.). Hybrid Communities. Biosocial Approaches to Domestication and Other Trans-species Relationships, Routledge, 14 p., 2018
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titre
Aspects of Epigenetic Regulation in Cereals
auteur
Omar Oltehua-Lopez, Ana Dorantes-Acosta, Mathieu Ingouff, Sophie Lanciano, Olivier Leblanc, Daniel Grimanelli, Marie Mirouze, Mario Arteaga-Vazquez
article
Plant Epigenetics Coming of Age for Breeding Applications, pp.361-386, 2018, ⟨10.1016/bs.abr.2018.10.004⟩
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titre
The evolution of living beings started with prokaryotes and in interaction with prokaryotes
auteur
T. Sime-Ngando, J.C. Bertrand, Didier Bogusz, J.F. Brugère, Claudine Franche, Marie-Laure Fardeau, Emilie Froussart, Anne Geiger, Maria Soledad Goñi Urriza, Bernard Ollivier, P. O'Toole
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 241-338, 2018, 978-3-319-99782-7
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Poster

titre
Certified and peasant seeds: which network for millet seed supply?
auteur
Antoine Doncieux, Frédérique Jankowski, Alexandre Gaudin, Adeline Barnaud
article
International Conference on Ecological Sciences : Sfécologie, Oct 2018, Rennes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02143842/file/Doncieux_milletsupply.pdf BibTex
titre
Une réponse concertée des CRBs agronomiques face aux nouvelles réglementations
auteur
Sophie Roussel, Laurence Garmendia-Auckenthaler, T. Leroy, J.L. Pham, A. Rey, Anne Zanetto, N. Maghnaoui, Serge Casaregola
article
14.congrès national de la Société Française de Microbiologie (SFM), Oct 2018, Paris, France. 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01892953/file/Poster%20%20ABS4BRCs%20AZ%20SC.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

titre
Inhibition of RNA polymerase II allows controlled mobilisation of retrotransposons for plant breeding
auteur
Michael Thieme, Sophie Lanciano, Sandrine Balzergue, Nicolas Daccord, Marie Mirouze, Etienne Bucher
article
Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), ⟨10.1186/s13059-017-1265-4⟩
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titre
Ecological plant epigenetics: Evidence from model and non-model species, and the way forward
auteur
Christina Richards, Conchita Alonso, Claude Becker, Oliver Bossdorf, Etienne Bucher, Maria Colome-Tatche, Walter Durka, Jan Engelhardt, Bence Gaspar, Andreas Gogol-Döring, Ivo Grosse, Thomas van Gurp, Katrin Heer, Ilkka Kronholm, Christian Lampei, Vít Latzel, Marie Mirouze, Lars Opgenoorth, Ovidiu Paun, Sonja Prohaska, Stefan Rensing, Peter Stadler, Emiliano Trucchi, Kristian Ullrich, Koen Verhoeven, Tim Coulson
article
Ecology Letters, Wiley, 2017, 20 (12), pp.1576-1590. ⟨10.1111/ele.12858⟩
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titre
Molecular basis of African yam domestication: analyses of selection point to root development, starch biosynthesis, and photosynthesis related genes
auteur
Roland Akakpo, Nora Scarcelli, Hana Chaïr, Alexandre Dansi, Gustave Djedatin, Anne-Céline Thuillet, Benedicte Rhone, Olivier François, Karine Alix, Yves Vigouroux
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18 (1), ⟨10.1186/s12864-017-4143-2⟩
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titre
Identification of a hypervirulent pathotype of Rice yellow mottle virus: A threat to genetic resistance deployment in West-Central Africa
auteur
Eugénie Hébrard, Agnès Pinel-Galzi, Aderonke Oludare, Nils Poulicard, Jamel Aribi, Sandrine Fabre, Souley Issaka, Cédric Mariac, Alexis Dereeper, Laurence Albar, Drissa Silué, Denis Fargette
article
Phytopathology, American Phytopathological Society, 2017, ⟨10.1094/PHYTO-05-17-0190-R⟩
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titre
Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
article
Future Generation Computer Systems, Elsevier, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01516082/file/Cohen-Boulakia-etal-reproductibility.pdf BibTex
titre
Toward a general tropical forest biomass prediction model from very high resolution optical satellite images
auteur
P. Ploton, N. Barbier, P. Couteron, C. M. Antin, N. Ayyappan, N. Balachandran, N. Barathan, J.-F. Bastin, G. Chuyong, G. Dauby, V. Droissart, J.-P. Gastellu-Etchegorry, N. Kamdem, D. Kenfack, M. Libalah, G. Mofack, S. Momo, S. Pargal, P. Petronelli, C. Proisy, M. Réjou-Méchain, B. Sonké, N. Texier, D. Thomas, P. Verley, D. Zebaze Dongmo, U. Berger, R. Pélissier
article
Remote Sensing of Environment, Elsevier, 2017, 200, pp.140 - 153. ⟨10.1016/j.rse.2017.08.001⟩
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BibTex
titre
The Empirical Distribution of Singletons for Geographic Samples of DNA Sequences
auteur
Philippe Cubry, Yves Vigouroux, Olivier François
article
Frontiers in Genetics, Frontiers, 2017, 8
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BibTex
titre
Virtual plants need water too : functional-structural root system models in the context of drought tolerance breeding
auteur
Adama Ndour, Vincent Vadez, Christophe Pradal, Mikael Lucas
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.1-18. ⟨10.3389/fpls.2017.01577⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01596093/file/fpls-08-01577.pdf BibTex
titre
DNA Methylation in Rice and Relevance for Breeding
auteur
Sophie Lanciano, Marie Mirouze
article
Epigenomes, 2017, 1 (2), pp.10. ⟨10.3390/epigenomes1020010⟩
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titre
Genetic diversity of Southeastern Nigerien date palms reveals a secondary structure within Western populations
auteur
Oumarou Zango, Emira Cherif, Nathalie Chabrillange, Salwa Zehdi-Azouzi, Muriel Gros-Balthazard, Summar Abbas Naqvi, Alain Lemansour, Hervé Rey, Yacoubou Bakasso, Frédérique Aberlenc
article
Tree Genetics and Genomes, Springer Verlag, 2017, 13 (4), ⟨10.1007/s11295-017-1150-z⟩
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BibTex
titre
A Combination of Histological, Physiological, and Proteomic Approaches Shed Light on Seed Desiccation Tolerance of the Basal Angiosperm Amborella trichopoda.
auteur
Matthieu Villegente, Philippe Marmey, Claudette Job, Marc Galland, Gwendal Cueff, Beatrice Godin, Loïc Rajjou, Thierry Balliau, Michel Zivy, Bruno Fogliani, Valerie Burtet-Sarramegna, Dominique Job
article
Proteomes, MDPI, 2017, 5 (3), pp.19. ⟨10.3390/proteomes5030019⟩
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BibTex
titre
Sequencing the extrachromosomal circular mobilome reveals retrotransposon activity in plants
auteur
