UMR 232

Des plantes tropicales constituent le cœur des travaux de recherche de l’unité DIADE. Ces travaux visent à comprendre la nature et le rôle des mécanismes de diversification structurale et fonctionnelle du génome des plantes tropicales. Les études portent aussi sur leur diversité et les structures de leurs populations, ainsi que les mécanismes d’adaptation aux variations naturelles ou aux modifications d’origine anthropique.
Les recherches sont fondées principalement sur la génétique, l’épigénétique, la biologie du développement, la physiologie, la systématique, l’évolution, mais intègrent aussi d’autres approches telle que la modélisation, la télédétection, l’écologie, etc. Les études s’appuient généralement sur la confrontation de plantes modèles (riz, Arabidopsis, tomate, peuplier) et d’espèces d’intérêt agronomique ou écologique (caféiers, filaos, ignames, maïs, palmiers, mils).
Les résultats de ces recherches contribuent à la production de connaissances fondamentales, mais aussi au développement de nouvelles stratégies visant à la sécurité alimentaire des communautés du Sud.

Label : Unité Mixte de Recherche (UMR)
Tutelles principales : UM, IRD, CIRAD
Département scientifique : Biologie agrosciences
École doctorale : Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau

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IRD
911 Avenue Agropolis
34394 Montpellier cedex 5 France

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Publications (extraction HAL)

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Publications HAL de la structure 168433

2022

Article dans une revue

titre
Cultivated and wild pearl millet display contrasting patterns of abundance and co-occurrence in their root mycobiome
auteur
Marie-Thérèse Mofini, Abdala Diedhiou, Marie Simonin, Donald Tchouomo Dondjou, Sarah Pignoly, Cheikh Ndiaye, Doohong Min, Yves Vigouroux, Laurent Laplaze, Aboubacry Kane
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2022, 12 (1), pp.207. ⟨10.1038/s41598-021-04097-8⟩
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titre
Micro-RNA-Regulated SQUAMOSA-PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE (SPL) Gene Expression and Cytokinin Accumulation Distinguish Early-Developing Male and Female Inflorescences in Oil Palm (Elaeis guineensis)
auteur
James Tregear, Frédérique Richaud, Myriam Collin, Jennifer Esbelin, Hugues Parrinello, Benoît Cochard, Leifi Nodichao, Fabienne Morcillo, Hélène Adam, Stefan Jouannic
article
Plants, MDPI, 2022, 11 (5), ⟨10.3390/plants11050685⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03651934/file/2022_Tregear_plants.pdf BibTex
titre
Bulk and rhizosphere soil properties under two Coffea species influenced by the earthworm Pontoscolex corethrurus
auteur
Regina Medina-Sauza, Marycruz Álvarez-Jiménez, Yilian Ortíz-Huerta, Estefania Ruiz-Sayago, Manuel Blouin, Luc Villain, Roger Guevara, Wendy Sangabriel, Frédérique Reverchon, Isabelle Barois
article
Rhizosphere, 2022, 21, pp.100458. ⟨10.1016/j.rhisph.2021.100458⟩
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titre
The Architectural Unit Setting up and Architectural Characteristics of Néré, Parkia biglobosa, Jack, R. Br. (Fabaceae)
auteur
Beda Innocent Adji, Doffou Akaffou, Véronique Letort, Mengzhen Kang, Xiujuan Wang, Marc Jaeger, Philippe de Reffye, Kouadio Kouassi, Yao Houphouet, Jerôme Duminil, Yves Caraglio, Sylvie-Annabel Sabatier
article
American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2022, 13 (1), pp.109 - 136. ⟨10.4236/ajps.2022.131008⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03546796/file/Adji_etal_American_J_Plant_Sci_2022_13_1.pdf BibTex
titre
Characterization of rice farming systems, production constraints and determinants of adoption of improved varieties by smallholder farmers of the Republic of Benin
auteur
Y.L.E. Loko, C.D.S.J. Gbemavo, G. Djedatin, E.E. Ewedje, A. Orobiyi, J. Toffa, C. Tchakpa, P. Sedah, François Sabot
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2022, 12, 3959 [19 p.]. ⟨10.1038/s41598-022-07946-2⟩
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Chapitre d'ouvrage

titre
AgroLD: A Knowledge Graph Database for Plant Functional Genomics
auteur
Pierre Larmande, Gildas Tagny Ngompe, Aravind Venkatesan, Manuel Ruiz
article
Plant Bioinformatics, 2443, Springer US, pp.527-540, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-2067-0_28⟩
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titre
Managing High-Density Genotyping Data with Gigwa
auteur
Guilhem Sempéré, Pierre Larmande, Mathieu Rouard
article
Plant Bioinformatics, 2443, Springer US, pp.415-427, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-2067-0_21⟩
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titre
RACINE2.2 : a software application for processing and mapping spatial distribution of root length density and potential root extraction ratio from root counts on trench profiles
auteur
A. Faye, Laurent Laplaze, B. Sine, J.L. Chopart
article
Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.247-258, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_12⟩
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titre
Plant systems biology : further reading and resources
auteur
Mikaël Lucas
article
Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.339-346, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_117⟩
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titre
Postembryonic organogenesis in plants : experimental induction of new shoot and root organs
auteur
S. Guyomarc'H, Mikaël Lucas, Laurent Laplaze
article
Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.79-95, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_5⟩
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titre
Future challenges in plant systems biology
auteur
Mikaël Lucas
article
Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.325-337, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_16⟩
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titre
Plant systems biology : lessons for teaching
auteur
Mikaël Lucas
article
Lucas, Mikaël (ed.). Plant systems biology : methods and protocols, Springer, pp.1-12, 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5_1⟩
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Autre publication

titre
Diving, and even diging, into the wild jungle of annotation pathways for non-vertebrate animals
auteur
Francois Sabot
article
2022, pp.100016. ⟨10.24072/pci.genomics.100016⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Plant systems biology : methods and protocols
auteur
Mikaël Lucas
article
Springer, 348 p., 2022, Methods in Molecular Biology, 9781071618141. ⟨10.1007/978-1-0716-1816-5⟩
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2021

