Des plantes tropicales constituent le cœur des travaux de recherche de l’unité DIADE. Ces travaux visent à comprendre la nature et le rôle des mécanismes de diversification structurale et fonctionnelle du génome des plantes tropicales. Les études portent aussi sur leur diversité et les structures de leurs populations, ainsi que les mécanismes d’adaptation aux variations naturelles ou aux modifications d’origine anthropique.
Les recherches sont fondées principalement sur la génétique, l’épigénétique, la biologie du développement, la physiologie, la systématique, l’évolution, mais intègrent aussi d’autres approches telle que la modélisation, la télédétection, l’écologie, etc. Les études s’appuient généralement sur la confrontation de plantes modèles (riz, Arabidopsis, tomate, peuplier) et d’espèces d’intérêt agronomique ou écologique (caféiers, filaos, ignames, maïs, palmiers, mils).
Les résultats de ces recherches contribuent à la production de connaissances fondamentales, mais aussi au développement de nouvelles stratégies visant à la sécurité alimentaire des communautés du Sud.

Label : Unité Mixte de Recherche (UMR)
Tutelles principales : UM, IRD, CIRAD
Département scientifique : Biologie agrosciences
École doctorale : Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau

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IRD
911 Avenue Agropolis
34394 Montpellier cedex 5 France

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Publications (extraction HAL)

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Publications HAL de la structure 168433

2022

Article dans une revue

titre: Cultivated and wild pearl millet display contrasting patterns of abundance and co-occurrence in their root mycobiome
auteur: Marie-Thérèse Mofini, Abdala Diedhiou, Marie Simonin, Donald Tchouomo Dondjou, Sarah Pignoly, Cheikh Ndiaye, Doohong Min, Yves Vigouroux, Laurent Laplaze, Aboubacry Kane
article: Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2022, 12 (1), pp.207. ⟨10.1038/s41598-021-04097-8⟩
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titre: Micro-RNA-Regulated SQUAMOSA-PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE (SPL) Gene Expression and Cytokinin Accumulation Distinguish Early-Developing Male and Female Inflorescences in Oil Palm (Elaeis guineensis)
auteur: James Tregear, Frédérique Richaud, Myriam Collin, Jennifer Esbelin, Hugues Parrinello, Benoît Cochard, Leifi Nodichao, Fabienne Morcillo, Hélène Adam, Stefan Jouannic
article: Plants, MDPI, 2022, 11 (5), ⟨10.3390/plants11050685⟩
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titre: Bulk and rhizosphere soil properties under two Coffea species influenced by the earthworm Pontoscolex corethrurus
auteur: Regina Medina-Sauza, Marycruz Álvarez-Jiménez, Yilian Ortíz-Huerta, Estefania Ruiz-Sayago, Manuel Blouin, Luc Villain, Roger Guevara, Wendy Sangabriel, Frédérique Reverchon, Isabelle Barois
article: Rhizosphere, 2022, 21, pp.100458. ⟨10.1016/j.rhisph.2021.100458⟩
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titre: The Architectural Unit Setting up and Architectural Characteristics of Néré, Parkia biglobosa, Jack, R. Br. (Fabaceae)
auteur: Beda Innocent Adji, Doffou Akaffou, Véronique Letort, Mengzhen Kang, Xiujuan Wang, Marc Jaeger, Philippe de Reffye, Kouadio Kouassi, Yao Houphouet, Jerôme Duminil, Yves Caraglio, Sylvie-Annabel Sabatier
article: American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2022, 13 (1), pp.109 - 136. ⟨10.4236/ajps.2022.131008⟩
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titre: Characterization of rice farming systems, production constraints and determinants of adoption of improved varieties by smallholder farmers of the Republic of Benin
auteur: Y.L.E. Loko, C.D.S.J. Gbemavo, G. Djedatin, E.E. Ewedje, A. Orobiyi, J. Toffa, C. Tchakpa, P. Sedah, François Sabot
article: Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2022, 12, 3959 [19 p.]. ⟨10.1038/s41598-022-07946-2⟩
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Chapitre d'ouvrage

titre: AgroLD: A Knowledge Graph Database for Plant Functional Genomics
auteur: Pierre Larmande, Gildas Tagny Ngompe, Aravind Venkatesan, Manuel Ruiz
article: Plant Bioinformatics, 2443, Springer US, pp.527-540, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-2067-0_28⟩
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titre: Managing High-Density Genotyping Data with Gigwa
auteur: Guilhem Sempéré, Pierre Larmande, Mathieu Rouard
article: Plant Bioinformatics, 2443, Springer US, pp.415-427, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-2067-0_21⟩
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titre: RACINE2.2 : a software application for processing and mapping spatial distribution of root length density and potential root extraction ratio from root counts on trench profiles
auteur: A. Faye, Laurent Laplaze, B. Sine, J.L. Chopart
article: Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.247-258, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_12⟩
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titre: Plant systems biology : further reading and resources
auteur: Mikaël Lucas
article: Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.339-346, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_117⟩
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titre: Postembryonic organogenesis in plants : experimental induction of new shoot and root organs
auteur: S. Guyomarc'H, Mikaël Lucas, Laurent Laplaze
article: Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.79-95, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_5⟩
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titre: Future challenges in plant systems biology
auteur: Mikaël Lucas
article: Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.325-337, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_16⟩
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titre: Plant systems biology : lessons for teaching
auteur: Mikaël Lucas
article: Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.1-12, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_1⟩
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Autre publication

titre: Diving, and even diging, into the wild jungle of annotation pathways for non-vertebrate animals
auteur: Francois Sabot
article: 2022, pp.100016. ⟨10.24072/pci.genomics.100016⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre: Plant systems biology : methods and protocols
auteur: Mikaël Lucas
article: Springer, 348 p., 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5⟩
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2021