Sophie Lanciano, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Edouard Jobet, Dagmara Robakowska-Hyzorek, Eric Lasserre, Alain Ghesquière, Olivier Panaud, Marie Mirouze, Cédric Feschotte
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2017, 13 (2), pp.e1006630. ⟨10.1371/journal.pgen.1006630⟩
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BibTex
titre
Fine mapping of RYMV3: a new resistance gene to Rice yellow mottle virus from Oryza glaberrima
auteur
Hélène Pidon, Alain Ghesquière, Sophie Chéron, Souley Issaka, Eugénie Hébrard, François Sabot, Olufisayo Kolade, Drissa Silué, Laurence Albar
article
TAG Theoretical and Applied Genetics, Springer Verlag, 2017, 130 (4), pp.807 - 818. ⟨10.1007/s00122-017-2853-0⟩
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BibTex
titre
Signatures of local adaptation in lowland and highland teosintes from whole-genome sequencing of pooled samples
auteur
M.-A. Fustier, J.-T. Brandenburg, Simon Boitard, Jason Lapeyronnie, L. E. Eguiarte, Y. Vigouroux, D. Manicacci, M. I. Tenaillon
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (10), pp.2738-2756. ⟨10.1111/mec.14082⟩
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BibTex
titre
Evolutionary forces affecting synonymous variations in plant genomes
auteur
Yves Clément, Sarah Gallien, Yan Holtz, Félix Homa, Stéphanie Pointet, Sandy Contreras, Benoit Nabholz, François Sabot, Laure Saune, Morgane Ardisson, Roberto Bacilieri, Guillaume Besnard, Angélique Berger, Céline Cardi, Fabien de Bellis, Olivier Fouet, Cyril Jourda, Bouchaib Khadari, Claire Lanaud, Thierry Leroy, David Pot, Christopher Sauvage, Nora Scarcelli, James Tregear, Yves Vigouroux, Nabila Yahiaoui, Manuel Ruiz, Sylvain Santoni, Jean-Pierre Labouisse, Jean-Louis Pham, Jacques David, Sylvain Glémin
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2017, 13 (5), pp.e1006799. ⟨10.1371/journal.pgen.1006799⟩
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BibTex
titre
Generalization of the QST framework in hierarchically structured populations: Impacts of inbreeding and dominance
auteur
Philippe Cubry, Ivan Scotti, Sylvie Muratorio, Francois Lefèvre
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2017, ⟨10.1111/1755-0998.12693⟩
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BibTex
titre
Demographic inference through approximate-Bayesian-computation skyline plots
auteur
Miguel Navascués, Raphaël Leblois, Concetta Burgarella
article
PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.1-17. ⟨10.7717/peerj.3530⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01741290/file/2017_Navascu%C3%A9s_PeerJ.pdf BibTex
titre
ConR: An R package to assist large-scale multispecies preliminary conservation assessments using distribution data
auteur
Gilles Dauby, Tariq Stévart, Vincent Droissart, Ariane Cosiaux, Vincent Deblauwe, Murielle Simo-Droissart, Marc S. M. Sosef, Peter P. Lowry, Georg E. Schatz, Roy E. Gereau, Thomas L. P. Couvreur
article
Ecology and Evolution, 2017, 7 (24), pp.11292--11303. ⟨10.1002/ece3.3704⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02140914/file/Droissart_et_2017_Ecol_Evol_7_24.pdf BibTex
titre
The Discovery of Wild Date Palms in Oman Reveals a Complex Domestication History Involving Centers in the Middle East and Africa
auteur
M. Gros-Balthazard, M. Galimberti, A. Kousathanas, C. Newton, Sarah Ivorra, L. Paradis, Y. Vigouroux, R. Carter, M. Tengberg, V. Battesti, Sylvain Santoni, L. Falquet, J. C. Pintaud, J. F. Terral, D. Wegmann
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2017, 27 (14), pp.2211-2218. ⟨10.1016/j.cub.2017.06.045⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01608053/file/The%20Discovery%20of%20Wild%20Date%20Palms%20in%20Oman%20Reveals%20a%20Complex%20Domestication%20History%20Involving%20Centers%20in%20the%20Middle%20East%20and%20Africa%2C%20M.%20Gros-Balthazard%20et%20al.%20%282017%29.pdf BibTex
titre
GhERF-IIb3 regulates the accumulation of jasmonate and leads to enhanced cotton resistance to blight disease.
auteur
Jean-Luc Cacas, Martial Pré, Maxime Pizot, Maimouna Cissoko, Issa Diedhiou, Aida Jalloul, Patrick Doumas, Michel Nicole, Antony Champion
article
Molecular Plant Pathology, Wiley, 2017, 18 (6), pp.825-836. ⟨10.1111/mpp.12445⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01354359/file/CacasJL-et%20al-PostPrint-Mol.PlantPathol.-2016_%7B8933947D-AD4E-47CA-93AD-21FE58A2FACC%7D.pdf BibTex
titre
Detection of active transposable elements in Arabidopsis thaliana using Oxford Nanopore Sequencing technology
auteur
Emilie Debladis, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Marie Mirouze, Olivier Panaud
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18, art. 537 [8 p.]. ⟨10.1186/s12864-017-3753-zg⟩
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https://hal.ird.fr/ird-01626046/file/Detection_of_active.pdf BibTex
titre
DNA Metabarcoding of Amazonian Ichthyoplankton Swarms
auteur
M.E. Maggia, Y. Vigouroux, J. F. Renno, F. Duponchelle, E. Desmarais, J. Nunez, C. García-Dávila, F. M. Carvajal-Vallejos, E. Paradis, Jean-François Martin, C. Mariac
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0170009. ⟨10.1371/journal.pone.0170009⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01470522/file/journal.pone.0170009.pdf BibTex
titre
Assessment of genetic diversity among cultivated Pearl millet (Pennisetum glaucum, Poaceae) accessions from Benin, West Africa
auteur
Kifouli Adeoti, Gustave Djedatin, Ebenezer Ewedje, Thierry Beulé, Sylvain Santoni, Alain Rival, Estelle Jaligot
article
African Journal of Biotechnology, Academic Journals, 2017, 16 (15), pp.782-790. ⟨10.5897/ajb2017.15898⟩
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BibTex
titre
A large set of 26 new reference transcriptomes dedicated to comparative population genomics in crops and wild relatives
auteur
Gautier Sarah, Félix Homa, Stéphanie Pointet, Sandy Contreras, François Sabot, Benoit Nabholz, Sylvain Santoni, Laure Saune, Morgane Ardisson, Nathalie Chantret, Christopher Sauvage, James Tregear, Cyril Jourda, David Pot, Yves Vigouroux, Hana Chair, Nora Scarcelli, Claire Billot, Nabila Yahiaoui, Roberto Bacilieri, Bouchaib Khadari, Michel Boccara, Adeline Barnaud, Jean-Pierre Peros, Jean-Pierre Labouisse, Jean-Louis Pham, Jacques David, Sylvain Glémin, Manuel Ruiz
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2017, 17 (3), pp.565 - 580. ⟨10.1111/1755-0998.12587⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01930391/file/A%20large%20set%20of%2026%20new%20reference%20transcriptomes%20dedicated%20to%20comparative%20population%20genomics%20in%20crops%20and%20wild%20relatives-MANUSCRIPT.pdf BibTex