Article dans une revue

titre
Shifting perceptions, preferences and practices in the African fruit trade: the case of African plum (Dacryodes edulis) in different cultural and urbanization contexts in Cameroon
auteur
Aurore Rimlinger, Jérôme Duminil, Taïna Lemoine, Marie-Louise Avana, Armel Chakocha, Alexis Gakwavu, Franca Mboujda, Mélanie Tsogo, Marlène Elias, S.M. Carrière
article
Journal of Ethnobiology and Ethnomedicine, BioMed Central, 2021, 17 (1), pp.65. ⟨10.1186/s13002-021-00488-3⟩
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titre
Multi-scale comparative transcriptome analysis reveals key genes and metabolic reprogramming processes associated with oil palm fruit abscission
auteur
Kim Fooyontphanich, Fabienne Morcillo, Thierry Joët, Stéphane Dussert, Julien Serret, Myriam Collin, Philippe Amblard, Sithichoke Tangphatsornruang, Peerapat Roongsattham, Chatchawan Jantasuriyarat, Jean-Luc Verdeil, Timothy Tranbarger
article
BMC Plant Biology, 2021, 21 (1), ⟨10.1186/s12870-021-02874-1⟩
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titre
A Non-Shedding Fruit Elaeis oleifera Palm Reveals Perturbations to Hormone Signaling, ROS Homeostasis, and Hemicellulose Metabolism
auteur
Fabienne Morcillo, Julien Serret, Antoine Beckers, Myriam Collin, Sebastien Tisné, Simon George, Roberto Poveda, Claude Louise, Timothy Tranbarger
article
Genes, MDPI, 2021, 12 (11), ⟨10.3390/genes12111724⟩
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titre
Ten simple rules for switching from face-to-face to remote conference: An opportunity to estimate the reduction in GHG emissions
auteur
Valentin Guignon, Catherine Breton, Jérôme Mariette, Francois Sabot, Julien Fumey, Vincent Lefort, Anna-Sophie Fiston-Lavier
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (10), pp.#e1009321. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009321⟩
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titre
Panache: a Web Browser-Based Viewer for Linearized Pangenomes
auteur
Éloi Durant, Francois Sabot, Matthieu Conte, Mathieu Rouard
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (23), pp.4556-4558. ⟨10.1093/bioinformatics/btab688⟩
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titre
Optimized RNA-Silencing Strategies for Rice Ragged Stunt Virus Resistance in Rice
auteur
Severine Lacombe, Martine Bangratz, Hoang Ta, Thanh Nguyen, Pascal Gantet, Christophe Brugidou
article
Plants, MDPI, 2021, 10 (10), pp.2008. ⟨10.3390/plants10102008⟩
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titre
Editorial: Mobile Elements and Plant Genome Evolution, Comparative Analyzes and Computational Tools
auteur
Ruslan Kalendar, Francois Sabot, Fernando Rodriguez, Gennady Karlov, Lucia Natali, Karine Alix
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2021, 12, pp.Article Number: 735134. ⟨10.3389/fpls.2021.735134⟩
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titre
OryzaGP 2021 update: a rice gene and protein dataset for named-entity recognition
auteur
Pierre Larmande, Yusha Liu, Xinzhi Yao, Jingbo Xia
article
Genomics & Informatics, 2021, 19 (3), pp.e27. ⟨10.5808/gi.21015⟩
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titre
Crop Diversity Management System Commons: Revisiting the Role of Genebanks in the Network of Crop Diversity Actors
auteur
Sélim Louafi, Mathieu Thomas, Elsa Berthet, Flora Pélissier, Killian Vaing, Frédérique Jankowski, Didier Bazile, Jean-Louis Pham, Morgane Leclercq
article
Agronomy, MDPI, 2021, 11 (9), ⟨10.3390/agronomy11091893⟩
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titre
Functional Diversification of euANT/PLT Genes in Oryza sativa Panicle Architecture Determination
auteur
Ai Luong, Hélène Adam, Carole Gauron, Pablo Affortit, Fabrice Ntakirutimana, Ngan Khong, Quang Le, Thi Le, Marie Fournel, Michel Lebrun, James Tregear, Stefan Jouannic
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2021, 12, ⟨10.3389/fpls.2021.692955⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03438862/file/2021_Luong_Frontiers-in-Plant-Science.pdf BibTex
titre
Rice pests in the Republic of Benin: farmers’ perceptions, knowledge and management practices
auteur
Joelle Toffa, Loko Yêyinou Laura Estelle, Djedatin Gustave, Gbemavo Charlemagne, Orobiyi Azize, Tchakpa Cyrille, Ewedje Eben‐ezer, Sabot François
article
Pest Management Science, Wiley, 2021, ⟨10.1002/ps.6546⟩
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titre
A cluster of Ankyrin and Ankyrin-TPR repeat genes is associated with panicle branching diversity in rice
auteur
Giang Khong, Nhu Le, Mai Pham, Helene Adam, Carole Gauron, Hoa Le, Dung Pham, Kelly Colonges, Xuan Pham, Vinh Do, Michel Lebrun, Stefan Jouannic
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2021, 17 (6), ⟨10.1371/journal.pgen.1009594⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03281312/file/2021_Khong_PlosGenetics.pdf BibTex
titre
Genome-Wide Association Mapping of Salinity Tolerance at the Seedling Stage in a Panel of Vietnamese Landraces Reveals New Valuable QTLs for Salinity Stress Tolerance Breeding in Rice
auteur
Thao Le, Floran Gathignol, Huong Vu, Khanh Nguyen, Linh Tran, Hien Vu, Tu Dinh, Françoise Lazennec, Xuan Pham, Anne-Aliénor Véry, Pascal Gantet, Giang Hoang
article
Plants, MDPI, 2021, 10 (6), pp.1088. ⟨10.3390/plants10061088⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03375161/file/LePlants21.pdf BibTex
titre
Pearl millet genotype impacts microbial diversity and enzymatic activities in relation to root-adhering soil aggregation
auteur
Papa Mamadou Sitor Ndour, Cheikh Mbacké Barry, Diamé Tine, Carla de la Fuente Cantó, Mariama Gueye, ​mohamed Barakat, Philippe Ortet, Wafa Achouak, Ibrahima Ndoye, Bassirou Sine, Laurent Laplaze, Thierry Heulin, Laurent Cournac
article
Plant and Soil, Springer Verlag, 2021, 464, pp.109-129. ⟨10.1007/s11104-021-04917-w⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03337505/file/Ndour%20et%20al_%20Plant%20Soil_in%20press_2021.pdf BibTex
titre
Genetic diversity and population structure in Vitis species illustrate phylogeographic patterns in eastern North America
auteur
Jean‐pierre Péros, Peter Cousins, Amandine Launay, Philippe Cubry, Andy Walker, Emilce Prado, Elisa Peressotti, Sabine Wiedemann-Merdinoglu, Valérie Laucou, Didier Merdinoglu, Patrice This, Jean‐michel Boursiquot, Agnès Doligez
article
Molecular Ecology, Wiley, 2021, 30 (10), pp.2333-2348. ⟨10.1111/mec.15881⟩
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titre
PyRice: a Python package for querying Oryza sativa databases
auteur
Quan Do, Ho Bich Hai, Pierre Larmande
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2021, 37 (7), pp.1037-1038. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa694⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-03615370/file/PyRice_final.pdf BibTex
titre
On-farm management of rice diversity, varietal preference criteria, and farmers' perceptions of the African (Oryza glaberrima Steud.) versus Asian rice (Oryza sativa L.) in the Republic of Benin (West Africa): implications for breeding and conservation
auteur
Loko Yêyinou, Ewedje Eben-Ezer, Orobiyi Azize, Djedatin Gustave, Toffa Joelle, Gbemavo Chalemagne, Tchakpa Cyrille, Dieudonné Gavoedo, Sedah Paulin, Francois Sabot
article
Economy Botany, Springer, 2021
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03169601/file/Yeyinou2021.pdf BibTex
titre
Photoperiod dependent transcriptional modifications in key metabolic pathways in Coffea arabica
auteur
Doâa Djerrab, Benoit Bertrand, Jean-Christophe Breitler, Sophie Leran, Eveline Déchamp, Claudine Campa, Célia Barrachina, Genevieve Conejero, Hervé Etienne, Ronan Sulpice
article
Tree Physiology, Oxford University Press (OUP): Policy B - Oxford Open Option B, 2021, 41 (2), pp.302-316. ⟨10.1093/treephys/tpaa130⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02974057/file/tpaa130.pdf BibTex
titre
Tectonics, climate and the diversification of the tropical African terrestrial flora and fauna
auteur
Thomas Couvreur, Gilles Dauby, Anne Blach-Overgaard, Vincent Deblauwe, Steven Dessein, Vincent Droissart, Oliver Hardy, David Harris, Steven Janssens, Alexandra Ley, Barbara Mackinder, Bonaventure Sonké, Marc Sosef, Tariq Stévart, Jens-Christian Svenning, Jan Wieringa, Adama Faye, Alain Missoup, Krystal Tolley, Violaine Nicolas, Stéphan Ntie, Frédéric Fluteau, Cécile Robin, Francois Guillocheau, Doris Barboni, Pierre Sepulchre
article
Biological Reviews, Wiley, 2021, 96 (1), pp.16-51. ⟨10.1111/brv.12644⟩
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https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-02940669/file/couvreur-2020.pdf BibTex