Article dans une revue

titre: Shifting perceptions, preferences and practices in the African fruit trade: the case of African plum (Dacryodes edulis) in different cultural and urbanization contexts in Cameroon
auteur: Aurore Rimlinger, Jérôme Duminil, Taïna Lemoine, Marie-Louise Avana, Armel Chakocha, Alexis Gakwavu, Franca Mboujda, Mélanie Tsogo, Marlène Elias, S.M. Carrière
article: Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine, BioMed Central, 2021, 17 (1), pp.65. ⟨10.1186/s13002-021-00488-3⟩
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titre: Multi-scale comparative transcriptome analysis reveals key genes and metabolic reprogramming processes associated with oil palm fruit abscission
auteur: Kim Fooyontphanich, Fabienne Morcillo, Thierry Joët, Stéphane Dussert, Julien Serret, Myriam Collin, Philippe Amblard, Sithichoke Tangphatsornruang, Peerapat Roongsattham, Chatchawan Jantasuriyarat, Jean-Luc Verdeil, Timothy Tranbarger
article: BMC Plant Biology, 2021, 21 (1), ⟨10.1186/s12870-021-02874-1⟩
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titre: A Non-Shedding Fruit Elaeis oleifera Palm Reveals Perturbations to Hormone Signaling, ROS Homeostasis, and Hemicellulose Metabolism
auteur: Fabienne Morcillo, Julien Serret, Antoine Beckers, Myriam Collin, Sebastien Tisné, Simon George, Roberto Poveda, Claude Louise, Timothy Tranbarger
article: Genes, MDPI, 2021, 12 (11), ⟨10.3390/genes12111724⟩
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titre: Ten simple rules for switching from face-to-face to remote conference: An opportunity to estimate the reduction in GHG emissions
auteur: Valentin Guignon, Catherine Breton, Jérôme Mariette, Francois Sabot, Julien Fumey, Vincent Lefort, Anna-Sophie Fiston-Lavier
article: PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (10), pp.#e1009321. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009321⟩
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titre: Panache: a Web Browser-Based Viewer for Linearized Pangenomes
auteur: Éloi Durant, Francois Sabot, Matthieu Conte, Mathieu Rouard
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (23), pp.4556-4558. ⟨10.1093/bioinformatics/btab688⟩
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titre: Optimized RNA-Silencing Strategies for Rice Ragged Stunt Virus Resistance in Rice
auteur: Severine Lacombe, Martine Bangratz, Hoang Ta, Thanh Nguyen, Pascal Gantet, Christophe Brugidou
article: Plants, MDPI, 2021, 10 (10), pp.2008. ⟨10.3390/plants10102008⟩
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titre: Editorial: Mobile Elements and Plant Genome Evolution, Comparative Analyzes and Computational Tools
auteur: Ruslan Kalendar, Francois Sabot, Fernando Rodriguez, Gennady Karlov, Lucia Natali, Karine Alix
article: Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2021, 12, pp.Article Number: 735134. ⟨10.3389/fpls.2021.735134⟩
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titre: OryzaGP 2021 update: a rice gene and protein dataset for named-entity recognition
auteur: Pierre Larmande, Yusha Liu, Xinzhi Yao, Jingbo Xia
article: Genomics & Informatics, 2021, 19 (3), pp.e27. ⟨10.5808/gi.21015⟩
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titre: Crop Diversity Management System Commons: Revisiting the Role of Genebanks in the Network of Crop Diversity Actors
auteur: Sélim Louafi, Mathieu Thomas, Elsa Berthet, Flora Pélissier, Killian Vaing, Frédérique Jankowski, Didier Bazile, Jean-Louis Pham, Morgane Leclercq
article: Agronomy, MDPI, 2021, 11 (9), ⟨10.3390/agronomy11091893⟩
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titre: Functional Diversification of euANT/PLT Genes in Oryza sativa Panicle Architecture Determination
auteur: Ai Luong, Hélène Adam, Carole Gauron, Pablo Affortit, Fabrice Ntakirutimana, Ngan Khong, Quang Le, Thi Le, Marie Fournel, Michel Lebrun, James Tregear, Stefan Jouannic
article: Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2021, 12, ⟨10.3389/fpls.2021.692955⟩
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titre: Rice pests in the Republic of Benin: farmers’ perceptions, knowledge and management practices
auteur: Joelle Toffa, Loko Yêyinou Laura Estelle, Djedatin Gustave, Gbemavo Charlemagne, Orobiyi Azize, Tchakpa Cyrille, Ewedje Eben‐ezer, Sabot François
article: Pest Management Science, Wiley, 2021, ⟨10.1002/ps.6546⟩
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titre: A cluster of Ankyrin and Ankyrin-TPR repeat genes is associated with panicle branching diversity in rice
auteur: Giang Khong, Nhu Le, Mai Pham, Helene Adam, Carole Gauron, Hoa Le, Dung Pham, Kelly Colonges, Xuan Pham, Vinh Do, Michel Lebrun, Stefan Jouannic
article: PLoS Genetics, Public Library of Science, 2021, 17 (6), ⟨10.1371/journal.pgen.1009594⟩
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titre: Genome-Wide Association Mapping of Salinity Tolerance at the Seedling Stage in a Panel of Vietnamese Landraces Reveals New Valuable QTLs for Salinity Stress Tolerance Breeding in Rice
auteur: Thao Le, Floran Gathignol, Huong Vu, Khanh Nguyen, Linh Tran, Hien Vu, Tu Dinh, Françoise Lazennec, Xuan Pham, Anne-Aliénor Véry, Pascal Gantet, Giang Hoang
article: Plants, MDPI, 2021, 10 (6), pp.1088. ⟨10.3390/plants10061088⟩
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titre: Pearl millet genotype impacts microbial diversity and enzymatic activities in relation to root-adhering soil aggregation
auteur: Papa Mamadou Sitor Ndour, Cheikh Mbacké Barry, Diamé Tine, Carla de la Fuente Cantó, Mariama Gueye, mohamed Barakat, Philippe Ortet, Wafa Achouak, Ibrahima Ndoye, Bassirou Sine, Laurent Laplaze, Thierry Heulin, Laurent Cournac
article: Plant and Soil, Springer Verlag, 2021, 464, pp.109-129. ⟨10.1007/s11104-021-04917-w⟩
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titre: Genetic diversity and population structure in Vitis species illustrate phylogeographic patterns in eastern North America
auteur: Jean‐pierre Péros, Peter Cousins, Amandine Launay, Philippe Cubry, Andy Walker, Emilce Prado, Elisa Peressotti, Sabine Wiedemann-Merdinoglu, Valérie Laucou, Didier Merdinoglu, Patrice This, Jean‐michel Boursiquot, Agnès Doligez
article: Molecular Ecology, Wiley, 2021, 30 (10), pp.2333-2348. ⟨10.1111/mec.15881⟩
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titre: PyRice: a Python package for querying Oryza sativa databases
auteur: Quan Do, Ho Bich Hai, Pierre Larmande
article: Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (7), pp.1037-1038. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa694⟩
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titre: On-farm management of rice diversity, varietal preference criteria, and farmers' perceptions of the African (Oryza glaberrima Steud.) versus Asian rice (Oryza sativa L.) in the Republic of Benin (West Africa): implications for breeding and conservation
auteur: Loko Yêyinou, Ewedje Eben-Ezer, Orobiyi Azize, Djedatin Gustave, Toffa Joelle, Gbemavo Chalemagne, Tchakpa Cyrille, Dieudonné Gavoedo, Sedah Paulin, Francois Sabot
article: Economy Botany, Springer, 2021
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titre: Photoperiod dependent transcriptional modifications in key metabolic pathways in Coffea arabica
auteur: Doâa Djerrab, Benoit Bertrand, Jean-Christophe Breitler, Sophie Leran, Eveline Déchamp, Claudine Campa, Célia Barrachina, Genevieve Conejero, Hervé Etienne, Ronan Sulpice
article: Tree Physiology, Oxford University Press (OUP): Policy B - Oxford Open Option B, 2021, 41 (2), pp.302-316. ⟨10.1093/treephys/tpaa130⟩
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titre: Tectonics, climate and the diversification of the tropical African terrestrial flora and fauna
auteur: Thomas Couvreur, Gilles Dauby, Anne Blach-Overgaard, Vincent Deblauwe, Steven Dessein, Vincent Droissart, Oliver Hardy, David Harris, Steven Janssens, Alexandra Ley, Barbara Mackinder, Bonaventure Sonké, Marc Sosef, Tariq Stévart, Jens-Christian Svenning, Jan Wieringa, Adama Faye, Alain Missoup, Krystal Tolley, Violaine Nicolas, Stéphan Ntie, Frédéric Fluteau, Cécile Robin, Francois Guillocheau, Doris Barboni, Pierre Sepulchre
article: Biological Reviews, Wiley, 2021, 96 (1), pp.16-51. ⟨10.1111/brv.12644⟩
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titre: AP2/ERF transcription factors orchestrate very long chain fatty acid biosynthesis during Arabidopsis lateral root development
auteur: Soazig Guyomarc'H, Yohann Boutté, Laurent Laplaze
article: Molecular Plant, Cell Press/Oxford UP, 2021, 14 (2), pp.205-207. ⟨10.1016/j.molp.2021.01.004⟩
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titre: RNAi suppression of DNA methylation affects the drought stress response and genome integrity in transgenic poplar
auteur: M.D. Sow, A.L. Le Gac, R. Fichot, S. Lanciano, A. Delaunay, I. Le Jan, M.C. Lesage-Descauses, S. Citerne, J. Caius, V. Brunaud, L. Soubigou-Taconnat, H. Cochard, V. Segura, Cristian Chaparro, Christoph Grunau, C. Daviaud, J. Tost, F. Brignolas, S.H. Strauss, Marie Mirouze, S. Maury
article: New Phytologist, Wiley, 2021, 232 (1), pp.80-97. ⟨10.1111/nph.17555⟩
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titre: What is quantitative plant biology?
auteur: Daphné Autran, George Bassel, Eunyoung Chae, Daphne Ezer, Ali Ferjani, Christian Fleck, Olivier Hamant, Félix Hartmann, Yuling Jiao, Iain Johnston, Dorota Kwiatkowska, Boon Lim, Ari Mahönen, Richard Morris, Bela Mulder, Naomi Nakayama, Ross Sozzani, Lucia Strader, Kirsten ten Tusscher, Minako Ueda, Sebastian Wolf
article: Quantitative Plant Biology, 2021, 2, 16 p. ⟨10.1017/qpb.2021.8⟩
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titre: Bioclimate influence on seed germination and seedling morphology parameters in Pterocarpus erinaceus Poir., 1804 (Fabaceae)
auteur: Beda Innocent Adji, Sélastique Doffou Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jérôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier
article: International Journal of Environment, Agriculture and Biotechnology, Infogain Publication, 2021, 6 (3), pp.001-015. ⟨10.22161/ijeab⟩
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titre: The Effect of Four Abiotic Factors on Macro-Anatomical Markers Development in Parkia biglobosa, Jack, R. Br., 1830 (Fabaceae) Crown
auteur: Beda Innocent Adji, Doffou Sélastique Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jerôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier
article: American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2021, 12 (04), pp.645-661. ⟨10.4236/ajps.2021.124044⟩
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titre: Allometric models for non-destructive estimation of dry biomass and leaf area in Khaya senegalensis (Desr.) A. Juss (Meliaceae), Pterocarpus erinaceus Pear. (Fabaceae) and Parkia biglobosa, Jack, R. Br. (Fabaceae)
auteur: Beda Innocent Adji, Doffou Sélastique Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Philippe de Reffye, Jerôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier, Marc Jaeger
article: Trees - Structure and Function, Springer Verlag, 2021, 35, pp.1905-1920. ⟨10.1007/s00468-021-02159-y⟩
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titre: Effect of the seeds provenance and treatment on the germination rate and plants growth of four forest trees species of Côte d’Ivoire
auteur: Sélastique Doffou Akaffou, Aimé Kouassi Kouame, Nestor Bi Boh Gore, Georges Yao Abessika, Perla Hamon, Sylvie-Annabel Sabatier, Jérôme Duminil
article: Journal of Forestry Research, Springer Verlag, 2021, 32, pp.161-169. ⟨10.1007/s11676-019-01064-y⟩
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titre: Studies in Neotropical Araliaceae. Three new species of Sciodaphyllum P. Browne (Araliaceae) with globose capitate inflorescences from Ecuador and Peru
auteur: Carlos Rodrigues-Vaz, Gregory Plunkett, Porter P. Lowry Il
article: Brittonia, Springer Verlag, 2021, 73 (3), pp.262-273. ⟨10.1007/s12228-021-09661-0⟩
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titre: Pulled Diversification Rates, Lineages-Through-Time Plots, and Modern Macroevolutionary Modeling
auteur: Andrew J. Helmstetter, Sylvain Glémin, Jos Käfer, Rosana Zenil-Ferguson, Hervé Sauquet, Hugo de Boer, Leo-Paul M. J. Dagallier, Nathan Mazet, Eliette L. Reboud, Thomas L. P. Couvreur, Fabien L. Condamine
article: Systematic Biology, Oxford University Press (OUP), 2021, ⟨10.1093/sysbio/syab083⟩
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titre: Assessment of genetic diversity of rice in registered cultivars and farmers' fields in Burkina Faso
auteur: Mariam Barro, K.A. Konate, I. Wonni, A.I. Kassankogno, François Sabot, Laurence Albar, I. Somda, Gilles Béna, Alain Ghesquière, H. Kam, M. Sié, Philippe Cubry, Charlotte Tollenaere
article: Crops, MDPI, 2021, 1 (3), pp.129-141. ⟨10.3390/crops1030013⟩
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titre: Bopopia, a new monotypic genus of Gesneriaceae (Gesnerioideae, Coronanthereae) from New Caledonia
auteur: Jérémie Morel, Jérôme Duminil, Jérôme Munzinger
article: European Journal of Taxonomy, Consortium of European Natural History Museums, 2021, 736 (1), pp.82-101. ⟨10.5852/ejt.2021.736.1253⟩
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titre: Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
auteur: Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
article: eLife, eLife Sciences Publication, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
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titre: Multi-Approach Analysis Reveals Local Adaptation in a Widespread Forest Tree of Reunion Island
auteur: Edith Garot, Stephane Dussert, Frédéric Domergue, Thierry Joët, Isabelle Fock-Bastide, Marie-Christine Combes, Philippe Lashermes
article: Plant and Cell Physiology, Oxford University Press (OUP), In press, ⟨10.1093/pcp/pcaa160⟩
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titre: Species-level ichthyoplankton dynamics for 97 fishes in two major river basins of the Amazon using quantitative metabarcoding
auteur: Cedric Mariac, Jean-Francois Renno, Carmen Garcia-Davila, Yves Vigouroux, Eduardo Mejia, Carlos Angulo, Diana Castro Ruiz, Guillain Estivals, Christian Nolorbe, Aurea Garcia Vasquez, Jesus Nuñez, Gerard Cochonneau, Mayra Flores, Jhon Alvarado, Jose Vertiz, Werner Chota-Macuyama, Homero Sanchez, Guido Miranda, Fabrice Duponchelle
article: Molecular Ecology, Wiley, 2021, ⟨10.1111/mec.15944⟩
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titre: ANCHOR: A Technical Approach to Monitor Single-Copy Locus Localization in Planta
auteur: Anis Meschichi, Mathieu Ingouff, Claire Picart, Marie Mirouze, Sophie Desset, Franck Gallardo, Kerstin Bystricky, Nathalie Picault, Stefanie Rosa, Frédéric Pontvianne
article: Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2021, 12, pp.677849. ⟨10.3389/fpls.2021.677849⟩
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Communication dans un congrès