Poster

titre
Impact of three lateral root types identified in pearl millet on water uptake
auteur
S. Passot, F. Meunier, Bertrand Muller, M. Javaux, X. Draye, Yann Guédon, Laurent Laplaze
article
Interdrought V, Feb 2017, Hyderabad, India. 2017
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Thèse

titre
Dynamique et évolution de deux lignées remarquables de rétrotransposons à LTR dans le genre Coffea (famille des Rubiacées)
auteur
Mathilde Dupeyron
article
Biologie végétale. Université Montpellier, 2017. Français. ⟨NNT : 2017MONTT128⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01714153/file/2017_DUPEYRON_archivage.pdf BibTex
titre
Détection de l'activité des éléments transposables chez les plantes cultivées : étude du mobilome par la caractérisation du compartiment extrachromosomique
auteur
Sophie Lanciano
article
Génétique des plantes. Université Montpellier, 2017. Français. ⟨NNT : 2017MONTT129⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01707480/file/2017_LANCIANO_archivage.pdf BibTex

2016

Article dans une revue

titre
AgroLD API. Une architecture orientée services pour l'extraction de connaissances dans la base de données liées AgroLD
auteur
Gildas Tagny Ngompe, Aravind Venkatesan, Nordine El Hassouni, Manuel Ruiz, Pierre Larmande
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série ISI : Ingénierie des Systèmes d'Information, Lavoisier, 2016, 21 (5-6), pp.133-158. ⟨10.3166/isi.21.5-6.133-157⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01411532/file/agrold.pdf BibTex
titre
Mutations in Rice yellow mottle virus Polyprotein P2a Involved in RYMV2 Gene Resistance Breakdown
auteur
Agnès Pinel-Galzi, Christine Dubreuil-Tranchant, Eugénie Hébrard, Cédric Mariac, Alain Ghesquière, Laurence Albar
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, ⟨10.3389/fpls.2016.01779⟩
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BibTex
titre
Spatial and temporal variation in selection of genes associated with pearl millet varietal quantitative traits in situ
auteur
Manoj Prasad, Dongying Gao, Deepmala Sehgal, Cédric Mariac, Issaka Ousseini, Abdel-Kader Alio, Hélène Jugdé, Jean-Louis Pham, Gilles Bezançon, Joelle Ronfort, Luc Descroix, Yves Vigouroux
article
Frontiers in Genetics, Frontiers, 2016, 7, ⟨10.3389/fgene.2016.00130⟩
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https://hal.ird.fr/ird-02153151/file/mariac%20et%20al%20%202016%20fgene-07-00130.pdf BibTex
titre
Adaptation to Global Change: A Transposable Element–Epigenetics Perspective
auteur
Olivier Rey, Etienne Danchin, Marie Mirouze, Celine Loot, Simon Blanchet
article
Trends in Ecology and Evolution, Elsevier, 2016, 31 (7), pp.514-526. ⟨10.1016/j.tree.2016.03.013⟩
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BibTex
titre
Gigwa—Genotype investigator for genome- wide analyses
auteur
Guilhem Sempéré, Florian Philippe, Alexis Dereeper, Manuel Ruiz, Gautier Sarah, Pierre Larmande
article
GigaScience, BioMed Central, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-016-0131-8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01411506/file/A10.1186-2Fs13742-016-0131-8.pdf BibTex
titre
Transcriptome Changes in Hirschfeldia incana in Response to Lead Exposure
auteur
Florence Auguy, Mouna Fahr, Patricia Moulin, Mohamed El Mzibri, Abdelaziz Smouni, Abdelkarim Filali-Maltouf, Gilles Béna, Patrick Doumas
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 6, pp.1231. ⟨10.3389/fpls.2015.01231⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01354256/file/AuguyF.-et%20al%20-Front.Plant.Sci-2016_%7BC9C186C0-482E-466A-830F-4245B251FEB6%7D.pdf BibTex
titre
La diversité génétique des plantes cultivées à l'heure de l'informatique génétique à haut débit: génomique comparative de la domestication
auteur
Gautier Sarah, B. Nabholtz, Francois Sabot, Yan Holtz, Abdel Félix Homa, Stéphanie Pointet, Sandy Contreras, Laure Saune, Morgane Ardisson, Roberto Bacilieri, Bouchaib Khadari, Claire Lanaud, David Pot, Christopher Sauvage, Nora Scarcelli, James Tregear, Yves Vigouroux, Nabila Yahiaoui, Manuel Ruiz, Sylvain Santoni, Jean-Pierre Labouisse, Jean-Louis Pham
article
Sélectionneur Français, 2016, pp.3-13
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BibTex
titre
Symbiotic performance of diverse Frankia strains on salt-stressed Casuarina glauca and Casuarina equisetifolia plants
auteur
Mariama Ngom, Krystelle Gray, Nathalie Diagne, Rediet Oshone, Joël Fardoux, Hassen Gherbi, Valérie Hocher, Sergio Svistoonoff, Laurent Laplaze, Louis S. Tisa, Mame O. Sy, Antony Champion
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, 16 p. ⟨10.3389/fpls.2016.01331⟩
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BibTex
titre
Genome scan reveals selection acting on genes linked to stress response in wild pearl millet
auteur
Cecile Berthouly-Salazar, Anne Celine Thuillet, Benedicte Rhoné, Cédric Mariac, Issaka Salia Ousseini, Marie Couderc, Maud Tenaillon, Yves Vigouroux
article
Molecular Ecology, Wiley, 2016, 25 (21), pp.5500-5512. ⟨10.1111/mec.13859⟩
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BibTex
titre
Eucalyptus hairy roots, a fast, efficient and versatile tool to explore function and expression of genes involved in wood formation.
auteur
Anna Plasencia, Marçal Soler, Annabelle Dupas, Nathalie Ladouce, Guilherme Silva-Martins, Yves Martinez, Catherine Lapierre, Claudine Franche, Isabelle Truchet, Jacqueline Grima-Pettenati
article
Plant Biotechnology Journal, Wiley, 2016, ⟨10.1111/pbi.12502⟩
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BibTex
titre
miR2118-triggered phased siRNAs are differentially expressed during the panicle development of wild and domesticated African rice species
auteur
K. N. Ta, F. Sabot, H. Adam, Y. Vigouroux, Stéphane de Mita, A. Ghesquiere, N. V. Do, P. Gantet, S. Jouannic
article
Rice, Springer Open, 2016, 9, pp.1-14. ⟨10.1186/s12284-016-0082-9⟩
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BibTex
titre
Le riz, une plante modèle à croquer
auteur
Sebastien Cunnac, Pascal Gantet, Alain Ghesquière, Emmanuel Guiderdoni, Doan Luu
article
Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2016, 380, pp.30-34
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BibTex
titre
Characterization of pearl millet root architecture and anatomy reveals three types of lateral roots
auteur
Sixtine Passot, Fatoumata Gnacko, Daniel Moukouanga, Mikael Lucas, Soazig Guyomarc'H, Beatriz Moreno-Ortega, Jonathan A Atkinson, Marème N. Belko, Malcolm J Bennett, Pascal Gantet, Darren M Wells, Yann Guédon, Yves Vigouroux, Jean-Luc Verdeil, Bertrand Muller, Laurent Laplaze
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7 (829), pp.11. ⟨10.3389/fpls.2016.00829⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01398441/file/PassotElal2016.pdf BibTex
titre
Les rizières du Mékong et du fleuve Rouge menacées par le sel
auteur
Pascal Gantet, Doan Luu
article
Sciences au Sud, 2016, pp.8
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BibTex
titre
A multi-scale model of the interplay between cell signalling and hormone transport in specifying the root meristem of Arabidopsis thaliana
auteur
Daniele Muraro, Antoine Larrieu, M. Lucas, J Chopard, H Byrne, Christophe Godin, J King
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 404, pp.182 - 205. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.04.036⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412252/file/Muraro.pdf BibTex
titre
RAINBIO: a mega-database of tropical African vascular plants distributions
auteur
Gilles Dauby, Rainer Zaiss, Anne Blach-Overgaard, Luís Catarino, Theo Damen, Vincent Deblauwe, Steven Dessein, John Dransfield, Vincent Droissart, María Duarte, Henry Engledow, Geoffrey Fadeur, Rui Figueira, Roy Gereau, Olivier Hardy, David Harris, Janneke de Heij, Steven Janssens, Yannick Klomberg, Alexandra Ley, Barbara Mackinder, Pierre Meerts, Jeike van de Poel, Bonaventure Sonké, Marc Sosef, Tariq Stévart, Piet Stoffelen, Jens-Christian Svenning, Pierre Sepulchre, Xander van der Burgt, Jan Wieringa, Thomas Couvreur
article
PhytoKeys, Pensoft, 2016, 74, pp.1-18. ⟨10.3897/phytokeys.74.9723⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02096772/file/PK_article_9723_en_1.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Reusing the NCBO BioPortal technology for agronomy to build AgroPortal
auteur
Clement Jonquet, Anne Toulet, Elizabeth Arnaud, Sophie Aubin, Esther Dzalé-Yeumo, Vincent Emonet, John Graybeal, Mark Musen, Cyril Pommier, Pierre Larmande
article
ICBO: International Conference on Biomedical Ontologies, Aug 2016, Corvallis, OR, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01398251/file/Article_ICBO_2016_AgroPortal.pdf BibTex
titre
Exposing French agronomic resources as Linked Open Data
auteur
Aravind Venkatesan, Nordine El Hassouni, Florian Phillipe, Cyril Pommier, Hadi Quesneville, Manuel Ruiz, Pierre Larmande
article
IN-OLIVE, Jun 2016, Montpellier, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01411759/file/IN-OVIVE-2016_paper_6.pdf BibTex
titre
Development of a knowledge system for Big Data: Case study to plant phenotyping data
auteur
Luyen Le Ngoc, Anne Tireau, Aravind Venkatesan, Pascal Neveu, Pierre Larmande
article
WIMS: Web Intelligence, Mining and Semantics, Mines Ales, Jun 2016, Nimes, France. ⟨10.1145/2912845.2912869⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01411565/file/N27-PaperFinal.pdf BibTex

Poster

titre
AgroLD indexing tools with ontological annotations
auteur
Stella Zevio, Nordine El Hassouni, Manuel Ruiz, Pierre Larmande
article
SWAT4LS: Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, Dec 2016, Amsterdam, Netherlands. 11th Internationale Conference on Semantic Web Applications and Tools for Healthcare and Life Sciences, 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01411713/file/agrold-indexing-tools.pdf BibTex
titre
AgroPortal: an open repository of ontologies and vocabularies for agriculture and nutrition data
auteur
Clement Jonquet, Anne Toulet, Elizabeth Arnaud, Sophie Aubin, Esther Dzalé Yeumo, Vincent Emonet, Valeria Pesce, Pierre Larmande
article
Ben Schaap. GODAN Summit, Sep 2016, New York, NY, United States. GODAN Summit is an Open Data Research Symposium on Agriculture and Nutrition, 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01398252/file/Submission_Abstract_GODAN_Summit_AgroPortal.pdf BibTex
titre
Integration and Visualization of Epigenome and Mobilome Data in Crops
auteur
Dagmara Robakowska Hyzorek, Marie Mirouze, Pierre Larmande
article
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01411668/file/POSTER_JOBIM.pdf BibTex
titre
Construction d’un gold standard pour les données agronomiques
auteur
Imène Chentli, Pierre Larmande, Konstantin Todorov
article
IC: Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France. 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01411683/file/IC2016_poster_v3.pdf BibTex
titre
AgroPortal : A Proposition for Ontology-Based Services in the Agronomic Domain
auteur
Clement Jonquet, Esther Dzalé-Yeumo, Elizabeth Arnaud, Pierre Larmande, Anne Toulet, Marie-Angélique Laporte
article
PAG: Plant & Animal Genome, Jan 2016, San Diego, United States. International Plant & Animal Genome XXIV, 2016, Systems Biology and Ontologies, Poster session
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01397465/file/Poster_AgroPortal_PAG2016_light.pdf BibTex

Thèse

titre
Diversité des bases génétiques de la résistance au virus de la panachure jaune du riz (RYMV) dans l'espèce de riz africain Oryza glaberrima
auteur
Hélène Pidon
article
Amélioration des plantes. Université Montpellier, 2016. Français. ⟨NNT : 2016MONTT163⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01686769/file/2016_PIDON_archivage.pdf BibTex
titre
Exploring pearl millet root system and its outcome for drought tolerance
auteur
Sixtine Passot
article
Vegetal Biology. Université Montpellier, 2016. English. ⟨NNT : 2016MONTT160⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01424258/file/2016_PASSOT_archivage.pdf BibTex