titre
AP2/ERF transcription factors orchestrate very long chain fatty acid biosynthesis during Arabidopsis lateral root development
auteur
Soazig Guyomarc'H, Yohann Boutté, Laurent Laplaze
article
Molecular Plant, Cell Press/Oxford UP, 2021, 14 (2), pp.205-207. ⟨10.1016/j.molp.2021.01.004⟩
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BibTex
titre
RNAi suppression of DNA methylation affects the drought stress response and genome integrity in transgenic poplar
auteur
M.D. Sow, A.L. Le Gac, R. Fichot, S. Lanciano, A. Delaunay, I. Le Jan, M.C. Lesage-Descauses, S. Citerne, J. Caius, V. Brunaud, L. Soubigou-Taconnat, H. Cochard, V. Segura, Cristian Chaparro, Christoph Grunau, C. Daviaud, J. Tost, F. Brignolas, S.H. Strauss, Marie Mirouze, S. Maury
article
New Phytologist, Wiley, 2021, 232 (1), pp.80-97. ⟨10.1111/nph.17555⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03292338/file/Sow-2021-NewPhytol-RNAI-MANUSCRIT.pdf BibTex
titre
What is quantitative plant biology?
auteur
Daphné Autran, George Bassel, Eunyoung Chae, Daphne Ezer, Ali Ferjani, Christian Fleck, Olivier Hamant, Félix Hartmann, Yuling Jiao, Iain Johnston, Dorota Kwiatkowska, Boon Lim, Ari Mahönen, Richard Morris, Bela Mulder, Naomi Nakayama, Ross Sozzani, Lucia Strader, Kirsten ten Tusscher, Minako Ueda, Sebastian Wolf
article
Quantitative Plant Biology, 2021, 2, 16 p. ⟨10.1017/qpb.2021.8⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03323252/file/2021_Autran_Quantitative_Plant_Biology.pdf BibTex
titre
Bioclimate influence on seed germination and seedling morphology parameters in Pterocarpus erinaceus Poir., 1804 (Fabaceae)
auteur
Beda Innocent Adji, Sélastique Doffou Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jérôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier
article
International Journal of Environment, Agriculture and Biotechnology, Infogain Publication, 2021, 6 (3), pp.001-015. ⟨10.22161/ijeab⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03227802/file/Adji_etal_Intern_J_Environ_Agri_Biotechnology_2021_6_3.pdf BibTex
titre
The Effect of Four Abiotic Factors on Macro-Anatomical Markers Development in Parkia biglobosa, Jack, R. Br., 1830 (Fabaceae) Crown
auteur
Beda Innocent Adji, Doffou Sélastique Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jerôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier
article
American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2021, 12 (04), pp.645-661. ⟨10.4236/ajps.2021.124044⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03211834/file/Adji_etal_American_J_Plant_Sci_2021_12_.pdf BibTex
titre
Allometric models for non-destructive estimation of dry biomass and leaf area in Khaya senegalensis (Desr.) A. Juss (Meliaceae), Pterocarpus erinaceus Pear. (Fabaceae) and Parkia biglobosa, Jack, R. Br. (Fabaceae)
auteur
Beda Innocent Adji, Doffou Sélastique Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Philippe de Reffye, Jerôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier, Marc Jaeger
article
Trees - Structure and Function, Springer Verlag, 2021, 35, pp.1905-1920. ⟨10.1007/s00468-021-02159-y⟩
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BibTex
titre
Effect of the seeds provenance and treatment on the germination rate and plants growth of four forest trees species of Côte d’Ivoire
auteur
Sélastique Doffou Akaffou, Aimé Kouassi Kouame, Nestor Bi Boh Gore, Georges Yao Abessika, Perla Hamon, Sylvie-Annabel Sabatier, Jérôme Duminil
article
Journal of Forestry Research, Springer Verlag, 2021, 32, pp.161-169. ⟨10.1007/s11676-019-01064-y⟩
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BibTex
titre
Studies in Neotropical Araliaceae. Three new species of Sciodaphyllum P. Browne (Araliaceae) with globose capitate inflorescences from Ecuador and Peru
auteur
Carlos Rodrigues-Vaz, Gregory Plunkett, Porter P. Lowry Il
article
Brittonia, Springer Verlag, 2021, 73 (3), pp.262-273. ⟨10.1007/s12228-021-09661-0⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03439405/file/Rodrigues-Vaz%26al2021_Studies%20in%20Neotropical%20Araliaceae.%20VIII.%20Three%20new%20species%20Sciodaphyllum%20P.%20Browne%20%28Araliaceae%29%20with%20globose%20capitate%20inflorescences%20Ecuador%20Peru%20%281%29.pdf BibTex
titre
Pulled Diversification Rates, Lineages-Through-Time Plots, and Modern Macroevolutionary Modeling
auteur
Andrew J. Helmstetter, Sylvain Glémin, Jos Käfer, Rosana Zenil-Ferguson, Hervé Sauquet, Hugo de Boer, Leo-Paul M. J. Dagallier, Nathan Mazet, Eliette L. Reboud, Thomas L. P. Couvreur, Fabien L. Condamine
article
Systematic Biology, Oxford University Press (OUP), 2021, ⟨10.1093/sysbio/syab083⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03629564/file/syab083.pdf BibTex
titre
Assessment of genetic diversity of rice in registered cultivars and farmers' fields in Burkina Faso
auteur
Mariam Barro, K.A. Konate, I. Wonni, A.I. Kassankogno, François Sabot, Laurence Albar, I. Somda, Gilles Béna, Alain Ghesquière, H. Kam, M. Sié, Philippe Cubry, Charlotte Tollenaere
article
Crops, MDPI, 2021, 1 (3), pp.129-141. ⟨10.3390/crops1030013⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03413875/file/Barro-Crops-2021-CC-BY.pdf BibTex
titre
Bopopia, a new monotypic genus of Gesneriaceae (Gesnerioideae, Coronanthereae) from New Caledonia
auteur
Jérémie Morel, Jérôme Duminil, Jérôme Munzinger
article
European Journal of Taxonomy, Consortium of European Natural History Museums, 2021, 736 (1), pp.82-101. ⟨10.5852/ejt.2021.736.1253⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03154807/file/Morel_etal_Euro_J_Taxonomy_2021_736-1.pdf BibTex
titre
Organ geometry channels reproductive cell fate in the Arabidopsis ovule primordium
auteur
Elvira Hernandez-Lagana, Gabriella Mosca, Ethel Mendocilla-Sato, Nuno Pires, Anja Frey, Alejandro Giraldo-Fonseca, Caroline Michaud, Ueli Grossniklaus, Olivier Hamant, Christophe Godin, Arezki Boudaoud, Daniel Grimanelli, Daphné Autran, Célia Baroux
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2021, 10, pp.e66031. ⟨10.7554/eLife.66031⟩
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titre
Multi-Approach Analysis Reveals Local Adaptation in a Widespread Forest Tree of Reunion Island
auteur
Edith Garot, Stephane Dussert, Frédéric Domergue, Thierry Joët, Isabelle Fock-Bastide, Marie-Christine Combes, Philippe Lashermes
article
Plant and Cell Physiology, Oxford University Press (OUP), In press, ⟨10.1093/pcp/pcaa160⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-03170229/file/pcaa160.pdf BibTex
titre
Species-level ichthyoplankton dynamics for 97 fishes in two major river basins of the Amazon using quantitative metabarcoding
auteur
Cedric Mariac, Jean-Francois Renno, Carmen Garcia-Davila, Yves Vigouroux, Eduardo Mejia, Carlos Angulo, Diana Castro Ruiz, Guillain Estivals, Christian Nolorbe, Aurea Garcia Vasquez, Jesus Nuñez, Gerard Cochonneau, Mayra Flores, Jhon Alvarado, Jose Vertiz, Werner Chota-Macuyama, Homero Sanchez, Guido Miranda, Fabrice Duponchelle
article
Molecular Ecology, Wiley, 2021, ⟨10.1111/mec.15944⟩
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titre
ANCHOR: A Technical Approach to Monitor Single-Copy Locus Localization in Planta
auteur
Anis Meschichi, Mathieu Ingouff, Claire Picart, Marie Mirouze, Sophie Desset, Franck Gallardo, Kerstin Bystricky, Nathalie Picault, Stefanie Rosa, Frédéric Pontvianne
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2021, 12, pp.677849. ⟨10.3389/fpls.2021.677849⟩
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https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-03313521/file/ANCHOR_Meschichi_2021.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
AgroLD: A knowledge graph for the plant sciences
auteur
Pierre Larmande, Konstantin Todorov
article
20th International Semantic Web Conference (ISWC 2021), Oct 2021, Virtual, France. pp.496-510, ⟨10.1007/978-3-030-88361-4_29⟩
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titre
AgroLD: A Knowledge Graph for the Plant Sciences
auteur
Pierre Larmande, Konstantin Todorov
article
ISWC 2021 - 20th International Semantic Web Conference, Oct 2021, Virtual, France. pp.496-510, ⟨10.1007/978-3-030-88361-4_29⟩
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titre
AgroLD: une base de connaissances pour l'étude du phénome des plantes cultivées
auteur
Pierre Larmande, Tagny Gildas, Manuel Ruiz
article
EGC 2021 - 21ème Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2021, Montpellier (virtuel), France
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Chapitre d'ouvrage