titre: AgroLD: A knowledge graph for the plant sciences
auteur: Pierre Larmande, Konstantin Todorov
article: 20th International Semantic Web Conference (ISWC 2021), Oct 2021, Virtual, France. pp.496-510, ⟨10.1007/978-3-030-88361-4_29⟩
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titre: AgroLD: A Knowledge Graph for the Plant Sciences
auteur: Pierre Larmande, Konstantin Todorov
article: ISWC 2021 - 20th International Semantic Web Conference, Oct 2021, Virtual, France. pp.496-510, ⟨10.1007/978-3-030-88361-4_29⟩
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titre: AgroLD: une base de connaissances pour l'étude du phénome des plantes cultivées
auteur: Pierre Larmande, Tagny Gildas, Manuel Ruiz
article: EGC 2021 - 21ème Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2021, Montpellier (virtuel), France
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Chapitre d'ouvrage

titre: Utility of the Mitochondrial Genome in Plant Taxonomic Studies
auteur: Jérôme Duminil, Guillaume Besnard
article: Molecular Plant Taxonomy, 2222, Springer US, pp.107-118, 2021, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-0997-2_6⟩
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titre: Agrobiodiversité et transition agroécologique : regards croisés de chercheurs et paysans
auteur: A. Cissé, Cécile Berthouly-Salazar, S.N. Sall, D. Renard, Cathy Clermont-Dauphin, A. Ndiaye, Adeline Barnaud, N.A. Kane
article: Profizi, Jean Pierre (ed.); Ardila-Chauvet, Stéphanie (ed.); Ranarijaona, H. L. T. (ed.); Sonke, B. (ed.); Billot, C. (ed.); Couteron, Pierre (ed.); Delmas, M. (ed.); Diep, T.M.H. (ed.); Grandcolas, P. (ed.); Kokou, K. (ed.); Muller, S. (ed.); Rana, Anshuman (ed.). Biodiversité des écosystèmes intertropicaux : connaissance, gestion durable et valorisation, IRD, pp.539-550, 2021, Synthèses, 978-2-7099-2938-7
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titre: Identification of extrachromosomal circular forms of active transposable elements using mobilome-seq
auteur: S. Lanciano, Panpan Zhang, C. Llauro, Marie Mirouze
article: Cho, Jungnam (ed.). Plant transposable elements : methods and protocols, Humana Press - Springer, pp.87-93, 2021, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-1133-3. ⟨10.1007/978-1-0716-1134-0_7⟩
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titre: Palmiers (Arecaceae) de Madagascar : élaboration d'une stratégie de conservation et d'utilisation durable
auteur: M. Rakotoarinivo, J. Dransfield, H. Beentje, V.M. Rafidison, R.D. Turk, Thomas Couvreur, S.H. Rapanarivo, S. Andriambololonera, W..J. Baker
article: Profizi, Jean Pierre (ed.); Ardila-Chauvet, Stéphanie (ed.); Ranarijaona, H. L. T. (ed.); Sonke, B. (ed.); Billot, C. (ed.); Couteron, Pierre (ed.); Delmas, M. (ed.); Diep, T.M.H. (ed.); Grandcolas, P. (ed.); Kokou, K. (ed.); Muller, S. (ed.); Rana, Anshuman (ed.). Biodiversité des écosystèmes intertropicaux : connaissance, gestion durable et valorisation, IRD, pp.671-681, 2021, Synthèses, 978-2-7099-2938-7
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titre: Conclusion
auteur: Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.311-315, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre: Introduction générale
auteur: Catherine Aubertin, Anne Nivart, Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.15-23, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre: ABS and the digitisation of the living world
auteur: Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, A. (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.289-303, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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titre: Genetic resources : from domestication to biological resource centres
auteur: Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, A. (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.31-46, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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titre: L'APA face à la numérisation du vivant
auteur: Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.295-309, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre: Les ressources génétiques : de la domestication aux centres de ressources biologiques
auteur: Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.31-47, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre: Conclusion
auteur: Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, A. (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.305-309, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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titre: General introduction
auteur: Catherine Aubertin, A. Nivart, Jean-Louis Pham
article: Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.15-23, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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Autre publication