2015

Article dans une revue

titre
IL-1β produced by aggressive breast cancer cells is one of the factors that dictate their interactions with mesenchymal stem cells through chemokine production
auteur
Pauline Escobar, Céline Bouclier, Julien Serret, Ivan Bièche, Madly Brigitte, Andrès Caicedo, Elodie Sanchez, Sophie Vacher, Marie-Luce Vignais, Philippe Bourin, David Geneviève, Franck Molina, Christian Jorgensen, Gwendal Lazennec
article
Oncotarget, Impact journals, 2015, 6 (30), pp.29034-47. ⟨10.18632/oncotarget.4732⟩
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BibTex
titre
Alnus peptides modify membrane porosity and induce the release of nitrogen-rich metabolites from nitrogen-fixing Frankia.
auteur
Lorena Carro, Petar Pujic, Nicole Alloisio, Pascale Fournier, Hasna Boubakri, Anne E Hay, Franck Poly, Philippe François, Valerie Hocher, Peter Mergaert, Severine Balmand, Marjolaine Rey, Abdelaziz Heddi, Philippe Normand
article
The ISME journal, International Society for Microbial Ecology 2015, 9 (8), pp.1723-33. ⟨10.1038/ismej.2014.257⟩
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titre
Mapping the genetic and tissular diversity of 64 phenolic compounds in Citrus species using a UPLC-MS approach
auteur
Marie Durand-Hulak, Audray Dugrand, Thibault Duval, Luc Bidel, Christian Jay-Allemand, Yann Froelicher, Frederic Bourgaud, Anne-Laure Fanciullino
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2015, 115 (5), pp.861-877. ⟨10.1093/aob/mcv012⟩
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BibTex
titre
Dynamics of flavonol accumulation in leaf tissues under different UV-B regimes in [i]Centella asiatica[/i] (Apiaceae)
auteur
Luc Bidel, Guillaume Chomicki, Fabien Bonini, Laurence Mondolot, Julien Soule, Marc Coumans, Philippe La Fisca, Yves Baissac, Valérie Petit, A. Loiseau, Zoran G. Cerovic, Kevin S. Gould, Christian Jay-Allemand
article
Planta, Springer Verlag, 2015, 242 (3), pp.545-559. ⟨10.1007/s00425-015-2291-7⟩
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BibTex
titre
Pervasive Local-Scale Tree-Soil Habitat Association in a Tropical Forest Community
auteur
Elodie Allie, Raphaël Pélissier, Julien Engel, Pascal Petronelli, Vincent Freycon, Vincent Deblauwe, Laure Soucémarianadin, Jean Weigel, Christopher Baraloto
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0141488⟩
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titre
Regulation of FATTY ACID ELONGATION1 expression in embryonic and vascular tissues of Brassica napus
auteur
Hélène Chiron, Jeroen Wilmer, Marie-Odile Lucas, Nathalie Nesi, Michel Delseny, Martine Devic, Thomas J. Roscoe
article
Plant Molecular Biology Reporter, Springer Verlag, 2015, 88 (1-2), pp.65-83. ⟨10.1007/s11103-015-0309-y⟩
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https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01174449/file/11103_2015_Article_309.pdf BibTex
titre
Seeing Central African forests through their largest trees
auteur
J. Bastin, N. Barbier, M. Réjou-Méchain, A. Fayolle, S. Gourlet-Fleury, D. Maniatis, T. de Haulleville, F. Baya, H. Beeckman, D. Beina, P. Couteron, G. Chuyong, G. Dauby, J. Doucet, V. Droissart, M. Dufrêne, C. Ewango, J. Gillet, C. Gonmadje, T. Hart, T. Kavali, D. Kenfack, Moses Libalah, Y. Malhi, J. Makana, R. Pélissier, Pierre Ploton, A. Serckx, B. Sonké, Tarik Stévart, D.W. Thomas, C. de Cannière, J. Bogaert
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5 (1), ⟨10.1038/srep13156⟩
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BibTex
titre
Terminal-repeat Retrotransposons with GAG domain (TR-GAG) in plant genomes: A new testimony on the complex world of transposable elements
auteur
Cristian Chaparro, T. Gayraud, R.F. de Souza, D.S. Domingues, S. Akaffou, A.L. Laforga Vanzela, A. de Kohcko, M. Rigoreau, D. Crouzillat, S. Hamon, P. Hamon, R. Guyot
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (2), pp.493-504. ⟨10.1093/gbe/evv001⟩
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BibTex
titre
Large distribution and high sequence identity of a Copia‑type retrotransposon in angiosperm families
auteur
Elaine Silva Dias, Clémence Hatt, Perla Hamon, Serge Hamon, M. Rigoreau, D. Crouzillat, C.M.A. Carareto, Alexandre De Kochko, Romain Guyot
article
Plant Molecular Biology, Springer Verlag (Germany), 2015, 89 (1-2), pp.83-97
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https://hal.ird.fr/ird-01225496/file/Dias%20et%20al%20PMB%202015.pdf BibTex
titre
Farmer seed networks make a limited contribution to agriculture? Four common misconceptions
auteur
Oliver Coomes, Shawn Mcguire, Eric Garine, Sophie Caillon, Doyle Mckey, Elise Demeulenaere, Devra Jarvis, Guntra Aistara, Adeline Barnaud, Pascal Clouvel, Laure Emperaire, Sélim Louafi, Pierre Martin, François Massol, Marco Pautasso, Chloé Violon, Jean Wencélius
article
Food Policy, Elsevier, 2015, 56, pp.41-50. ⟨10.1016/j.foodpol.2015.07.008⟩
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-01184093/file/1-s2.0-S030691921500086X-main.pdf BibTex
titre
The velamen protects photosynthetic orchid roots against UV-B damage, and a large dated phylogeny implies multiple gains and losses of this function during the Cenozoic
auteur
Guillaume Chomicki, Luc Bidel, Feng Ming, Mario Coiro, Xuan Zhang, Yaofeng Wang, Yves Baissac, Christian Jay-Allemand, Susanne S. Renner
article
New Phytologist, Wiley, 2015, 205 (3), pp.1330 - 1341. ⟨10.1111/nph.13106⟩
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titre
Cryopreservation of [i]Prunus spp.[/i] using aluminium cryo-plates
auteur
Tatjana Vujović, Philippe Chatelet, Đurđina Ružić, Florent Engelmann
article
Scientia Horticulturae, Elsevier, 2015, 195, pp.173-182. ⟨10.1016/j.scienta.2015.09.016⟩
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titre
Identification of CROWN ROOTLESS1-regulated genes in rice reveals specific and conserved elements of postembryonic root formation
auteur
Y Coudert, Thi van Anh Le, H Adam, M Bes, Florence Vignols, Stéphane Jouannic, Emmanuel Guiderdoni, Pascal Gantet
article
New Phytologist, Wiley, 2015, 206, pp.243-254
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titre
In situ observations of the basal angiosperm Amborella trichopoda reveal a long fruiting cycle overlapping two annual flowering periods
auteur
Fanny Fourcade, Robin Pouteau, Philippe Marmey, Tanguy Jaffré
article
Journal of Plant Research, Springer Verlag, 2015, 128 (5), pp.821-828. ⟨10.1007/s10265-015-0744-5⟩
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titre
Genetic structure of the date palm (Phoenix dactylifera) in the Old World reveals a strong differentiation between eastern and western populations
auteur
Salwa Zehdi-Azouzi, Emira Cherif, Souhila Moussouni, Muriel Gros-Balthazard, Summar Abbas Naqvi, Bertha Ludena, Karina Castillo, Nathalie Chabrillange, Nadia Bouguedoura, Malika Bennaceur, Farida Si-Dehbi, Sabira Abdoulkader, Abdourahman Daher, Jean-Frederic Terral, Sylvain Santoni, Marco Ballardini, Antonio Mercuri, Mohamed Ben Salah, Karim Kadri, Ahmed Othmani, Claudio Littardi, Amel Salhi-Hannachi, Jean-Christophe Pintaud, Frederique Aberlenc-Bertossi
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2015, 116 (1), pp.101-12. ⟨10.1093/aob/mcv068⟩
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Communication dans un congrès

titre
Ontology-based services and knowledge management in the Agronomic Domain
auteur
Pierre Larmande
article
RDA: Research Data Alliance, Sep 2015, Paris, France
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titre
Towards efficient data integration and knowledge management in the Agronomic domain
auteur
Aravind Venkatesan, Nordine El Hassouni, Florian Phillipe, Cyril Pommier, Hadi Quesneville, Manuel Ruiz, Pierre Larmande
article
APIA: Applications Pratiques de l'Intelligence Artificielle, Jul 2015, Rennes, France. pp.117-124
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176903/file/Venkatesan_et_al_APIA2015_revised_submission_final.pdf BibTex
titre
AgroPortal : a proposition for ontology-based services in the agronomic domain
auteur
Clement Jonquet, Esther Dzalé-Yeumo, Elizabeth Arnaud, Pierre Larmande
article
IN-OVIVE, Jun 2015, Rennes, France
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01172232/file/Article_InOvive2015_AgroPortal.pdf BibTex
titre
Exposing French agronomic resources as Linked Open Data
auteur
Aravind Venkatesan, Nordine El Hassouni, Florian Philippe, Cyril Pommier, Hadi Quesneville, Manuel Ruiz, Pierre Larmande
article
SWAT4LS: Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, Dec 2015, Cambridge, United Kingdom
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Chapitre d'ouvrage

titre
Patrones genéticos y ecologicos de las palmas : la influencia humana
auteur
Jean Christophe Pintaud, Rommel Montúfar, Fabien Anthelme, María José
article
Cosecha de palmas en el noroeste de Suramerica : bases cientificas para du manejo y conservacion, ⟨Pontificia Universidad Catolica del Ecuador⟩, 2015, 978-9978-77-230-0
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titre
A network-based method to detect patterns of local crop biodiversity: Validation at the species and infra-species levels
auteur
Mathieu Thomas, Nicolas Verzelen, Pierre Barbillon, Oliver Coomes, Sophie Caillon, Doyle Mckey, Marianne Elias, Eric Garine, Christine Raimond, Edmond Dounias, Devra Jarvis, Jean Wencélius, Christian Leclerc, V Labeyrie, Pham Hung Cuong, Nguyen Thi Ngoc Hue, Bhuwon Sthapit, Ram Bahadur Rana, Adeline Barnaud, Chloé Violon, Luis Manuel Arias Reyes, Luis Latournerie Moreno, Paola de Santis, François Massol
article
Ecosystem Services From Biodiversity to Society, Part 1, 53, Elsevier, p.259-320, 2015, Advances in Ecological Research, ⟨10.1016/bs.aecr.2015.10.002⟩
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Autre publication