titre
Utility of the Mitochondrial Genome in Plant Taxonomic Studies
auteur
Jérôme Duminil, Guillaume Besnard
article
Molecular Plant Taxonomy, 2222, Springer US, pp.107-118, 2021, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-0997-2_6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03388590/file/Book%20Chapter_HAL%20%281%29.pdf BibTex
titre
Agrobiodiversité et transition agroécologique : regards croisés de chercheurs et paysans
auteur
A. Cissé, Cécile Berthouly-Salazar, S.N. Sall, D. Renard, Cathy Clermont-Dauphin, A. Ndiaye, Adeline Barnaud, N.A. Kane
article
Profizi, Jean Pierre (ed.); Ardila-Chauvet, Stéphanie (ed.); Ranarijaona, H. L. T. (ed.); Sonke, B. (ed.); Billot, C. (ed.); Couteron, Pierre (ed.); Delmas, M. (ed.); Diep, T.M.H. (ed.); Grandcolas, P. (ed.); Kokou, K. (ed.); Muller, S. (ed.); Rana, Anshuman (ed.). Biodiversité des écosystèmes intertropicaux : connaissance, gestion durable et valorisation, IRD, pp.539-550, 2021, Synthèses, 978-2-7099-2938-7
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titre
Identification of extrachromosomal circular forms of active transposable elements using mobilome-seq
auteur
S. Lanciano, Panpan Zhang, C. Llauro, Marie Mirouze
article
Cho, Jungnam (ed.). Plant transposable elements : methods and protocols, Humana Press - Springer, pp.87-93, 2021, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-1133-3. ⟨10.1007/978-1-0716-1134-0_7⟩
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titre
Palmiers (Arecaceae) de Madagascar : élaboration d'une stratégie de conservation et d'utilisation durable
auteur
M. Rakotoarinivo, J. Dransfield, H. Beentje, V.M. Rafidison, R.D. Turk, Thomas Couvreur, S.H. Rapanarivo, S. Andriambololonera, W..J. Baker
article
Profizi, Jean Pierre (ed.); Ardila-Chauvet, Stéphanie (ed.); Ranarijaona, H. L. T. (ed.); Sonke, B. (ed.); Billot, C. (ed.); Couteron, Pierre (ed.); Delmas, M. (ed.); Diep, T.M.H. (ed.); Grandcolas, P. (ed.); Kokou, K. (ed.); Muller, S. (ed.); Rana, Anshuman (ed.). Biodiversité des écosystèmes intertropicaux : connaissance, gestion durable et valorisation, IRD, pp.671-681, 2021, Synthèses, 978-2-7099-2938-7
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titre
Conclusion
auteur
Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.311-315, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre
Introduction générale
auteur
Catherine Aubertin, Anne Nivart, Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.15-23, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre
ABS and the digitisation of the living world
auteur
Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, A. (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.289-303, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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titre
Genetic resources : from domestication to biological resource centres
auteur
Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, A. (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.31-46, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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titre
L'APA face à la numérisation du vivant
auteur
Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.295-309, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre
Les ressources génétiques : de la domestication aux centres de ressources biologiques
auteur
Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). La nature en partage : autour du protocole de Nagoya, IRD; MNHN, pp.31-47, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2909-7
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titre
Conclusion
auteur
Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, A. (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.305-309, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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titre
General introduction
auteur
Catherine Aubertin, A. Nivart, Jean-Louis Pham
article
Aubertin, Catherine (ed.); Nivart, Anne (ed.). Nature in common : beyond the Nagoya protocol, IRD; MNHN, pp.15-23, 2021, Objectifs Suds, 978-2-7099-2911-0
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Autre publication

titre
Using small fragments to discover old TE remnants: the Duster approach empowers the TE detection
auteur
Francois Sabot
article
2021, pp.100004. ⟨10.24072/pci.genomics.100004⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03146002/file/DOC.pdf BibTex

Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Key descriptors for Dacryodes edulis (G.Don) H.J. Lam
auteur
A. Muchugi, J. Chege, A. Tsobeng, S. Kang'Ethe, R. Jamnadass, S. Cognetti de Martiis, A.L. Cerutti, A. Alercia, Stéphanie M. Carrière, Jérôme Duminil, Aurore Rimlinger
article
World Agroforestry - ICRAF, 11 p., 2021, 978-9966-108-42-5
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Poster

titre
AgroLD: A Knowledge Graph Database for plant functional genomics
auteur
Bertrand Pitollat, Ndomassi Tando, Mathieu Rouard, Gaetan Droc, Aravind Venkatesan, Gildas Tagny, Nordine El Hassouni, Imene Chentli, Valentin Guignon, Clement Jonquet, Manuel Ruiz, Pierre Larmande
article
JOBIM 2021, Jul 2021, Paris, France. 2018, ⟨10.1101/325423⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03269813/file/96_LARMANDE_JOBIM.pdf BibTex

Rapport

titre
Second-year Report—Sept. 2021. Ethnographic, genetic, and morphometric analyses of the date palm agrobiodiversity in al-‘Ulā oasis
auteur
Vincent Battesti, Muriel Gros-Balthazard
article
[Research Report] CNRS, IRD. 2021, pp.22
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titre
Rapport du groupe de travail sur les cahiers de laboratoires électroniques
auteur
Gilles Mathieu, Dominique Pigeon, Tovo Rabemanantsoa, Christophe Chipeaux, Simon Duvillard, Célya Gruson-Daniel, Marie Herbet, Arnaud Legrand, Nathalie Leon, Domenico Libri, Jean-Baptiste Lily, Agnès Pinet, Francois Sabot, Moussa Seydi, Véronique Theisen
article
[Rapport de recherche] Comité pour la science ouverte. 2021, 68 p
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https://hal-lara.archives-ouvertes.fr/hal-03563244/file/Rapport_GT_ELN_v3.2-2022-01-04%28FINAL%29.pdf BibTex

Thèse

titre
Génétique et Epigénétique du phénomène de paramutation chez le maïs
auteur
Juliette Aubert
article
Sciences agricoles. Université Montpellier, 2021. Français. ⟨NNT : 2021MONTG093⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03615692/file/2021_AUBERT_archivage.pdf BibTex
titre
Diversification of the tropical African flora : spatial and temporal approaches
auteur
Léo-Paul Dagallier
article
Vegetal Biology. Université Montpellier, 2021. English. ⟨NNT : 2021MONTG068⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03599457/file/DAGALLIER_2021_archivage.pdf BibTex
titre
Histoire évolutive de l’arbre fruitier Dacryodes edulis : implications pour sa conservation et sa gestion durable
auteur
Aurore Rimlinger
article
Biologie végétale. Université Montpellier, 2021. Français. ⟨NNT : 2021MONTG015⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03663063/file/2021_RIMLINGER_archivage.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Hypomethylated poplars show higher tolerance to water deficit and highlight a dual role for DNA methylation in shoot meristem: regulation of stress response and genome integrity
auteur
M.D. Sow, A-L Le Gac, R. Fichot, S. Lanciano, A. Delaunay, I. Le Jan, M-C Lesage-Descauses, S. Citerne, J. Caius, V. Brunaud, L. Soubigou-Taconnat, H. Cochard, V. Segura, Cristian Chaparro, Christoph Grunau, C. Daviaud, J. Tost, F. Brignolas, S.H. Strauss, M. Mirouze, S. Maury
article
2021
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03239719/file/Sow-2020-BIORXIV-Hypomethylated.pdf BibTex