titre: Using small fragments to discover old TE remnants: the Duster approach empowers the TE detection
auteur: Francois Sabot
article: 2021, pp.100004. ⟨10.24072/pci.genomics.100004⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre: Key descriptors for Dacryodes edulis (G.Don) H.J. Lam
auteur: A. Muchugi, J. Chege, A. Tsobeng, S. Kang'Ethe, R. Jamnadass, S. Cognetti de Martiis, A.L. Cerutti, A. Alercia, Stéphanie M. Carrière, Jérôme Duminil, Aurore Rimlinger
article: World Agroforestry - ICRAF, 11 p., 2021, 978-9966-108-42-5
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Poster

titre: AgroLD: A Knowledge Graph Database for plant functional genomics
auteur: Bertrand Pitollat, Ndomassi Tando, Mathieu Rouard, Gaetan Droc, Aravind Venkatesan, Gildas Tagny, Nordine El Hassouni, Imene Chentli, Valentin Guignon, Clement Jonquet, Manuel Ruiz, Pierre Larmande
article: JOBIM 2021, Jul 2021, Paris, France. 2018, ⟨10.1101/325423⟩
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Rapport

titre: Second-year Report—Sept. 2021. Ethnographic, genetic, and morphometric analyses of the date palm agrobiodiversity in al-‘Ulā oasis
auteur: Vincent Battesti, Muriel Gros-Balthazard
article: [Research Report] CNRS, IRD. 2021, pp.22
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titre: Rapport du groupe de travail sur les cahiers de laboratoires électroniques
auteur: Gilles Mathieu, Dominique Pigeon, Tovo Rabemanantsoa, Christophe Chipeaux, Simon Duvillard, Célya Gruson-Daniel, Marie Herbet, Arnaud Legrand, Nathalie Leon, Domenico Libri, Jean-Baptiste Lily, Agnès Pinet, Francois Sabot, Moussa Seydi, Véronique Theisen
article: [Rapport de recherche] Comité pour la science ouverte. 2021, 68 p
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Thèse

titre: Génétique et Epigénétique du phénomène de paramutation chez le maïs
auteur: Juliette Aubert
article: Sciences agricoles. Université Montpellier, 2021. Français. ⟨NNT : 2021MONTG093⟩
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titre: Diversification of the tropical African flora : spatial and temporal approaches
auteur: Léo-Paul Dagallier
article: Vegetal Biology. Université Montpellier, 2021. English. ⟨NNT : 2021MONTG068⟩
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titre: Histoire évolutive de l’arbre fruitier Dacryodes edulis : implications pour sa conservation et sa gestion durable
auteur: Aurore Rimlinger
article: Biologie végétale. Université Montpellier, 2021. Français. ⟨NNT : 2021MONTG015⟩
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Pré-publication, Document de travail

titre: Hypomethylated poplars show higher tolerance to water deficit and highlight a dual role for DNA methylation in shoot meristem: regulation of stress response and genome integrity
auteur: M.D. Sow, A-L Le Gac, R. Fichot, S. Lanciano, A. Delaunay, I. Le Jan, M-C Lesage-Descauses, S. Citerne, J. Caius, V. Brunaud, L. Soubigou-Taconnat, H. Cochard, V. Segura, Cristian Chaparro, Christoph Grunau, C. Daviaud, J. Tost, F. Brignolas, S.H. Strauss, M. Mirouze, S. Maury
article: 2021
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2020