titre
L'ingénierie écologique pour une agriculture durable dans les zones arides et semi-arides d'Afrique de l'Ouest
auteur
Amadou Bâ, Adeline Barnaud, Bernard Barthès, Ronald Bellefontaine, Cecile Berthouly, Marc Bied-Charreton, Mélanie Blanchard, Thierry Brevault, Jean Luc Chotte, Pascal Clouvel, Laurent Cournac, Géraldine Derroire, Diégane Diouf, Diop Anta, Rego Do, Jean-Jacques Drevon, Sergio Miana de Faria, Jean-Michel Harmand, Edmond Hien, Aboubacri Kane, Lydie Chapuis-Lardy, Raphaël J. Manlay, Florent Maraux, Dominique Masse, Krishna Naudin, Rabah Lahmar, M. Requier-Desjardins, Eric Scopel, Josiane Seghieri, Georges Serpantié, Fagaye Sissoko, Valérie Soti, Cheikh Thiaw, Eric Vali, Jonathan Vayssières, Yves Vigouroux, Tatiana Krasova Wade
article
2015, pp.62
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Poster

titre
Data integration in the agronomic domain : national and international data discovery system
auteur
Florian Philippe, Aravind Venkatesan, Nordine El Hassouni, Cyril Pommier, Manuel Ruiz, Pierre Larmande, Delphine Steinbach, Hadi Quesneville, Erik Krimmel, Raphaël-Gauthier Flores
article
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015
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titre
Development of a generic indexing tool to optimize the use of biological data
auteur
Luyen Le Ngoc, Stéphane Jouannic, Pascal Gantet, Pierre Larmande
article
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015
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Thèse

titre
Identification and analysis of the molecular components involved in the oil palm (Elaeis guineensis) fruit abscission processhuile (Elaeis guineensis)
auteur
Kim Fooyontphanich
article
Vegetal Biology. Université Montpellier, 2015. English. ⟨NNT : 2015MONTS197⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02080456/file/53797_FOOYONTPHANICH_2015_archivage_cor.pdf BibTex
titre
Utilisation de la cryoconservation pour la conservation et la production de cultures in vitro de palmier dattier (Phoenix dactylifera L.) : Impact d'un protocole de cryoconservation sur la physiologie des cals embryogènes de palmier dattier
auteur
Mohammad Salma
article
Autre [q-bio.OT]. Université Montpellier, 2015. Français. ⟨NNT : 2015MONTS179⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02044497/file/53876_SALMA_2015_archivage_cor.pdf BibTex
titre
Polyploïdie et adaptation des plantes : caractérisation et variation de l'expression des gènes homoélogues chez le caféier Coffea arabica
auteur
Marie-Christine Combes Gavalda
article
Biologie végétale. Université Montpellier, 2015. Français. ⟨NNT : 2015MONTS115⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01871268/file/53755_COMBES_GAVALDA_2015_archivage_cor.pdf BibTex
titre
La cryoconservation : un outil performant pour la sauvegarde des coraux en danger : son application à Pocillopora damicornis
auteur
Lionel Feuillassier
article
Biologie végétale. Université Montpellier, 2015. Français. ⟨NNT : 2015MONTS177⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02009251/file/61862_FEUILLASSIER_2015_archivage_cor.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

titre
Transcriptome population genomics reveals severe bottleneck and domestication cost in the African rice ( Oryza glaberrima )
auteur
Benoit Nabholz, Gautier Sarah, François Sabot, Manuel Ruiz, Hélène Adam, Sabine Nidelet, Alain Ghesquière, Sylvain Santoni, Jacques David, Sylvain Glémin
article
Molecular Ecology, Wiley, 2014, 23 (9), pp.2210 - 2227. ⟨10.1111/mec.12738⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01919691/file/Nabholz_2014_O_Glaberrima_1.pdf BibTex
titre
Widespread and frequent horizontal transfers of transposable elements in plants.
auteur
Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Richard Cooke, Dongying Gao, Eric Lasserre, Christel Llauro, Marie Mirouze, Nathalie Picault, Scott A Jackson, Olivier Panaud
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014, 24 (5), pp.831-8
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BibTex
titre
Genes controlling root development in rice
auteur
Chung D Mai, Nhung Tp Phuong, Thi Mai Huong To, Mathieu Gonin, Giang T Hoang, Khanh L Nguyen, Vinh N Do, Brigitte Courtois, Pascal Gantet
article
Rice, Springer Open, 2014, 7 (30)
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BibTex
titre
The roots of future rice harvests
auteur
Nourollah Ahmadi, Alain Audebert, Malcolm J Bennett, Anthony Bishopp, Antonio de Oliveira, Brigitte Courtois, Abdala Diedhiou, Anne Diévart, Pascal Gantet, Alain Ghesquière, Emmanuel Guiderdoni, Amelia Henry, Yoshiaki Inukai, Leon Kochian, Laurent Laplaze, Mikael Lucas, Doan Luu, Baboucarr Manneh, Xiaorong Mo, Raveendran Muthurajan, Christophe Périn, Adam Price, Sabariappan Robin, Hervé Sentenac, Bassirou Sine, Yusaku Uga, Anne Véry, Matthias Wissuwa, Ping Wu, Jian Xu
article
Rice, Springer Open, 2014, 7 (1), pp.29. ⟨10.1186/s12284-014-0029-y⟩
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BibTex
titre
In silico mining of microsatellites in coding sequences of the date palm (arecaceae) genome, characterization and transferability
auteur
Frédérique Aberlenc-Bertossi, Karina Castillo, Christine Tranchant-Dubreuil, Emira Cherif, Marco Ballardini, Sabira Abdoulkder, Muriel Gros-Balthazard, Nathalie Chabrillange, Sylvain Santoni, Antonio Mercuri, Jean Christophe Pintaud
article
Applications in Plant Sciences, Wiley, 2014, 2 (1), ⟨10.3732/apps.1300058⟩
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BibTex
titre
Quel pourrait être le territoire des semences des sorghos que cultivent les Duupa du Massif de Poli (Nord du Cameroun) ?
auteur
Eric Garine, Adeline Barnaud, Christine Raimond
article
Cahiers d’Outre-Mer. Revue de géographie de Bordeaux, Presses universitaires de Bordeaux, 2014, p. 67-92. ⟨10.4000/com.7075⟩
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BibTex
titre
Impact of recurrent gene duplication on adaptation of plant genomes
auteur
Iris Fischer, Jacques Dainat, Vincent Ranwez, Sylvain Glémin, Jean-François Dufayard, Nathalie Chantret
article
BMC Plant Biology, BioMed Central, 2014, 14, pp.151
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01129945/file/Publis014-agap-018_Fischer_BMC%20Plant%20Biol_Impact%20recurrent%20gene%20plant%20genomes_%7BDAFF2BC7-52C8-490F-8CB9-91150433754B%7D.pdf BibTex
titre
Characterizing the phylogenetic tree community structure of a protected tropical rain forest area in Cameroon
auteur
Stéphanie Manel, Thomas Couvreur, François Munoz, Pierre Couteron, Olivier Hardy, Bonaventure Sonke
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9, pp.e98920
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02069397/file/Manel_etal_Plos_One_2014_9_6.pdf BibTex
titre
Palm snorkelling: leaf bases as aeration structures in the mangrove palm (Nypa fruticans)
auteur
G. Chomicki, Luc Bidel, William. J. Baker, Christian Jay-Allemand
article
Botanical Journal of the Linnean Society, Linnean Society of London, 2014, 174 (2), pp.257-270. ⟨10.1111/boj.12133⟩
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BibTex
titre
Effect of shooting medium and source of material on grapevine (Vitis Vinifera L.) shoot tip recovery after cryopreservation
auteur
Zvjezdana Markovic, Philippe Chatelet, Darko Preiner, Isabelle Sylvestre, Jasminka Karoglan Kontić, Florent Engelmann
article
Cryo Letters, Cryo Letters, 2014, 35 (1), pp.40-47
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BibTex
titre
Exodermis structure controls fungal invasion in the leafless epiphytic orchid Dendrophylax lindenii (Lindl.) Benth. ex Rolfe
auteur
Guillaume Chomicki, Luc Bidel, Christian Jay-Allemand
article
Flora, Elsevier, 2014, 209 (2), pp.88 - 94. ⟨10.1016/j.flora.2014.01.001⟩
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BibTex
titre
Role of auxin during intercellular infection of Discaria trinervis by Frankia
auteur
Leandro Imanishi, Francine Manuelle Perrine-Walker, Adama Ndour, Alice Vayssieres, Geneviève Conejero, Mikael Lucas, Antony Champion, Laurent Laplaze, Luis Wall, Sergio Svistoonoff
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2014, 5, pp.399. ⟨10.3389/fpls.2014.00399⟩
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titre
Morphological and histological impacts of the laurina mutation on fructification and seed characteristics in Coffea arabica L
auteur
Sophie Adler, Jean-Luc Verdeil, Marc Lartaud, Isabelle Fock-Bastide, Thierry Joët, Geneviève Conéjéro, Michel Noirot
article
Trees - Structure and Function, Springer Verlag, 2014, 28 (2), pp.585-595. ⟨10.1007/s00468-013-0974-x⟩
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titre
Regulation of galactomannan biosynthesis in coffee seeds
auteur
Thierry Joët, Andréina Laffargue, Jordi Salmona, Sylvie Doulbeau, Frédéric Descroix, Benoît Bertrand, Philippe Lashermes, Stéphane Dussert
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 65, pp.323--337. ⟨10.1093/jxb/ert380⟩
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Poster

titre
Facilitating efficient knowledge management and discovery in the Agronomic Sciences
auteur
Aravind Venkatesan, Pierre Larmande, Clement Jonquet, Manuel Ruiz, Patrick Valduriez
article
RDA: Research Data Alliance, Sep 2014, Amsterdam, Netherlands. 4th Plenary Meeting of the Research Data Alliance, 2014
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titre
Semantic Annotation Workflow using Bio-Ontologies
auteur
Emmanuel Castanier, Clement Jonquet, Soumia Melzi, Pierre Larmande, Manuel Ruiz, Patrick Valduriez
article
Workshop on Crop Ontology and Phenotyping Data Interoperability, Mar 2014, Montpellier, France. 2014
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01052546/file/Poster_CO-PDI_IBC_final.pdf BibTex