2020

Article dans une revue

titre
Transferability, development of simple sequence repeat (SSR) markers and application to the analysis of genetic diversity and population structure of the African fan palm (Borassus aethiopum Mart.) in Benin
auteur
Mariano Joly Kpatènon, Kolawolé Valère Salako, Sylvain Santoni, Leila Zekraoui, Muriel Latreille, Christine Tollon-Cordet, Cédric Mariac, Estelle Jaligot, Thierry Beulé, Kifouli Adéoti
article
BMC Genetics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12863-020-00955-y⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03105540/file/2020_Joly%20Kpatenan_BMC-Genetics.pdf BibTex
titre
Threatened fish spawning area revealed by specific metabarcoding identification of eggs and larvae in the Beni River, upper Amazon
auteur
Guido Miranda-Chumacero, Cédric Mariac, Fabrice Duponchelle, Lilian Painter, Robert Wallace, Gérard Cochonneau, Jorge Molina-Rodriguez, Carmen Garcia-Davila, Jean-François Renno
article
Global Ecology and Conservation, Elsevier, 2020, 24, pp.e01309. ⟨10.1016/j.gecco.2020.e01309⟩
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titre
Transcriptome profiling of laser-captured crown root primordia reveals new pathways activated during early stages of crown root formation in rice
auteur
Jérémy Lavarenne, Mathieu Gonin, Antony Champion, Marie Javelle, Hélène Adam, Jacques Rouster, Geneviève Conejéro, Marc Lartaud, Jean-Luc Verdeil, Laurent Laplaze, Christophe Sallaud, Mikael Lucas, Pascal Gantet
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2020, 15 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0238736⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03117221/file/2020_Lavarenne_PlosOne.pdf BibTex
titre
Agromorphological Characterization Revealed Three Phenotypic Groups in a Region-Wide Germplasm of Fonio (Digitaria exilis (Kippist) Stapf) from West Africa
auteur
Abdou R. Ibrahim Bio Yerima, E. G. Achigan-Dako, Aissata Mamadou, Emmanuel Sekloka, Claire Billot, Charlotte O. A. Adje, Adeline Barnaud, Yacoubou Bakasso
article
Agronomy, MDPI, 2020, 10 (11), ⟨10.3390/agronomy10111653⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03126724/file/2020_Yerima_Agronomy.pdf BibTex
titre
Aquaporins are main contributors to root hydraulic conductivity in pearl millet [Pennisetum glaucum (L) R. Br.]
auteur
Alexandre Grondin, Pablo Affortit, Christine Tranchant-Dubreuil, Carla de la Fuente-Cantó, Cédric Mariac, Pascal Gantet, Vincent Vadez, Yves Vigouroux, Laurent Laplaze
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2020, ⟨10.1371/journal.pone.0233481⟩
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https://hal.ird.fr/ird-02956421/file/journal.pone.0233481.pdf BibTex
titre
COMOKIT: A Modeling Kit to Understand, Analyze, and Compare the Impacts of Mitigation Policies Against the COVID-19 Epidemic at the Scale of a City
auteur
Benoit Gaudou, Nghi Quang Huynh, Damien Philippon, Arthur Brugière, Kevin Chapuis, Patrick Taillandier, Pierre Larmande, Alexis Drogoul
article
Frontiers in Public Health, Frontiers Media S.A., 2020, 8, pp.563247. ⟨10.3389/fpubh.2020.563247⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02968260/file/fpubh-08-563247.pdf BibTex
titre
Fonio millet genome unlocks African orphan crop diversity for agriculture in a changing climate
auteur
Michael Abrouk, Hanin Ibrahim Ahmed, Philippe Cubry, Denisa Šimoníková, Stéphane Cauet, Yveline Pailles, Jan Bettgenhaeuser, Liubov Gapa, Nora Scarcelli, Marie Couderc, Leila Zekraoui, Nagarajan Kathiresan, Jana Čížková, Eva Hřibová, Jaroslav Doležel, Sandrine Arribat, Hélène Bergès, Jan Wieringa, Mathieu Gueye, Ndjido Kane, Christian Leclerc, Sandrine Causse, Sylvie Vancoppenolle, Claire Billot, Thomas Wicker, Yves Vigouroux, Adeline Barnaud, Simon Krattinger
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2020, 11 (1), ⟨10.1038/s41467-020-18329-4⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03105377/file/2020_Abrouk_Nature-Communications.pdf BibTex
titre
Paris Climate Agreement: Promoting Interdisciplinary Science and Stakeholders’ Approaches for Multi-Scale Implementation of Continental Carbon Sequestration
auteur
Tiphaine Chevallier, Maud Loireau, Romain Courault, Lydie Chapuis-Lardy, Thierry Desjardins, Cécile Gomez, Alexandre Grondin, Frédéric Guérin, Didier Orange, Raphaël Pelissier, Georges Serpantié, Marie-Hélène Durand, Pierre Dérioz, Goulven Gildas Laruelle, Marie-Hélène Schwoob, Nicolas Viovy, Olivier Barrière, Eric Blanchart, Vincent Blanfort, Michel Brossard, Julien Demenois, Mireille Fargette, Thierry Heulin, Gil Mahe, Raphaël J. Manlay, Pascal Podwojewski, Cornélia Rumpel, Benjamin Sultan, Jean-Luc Chotte
article
Sustainability, MDPI, 2020, 12 (17), pp.6715. ⟨10.3390/su12176715⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02920103/file/sustainability-12-06715-v2.pdf BibTex
titre
A transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
auteur
Mohamed Mourdas, Nguyet Dang, Yuki Ogyama, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Matthieu Boulesteix, Vincent Mérel, Philippe Veber, Judit Salces-Ortiz, Dany Severac, Alain Pélisson, Cristina Vieira, François Sabot, Marie Fablet, Séverine Chambeyron
article
Cells, MDPI, 2020, 9 (8), pp.1776. ⟨10.3390/cells9081776⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02905128/file/cells-864342-revised.pdf BibTex
titre
Enabling a fast annotation process with the Table2Annotation tool
auteur
Pierre Larmande, Kazim Muhammed Jibril
article
Genomics & Informatics, 2020, 18 (2), pp.e19. ⟨10.5808/GI.2020.18.2.e19⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-03615375/file/gi-2020-18-2-e19.pdf BibTex
titre
An extended root phenotype: the rhizosphere, its formation and impacts on plant fitness
auteur
Carla de la Fuente Cantó, Marie Simonin, Eoghan King, Lionel Moulin, Malcolm Bennett, Gabriel Castrillo, Laurent Laplaze
article
Plant Journal, Wiley, 2020, 14 p. ⟨10.1111/tpj.14781⟩
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BibTex
titre
Overexpression of MADS-box Gene AGAMOUS-LIKE 12 Activates Root Development in Juglans sp. and Arabidopsis thaliana
auteur
Gregory Montiel, Muriel Gaudet, Françoise Laurans, Philippe Rozenberg, Matthieu Simon, Pascal Gantet, Christian Jay-Allemand, Christian Breton
article
Plants, MDPI, 2020, 9 (4), pp.444. ⟨10.3390/plants9040444⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02559889/file/Montiel-Plants-2020-CC-BY.pdf BibTex
titre
DNA Methylation Readers in Plants
auteur
Daniel Grimanelli, Mathieu Ingouff
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2020, 432, pp.1706 - 1717. ⟨10.1016/j.jmb.2019.12.043⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03489574/file/S0022283620300279.pdf BibTex
titre
Population genomics of the widespread African savannah trees Afzelia africana and Afzelia quanzensis reveals no significant past fragmentation of their distribution ranges
auteur
Armel Donkpegan, Rosalía Piñeiro, Myriam Heuertz, Jérôme Duminil, Kasso Daïnou, Jean‐louis Doucet, Olivier Hardy
article
American Journal of Botany, Botanical Society of America, 2020, 107 (3), pp.498-509. ⟨10.1002/ajb2.1449⟩
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BibTex
titre
Agricultural innovation and environmental change on the floodplains of the Congo River
auteur
Marion Comptour, Ariane Cosiaux, Oliver T. Coomes, Jean-Claude Bader, Pierre-Olivier Malaterre, Joseph Yoka, Sophie Caillon, Doyle Mckey
article
Geographical Journal, Wiley, 2020, 186 (1), pp.16-30. ⟨10.1111/geoj.12314⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02424337/file/Comptour_2019.pdf BibTex
titre
Geospatial assessment for crop physiological and management improvements with examples using the simple simulation model
auteur
Thomas Sinclair, Afshin Soltani, Hélène Marrou, Michel Ghanem, Vincent Vadez
article
Crop Science, Crop Science Society of America, 2020, 60 (2), pp.700-708. ⟨10.1002/csc2.20106⟩
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BibTex
titre
Thirty Years of Genome Engineering in Rice: From Gene Addition to Gene Editing
auteur
Donaldo Meynard, Aurore Vernet, Anne-Cécile Meunier, Delphine Mieulet, Martine Bès, Murielle Portefaix, Jean-Christophe Breitler, Christophe Perin, Emmanuel Guiderdoni
article
Annual Plant Reviews, Wiley Online Library 2020, 3 (1), pp.1-75. ⟨10.1002/9781119312994.apr0662⟩
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BibTex
titre
Unmasking continental natal homing in goliath catfish from the upper Amazon
auteur
Marilia Hauser, Fabrice Duponchelle, Theodore Hermann, Karin Limburg, Leandro Castello, Donald Stewart, Gislene Torrente‐vilara, Aurea García‐vásquez, Carmen García‐davila, Marc Pouilly, Christophe Pécheyran, Emmanuel Ponzevera, Jean‐françois Renno, Arthur Moret, Carolina Doria
article
Freshwater Biology, Wiley, 2020, 65 (2), pp.325-336. ⟨10.1111/fwb.13427⟩
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BibTex
titre
The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
auteur
Simon Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel Markov, André Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Marine Genomics, Elsevier, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02866117/file/307165v3.full.pdf BibTex
titre
Phenotypic diversity assessment wihin a major ex situ collection of coffees in Madagascar
auteur
Aurore Rimlinger, Nathalie Raharimalala, Véronique Letort, Jean-Jacques Rakotomalala, Dominique Crouzillat, Romain Guyot, Perla Hamon, Sylvie Sabatier
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 126 (5), pp.849-863. ⟨10.1093/aob/mcaa073⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03167205/file/artfloraison-31janvier2020.pdf BibTex
titre
Complex evolutionary history of coffees revealed by full plastid genomes and 28,800 nuclear SNP analyses, with particular emphasis on Coffea canephora (Robusta coffee)
auteur
Jean-Claude Charr, Andrea Garavito, Christophe Guyeux, Dominique Crouzillat, Patrick Descombes, Coralie Fournier, Serigne Ly, Eva Raharimalala, Jean-Jacques Rakotomalala, Piet Stoffelen, Steven Janssens, Perla Hamon, Romain Guyot
article
Molecular Phylogenetics and Evolution, Elsevier, 2020, 151, ⟨10.1016/j.ympev.2020.106906⟩
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BibTex
titre
Structural and Functional Annotation of Transposable Elements Revealed a Potential Regulation of Genes Involved in Rubber Biosynthesis by TE-Derived siRNA Interference in Hevea brasiliensis
auteur
Shuangyang Wu, Romain Guyot, Stéphanie Bocs, Gaëtan Droc, Fetrina Oktavia, Songnian Hu, Chaorong Tang, Pascal Montoro, Julie Leclercq
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2020, 21 (12), pp.4220. ⟨10.3390/ijms21124220⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02923368/file/2020_wu_int_journal_molecular_sciences.pdf BibTex
titre
Environmental and trophic determinism of fruit abscission and outlook with climate change in tropical regions
auteur
Sebastien Tisné, Marie Denis, Hubert Domonhedo, Benoit Pallas, Michel Cazemajor, Timothy J. Tranbarger, Fabienne Morcillo
article
Plant-Environment Interactions, 2020, 1, pp.17 - 28. ⟨10.1002/pei3.10011⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02924529/file/pei3.10011-1.pdf BibTex
titre
New insights on spatial genetic structure and diversity of Coffea canephora (Rubiaceae) in Upper Guinea based on old herbaria
auteur
Jean-Pierre Labouisse, Philippe Cubry, Frédéric Austerlitz, Ronan Rivallan, Hong Anh Nguyen
article
Plant Ecology and Evolution, Botanic Garden Meise and Royal Botanical Society of Belgium, 2020, 153 (1), pp.82-100. ⟨10.5091/plecevo.2020.1584⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02546041/file/Labouisse_2020_coffea_upper_guinea.pdf BibTex
titre
Palm seed and fruit lipid composition : phylogenetic and ecological perspectives
auteur
C. Guerin, Julien Serret, R. Montufar, Virgine Vaissayre, Aldecinei Bastos-Siqueira, T. Durand-Gasselin, James Tregear, F. Morcillo, Stéphane Dussert
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 125 (1), p. 157-172. ⟨10.1093/aob/mcz175⟩
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titre
The rhizosheath: from desert plants adaptation to crop breeding
auteur
Papa Mamadou Sitor Ndour, Thierry Heulin, Wafa Achouak, Laurent Laplaze, Laurent Cournac
article
Plant and Soil, Springer Verlag, 2020, 456, pp.1-13. ⟨10.1007/s11104-020-04700-3⟩
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titre
Ethnicity Differences in Uses and Management Practices of Bitter Kola Trees (Garcinia kola) in Cameroon
auteur
Boniface Tientcheu Yogom, Marie-Louise Avana-Tientcheu, Marcelle Franca Meguem Mboujda, Stephane Momo Takoudjou, Théophile Fonkou, Alain Tsobeng, Adeline Barnaud, Jérôme Duminil
article
Economic Botany, Springer Verlag, 2020, 74, pp.429-444. ⟨10.1007/s12231-020-09508-x⟩
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titre
Influence of Different Environments on Germination Parameters and Seedling Morphology in Khaya senegalensis (Desr.) A. Juss (Meliaceae)
auteur
Beda Innocent Adji, Sélastique Doffou Akaffou, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jerôme Duminil, Sylvie-Annabel Sabatier
article
American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2020, 11 (10), pp.1579-1600. ⟨10.4236/ajps.2020.1110114⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03141198/file/ajps_2020102314131765-2.pdf BibTex
titre
Large tandem duplications affect gene expression, 3D organization, and plant–pathogen response
auteur
Ariadna Picart-Picolo, Stefan Grob, Nathalie Picault, Michal Franek, Christel Llauro, Thierry Halter, Tom Maier, Edouard Jobet, Julie Descombin, Panpan Zhang, Vijayapalani Paramasivan, Thomas Baum, Lionel Navarro, Martina Dvořáčková, Marie Mirouze, Frédéric Pontvianne
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, In press, ⟨10.1101/gr.261586.120⟩
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https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-02962580/file/Genome%20Res.-2020-Picart-Picolo-gr.261586.120.pdf BibTex
titre
On the necessity of combining ethnobotany and genetics to assess agrobiodiversity and its evolution in crops: A case study on date palms (Phoenix dactylifera L.) in Siwa Oasis, Egypt
auteur
Muriel Gros-Balthazard, Vincent Battesti, Sarah Ivorra, Laure Paradis, Frédérique Aberlenc, Oumarou Zango, Salwa Zehdi-Azouzi, Souhila Moussouni, Summar Abbas Naqvi, Claire Newton, Jean-Frédéric Terral
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2020, 13 (8), pp.1818-1840. ⟨10.1111/eva.12930⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02375285/file/On%20the%20necessity%20of%20combining%20ethnobotany%20and%20genetics%20to%20assess%20agrobiodiversity%20and%20its%20evolution%20in%20crops%2C%20A%20case%20study%20on%20date%20palms%20%28Phoenix%20dactylifera%20L.%29%20in%20Siwa%20Oasis%2C%20Egypt%2C%20M.%20Gros-Balthazard%20%26%20V.%20Battesti%20et%20al.%20%282020%29-hal-02375285%20v2.pdf BibTex
titre
A large-scale species level dated angiosperm phylogeny for evolutionary and ecological analyses
auteur
Steven Janssens, Thomas Couvreur, Arne Mertens, Gilles Dauby, Léo-Paul Dagallier, Samuel Vanden Abeele, Filip Vandelook, Maurizio Mascarello, Hans Beeckman, Marc Sosef, Vincent Droissart, Michelle van der Bank, Olivier Maurin, William Hawthorne, Cicely Marshall, Maxime Réjou-Méchain, Denis Beina, Fidele Baya, Vincent Merckx, Brecht Verstraete, Olivier Hardy
article
Biodiversity Data Journal, Pensoft, 2020, 8 (e39677), ⟨10.3897/BDJ.8.e39677⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02460774/file/Janssens_eta_BDJ_2020_8_39677.pdf BibTex
titre
Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa
auteur
Léo-Paul Dagallier, Steven Janssens, Gilles Dauby, Anne Blach-Overgaard, Barbara Mackinder, Vincent Droissart, Jens-Christian Svenning, Marc Sosef, Tariq Stévart, David Harris, Bonaventure Sonké, Jan Wieringa, Olivier J. Hardy, Thomas Couvreur
article
New Phytologist, Wiley, 2020, 225 (5), pp.2196-2213. ⟨10.1111/nph.16293⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02407084/file/Dauby_etal_New_Phytol_2019.pdf BibTex
titre
Seed comparative genomics in three coffee species identify desiccation tolerance mechanisms in intermediate seeds
auteur
Anna Stavrinides, Stéphane Dussert, Marie-Christine Combes, Isabelle Fock-Bastide, Dany Severac, Jérôme Minier, Aldecinei Bastos-Siqueira, Vincent Demolombe, Sonia Hem, Philippe Lashermes, Thierry Joët
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 71 (4), pp.1-16/erz508. ⟨10.1093/jxb/erz508⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-02403786/file/erz508.pdf BibTex
titre
Le report de la COP15 : une opportunité pour repenser le mécanisme d'accès aux ressources génétiques et de partage des avantages
auteur
Catherine Aubertin, Jean-Louis Pham
article
Écologie & politique : sciences, culture, société, Le bord de l'eau éditions / Presses de Sciences Po / Syllepses / Ecopresse, 2020, 61, pp.163-170. ⟨10.3917/ecopo1.061.0163⟩
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Communication dans un congrès