Article dans une revue

titre: Transferability, development of simple sequence repeat (SSR) markers and application to the analysis of genetic diversity and population structure of the African fan palm (Borassus aethiopum Mart.) in Benin
auteur: Mariano Joly Kpatènon, Kolawolé Valère Salako, Sylvain Santoni, Leila Zekraoui, Muriel Latreille, Christine Tollon-Cordet, Cédric Mariac, Estelle Jaligot, Thierry Beulé, Kifouli Adéoti
article: BMC Genetics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12863-020-00955-y⟩
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titre: Threatened fish spawning area revealed by specific metabarcoding identification of eggs and larvae in the Beni River, upper Amazon
auteur: Guido Miranda-Chumacero, Cédric Mariac, Fabrice Duponchelle, Lilian Painter, Robert Wallace, Gérard Cochonneau, Jorge Molina-Rodriguez, Carmen Garcia-Davila, Jean-François Renno
article: Global Ecology and Conservation, Elsevier, 2020, 24, pp.e01309. ⟨10.1016/j.gecco.2020.e01309⟩
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titre: Transcriptome profiling of laser-captured crown root primordia reveals new pathways activated during early stages of crown root formation in rice
auteur: Jérémy Lavarenne, Mathieu Gonin, Antony Champion, Marie Javelle, Hélène Adam, Jacques Rouster, Geneviève Conejéro, Marc Lartaud, Jean-Luc Verdeil, Laurent Laplaze, Christophe Sallaud, Mikael Lucas, Pascal Gantet
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2020, 15 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0238736⟩
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titre: Agromorphological Characterization Revealed Three Phenotypic Groups in a Region-Wide Germplasm of Fonio (Digitaria exilis (Kippist) Stapf) from West Africa
auteur: Abdou R. Ibrahim Bio Yerima, E. G. Achigan-Dako, Aissata Mamadou, Emmanuel Sekloka, Claire Billot, Charlotte O. A. Adje, Adeline Barnaud, Yacoubou Bakasso
article: Agronomy, MDPI, 2020, 10 (11), ⟨10.3390/agronomy10111653⟩
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titre: Aquaporins are main contributors to root hydraulic conductivity in pearl millet [Pennisetum glaucum (L) R. Br.]
auteur: Alexandre Grondin, Pablo Affortit, Christine Tranchant-Dubreuil, Carla de la Fuente-Cantó, Cédric Mariac, Pascal Gantet, Vincent Vadez, Yves Vigouroux, Laurent Laplaze
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2020, ⟨10.1371/journal.pone.0233481⟩
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titre: COMOKIT: A Modeling Kit to Understand, Analyze, and Compare the Impacts of Mitigation Policies Against the COVID-19 Epidemic at the Scale of a City
auteur: Benoit Gaudou, Nghi Quang Huynh, Damien Philippon, Arthur Brugière, Kevin Chapuis, Patrick Taillandier, Pierre Larmande, Alexis Drogoul
article: Frontiers in Public Health, Frontiers Media S.A., 2020, 8, pp.563247. ⟨10.3389/fpubh.2020.563247⟩
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titre: Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate
auteur: Michael Abrouk, Hanin Ibrahim Ahmed, Philippe Cubry, Denisa Šimoníková, Stéphane Cauet, Yveline Pailles, Jan Bettgenhaeuser, Liubov Gapa, Nora Scarcelli, Marie Couderc, Leila Zekraoui, Nagarajan Kathiresan, Jana Čížková, Eva Hřibová, Jaroslav Doležel, Sandrine Arribat, Hélène Bergès, Jan Wieringa, Mathieu Gueye, Ndjido Kane, Christian Leclerc, Sandrine Causse, Sylvie Vancoppenolle, Claire Billot, Thomas Wicker, Yves Vigouroux, Adeline Barnaud, Simon Krattinger
article: Nature Communications, Nature Publishing Group, 2020, 11 (1), ⟨10.1038/s41467-020-18329-4⟩
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titre: Paris Climate Agreement: Promoting Interdisciplinary Science and Stakeholders’ Approaches for Multi-Scale Implementation of Continental Carbon Sequestration
auteur: Tiphaine Chevallier, Maud Loireau, Romain Courault, Lydie Chapuis-Lardy, Thierry Desjardins, Cécile Gomez, Alexandre Grondin, Frédéric Guérin, Didier Orange, Raphaël Pelissier, Georges Serpantié, Marie-Hélène Durand, Pierre Dérioz, Goulven Gildas Laruelle, Marie-Hélène Schwoob, Nicolas Viovy, Olivier Barrière, Eric Blanchart, Vincent Blanfort, Michel Brossard, Julien Demenois, Mireille Fargette, Thierry Heulin, Gil Mahe, Raphaël J. Manlay, Pascal Podwojewski, Cornélia Rumpel, Benjamin Sultan, Jean-Luc Chotte
article: Sustainability, MDPI, 2020, 12 (17), pp.6715. ⟨10.3390/su12176715⟩
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titre: A transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
auteur: Mohamed Mourdas, Nguyet Dang, Yuki Ogyama, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Matthieu Boulesteix, Vincent Mérel, Philippe Veber, Judit Salces-Ortiz, Dany Severac, Alain Pélisson, Cristina Vieira, François Sabot, Marie Fablet, Séverine Chambeyron
article: Cells, MDPI, 2020, 9 (8), pp.1776. ⟨10.3390/cells9081776⟩
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titre: Enabling a fast annotation process with the Table2Annotation tool
auteur: Pierre Larmande, Kazim Muhammed Jibril
article: Genomics & Informatics, 2020, 18 (2), pp.e19. ⟨10.5808/GI.2020.18.2.e19⟩
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titre: An extended root phenotype: the rhizosphere, its formation and impacts on plant fitness
auteur: Carla de la Fuente Cantó, Marie Simonin, Eoghan King, Lionel Moulin, Malcolm Bennett, Gabriel Castrillo, Laurent Laplaze
article: Plant Journal, Wiley, 2020, 14 p. ⟨10.1111/tpj.14781⟩
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titre: Overexpression of MADS-box Gene AGAMOUS-LIKE 12 Activates Root Development in Juglans sp. and Arabidopsis thaliana
auteur: Gregory Montiel, Muriel Gaudet, Françoise Laurans, Philippe Rozenberg, Matthieu Simon, Pascal Gantet, Christian Jay-Allemand, Christian Breton
article: Plants, MDPI, 2020, 9 (4), pp.444. ⟨10.3390/plants9040444⟩
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titre: DNA Methylation Readers in Plants
auteur: Daniel Grimanelli, Mathieu Ingouff
article: Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2020, 432, pp.1706 - 1717. ⟨10.1016/j.jmb.2019.12.043⟩
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titre: Population genomics of the widespread African savannah trees Afzelia africana and Afzelia quanzensis reveals no significant past fragmentation of their distribution ranges
auteur: Armel Donkpegan, Rosalía Piñeiro, Myriam Heuertz, Jérôme Duminil, Kasso Daïnou, Jean‐louis Doucet, Olivier Hardy
article: American Journal of Botany, Botanical Society of America, 2020, 107 (3), pp.498-509. ⟨10.1002/ajb2.1449⟩
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titre: Agricultural innovation and environmental change on the floodplains of the Congo River
auteur: Marion Comptour, Ariane Cosiaux, Oliver T. Coomes, Jean-Claude Bader, Pierre-Olivier Malaterre, Joseph Yoka, Sophie Caillon, Doyle Mckey
article: Geographical Journal, Wiley, 2020, 186 (1), pp.16-30. ⟨10.1111/geoj.12314⟩
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titre: Geospatial assessment for crop physiological and management improvements with examples using the simple simulation model
auteur: Thomas Sinclair, Afshin Soltani, Hélène Marrou, Michel Ghanem, Vincent Vadez
article: Crop Science, Crop Science Society of America, 2020, 60 (2), pp.700-708. ⟨10.1002/csc2.20106⟩
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titre: Thirty Years of Genome Engineering in Rice: From Gene Addition to Gene Editing
auteur: Donaldo Meynard, Aurore Vernet, Anne-Cécile Meunier, Delphine Mieulet, Martine Bès, Murielle Portefaix, Jean-Christophe Breitler, Christophe Perin, Emmanuel Guiderdoni
article: Annual Plant Reviews, Wiley Online Library 2020, 3 (1), pp.1-75. ⟨10.1002/9781119312994.apr0662⟩
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titre: Unmasking continental natal homing in goliath catfish from the upper Amazon