Thèse

titre
Functional diversity of genes involved in rice panicle architecture
auteur
Kim Nhung Ta
article
Vegetal Biology. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2014. English. ⟨NNT : 2014MON20162⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01759132/file/45224_TA_2014_archivage_cor.pdf BibTex

2013

Article dans une revue

titre
Lateral root morphogenesis is dependent on the mechanical properties of the overlaying tissues
auteur
Mikaël Lucas, Kim Kenobi, Daniel von Wangenheim, Ute Voß, Kamal Swarup, Ive de Smet, Daniël van Damme, Tara Lawrence, Benjamin Péret, Eric Moscardi, Daniel Barbeau, Christophe Godin, David Salt, Soazig Guyomarc'H, Ernst H K Stelzer, Alexis Maizel, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (13), pp.5229-5234. ⟨10.1073/pnas.1210807110⟩
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titre
Male-specific DNA markers provide genetic evidence of an XY chromosome system, a recombination arrest and allow the tracing of paternal lineages in date palm
auteur
Emira Cherif, Karina Castillo, Nathalie Chabrillange, Sabira Abdoulkader Bourhan, Jean-Christophe Pintaud, Sylvain Santoni, Amel Salhi-Hannachi, Sylvain Glémin, Frédérique Aberlenc-Bertossi
article
New Phytologist, Wiley, 2013, 197 (2), pp.409-415. ⟨10.1111/nph.12069 JAN 2013 ⟩
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titre
The Amborella Genome and the Evolution of Flowering Plants
auteur
Victor A. Albert, W. Bradley Barbazuk, Claude W. Depamphilis, Joshua P. Der, James Leebens-Mack, Hong Ma, Jeffrey D. Palmer, Steve Rounsley, David Sankoff, Stephan C. Schuster, Douglas E. Soltis, Pamela S. Soltis, Susan R. Wessler, Rod A. Wing, Jetty S. S. Ammiraju, Srikar Chamala, Andre S. Chanderbali, Ronald Determann, Paula Ralph, Jason Talag, Lynn Tomsho, Brandon Walts, Stefan Wanke, Tien-Hao Chang, Tianying Lan, Siwaret Arikit, Michael J. Axtell, Saravanaraj Ayyampalayam, James M. Burnette, Emanuele de Paoli, James C. Estill, Nina P. Farrell, Alex Harkess, Yuannian Jiao, Kun Liu, Wenbin Mei, Blake C. Meyers, Saima Shahid, Eric Wafula, Jixian Zhai, Xiaoyu Zhang, Lorenzo Carretero-Paulet, Eric Lyons, Haibao Tang, Chunfang Zheng, Naomi S. Altman, Feng Chen, Jian-Qun Chen, Vincent Chiang, Bruno Fogliani, Chunce Guo, Jesper Harholt, Claudette Job, Dominique Job, Sangtae Kim, Hongzhi Kong, Guanglin Li, Lin Li, Jie Liu, Jongsun Park, Xinshuai Qi, Loïc Rajjou, Valerie Burtet-Sarramegna, Ron Sederoff, Ying-Hsuan Sun, Peter Ulvskov, Matthieu Villegente, Jia-Yu Xue, Ting-Feng Yeh, Xianxian Yu, Juan J. Acosta, Riva A. Bruenn, Alexandre de Kochko, Luis R. Herrera-Estrella, Enrique Ibarra-Laclette, Matias Kirst, Solon P. Pissis, Valerie Poncet
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2013, 342 (6165), pp.1-10. ⟨10.1126/science.1241089⟩
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titre
Silencing of the chalcone synthase gene in Casuarina glauca highlights the important role of flavonoids during nodulation
auteur
Khalid Abdel-Lateif, Virginie Vaissayre, Hassen Gherbi, Clotilde Verries, Emmanuelle Meudec, Francine Perrine-Walker, Veronique Cheynier, Sergio Svistoonoff, Claudine Franche, Didier Bogusz, Valerie Hocher
article
New Phytologist, Wiley, 2013, 199 (4), pp.1012 - 1021. ⟨10.1111/nph.12326⟩
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titre
Effect of proline pretreatment on grapevine shoot-tip response to a droplet-vitrification protocol
auteur
Zvjezdana Markovic, Philippe Chatelet, André Peyriere, Darko Preiner, Isabelle Engelmann-Sylvestre, Jasminka Karoglan-Kontić, Florent Engelmann
article
American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2013, 4, pp.2414-2417. ⟨10.4236/ajps.2013.412299⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01005057/file/Publis013-agap-077_Markovic_Am.J.Plant_Sci_Effect_proline_pretreatment_vitrification_protocol.pdf BibTex
titre
Clever generation of rich SPARQL queries from annotated relational schema: application to Semantic Web Service creation for biological databases
auteur
Julien Wollbrett, Pierre Larmande, Frederic de Lamotte Guéry, Manuel Ruiz
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14, ⟨10.1186/1471-2105-14-126⟩
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titre
Detecting selection along environmental gradients: analysis of eight methods and their effectiveness for outbreeding and selfing populations
auteur
Stéphane de Mita, Anne-Céline Thuillet, Laurène Gay, Nourollah Ahmadi, Stéphanie Manel, Joelle Ronfort, Yves Vigouroux
article
Molecular Ecology, Wiley, 2013, 22 (5), pp.1383-1399 ⟨10.1111/mec.12182⟩
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titre
Cryopreservation of grapevine (Vitis vinifera L.) in vitro shoot tips
auteur
Zvjezdana Markovic, Philippe Chatelet, Isabelle Sylvestre, Jasminka Karoglan Kontic, Florent Engelmann
article
Central European Journal of Biology, Springer Verlag, 2013, 8 (10), pp.993-1000. ⟨10.2478/s11535-013-0223-8⟩
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titre
Agrobiodiversity performance in contrasting island environments: The case of shifting cultivation in Vanuatu, Pacific
auteur
Julien Blanco, Laurence Pascal, Laurence Ramon, Henri Vandenbroucke, Stéphanie Carrière
article
Agriculture, Ecosystems and Environment, Elsevier Masson, 2013, 174, pp.28 - 39. ⟨10.1016/j.agee.2013.04.015⟩
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Communication dans un congrès

titre
Biocultural diversity hypothesis : is it useful to understand the evolution of agrobiodiversity ? Snapshots from the Lake Chad Basin
auteur
Eric Garine, A Luxereau, Thierry Robert, Jean Wencélius, Christine Raimond, Adeline Barnaud
article
17th World Congress IUAES, « Evolving Humanity, Emerging Worlds», IUAES, Aug 2013, Manchester, United Kingdom
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titre
Major causes of somatic polymorphism in clonal grape cultivars
auteur
Gregory Carrier, Alexis Dereeper, Delphine Legrand, Sabine Sabot, Vincent Maillol, Gautier Sarah, Maud Pajeile, Manuel Ruiz, Charles Romieu, Olivier Bouchez, Sylvain Santoni, Laurent Audeguin, Jean-Michel Boursiquot
article
International Plant & Animal Genome XXI, Jan 2013, San Diego, CA, United States
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titre
Biogeography of the date palm (Phoenix dactylifera L., Arecaceae): insights on the origin and on the structure of modern diversity
auteur
J. C. Pintaud, B. Ludena, F. Aberlenc-Bertossi, S. Zehdi, Muriel Gros-Balthazard, Sarah Ivorra, J. F. Terral, C. Newton, M. Tengberg, S. Abdoulkader, A. Daher, M. Nabil, I. S. Hernandez, M. A. Gonzalez-Perez, P. Sosa, Sylvain Santoni, S. Moussouni, F. Si-Dehbi, N. Bouguedoura
article
1. International Symposium on Date Palm, Nov 2011, Alger, Algeria. 412 p
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Chapitre d'ouvrage

titre
De qui les variétés traditionnelles de plantes cultivées pourraient-elles être le patrimoine ? Réflexions depuis le Bassin du Lac Tchad
auteur
Eric Garine, Anne Luxereau, Jean Wencélius, Chloé Violon, Thierry Robert, Adeline Barnaud, Sophie Caillon, Christine Raimond
article
Effervescence patrimoniale au Sud. Enjeux, questions, limites., Paris, IRD Editions, Latitudes 23, p. 379-409 ., 2013
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Proceedings of the 1st International Workshop on Semantics for Biodiversity
auteur
Pierre Larmande, Elizabeth Arnaud, Isabelle Mougenot, Clement Jonquet, Thérèse Libourel Rouge, Manuel Ruiz
article
Pierre Larmande; Elizabeth Arnaud; Isabelle Mougenot; Clement Jonquet; Thérèse Libourel; Manuel Ruiz. May 2013, France. Ceur-979, pp.001-131, 2013
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00831757/file/Proceedings_S4BioDiv-2013.pdf BibTex

