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Seed comparative genomics in three coffee species identify desiccation tolerance mechanisms in intermediate seeds

auteur

Anna Stavrinides, Stéphane Dussert, Marie-Christine Combes, Isabelle Fock-Bastide, Dany Severac, Jérôme Minier, Aldecinei Bastos-Siqueira, Vincent Demolombe, Sonia Hem, Philippe Lashermes, Thierry Joët

article

Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-16/erz508. ⟨10.1093/jxb/erz508⟩

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Species delimitation in the genus Greenwayodendron based on morphological and genetic markers reveals new species

auteur

Brandet‐j. Lissambou, Thomas l.P. Couvreur, Christiane Atteke, Tariq Stévart, Rosalía Piñeiro, Gilles Dauby, Franck k. Monthe, Davy u. Ikabanga, Bonaventure Sonké, Bertrand M’batchi, Olivier j. Hardy

article

Taxon, Botanischer Garten und Botanisches Museum, 2019, 68 (3), pp.455-470. ⟨10.1002/tax.12064⟩

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PUCHI regulates very long chain fatty acid biosynthesis during lateral root and callus formation

auteur

Duy-Chi Trinh, Julien Lavenus, Tatsuaki Goh, Yohann Boutté, Quentin Drogue, Virginie Vaissayre, Frederique Tellier, Mikael Lucas, Ute Voß, Pascal Gantet, Jean-Denis Faure, Stéphane Dussert, Hidehiro Fukaki, Malcolm Bennett, Laurent Laplaze, Soazig Guyomarc’h

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2019, 116 (28), pp.14325-14330. ⟨10.1073/pnas.1906300116⟩

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MooSciTIC: Training of trainers in West African research and higher education

auteur

Ménonvè Atindehou, Kifouli Adeoti, Laura Estelle Yêyinou Loko, Thierry Beulé, Emmanuel Paradis, Gustave Djedatin, Christine Tranchant-Dubreuil, Francois Sabot, Latifou Lagnika, Estelle Jaligot

article

PLoS Biology, Public Library of Science, 2019, 17 (6), pp.e3000312. ⟨10.1371/journal.pbio.3000312⟩

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Plant Pangenome: Impacts On Phenotypes And Evolution

auteur

Christine Tranchant-Dubreuil, Mathieu Rouard, Francois Sabot

article

Annual Plant Reviews, Wiley Online Library 2019, ⟨10.1002/9781119312994.apr0664⟩

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The genome sequence of segmental allotetraploid peanut Arachis hypogaea

auteur

David Bertioli, Jerry Jenkins, Josh Clevenger, Olga Dudchenko, Dongying Gao, Guillermo Seijo, Soraya Bertioli, Longhui Ren, Andrew Farmer, Manish Pandey, Sergio Samoluk, Brian Abernathy, Gaurav Agarwal, Carolina Ballén-Taborda, Connor Cameron, Jacqueline Campbell, Carolina Chavarro, Annapurna Chitikineni, Ye Chu, Sudhansu Dash, Moaine El Baidouri, Baozhu Guo, Wei Huang, Kyung Do Kim, Walid Korani, Sophie Lanciano, Christopher Lui, Marie Mirouze, Márcio Moretzsohn, Melanie Pham, Jin Hee Shin, Kenta Shirasawa, Senjuti Sinharoy, Avinash Sreedasyam, Nathan Weeks, Xinyou Zhang, Zheng Zheng, Ziqi Sun, Lutz Froenicke, Erez Aiden, Richard Michelmore, Rajeev Varshney, C. Corley Holbrook, Ethalinda Cannon, Brian Scheffler, Jane Grimwood, Peggy Ozias-Akins, Steven Cannon, Scott Jackson, Jeremy Schmutz

article

Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2019, 51 (5), pp.877-884. ⟨10.1038/s41588-019-0405-z⟩

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Regulation of FUSCA3 Expression During Seed Development in Arabidopsis

auteur

Thomas James Roscoe, Virginie Vaissayre, Gaël Paszkiewicz, Fernando Clavijo, Zsolt Kelemen, Caroline Michaud, Lo�c Lepiniec, Bertrand Dubreucq, Dao-Xiu Zhou, Martine Devic

article

Plant and Cell Physiology, Oxford University Press (OUP), 2019, 60 (2), pp.476-487. ⟨10.1093/pcp/pcy224⟩