auteur: Marilia Hauser, Fabrice Duponchelle, Theodore Hermann, Karin Limburg, Leandro Castello, Donald Stewart, Gislene Torrente‐vilara, Aurea García‐vásquez, Carmen García‐davila, Marc Pouilly, Christophe Pécheyran, Emmanuel Ponzevera, Jean‐françois Renno, Arthur Moret, Carolina Doria
article: Freshwater Biology, Wiley, 2020, 65 (2), pp.325-336. ⟨10.1111/fwb.13427⟩
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titre: The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
auteur: Simon Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel Markov, André Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article: Marine Genomics, Elsevier, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
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titre: Phenotypic diversity assessment wihin a major ex situ collection of coffees in Madagascar
auteur: Aurore Rimlinger, Nathalie Raharimalala, Véronique Letort, Jean-Jacques Rakotomalala, Dominique Crouzillat, Romain Guyot, Perla Hamon, Sylvie Sabatier
article: Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 126 (5), pp.849-863. ⟨10.1093/aob/mcaa073⟩
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titre: Complex evolutionary history of coffees revealed by full plastid genomes and 28,800 nuclear SNP analyses, with particular emphasis on Coffea canephora (Robusta coffee)
auteur: Jean-Claude Charr, Andrea Garavito, Christophe Guyeux, Dominique Crouzillat, Patrick Descombes, Coralie Fournier, Serigne Ly, Eva Raharimalala, Jean-Jacques Rakotomalala, Piet Stoffelen, Steven Janssens, Perla Hamon, Romain Guyot
article: Molecular Phylogenetics and Evolution, Elsevier, 2020, 151, ⟨10.1016/j.ympev.2020.106906⟩
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titre: Structural and Functional Annotation of Transposable Elements Revealed a Potential Regulation of Genes Involved in Rubber Biosynthesis by TE-Derived siRNA Interference in Hevea brasiliensis
auteur: Shuangyang Wu, Romain Guyot, Stéphanie Bocs, Gaëtan Droc, Fetrina Oktavia, Songnian Hu, Chaorong Tang, Pascal Montoro, Julie Leclercq
article: International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2020, 21 (12), pp.4220. ⟨10.3390/ijms21124220⟩
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titre: Environmental and trophic determinism of fruit abscission and outlook with climate change in tropical regions
auteur: Sebastien Tisné, Marie Denis, Hubert Domonhedo, Benoit Pallas, Michel Cazemajor, Timothy J. Tranbarger, Fabienne Morcillo
article: Plant-Environment Interactions, 2020, 1, pp.17 - 28. ⟨10.1002/pei3.10011⟩
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titre: New insights on spatial genetic structure and diversity of Coffea canephora (Rubiaceae) in Upper Guinea based on old herbaria
auteur: Jean-Pierre Labouisse, Philippe Cubry, Frédéric Austerlitz, Ronan Rivallan, Hong Anh Nguyen
article: Plant Ecology and Evolution, Botanic Garden Meise and Royal Botanical Society of Belgium, 2020, 153 (1), pp.82-100. ⟨10.5091/plecevo.2020.1584⟩
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titre: Palm seed and fruit lipid composition : phylogenetic and ecological perspectives
auteur: C. Guerin, Julien Serret, R. Montufar, Virgine Vaissayre, Aldecinei Bastos-Siqueira, T. Durand-Gasselin, James Tregear, F. Morcillo, Stéphane Dussert
article: Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 125 (1), p. 157-172. ⟨10.1093/aob/mcz175⟩
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titre: The rhizosheath: from desert plants adaptation to crop breeding
auteur: Papa Mamadou Sitor Ndour, Thierry Heulin, Wafa Achouak, Laurent Laplaze, Laurent Cournac
article: Plant and Soil, Springer Verlag, 2020, 456, pp.1-13. ⟨10.1007/s11104-020-04700-3⟩
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titre: Ethnicity Differences in Uses and Management Practices of Bitter Kola Trees (Garcinia kola) in Cameroon
auteur: Boniface Tientcheu Yogom, Marie-Louise Avana-Tientcheu, Marcelle Franca Meguem Mboujda, Stephane Momo Takoudjou, Théophile Fonkou, Alain Tsobeng, Adeline Barnaud, Jérôme Duminil
article: Economic Botany, Springer Verlag, 2020, 74, pp.429-444. ⟨10.1007/s12231-020-09508-x⟩
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titre: Influence of Different Environments on Germination Parameters and Seedling Morphology in Khaya senegalensis (Desr.) A. Juss (Meliaceae)
auteur: Beda Innocent Adji, Sélastique Doffou Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jerôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier
article: American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2020, 11 (10), pp.1579-1600. ⟨10.4236/ajps.2020.1110114⟩
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titre: Large tandem duplications affect gene expression, 3D organization, and plant–pathogen response
auteur: Ariadna Picart-Picolo, Stefan Grob, Nathalie Picault, Michal Franek, Christel Llauro, Thierry Halter, Tom Maier, Edouard Jobet, Julie Descombin, Panpan Zhang, Vijayapalani Paramasivan, Thomas Baum, Lionel Navarro, Martina Dvořáčková, Marie Mirouze, Frédéric Pontvianne
article: Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, In press, ⟨10.1101/gr.261586.120⟩
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titre: On the necessity of combining ethnobotany and genetics to assess agrobiodiversity and its evolution in crops: A case study on date palms (Phoenix dactylifera L.) in Siwa Oasis, Egypt
auteur: Muriel Gros-Balthazard, Vincent Battesti, Sarah Ivorra, Laure Paradis, Frédérique Aberlenc, Oumarou Zango, Salwa Zehdi-Azouzi, Souhila Moussouni, Summar Abbas Naqvi, Claire Newton, Jean-Frédéric Terral
article: Evolutionary Applications, Blackwell, 2020, 13 (8), pp.1818-1840. ⟨10.1111/eva.12930⟩
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titre: A large-scale species level dated angiosperm phylogeny for evolutionary and ecological analyses
auteur: Steven Janssens, Thomas Couvreur, Arne Mertens, Gilles Dauby, Léo-Paul Dagallier, Samuel Vanden Abeele, Filip Vandelook, Maurizio Mascarello, Hans Beeckman, Marc Sosef, Vincent Droissart, Michelle van der Bank, Olivier Maurin, William Hawthorne, Cicely Marshall, Maxime Réjou-Méchain, Denis Beina, Fidele Baya, Vincent Merckx, Brecht Verstraete, Olivier Hardy
article: Biodiversity Data Journal, Pensoft, 2020, 8 (e39677), ⟨10.3897/BDJ.8.e39677⟩
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titre: Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa
auteur: Léo-Paul Dagallier, Steven Janssens, Gilles Dauby, Anne Blach-Overgaard, Barbara Mackinder, Vincent Droissart, Jens-Christian Svenning, Marc Sosef, Tariq Stévart, David Harris, Bonaventure Sonké, Jan Wieringa, Olivier J. Hardy, Thomas Couvreur
article: New Phytologist, Wiley, 2020, 225 (5), pp.2196-2213. ⟨10.1111/nph.16293⟩
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titre: Seed comparative genomics in three coffee species identify desiccation tolerance mechanisms in intermediate seeds
auteur: Anna Stavrinides, Stéphane Dussert, Marie-Christine Combes, Isabelle Fock-Bastide, Dany Severac, Jérôme Minier, Aldecinei Bastos-Siqueira, Vincent Demolombe, Sonia Hem, Philippe Lashermes, Thierry Joët
article: Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 71 (4), pp.1-16/erz508. ⟨10.1093/jxb/erz508⟩
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titre: Le report de la COP15 : une opportunité pour repenser le mécanisme d'accès aux ressources génétiques et de partage des avantages
auteur: Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article: Écologie & politique : sciences, culture, société, Le bord de l'eau éditions / Presses de Sciences Po / Syllepses / Ecopresse, 2020, 61, pp.163-170. ⟨10.3917/ecopo1.061.0163⟩
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Communication dans un congrès