2012

Article dans une revue

titre
AUX/LAX genes encode a family of auxin influx transporters that perform distinct functions during Arabidopsis development.
auteur
Benjamin Péret, Kamal Swarup, Alison Ferguson, Malvika Seth, Yaodong Yang, Stijn Dhondt, Nicholas James, Ilda Casimiro, Paula Perry, Adnan Syed, Haibing Yang, Jesica Reemmer, Edward Venison, Caroline Howells, Miguel A Perez-Amador, Jeonga Yun, Jose Alonso, Gerrit T S Beemster, Laurent Laplaze, Angus Murphy, Malcolm J Bennett, Erik Nielsen, Ranjan Swarup
article
Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2012, 24 (7), pp.2874-85. ⟨10.1105/tpc.112.097766⟩
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titre
In-depth molecular and phenotypic characterization in a rice insertion line library facilitates gene identification through reverse and forward genetics approaches.
auteur
Mathias Lorieux, Mélisande Blein, Jaime Lozano, Mathieu Bouniol, Gaétan Droc, Anne Diévart, Christophe Périn, Delphine Mieulet, Nadège Lanau, Martine Bès, Claire Rouvière, Céline Gay, Pietro Piffanelli, Pierre Larmande, Corinne Michel, Isabelle Barnola, Corinne Biderre-Petit, Christophe Sallaud, Pascual Perez, Fabienne Bourgis, Alain Ghesquière, Pascal Gantet, Joe Tohme, Jean Benoit Morel, Emmanuel Guiderdoni
article
Plant Biotechnology Journal, Wiley, 2012, 10 (5), pp.555-68. ⟨10.1111/j.1467-7652.2012.00689.x⟩
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titre
Paleogenetic Analyses Reveal Unsuspected Phylogenetic Affinities between Mice and the Extinct Malpaisomys insularis, an Endemic Rodent of the Canaries
auteur
Marie Pages, P Chevret, Muriel Gros-Balthazard, Sandrine Hughes, Josep Antoni Alcover, Rainer Hutterer, Juan Carlos Rando, Jacques Michaux, Catherine Hänni
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (2), pp.e31123. ⟨10.1371/journal.pone.0031123⟩
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titre
Historical Contingencies Modulate the Adaptability of Rice Yellow Mottle Virus
auteur
Nils Poulicard, Agnès Pinel-Galzi, Oumar Traoré, Florence Vignols, Alain Ghesquière, Gnissa Konaté, Eugénie Hébrard, Denis Fargette
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2012, 8 (1), ⟨10.1371/journal.ppat.1002482⟩
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titre
Analyzing lateral root development: how to move forward.
auteur
Ive de Smet, Philip J White, a Glyn Bengough, Lionel Dupuy, Boris Parizot, Ilda Casimiro, Renze Heidstra, Marta Laskowski, Marc Lepetit, Frank Hochholdinger, Xavier Draye, Hanma Zhang, Martin R Broadley, Benjamin Péret, John P Hammond, Hidehiro Fukaki, Sacha Mooney, Jonathan P Lynch, Philippe Nacry, Ulrich Schurr, Laurent Laplaze, Philip Benfey, Tom Beeckman, Malcolm Bennett
article
Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2012, 24 (1), pp.15-20. ⟨10.1105/tpc.111.094292⟩
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titre
SSR markers in transcripts of genes linked to post-transcriptional and transcriptional regulatory functions during vegetative and reproductive development of Elaeis guineensis
auteur
Timothy Tranbarger, W. Kluabmongkol, D. Sangsrakru, F. Morcillo, James Tregear, S. Tragoonrung, N. Billotte
article
BMC Plant Biology, BioMed Central, 2012, 12, pp.1. ⟨10.1186/1471-2229-12-1⟩
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https://hal.ird.fr/ird-00785446/file/2012_Tranbarger_BMC_PB_oil_palm_SSRs_.pdf BibTex
titre
Temporal and spatial expression of polygalacturonase gene family members reveals divergent regulation during fleshy fruit ripening and abscission in the monocot species oil palm
auteur
P. Roongsattham, F. Morcillo, C. Jantasuriyarat, Maxime Pizot, S. Moussu, D. Jayaweera, Myriam Collin, Z. H. Gonzalez-Carranza, P. Amblard, James Tregear, S. Tragoonrung, J. L. Verdeil, Timothy Tranbarger
article
BMC Plant Biology, BioMed Central, 2012, 12, pp.150. ⟨10.1186/1471-2229-12-150⟩
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https://hal.ird.fr/ird-00785477/file/2012_Roongsattham_BMC_PB_EgGP4_.pdf BibTex
titre
EggLib: processing, analysis and simulation tools for population genetics and genomics
auteur
Stéphane de Mita, Mathieu Siol
article
BMC Genetics, BioMed Central, 2012, 13, ⟨10.1186/1471-2156-13-27⟩
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titre
Transposable elements are a major cause of somatic polymorphism in Vitis vinifera L.
auteur
Gregory Carrier, Loic Le Cunff, Alexis Dereeper, Delphine Legrand, François Sabot, Olivier Bouchez, Laurent Audeguin, Jean-Michel Boursiquot, Patrice This
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7, online (3), Non paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0032973⟩
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titre
Climatic factors directly impact the volatile organic compound fingerprint in green Arabica coffee bean as well as coffee beverage quality
auteur
Benoit Bertrand, Renaud Boulanger, Stéphane Dussert, Fabienne Ribeyre, Laurent Berthiot, Frédéric Descroix, Thierry Joët
article
Food Chemistry, Elsevier, 2012, 135, pp.2575--2583. ⟨10.1016/j.foodchem.2012.06.060⟩
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titre
A survey of mangiferin and hydroxycinnamic acid ester accumulation in coffee (Coffea) leaves: biological implications and uses
auteur
Claudine Campa-Rocheteau, Laurence Mondolot, Arsene Rakotondravao, Luc Bidel, Annick Gargadennec, Emmanuel Couturon, Philippe La Fisca, Jean Jacques Rakotomalala, Christian Jay-Allemand, Aaron Davis
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2012, 110 (3), pp.595-613 ⟨10.1093/aob/mcs119⟩
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Communication dans un congrès

titre
Climatic factors directly impact the biochemical composition and the volatile organic compounds fingerprint in green Arabica coffee bean as well coffee beverage quality
auteur
Benoit Bertrand, Renaud Boulanger, Stéphane Dussert, Andréina Laffargue, Fabienne Ribeyre, Laurent Berthiot, Frédéric Descroix, Thierry Joët
article
International Conference on Coffee Science, Nov 2012, San José, Costa Rica. pp.628--635
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BibTex
titre
Interspecific Variability of Biomass Production of Young Coffea: No Influence of Branch Pruning. Experimental Evidence and Theoretical Analysis
auteur
Veronique Letort, Sylvie Sabatier, Sélastique Akaffou, Serge Hamon, Perla Hamon, P. de Reffye
article
2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. pp.224-227, ⟨10.1109/pma.2012.6524838 ⟩
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00781194/file/Coffea.pdf BibTex
titre
Sorghum, social links dans genetic diversity in Northern Cameroon
auteur
Adeline Barnaud, Hélène Joly, M. Deu, Doyle Mckey, Christine Raimond, Eric Garine
article
13thCongress of the International Society of Ethnobiology, May 2012, Montpellier, France
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2011

Article dans une revue

titre
Isolation of C-glycosyl xanthones from Coffea pseudozanguebariae and their location.
auteur
Pascale Talamond, Geneviève Conejero, Jean-Luc Verdeil, Jean-Luc Poëssel
article
Nat Prod Commun, 2011, 6 (12), pp.1885-8
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titre
Maternal epigenetic pathways control parental contributions to Arabidopsis early embryogenesis.
auteur
Daphné Autran, Célia Baroux, Michael T Raissig, Thomas Lenormand, Michael Wittig, Stefan Grob, Andrea Steimer, Matthias Barann, Ulrich C Klostermeier, Olivier Leblanc, Jean-Philippe Vielle-Calzada, Phillip Rosenstiel, Daniel Grimanelli, Ueli Grossniklaus
article
Cell, Elsevier, 2011, 145 (5), pp.707-19. ⟨10.1016/j.cell.2011.04.014⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00623751/file/2011_Autran_et_al_Cell.pdf BibTex
titre
A Plant-Specific Transcription Factor IIB-Related Protein, pBRP2, Is Involved in Endosperm Growth Control
auteur
Emilie Cavel, Marion Pillot, Dominique Pontier, Sylvie Lahmy, Natacha Bies-Etheve, Danielle Vega, Daniel Grimanelli, Thierry Lagrange
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (2), pp.e17216. ⟨10.1371/journal.pone.0017216⟩
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BibTex
titre
Regulatory mechanisms underlying oil palm fruit mesocarp maturation, ripening, and functional specialization in lipid and carotenoid metabolism
auteur
Timothy Tranbarger, Stéphane Dussert, Thierry Joët, X. Argout, M. Summo, Antony Champion, D. Cros, A. Omore, B. Nouy, Fabienne Morcillo
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2011, 156 (2), pp.564-584. ⟨10.1104/pp.111.175141⟩
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https://hal.ird.fr/ird-00785421/file/2011_Tranbarger_Plant_Phys.pdf BibTex
titre
Trancript profiling of crown root less 1 stem base reveals new elements associated with crown root development in rice
auteur
Y Coudert, M Bes, Thi van Anh Le, M Pre, E. Guiderdoni, Pascal Gantet
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12 (e387)
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BibTex
titre
Divergent Expression Patterns of miR164 and CUP-SHAPED COTYLEDON Genes in Palms and Other Monocots: Implication for the Evolution of Meristem Function in Angiosperms
auteur
Hélène Adam, Melaine Marguerettaz, Qadri Rashad, Bernard Adroher, Frédérique Richaud, Myriam Collin, Anne-Céline Thuillet, Yves Vigouroux, Patrick Laufs, James Tregear, Stefan Jouannic
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, 28 (4), pp.1439-1454. ⟨10.1093/molbev/msq328⟩
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2010