titre
Candidate gene prioritization using graph embedding
auteur
Quan Do, Pierre Larmande
article
RIVF 2020 - International Conference on Computing and Communication Technologies, Oct 2020, Ho Chi Minh City, France. pp.1-6, ⟨10.1109/RIVF48685.2020.9140776⟩
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titre
Candidate gene prioritization using graph embedding
auteur
Quan Do, Pierre Larmande
article
IEEE-RIVF 2020, Apr 2020, Ho Chi Minh City, Vietnam
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Chapitre d'ouvrage

titre
Establishment of actinorhizal symbiosis in response to ethylene, salicylic acid, and jasmonate
auteur
M. Ngom, M. Cissoko, K. Gray, Valérie Hocher, Laurent Laplaze, M.O. Sy, Sergio Svistoonoff, Antony Champion
article
Champion, Antony (ed.); Laplaze, Laurent (ed.). Jasmonate in plant biology : methods and protocols, Humana Press, pp.117-130, 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6_9⟩
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titre
Advances in Frankia genome studies and molecular aspects of tolerance to environmental stresses
auteur
Nathalie Diagne, Pape Ibrahima Djighaly, Mariama Ngom, Céline Pesce, Antony Champion, Sergio Svistoonoff, Valérie Hocher, Louis Tisa
article
Molecular Aspects of Plant Beneficial Microbes in Agriculture, Elsevier, pp.381-389, 2020, ⟨10.1016/B978-0-12-818469-1.00031-6⟩
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titre
Le protocole de Nagoya, entre ambition et efficacité
auteur
Jean-Louis Pham
article
Agnèse, Jean-François (dir.); Dangles, Olivier (dir.); Rodary, Estienne (dir.); Verdier, Valérie (préf.); Sabrié, Marie-Lise (ed.); Mourier, Thomas (ed.); Lavagne, Corinne (ed.); Thivent, V. (rédac.). Biodiversité au Sud : recherches pour un monde durable, IRD, pp.22-23, 2020, 978-2-7099-2850-2
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titre
Use of fluorescent reporters to analyse dynamic and spatial responses to mechanical wounding
auteur
A. Larrieu, T.H. Nguyen, Antony Champion
article
Champion, Antony (ed.); Laplaze, Laurent (ed.). Jasmonate in plant biology : methods and protocols, Humana Press, pp.161-168, 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6_12,⟩
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titre
CRISPR/Cas9-mediated gene editing of the jasmonate biosynthesis OsAOC gene in rice
auteur
T. H. Nguyen, H. To Thi Mai, Daniel Moukouanga, Michel Lebrun, Stéphane Bellafiore, Antony Champion
article
Champion, Antony (ed.); Laplaze, Laurent (ed.). Jasmonate in plant biology : methods and protocols, Humana Press, pp.199-209, 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6_15⟩
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titre
Le riz comme bien commun
auteur
Alain Ghesquière
article
Agnèse, Jean-François (dir.); Dangles, Olivier (dir.); Rodary, Estienne (dir.); Verdier, Valérie (préf.); Sabrié, Marie-Lise (ed.); Mourier, Thomas (ed.); Lavagne, Corinne (ed.); Thivent, V. (rédac.). Biodiversité au Sud : recherches pour un monde durable, IRD, pp.60-61, 2020, 978-2-7099-2850-2
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titre
Gardiens de la diversité agronomique
auteur
Serge Hamon, Yves Vigouroux
article
Agnèse, Jean-François (dir.); Dangles, Olivier (dir.); Rodary, Estienne (dir.); Verdier, Valérie (préf.); Sabrié, Marie-Lise (ed.); Mourier, Thomas (ed.); Lavagne, Corinne (ed.); Thivent, V. (rédac.). Biodiversité au Sud : recherches pour un monde durable, IRD, pp.58-59, 2020, 978-2-7099-2850-2
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HDR

titre
Intégration de données multi-échelles et extraction de connaissances en agronomie : exemples et perspectives
auteur
Pierre Larmande
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Montpellier, 2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-02105913/file/hdr_manuscript_final.pdf BibTex

Autre publication

titre
Designing social simulation to (seriously) support decision-making: COMOKIT, an agent-based modelling toolkit to analyse and compare the impacts of public health interventions against COVID-19
auteur
Alexis Drogoul, Patrick Taillandier, Benoit Gaudou, Marc Choisy, Kevin Chapuis, Nghi Huynh Quang, Doanh Nguyen-Ngoc, Damien Philippon, Arthur Brugière, Pierre Larmande
article
2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02968321/file/DesigningSocialSimulation%20to%20%28seriously%29%20support%20decision-making.pdf BibTex

Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Jasmonate in plant biology : methods and protocols
auteur
Antony Champion, Laurent Laplaze
article
Humana Press, 227 p., 2020, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-0141-9. ⟨10.1007/978-1-0716-0142-6⟩
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Rapport

titre
First-year Report—Sept. 2020. Ethnographic, genetic, and morphometric analyses of the date palm agrobiodiversity in al-‘Ulā oasis
auteur
Vincent Battesti, Muriel Gros-Balthazard
article
[Research Report] CNRS, IRD. 2020, pp.19
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Thèse

titre
Effets de la symbiose endomycorhizienne sur la tolérance au stress hydrique chez le riz
auteur
Branly Wilfried Effa Effa
article
Sciences agricoles. Université Montpellier, 2020. Français. ⟨NNT : 2020MONTG035⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03197839/file/2020_EFFA_EFFA_archivage.pdf BibTex

2019

Article dans une revue

titre
Corrigendum to: Rice Galaxy: an open resource for plant science
auteur
Venice Juanillas, Alexis Dereeper, Nicolas Beaume, Gaetan Droc, Joshua Dizon, John Robert Mendoza, Jon Peter Perdon, Locedie Mansueto, Lindsay Triplett, Jillian Lang, Gabriel Zhou, Kunalan Ratharanjan, Beth Plale, Jason Haga, Jan Leach, Manuel Ruiz, Michael Thomson, Nickolai Alexandrov, Pierre Larmande, Tobias Kretzschmar, Ramil Mauleon
article
GigaScience, Oxford Univ Press, 2019, 8 (12), ⟨10.1093/gigascience/giz156⟩
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titre
Chitotetraose activates the fungal-dependent endosymbiotic signaling pathway in actinorhizal plant species
auteur
Mireille Chabaud, Joëlle Fournier, Lukas Brichet, Iltaf Abdou-Pavy, Leandro Imanishi, Laurent Brottier, Elodie Pirolles, Valérie Hocher, Claudine Franche, Didier Bogusz, Luis Wallid, Sergio Svistoonoff, Hassen Gherbi, David G. Barker
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2019, 14 (10), pp.e0223149. ⟨10.1371/journal.pone.0223149⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02961598/file/2019_chabaud_plos_one.pdf BibTex
titre
Lateral Root Formation in Arabidopsis: A Well-Ordered LRexit
auteur
Jason Banda, Kevin Bellande, Daniel von Wangenheim, Tatsuaki Goh, Soazig Guyomarc’h, Laurent Laplaze, Malcolm J. Bennett
article
Trends in Plant Science, Elsevier, 2019, 24, pp.826 - 839. ⟨10.1016/j.tplants.2019.06.015⟩
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titre
Unravelling the Metabolic and Hormonal Machinery During Key Steps of Somatic Embryogenesis: A Case Study in Coffee
auteur
Rayan Awada, Claudine Campa, Estelle Gibault, Eveline Déchamp, Frédéric Georget, Maud Lepelley, Cécile Abdallah, Alexender Erban, Frederico Martinez-Seidel, Joachim Kopka, Laurent Legendre, Sophie Léran, Geneviève Conejero, Jean-Luc Verdeil, Dominique Crouzillat, David Breton, Benoit Bertrand, Hervé Etienne
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2019, 20 (19), pp.4665. ⟨10.3390/ijms20194665⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02352508/file/AwadaR.-et%20al-IntJ.Mol.Sci.-2019.pdf BibTex
titre
Species delimitation in the genus Greenwayodendron based on morphological and genetic markers reveals new species
auteur
Brandet‐j. Lissambou, Thomas l.P. Couvreur, Christiane Atteke, Tariq Stévart, Rosalía Piñeiro, Gilles Dauby, Franck k. Monthe, Davy u. Ikabanga, Bonaventure Sonké, Bertrand M’batchi, Olivier j. Hardy
article
Taxon, Botanischer Garten und Botanisches Museum, 2019, 68 (3), pp.455-470. ⟨10.1002/tax.12064⟩
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titre
PUCHI regulates very long chain fatty acid biosynthesis during lateral root and callus formation
auteur
Duy-Chi Trinh, Julien Lavenus, Tatsuaki Goh, Yohann Boutté, Quentin Drogue, Virginie Vaissayre, Frederique Tellier, Mikael Lucas, Ute Voß, Pascal Gantet, Jean-Denis Faure, Stéphane Dussert, Hidehiro Fukaki, Malcolm Bennett, Laurent Laplaze, Soazig Guyomarc’h
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2019, 116 (28), pp.14325-14330. ⟨10.1073/pnas.1906300116⟩
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titre
Development and evaluation of a genome‐wide Coffee 8.5K SNP array and its application for high‐density genetic mapping and for investigating the origin of Coffea arabica L.
auteur
Virginie Merot‐l'Anthoene, Rémi Tournebize, Olivier Darracq, Vimel Rattina, Maud Lepelley, Laurence Bellanger, Christine Tranchant-Dubreuil, Manon Coulée, Marie Pégard, Sylviane Metairon, Coralie Fournier, Piet Stoffelen, Steven Janssens, Catherine Kiwuka, Pascal Musoli, Ucu Sumirat, Hyacinthe Legnaté, Jean‐léon Kambale, João Ferreira da Costa Neto, Clara Revel, Alexandre de Kochko, Patrick Descombes, Dominique Crouzillat, Valérie Poncet
article
Plant Biotechnology Journal, Wiley, 2019, 17 (7), pp.1418-1430. ⟨10.1111/pbi.13066⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03211173/file/PBI-17-1418.pdf BibTex
titre
MooSciTIC: Training of trainers in West African research and higher education
auteur
Ménonvè Atindehou, Kifouli Adeoti, Laura Estelle Yêyinou Loko, Thierry Beulé, Emmanuel Paradis, Gustave Djedatin, Christine Tranchant-Dubreuil, Francois Sabot, Latifou Lagnika, Estelle Jaligot
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2019, 17 (6), pp.e3000312. ⟨10.1371/journal.pbio.3000312⟩
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https://hal.ird.fr/ird-02365690/file/pbio.3000312.pdf BibTex
titre
Earthworms Building Up Soil Microbiota, a Review
auteur
Regina Medina-Sauza, Marycruz Álvarez-Jiménez, Alix Delhal, Frédérique Reverchon, Manuel Blouin, José A. Guerrero-Analco, Carlos R. Cerdán, Roger Guevara, Luc Villain, Isabelle Barois
article
Frontiers in Environmental Science, Frontiers, 2019, 7 (81), pp.1-20. ⟨10.3389/fenvs.2019.00081⟩
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https://hal-agrosup-dijon.archives-ouvertes.fr/hal-02164332/file/2019_Medina-Sauza_Frontiers%20in%20Environmental%20Sciencepdf_1 BibTex
titre
The Influence of Farmers’ Strategies on Local Practices, Knowledge, and Varietal Diversity of the Safou Tree (Dacryodes edulis) in Western Cameroon
auteur
Aurore Rimlinger, Stéphanie M. Carrière, Marie-Louise Avana, Aurélien Nguegang, Jérôme Duminil
article
Economic Botany, Springer Verlag, 2019, 73 (2), pp.249-264. ⟨10.1007/s12231-019-09455-2⟩
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BibTex
titre
EST-SSR development for Digitaria exilis and its relatives D. iburua and D. longiflora from transcriptome sequences
auteur
Katina F. Olodo, Mame C. Gueye, Caroline Calatayud, Baye M. Diop, Ndjido A. Kane, Ablaye Ngom, Valentine O. Ntui, Marie-Madeleine S. Barreto, Edak A. Uyoh, Salomon Abraham, Yves Vigouroux, Claire Billot, Adeline Barnaud
article
Plant Genetic Resources, Cambridge University Press (CUP), 2019, 17 (3), pp.280-284. ⟨10.1017/S1479262118000400⟩
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BibTex
titre
Expression of DREB-Like Genes in Coffea canephora and C. arabica Subjected to Various Types of Abiotic Stress
auteur
Luana Ferreira Torres, Tharyn Reichel, Eveline Dechamp, Sinara Oliveira de Aquino, Karoline Estefani Duarte, Gabriel Sergio Costa Alves, Anderson Tadeu Silva, Michelle Guitton Cotta, Tatiana Santos Costa, Leandro Eugenio Cardamone Diniz, Jean-Christophe Breitler, Myriam Collin, Luciano Vilela Paiva, Alan Carvalho Andrade, Hervé Etienne, Pierre Marraccini
article
Tropical Plant Biology, 2019, 12 (2), pp.98-116. ⟨10.1007/s12042-019-09223-5⟩
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titre
OryzaGP: rice gene and protein dataset for named-entity recognition
auteur
Pierre Larmande, Huy Do, Yue Wang
article
Genomics & Informatics, 2019, 17 (2), pp.e17. ⟨10.5808/GI.2019.17.2.e17⟩
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BibTex
titre
Plant Pangenome: Impacts On Phenotypes And Evolution
auteur
Christine Tranchant-Dubreuil, Mathieu Rouard, Francois Sabot
article
Annual Plant Reviews, Wiley Online Library 2019, ⟨10.1002/9781119312994.apr0664⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02053647/file/Plant%20Pangenome%20%20Impacts%20On%20Phenotypes%20And%20Evolution.pdf BibTex
titre
Long-fragment targeted capture for long-read sequencing of plastomes
auteur
Kevin Bethune, Cédric Mariac, Marie Couderc, Nora Scarcelli, Sylvain Santoni, Morgane Ardisson, Jean-François Martin, Rommel Montúfar, Valentin Klein, Francois Sabot, Yves Vigouroux, Thomas L. R. Couvreur
article
Applications in Plant Sciences, Wiley, 2019, 7 (5), pp.e1243. ⟨10.1002/aps3.1243⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02620804/file/Publis19-agap-017_bethune_long_1.pdf BibTex
titre
Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits
auteur
Rajeev K Varshney, Mahendar Thudi, Manish Roorkiwal, Weiming He, Hari D. Upadhyaya, Wei Yang, Prasad Bajaj, Philippe Cubry, Abhishek Rathore, Jianbo Jian, Dadakhalandar Doddamani, Aamir Khan, Vanika Garg, Annapurna Chitikineni, Dawen Xu, Pooran M. Gaur, Narendra Pratap Singh, Sushil K. Chaturvedi, Gangarao Nadigatla, Lakshmanan Krishnamurthy, Girish Prasad Dixit, Asnake Fikre, Paul Kimurto, Sheshshayee M. Sreeman, Chellapilla Bharadwaj, Shailesh Tripathi, Jun Wang, Suk-Ha Lee, David Edwards, Kavi Kishor Bilhan Polavarapu, R. Varma Penmetsa, José Crossa, Henry T. Nguyen, Kadambot H. M. Siddique, Timothy D. Colmer, Tim Sutton, Eric von Wettberg, Yves Vigouroux, Xun Xu, Xin Liu
article
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2019, 51 (5), pp.857-864. ⟨10.1038/s41588-019-0401-3⟩
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BibTex
titre
The genome sequence of segmental allotetraploid peanut Arachis hypogaea
auteur
David Bertioli, Jerry Jenkins, Josh Clevenger, Olga Dudchenko, Dongying Gao, Guillermo Seijo, Soraya Bertioli, Longhui Ren, Andrew Farmer, Manish Pandey, Sergio Samoluk, Brian Abernathy, Gaurav Agarwal, Carolina Ballén-Taborda, Connor Cameron, Jacqueline Campbell, Carolina Chavarro, Annapurna Chitikineni, Ye Chu, Sudhansu Dash, Moaine El Baidouri, Baozhu Guo, Wei Huang, Kyung Do Kim, Walid Korani, Sophie Lanciano, Christopher Lui, Marie Mirouze, Márcio Moretzsohn, Melanie Pham, Jin Hee Shin, Kenta Shirasawa, Senjuti Sinharoy, Avinash Sreedasyam, Nathan Weeks, Xinyou Zhang, Zheng Zheng, Ziqi Sun, Lutz Froenicke, Erez Aiden, Richard Michelmore, Rajeev Varshney, C. Corley Holbrook, Ethalinda Cannon, Brian Scheffler, Jane Grimwood, Peggy Ozias-Akins, Steven Cannon, Scott Jackson, Jeremy Schmutz
article
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2019, 51 (5), pp.877-884. ⟨10.1038/s41588-019-0405-z⟩
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https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-02141867/file/s41588-019-0405-z.pdf BibTex
titre
Which frugivory‐related traits facilitated historical long‐distance dispersal in the custard apple family (Annonaceae) ?
auteur
Renske Onstein, W. Daniel Kissling, Lars Chatrou, Thomas Couvreur, Hélène Morlon, Hervé Sauquet
article
Journal of Biogeography, Wiley, 2019, 46 (8), pp.1874-1888. ⟨10.1111/jbi.13552⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02408808/file/OnsteinetalJBI2019.pdf BibTex
titre
Environmental Correlates for Seed Desiccation Sensitivity of New Caledonian Plant Species
auteur
Octavie Toublanc-Lambault, Robin Pouteau, Marion Davezies, Manon Marron, Anthony Pain, Bruno Fogliani, Philippe Marmey
article
Pacific Science, University of Hawaii Press, 2019, 73 (2), pp.231-248. ⟨10.2984/73.2.5⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03377263/file/2019Toublancetal.PacificScience.pdf BibTex
titre
Progress in single-access information systems for wheat and rice crop improvement
auteur
Armin Scheben, Chon-Kit Kenneth Chan, Locedie Mansueto, Ramil Mauleon, Pierre Larmande, Nickolai Alexandrov, Rod Wing, Kenneth Mcnally, Hadi Quesneville, David Edwards
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 20 (2), pp.565-571. ⟨10.1093/bib/bby016⟩
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BibTex
titre
Regulation of FUSCA3 Expression During Seed Development in Arabidopsis
auteur
Thomas James Roscoe, Virginie Vaissayre, Gaël Paszkiewicz, Fernando Clavijo, Zsolt Kelemen, Caroline Michaud, Loic Lepiniec, Bertrand Dubreucq, Dao-Xiu Zhou, Martine Devic
article
Plant and Cell Physiology, Oxford University Press (OUP), 2019, 60 (2), pp.476-487. ⟨10.1093/pcp/pcy224⟩
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BibTex
titre
Genome-wide Association Study of apanel of Vietnamese Rice Landraces Reveals New QTLs for tolerance to water deficit during the vegetative phase
auteur
- Giang Thi Hoang, - Lam van Dinh, - Thom Thi Nguyen, - Nhung Kim Ta, Floran Gathignol, - Chung Duc Mai, Stefan Jouannic, - Khanh Dang Tran, - Trung Huu Khuat, - Vinh Nang Do, Michel Lebrun, Brigitte Courtois, Pascal Gantet
article
Rice, Springer Open, 2019, 12 (1), pp.4. ⟨10.1186/s12284-018-0258-6⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02620290/file/Publis19-agap-003_1.pdf BibTex
titre
Complete plastome sequences of 14 African yam species ( Dioscorea spp.)
auteur
Jacqueline Magwé-Tindo, Jan J. Wieringa, Bonaventure Sonké, Louis Zapfack, Yves Vigouroux, Thomas Couvreur, Nora Scarcelli
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, Taylor & Francis Online, 2019, 4 (1), pp.74-76. ⟨10.1080/23802359.2018.1536466⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03364209/file/Complete_plastome_sequences_of_14_African_yam_spec.pdf BibTex
titre
The role of Frankia inoculation in casuarina plantations in China
auteur
Chonglu Zhong, Yong Zhang, Yongcheng Wei, Jingxiang Meng, Yu Chen, David Bush, Didier Bogusz, Claudine Franche
article
Antonie van Leeuwenhoek, Springer Verlag, 2019, 112 (1), pp.47-56. ⟨10.1007/s10482-018-1205-7⟩
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titre
Resistance of selected Oryza glaberrima landraces and their intra-specific breeding lines to Beninese Rice yellow mottle virus isolates
auteur
Y. Agnoun, I. Yelome, M. Sie, L. Albar, A. Ghesquière, D. Silué
article
Crop Protection, Elsevier, 2019, 119, pp.172-176. ⟨10.1016/j.cropro.2019.01.022⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03210129/file/1-s2.0-S0261219419300237-main.pdf BibTex
titre
Phylogenomics of the major tropical plant family Annonaceae using targeted enrichment of nuclear genes
auteur
Thomas L.P. Couvreur, Andrew Helmstetter, Erik J.M. Koenen, Kevin Bethune, Rita Brandão, Stefan Little, Hervé Sauquet, Roy H.J. Erkens
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2019, 9, pp.1941. ⟨10.3389/fpls.2018.01941⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03364136/file/fpls-09-01941.pdf BibTex
titre
Yam genomics supports West Africa as a major cradle of crop domestication
auteur
Nora Scarcelli, Philippe Cubry, Roland Akakpo, Anne-Céline Thuillet, Jude Obidiegwu, Mohamed N. Baco, Emmanuel Otoo, Bonaventure Sonké, Alexandre Dansi, Gustave Djedatin, Cédric Mariac, Marie Couderc, Sandrine Causse, Karine Alix, Hana Chaïr, Olivier François, Yves Vigouroux
article
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2019, 5 (5), ⟨10.1126/sciadv.aaw1947⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02627974/file/scarcelli_yam_1.pdf BibTex
titre
A third of the tropical African flora is potentially threatened with extinction
auteur
Tariq Stévart, Gilles Dauby, P Lowry Ii, A. Blach-Overgaard, Vincent Droissart, D Harris, B Mackinder, G. Schatz, Bonaventure Sonké, M.S.M. Sosef, J.-C Svenning, J Wieringa, T Couvreur
article
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2019, 5 (11), pp.eaax9444. ⟨10.1126/sciadv.aax9444⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02373952/file/Dauby_etal_Science_Advances_2019_5_11.pdf BibTex
titre
The commonness of rarity: Global and future distribution of rarity across land plants
auteur
Brian Enquist, Xiao Feng, Brad Boyle, Brian Maitner, Erica Newman, Peter Møller Jørgensen, Patrick Roehrdanz, Barbara Thiers, Joseph Burger, Richard Corlett, Thomas Couvreur, Gilles Dauby, John Donoghue, Wendy Foden, Jon Lovett, Pablo Marquet, Cory Merow, Guy Midgley,