titre: Candidate gene prioritization using graph embedding
auteur: Quan Do, Pierre Larmande
article: RIVF 2020 - International Conference on Computing and Communication Technologies, Oct 2020, Ho Chi Minh City, France. pp.1-6, ⟨10.1109/RIVF48685.2020.9140776⟩
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titre: Candidate gene prioritization using graph embedding
auteur: Quan Do, Pierre Larmande
article: IEEE-RIVF 2020, Apr 2020, Ho Chi Minh City, Vietnam
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Chapitre d'ouvrage

titre: Establishment of actinorhizal symbiosis in response to ethylene, salicylic acid, and jasmonate
auteur: M. Ngom, M. Cissoko, K. Gray, Valérie Hocher, Laurent Laplaze, M.O. Sy, Sergio Svistoonoff, Antony Champion
article: Champion, Antony (ed.); Laplaze, Laurent (ed.). Jasmonate in plant biology : methods and protocols, Humana Press, pp.117-130, 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6_9⟩
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titre: Advances in Frankia genome studies and molecular aspects of tolerance to environmental stresses
auteur: Nathalie Diagne, Pape Ibrahima Djighaly, Mariama Ngom, Céline Pesce, Antony Champion, Sergio Svistoonoff, Valérie Hocher, Louis Tisa
article: Molecular Aspects of Plant Beneficial Microbes in Agriculture, Elsevier, pp.381-389, 2020, ⟨10.1016/B978-0-12-818469-1.00031-6⟩
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titre: Le protocole de Nagoya, entre ambition et efficacité
auteur: Jean-Louis Pham
article: Agnèse, Jean-François (dir.); Dangles, Olivier (dir.); Rodary, Estienne (dir.); Verdier, Valérie (préf.); Sabrié, Marie-Lise (ed.); Mourier, Thomas (ed.); Lavagne, Corinne (ed.); Thivent, V. (rédac.). Biodiversité au Sud : recherches pour un monde durable, IRD, pp.22-23, 2020, 978-2-7099-2850-2
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titre: Use of fluorescent reporters to analyse dynamic and spatial responses to mechanical wounding
auteur: A. Larrieu, T.H. Nguyen, Antony Champion
article: Champion, Antony (ed.); Laplaze, Laurent (ed.). Jasmonate in plant biology : methods and protocols, Humana Press, pp.161-168, 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6_12,⟩
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titre: CRISPR/Cas9-mediated gene editing of the jasmonate biosynthesis OsAOC gene in rice
auteur: T. H. Nguyen, H. To Thi Mai, Daniel Moukouanga, Michel Lebrun, Stéphane Bellafiore, Antony Champion
article: Champion, Antony (ed.); Laplaze, Laurent (ed.). Jasmonate in plant biology : methods and protocols, Humana Press, pp.199-209, 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6_15⟩
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titre: Le riz comme bien commun
auteur: Alain Ghesquière
article: Agnèse, Jean-François (dir.); Dangles, Olivier (dir.); Rodary, Estienne (dir.); Verdier, Valérie (préf.); Sabrié, Marie-Lise (ed.); Mourier, Thomas (ed.); Lavagne, Corinne (ed.); Thivent, V. (rédac.). Biodiversité au Sud : recherches pour un monde durable, IRD, pp.60-61, 2020, 978-2-7099-2850-2
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titre: Gardiens de la diversité agronomique
auteur: Serge Hamon, Yves Vigouroux
article: Agnèse, Jean-François (dir.); Dangles, Olivier (dir.); Rodary, Estienne (dir.); Verdier, Valérie (préf.); Sabrié, Marie-Lise (ed.); Mourier, Thomas (ed.); Lavagne, Corinne (ed.); Thivent, V. (rédac.). Biodiversité au Sud : recherches pour un monde durable, IRD, pp.58-59, 2020, 978-2-7099-2850-2
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HDR

titre: Intégration de données multi-échelles et extraction de connaissances en agronomie : exemples et perspectives
auteur: Pierre Larmande
article: Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Montpellier, 2020
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Autre publication

titre: Designing social simulation to (seriously) support decision-making: COMOKIT, an agent-based modelling toolkit to analyse and compare the impacts of public health interventions against COVID-19
auteur: Alexis Drogoul, Patrick Taillandier, Benoit Gaudou, Marc Choisy, Kevin Chapuis, Nghi Huynh Quang, Doanh Nguyen-Ngoc, Damien Philippon, Arthur Brugière, Pierre Larmande
article: 2020
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre: Jasmonate in plant biology : methods and protocols
auteur: Antony Champion, Laurent Laplaze
article: Humana Press, 227 p., 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6⟩
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Rapport

titre: First-year Report—Sept. 2020. Ethnographic, genetic, and morphometric analyses of the date palm agrobiodiversity in al-‘Ulā oasis
auteur: Vincent Battesti, Muriel Gros-Balthazard
article: [Research Report] CNRS, IRD. 2020, pp.19
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Thèse

titre: Effets de la symbiose endomycorhizienne sur la tolérance au stress hydrique chez le riz
auteur: Branly Wilfried Effa Effa
article: Sciences agricoles. Université Montpellier, 2020. Français. ⟨NNT : 2020MONTG035⟩
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2019