Article dans une revue

titre
Caracterización de la resiliencia ecológica de poblaciones de palmeras
auteur
Fabien Anthelme, Rommel Montúfar-Galárraga, Jean-Christophe Pintaud
article
Ecologia en Bolivia, Revista del Instituto de Ecología, 2010, 45 (3), pp.23-29
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01625103/file/AnthelmeFinal45%283%29-1.pdf BibTex
titre
Inactivation of a DNA methylation pathway in maize reproductive organs results in apomixis-like phenotypes.
auteur
Marcelina Garcia-Aguilar, Caroline Michaud, Olivier Leblanc, Daniel Grimanelli
article
Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2010, 22 (10), pp.3249-67. ⟨10.1105/tpc.109.072181⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00730367/file/2010_Garcia_Aguilar_et_al_Plant_Cell.pdf BibTex
titre
Embryo and endosperm inherit distinct chromatin and transcriptional states from the female gametes in Arabidopsis.
auteur
Marion Pillot, Célia Baroux, Mario Arteaga Vazquez, Daphné Autran, Olivier Leblanc, Jean Philippe Vielle-Calzada, Ueli Grossniklaus, Daniel Grimanelli
article
Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2010, 22 (2), pp.307-20. ⟨10.1105/tpc.109.071647⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00730369/file/2010_Pillot_et_al_Plant_Cell.pdf BibTex
titre
Use of the growing environment as a source of variation to identify the quantitative trait transcripts and modules of co-expressed genes that determine chlorogenic acid accumulation
auteur
Thierry Joët, Jordi Salmona, Andréina Laffargue, Frédéric Descroix, Stéphane Dussert
article
Plant, Cell and Environment, Wiley, 2010, 33, pp.1220--1233. ⟨10.1111/j.1365-3040.2010.02141.x⟩
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BibTex
titre
Improved management of Malagasy Eucalyptus grandis seed orhards using microsatellites paternity assignment
auteur
G. Chaix, P. Vigneron, V. Razafimaharo, S. Hamon
article
Journal of Tropical Forest Science, 2010, 22 (3), pp.271-280
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BibTex
titre
Parasite-mediated protection against osmotic stress for Paramecium caudatum infected by Holospora undulata is host genotype specific
auteur
Alison Duncan, Simon Fellous, Robin Accot, Kevin Chantung Sobandi, Marie Alart, Ariane Cosiaux, Oliver Kaltz
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2010, 74 (2), pp.353-360. ⟨10.1111/j.1574-6941.2010.00952.x⟩
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BibTex
titre
Influence of environmental factors, wet processing and their interactions on the biochemical composition of green Arabica coffee beans
auteur
Thierry Joët, Andréina Laffargue, Frédéric Descroix, Sylvie Doulbeau, Benoit Bertrand, Alexandre de Kochko, Stéphane Dussert
article
Food Chemistry, Elsevier, 2010, 118, pp.693--701. ⟨10.1016/j.foodchem.2009.05.048⟩
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BibTex

2009

Article dans une revue

titre
Selective epigenetic control of retrotransposition in Arabidopsis
auteur
Marie Mirouze, Jon Reinders, Etienne Bucher, Taisuke Nishimura, Korbinian Schneeberger, Stephan Ossowski, Jun Cao, Detlef Weigel, Jerzy Paszkowski, Olivier Mathieu
article
Nature, Nature Publishing Group, 2009, 461 (7262), pp.427 - 430. ⟨10.1038/nature08328⟩
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BibTex
titre
Arabidopsis lateral root development: an emerging story.
auteur
Benjamin Péret, Bert de Rybel, Ilda Casimiro, Eva Benková, Ranjan Swarup, Laurent Laplaze, Tom Beeckman, Malcolm J Bennett
article
Trends in Plant Science, Elsevier, 2009, 14 (7), pp.399-408. ⟨10.1016/j.tplants.2009.05.002⟩
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BibTex
titre
Metabolic pathways in tropical dicotyledonous albuminous seeds : #Coffea arabica# as a case study
auteur
Thierry Joët, Andréina Laffargue, Jordi Salmona, Sylvie Doulbeau, Frédéric Descroix, Benoit Bertrand, Alexandre de Kochko, Stéphane Dussert
article
New Phytologist, Wiley, 2009, 182, pp.146--162. ⟨10.1111/j.1469-8137.2008.02742.x⟩
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BibTex

2008

Article dans une revue

titre
The auxin influx carrier LAX3 promotes lateral root emergence.
auteur
Kamal Swarup, Eva Benková, Ranjan Swarup, Ilda Casimiro, Benjamin Péret, Yaodong Yang, Geraint Parry, Erik Nielsen, Ive de Smet, Steffen Vanneste, Mitch P Levesque, David Carrier, Nicholas James, Vanessa Calvo, Karin Ljung, Eric Kramer, Rebecca Roberts, Neil Graham, Sylvestre Marillonnet, Kanu Patel, Jonathan D G Jones, Christopher G Taylor, Daniel P Schachtman, Sean May, Goran Sandberg, Philip Benfey, Jiri Friml, Ian Kerr, Tom Beeckman, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett
article
Nature Cell Biology, Nature Publishing Group, 2008, 10 (8), pp.946-54. ⟨10.1038/ncb1754⟩
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BibTex
titre
A Role for auxin during actinorhizal symbioses formation?
auteur
Benjamin Péret, Sergio Svistoonoff, Benoit Lahouze, Florence Auguy, Carole Santi, Patrick Doumas, Laurent Laplaze
article
Plant Signaling and Behavior, Taylor & Francis, 2008, 3 (1), pp.34-5
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titre
Deciphering transcriptional networks that govern #Coffea arabica# seed development using combined cDNA array and real-time RT-PCR approaches
auteur
Jordi Salmona, Stéphane Dussert, Frédéric Descroix, Alexandre de Kochko, Benoit Bertrand, Thierry Joët
article
Plant Molecular Biology, Springer Verlag (Germany), 2008, 66, pp.105--124. ⟨10.1007/s11103-007-9256-6⟩
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2007

Article dans une revue

titre
Auxin influx activity is associated with Frankia infection during actinorhizal nodule formation in Casuarina glauca.
auteur
Benjamin Péret, Ranjan Swarup, Leen Jansen, Gaëlle Devos, Florence Auguy, Myriam Collin, Carole Santi, Valérie Hocher, Claudine Franche, Didier Bogusz, Malcolm Bennett, Laurent Laplaze
article
Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2007, 144 (4), pp.1852-62. ⟨10.1104/pp.107.101337⟩
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titre
Are phenological observations sufficient to estimate the quality of seed crops from a Eucalyptus grandis open-pollinated seed orchard? Consequences for seed collections
auteur
Gilles Chaix, Philippe Vigneron, Vololoniriana Razafimaharo, Serge Hamon
article
New Forests, Springer Verlag, 2007, 33, pp.41-52
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Thèse

titre
Mutualiser et partager, un défi pour la génomique fonctionnelle végétale
auteur
Pierre Larmande
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Montpellier 2, 2007. Français
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/tel-01401210/file/Larmande_these_versionFinale.pdf BibTex

2006

Article dans une revue

titre
SSR mining in coffee tree EST databases : potential use of EST-SSRs as markers for the Coffea genus
auteur
Valérie Poncet, Myriam Rondeau, Christine Tranchant, Anne Cayrel, Serge Hamon, Alexandre De Kochko, Perla Hamon
article
Molecular Genetics and Genomics, Springer Verlag, 2006, 276 (5), pp.436-449
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https://hal.ird.fr/ird-01223821/file/Poncet%20et%20al%20MGG%202006%20-%20copie.pdf BibTex

2001

Article dans une revue

titre
Rice genomics: Present and future
auteur
Michel Delseny, Jérôme Salse, Richard Cooke, Christophe Sallaud, Farid Regad, Pierre Lagoda, Emmanuel Guiderdoni, Marjolaine Ventelon, Christophe Brugidou, Alain Ghesquière
article
Plant Physiology and Biochemistry, Elsevier, 2001, 39 (3-4), pp.323-334. ⟨10.1016/S0981-9428(01)01245-1⟩
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1993

Article dans une revue

titre
Expression of a self-incompatibility gene in a self-compatible line of Brassica oleracea.
auteur
T Gaude, A Friry, P. Heizmann, C. Mariac, M. Rougier, I Fobis, C. Dumas
article
The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 1993, 5 (1), pp.75-86. ⟨10.1105/tpc.5.1.75⟩
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