Article dans une revue

titre: Corrigendum to: Rice Galaxy: an open resource for plant science
auteur: Venice Juanillas, Alexis Dereeper, Nicolas Beaume, Gaetan Droc, Joshua Dizon, John Robert Mendoza, Jon Peter Perdon, Locedie Mansueto, Lindsay Triplett, Jillian Lang, Gabriel Zhou, Kunalan Ratharanjan, Beth Plale, Jason Haga, Jan Leach, Manuel Ruiz, Michael Thomson, Nickolai Alexandrov, Pierre Larmande, Tobias Kretzschmar, Ramil Mauleon
article: GigaScience, Oxford Univ Press, 2019, 8 (12), ⟨10.1093/gigascience/giz156⟩
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titre: Chitotetraose activates the fungal-dependent endosymbiotic signaling pathway in actinorhizal plant species
auteur: Mireille Chabaud, Joëlle Fournier, Lukas Brichet, Iltaf Abdou-Pavy, Leandro Imanishi, Laurent Brottier, Elodie Pirolles, Valérie Hocher, Claudine Franche, Didier Bogusz, Luis Wallid, Sergio Svistoonoff, Hassen Gherbi, David G. Barker
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2019, 14 (10), pp.e0223149. ⟨10.1371/journal.pone.0223149⟩
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titre: Lateral Root Formation in Arabidopsis: A Well-Ordered LRexit
auteur: Jason Banda, Kevin Bellande, Daniel von Wangenheim, Tatsuaki Goh, Soazig Guyomarc’h, Laurent Laplaze, Malcolm J. Bennett
article: Trends in Plant Science, Elsevier, 2019, 24, pp.826 - 839. ⟨10.1016/j.tplants.2019.06.015⟩
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titre: Unravelling the Metabolic and Hormonal Machinery During Key Steps of Somatic Embryogenesis: A Case Study in Coffee
auteur: Rayan Awada, Claudine Campa, Estelle Gibault, Eveline Déchamp, Frédéric Georget, Maud Lepelley, Cécile Abdallah, Alexender Erban, Frederico Martinez-Seidel, Joachim Kopka, Laurent Legendre, Sophie Léran, Geneviève Conejero, Jean-Luc Verdeil, Dominique Crouzillat, David Breton, Benoit Bertrand, Hervé Etienne
article: International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2019, 20 (19), pp.4665. ⟨10.3390/ijms20194665⟩
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titre: Species delimitation in the genus Greenwayodendron based on morphological and genetic markers reveals new species
auteur: Brandet‐j. Lissambou, Thomas l.P. Couvreur, Christiane Atteke, Tariq Stévart, Rosalía Piñeiro, Gilles Dauby, Franck k. Monthe, Davy u. Ikabanga, Bonaventure Sonké, Bertrand M’batchi, Olivier j. Hardy
article: Taxon, Botanischer Garten und Botanisches Museum, 2019, 68 (3), pp.455-470. ⟨10.1002/tax.12064⟩
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titre: PUCHI regulates very long chain fatty acid biosynthesis during lateral root and callus formation
auteur: Duy-Chi Trinh, Julien Lavenus, Tatsuaki Goh, Yohann Boutté, Quentin Drogue, Virginie Vaissayre, Frederique Tellier, Mikael Lucas, Ute Voß, Pascal Gantet, Jean-Denis Faure, Stéphane Dussert, Hidehiro Fukaki, Malcolm Bennett, Laurent Laplaze, Soazig Guyomarc’h
article: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2019, 116 (28), pp.14325-14330. ⟨10.1073/pnas.1906300116⟩
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titre: Development and evaluation of a genome‐wide Coffee 8.5K SNP array and its application for high‐density genetic mapping and for investigating the origin of Coffea arabica L.
auteur: Virginie Merot‐l'Anthoene, Rémi Tournebize, Olivier Darracq, Vimel Rattina, Maud Lepelley, Laurence Bellanger, Christine Tranchant-Dubreuil, Manon Coulée, Marie Pégard, Sylviane Metairon, Coralie Fournier, Piet Stoffelen, Steven Janssens, Catherine Kiwuka, Pascal Musoli, Ucu Sumirat, Hyacinthe Legnaté, Jean‐léon Kambale, João Ferreira da Costa Neto, Clara Revel, Alexandre de Kochko, Patrick Descombes, Dominique Crouzillat, Valérie Poncet
article: Plant Biotechnology Journal, Wiley, 2019, 17 (7), pp.1418-1430. ⟨10.1111/pbi.13066⟩
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titre: MooSciTIC: Training of trainers in West African research and higher education
auteur: Ménonvè Atindehou, Kifouli Adeoti, Laura Estelle Yêyinou Loko, Thierry Beulé, Emmanuel Paradis, Gustave Djedatin, Christine Tranchant-Dubreuil, Francois Sabot, Latifou Lagnika, Estelle Jaligot
article: PLoS Biology, Public Library of Science, 2019, 17 (6), pp.e3000312. ⟨10.1371/journal.pbio.3000312⟩
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titre: Earthworms Building Up Soil Microbiota, a Review
auteur: Regina Medina-Sauza, Marycruz Álvarez-Jiménez, Alix Delhal, Frédérique Reverchon, Manuel Blouin, José A. Guerrero-Analco, Carlos R. Cerdán, Roger Guevara, Luc Villain, Isabelle Barois
article: Frontiers in Environmental Science, Frontiers, 2019, 7 (81), pp.1-20. ⟨10.3389/fenvs.2019.00081⟩
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titre: The Influence of Farmers’ Strategies on Local Practices, Knowledge, and Varietal Diversity of the Safou Tree (Dacryodes edulis) in Western Cameroon
auteur: Aurore Rimlinger, Stéphanie M. Carrière, Marie-Louise Avana, Aurélien Nguegang, Jérôme Duminil
article: Economic Botany, Springer Verlag, 2019, 73 (2), pp.249-264. ⟨10.1007/s12231-019-09455-2⟩
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titre: EST-SSR development for Digitaria exilis and its relatives D. iburua and D. longiflora from transcriptome sequences
auteur: Katina F. Olodo, Mame C. Gueye, Caroline Calatayud, Baye M. Diop, Ndjido A. Kane, Ablaye Ngom, Valentine O. Ntui, Marie-Madeleine S. Barreto, Edak A. Uyoh, Salomon Abraham, Yves Vigouroux, Claire Billot, Adeline Barnaud
article: Plant Genetic Resources, Cambridge University Press (CUP), 2019, 17 (3), pp.280-284. ⟨10.1017/S1479262118000400⟩
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titre: Expression of DREB-Like Genes in Coffea canephora and C. arabica Subjected to Various Types of Abiotic Stress
auteur: Luana Ferreira Torres, Tharyn Reichel, Eveline Dechamp, Sinara Oliveira de Aquino, Karoline Estefani Duarte, Gabriel Sergio Costa Alves, Anderson Tadeu Silva, Michelle Guitton Cotta, Tatiana Santos Costa, Leandro Eugenio Cardamone Diniz, Jean-Christophe Breitler, Myriam Collin, Luciano Vilela Paiva, Alan Carvalho Andrade, Hervé Etienne, Pierre Marraccini
article: Tropical Plant Biology, 2019, 12 (2), pp.98-116. ⟨10.1007/s12042-019-09223-5⟩
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titre: OryzaGP: rice gene and protein dataset for named-entity recognition
auteur: Pierre Larmande, Huy Do, Yue Wang
article: Genomics & Informatics, 2019, 17 (2), pp.e17. ⟨10.5808/GI.2019.17.2.e17⟩
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titre: Plant Pangenome: Impacts On Phenotypes And Evolution
auteur: Christine Tranchant-Dubreuil, Mathieu Rouard, Francois Sabot
article: Annual Plant Reviews, Wiley Online Library 2019, ⟨10.1002/9781119312994.apr0664⟩
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titre: Long-fragment targeted capture for long-read sequencing of plastomes
auteur: Kevin Bethune, Cédric Mariac, Marie Couderc, Nora Scarcelli, Sylvain Santoni, Morgane Ardisson, Jean-François Martin, Rommel Montúfar, Valentin Klein, Francois Sabot, Yves Vigouroux, Thomas L. R. Couvreur
article: Applications in Plant Sciences, Wiley, 2019, 7 (5), pp.e1243. ⟨10.1002/aps3.1243⟩
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titre: Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits
auteur: Rajeev K Varshney, Mahendar Thudi, Manish Roorkiwal, Weiming He, Hari D. Upadhyaya, Wei Yang, Prasad Bajaj, Philippe Cubry, Abhishek Rathore, Jianbo Jian, Dadakhalandar Doddamani, Aamir Khan, Vanika Garg, Annapurna Chitikineni, Dawen Xu, Pooran M. Gaur, Narendra Pratap Singh, Sushil K. Chaturvedi, Gangarao Nadigatla, Lakshmanan Krishnamurthy, Girish Prasad Dixit, Asnake Fikre, Paul Kimurto, Sheshshayee M. Sreeman, Chellapilla Bharadwaj, Shailesh Tripathi, Jun Wang, Suk-Ha Lee, David Edwards, Kavi Kishor Bilhan Polavarapu, R. Varma Penmetsa, José Crossa, Henry T. Nguyen, Kadambot H. M. Siddique, Timothy D. Colmer, Tim Sutton, Eric von Wettberg, Yves Vigouroux, Xun Xu, Xin Liu
article: Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2019, 51 (5), pp.857-864. ⟨10.1038/s41588-019-0401-3⟩
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titre: The genome sequence of segmental allotetraploid peanut Arachis hypogaea
auteur: David Bertioli, Jerry Jenkins, Josh Clevenger, Olga Dudchenko, Dongying Gao, Guillermo Seijo, Soraya Bertioli, Longhui Ren, Andrew Farmer, Manish Pandey, Sergio Samoluk, Brian Abernathy, Gaurav Agarwal, Carolina Ballén-Taborda, Connor Cameron, Jacqueline Campbell, Carolina Chavarro, Annapurna Chitikineni, Ye Chu, Sudhansu Dash, Moaine El Baidouri, Baozhu Guo, Wei Huang, Kyung Do Kim, Walid Korani, Sophie Lanciano, Christopher Lui, Marie Mirouze, Márcio Moretzsohn, Melanie Pham, Jin Hee Shin, Kenta Shirasawa, Senjuti Sinharoy, Avinash Sreedasyam, Nathan Weeks, Xinyou Zhang, Zheng Zheng, Ziqi Sun, Lutz Froenicke, Erez Aiden, Richard Michelmore, Rajeev Varshney, C. Corley Holbrook, Ethalinda Cannon, Brian Scheffler, Jane Grimwood, Peggy Ozias-Akins, Steven Cannon, Scott Jackson, Jeremy Schmutz
article: Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2019, 51 (5), pp.877-884. ⟨10.1038/s41588-019-0405-z⟩
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titre: Which frugivory‐related traits facilitated historical long‐distance dispersal in the custard apple family (Annonaceae) ?
auteur: Renske Onstein, W. Daniel Kissling, Lars Chatrou, Thomas Couvreur, Hélène Morlon, Hervé Sauquet
article: Journal of Biogeography, Wiley, 2019, 46 (8), pp.1874-1888. ⟨10.1111/jbi.13552⟩
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titre: Environmental Correlates for Seed Desiccation Sensitivity of New Caledonian Plant Species
auteur: Octavie Toublanc-Lambault, Robin Pouteau, Marion Davezies, Manon Marron, Anthony Pain, Bruno Fogliani, Philippe Marmey
article: Pacific Science, University of Hawaii Press, 2019, 73 (2), pp.231-248. ⟨10.2984/73.2.5⟩
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titre: Progress in single-access information systems for wheat and rice crop improvement
auteur: Armin Scheben, Chon-Kit Kenneth Chan, Locedie Mansueto, Ramil Mauleon, Pierre Larmande, Nickolai Alexandrov, Rod Wing, Kenneth Mcnally, Hadi Quesneville, David Edwards
article: Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 20 (2), pp.565-571. ⟨10.1093/bib/bby016⟩
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titre: Regulation of FUSCA3 Expression During Seed Development in Arabidopsis
auteur: Thomas James Roscoe, Virginie Vaissayre, Gaël Paszkiewicz, Fernando Clavijo, Zsolt Kelemen, Caroline Michaud, Loic Lepiniec, Bertrand Dubreucq, Dao-Xiu Zhou, Martine Devic
article: Plant and Cell Physiology, Oxford University Press (OUP), 2019, 60 (2), pp.476-487. ⟨10.1093/pcp/pcy224⟩
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titre: Genome-wide Association Study of apanel of Vietnamese Rice Landraces Reveals New QTLs for tolerance to water deficit during the vegetative phase
auteur: - Giang Thi Hoang, - Lam van Dinh, - Thom Thi Nguyen, - Nhung Kim Ta, Floran Gathignol, - Chung Duc Mai, Stefan Jouannic, - Khanh Dang Tran, - Trung Huu Khuat, - Vinh Nang Do, Michel Lebrun, Brigitte Courtois, Pascal Gantet
article: Rice, Springer Open, 2019, 12 (1), pp.4. ⟨10.1186/s12284-018-0258-6⟩
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titre: Complete plastome sequences of 14 African yam species ( Dioscorea spp.)
auteur: Jacqueline Magwé-Tindo, Jan J. Wieringa, Bonaventure Sonké, Louis Zapfack, Yves Vigouroux, Thomas Couvreur, Nora Scarcelli
article: Mitochondrial DNA Part B Resources, Taylor & Francis Online, 2019, 4 (1), pp.74-76. ⟨10.1080/23802359.2018.1536466⟩
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titre: The role of Frankia inoculation in casuarina plantations in China
auteur: Chonglu Zhong, Yong Zhang, Yongcheng Wei, Jingxiang Meng, Yu Chen, David Bush, Didier Bogusz, Claudine Franche
article: Antonie van Leeuwenhoek, Springer Verlag, 2019, 112 (1), pp.47-56. ⟨10.1007/s10482-018-1205-7⟩
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titre: Resistance of selected Oryza glaberrima landraces and their intra-specific breeding lines to Beninese Rice yellow mottle virus isolates
auteur: Y. Agnoun, I. Yelome, M. Sie, L. Albar, A. Ghesquière, D. Silué
article: Crop Protection, Elsevier, 2019, 119, pp.172-176. ⟨10.1016/j.cropro.2019.01.022⟩
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titre: Phylogenomics of the major tropical plant family Annonaceae using targeted enrichment of nuclear genes
auteur: Thomas L.P. Couvreur, Andrew Helmstetter, Erik J.M. Koenen, Kevin Bethune, Rita Brandão, Stefan Little, Hervé Sauquet, Roy H.J. Erkens
article: Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2019, 9, pp.1941. ⟨10.3389/fpls.2018.01941⟩
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titre: Yam genomics supports West Africa as a major cradle of crop domestication
auteur: Nora Scarcelli, Philippe Cubry, Roland Akakpo, Anne-Céline Thuillet, Jude Obidiegwu, Mohamed N. Baco, Emmanuel Otoo, Bonaventure Sonké, Alexandre Dansi, Gustave Djedatin, Cédric Mariac, Marie Couderc, Sandrine Causse, Karine Alix, Hana Chaïr, Olivier François, Yves Vigouroux
article: Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2019, 5 (5), ⟨10.1126/sciadv.aaw1947⟩
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titre: A third of the tropical African flora is potentially threatened with extinction
auteur: Tariq Stévart, Gilles Dauby, P Lowry Ii, A. Blach-Overgaard, Vincent Droissart, D Harris, B Mackinder, G. Schatz, Bonaventure Sonké, M.S.M. Sosef, J.-C Svenning, J Wieringa, T Couvreur
article: Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2019, 5 (11), pp.eaax9444. ⟨10.1126/sciadv.aax9444⟩
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titre: The commonness of rarity: Global and future distribution of rarity across land plants
auteur: Brian Enquist, Xiao Feng, Brad Boyle, Brian Maitner, Erica Newman, Peter Møller Jørgensen, Patrick Roehrdanz, Barbara Thiers, Joseph Burger, Richard Corlett, Thomas Couvreur, Gilles Dauby, John Donoghue, Wendy Foden, Jon Lovett, Pablo Marquet, Cory Merow, Guy Midgley,