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Genomics of microgeographic adaptation in the Amazonian hyperdominant tree Eperua falcata Aubl. (Fabaceae) [Preprint]

auteur

Louise Brousseau, P.V.A. Fine, E. Dreyer, G.G. Vendramin, I. Scotti

article

BioRxiv, 2019, preprint no.312843, 27 p. [en ligne]. ⟨10.1101/312843⟩

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Amborella – Bearing witness to the past ?

auteur

Valerie Poncet, Philippe Birnbaum, Valerie Burtet-Sarramegna, Alexandre de Kochko, Bruno Fogliani, Gildas Gateble, Sandrine Isnard, Tanguy Jaffré, Dominique Job, François Munoz, Jérôme Munzinger, Charles P Scutt, Rémi Tournebize, Santiago Trueba, Yohan Pillon

article

Annual Plant Reviews Online, Wiley, 2019, 3, pp.1 - 41. ⟨10.1002/9781119312994.apr0689⟩

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A third of the tropical African flora is potentially threatened with extinction

auteur

T. Stévart, G. Dauby, P Lowry Ii, A. Blach-Overgaard, Vincent Droissart, D Harris, B Mackinder, G. Schatz, Bonaventure Sonké, M.S.M. Sosef, J.-C Svenning, J Wieringa, T Couvreur

article

Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2019, 5 (11), pp.eaax9444

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Use, trade, socio-economic and cultural importance of Raphia palms: an underutilized resource in Africa

auteur

Suzanne Mogue Kamga, Grischa Brokamp, Ariane Cosiaux, Abdon Awono, Susanne Fürniss, Anders Barfod, John Fogoh Muafor, Philippe Le Gall, Bonaventure Sonké, Thomas l.P. Couvreur

article

Economic Botany, Springer Verlag, In press

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Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa

auteur

Léo-Paul Dagallier, Steven Janssens, Gilles Dauby, Anne Blach-Overgaard, Barbara Mackinder, Vincent Droissart, Jens-Christian Svenning, Marc Sosef, Tariq Stévart, David Harris, Bonaventure Sonké, Jan Wieringa, Olivier Hardy, Thomas Couvreur

article

New Phytologist, Wiley, In press, ⟨10.1111/nph.16293⟩

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Effect of the seeds provenance and treatment on the germination rate and plants growth of four forest trees species of Côte d’Ivoire

auteur

Sélastique Doffou Akaffou, Aimé Kouassi Kouame, Nestor Bi Boh Gore, Georges Yao Abessika, Perla Hamon, Sylvie Sabatier, Jérôme Duminil

article

Journal of Forestry Research, Springer Verlag, In press

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Dicer-like and RNA-dependent RNA polymerase gene family identification and annotation in the cultivated Solanum tuberosum and its wild relative S. commersonii

auteur

Salvatore Esposito, Riccardo Aversano, Vincenzo D’amelia, Clizia Villano, Daniela Alioto, Marie Mirouze, Domenico Carputo

article

Planta, Springer Verlag, 2018, 248 (3), pp.729-743. ⟨10.1007/s00425-018-2937-3⟩

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Molecular and epigenetic regulations and functions of the LAFL transcriptional regulators that control seed development

auteur

L. Lepiniec, M. Devic, T. Roscoe, D. Bouyer, D.-X Zhou, C. Boulard, S. Baud, B. Dubreucq

article

Sexual Plant Reproduction, Springer Verlag, 2018, 31 (3), pp.291-307. ⟨10.1007/s00497-018-0337-2⟩

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A western Sahara centre of domestication inferred from pearl millet genomes

auteur

Concetta Burgarella, Philippe Cubry, Ndjido Kane, Rajeev Varshney, Cédric Mariac, Xin Liu, Chengcheng Shi, Mahendar Thudi, Marie Couderc, Xun Xu, Annapurna Chitikineni, Nora Scarcelli, Adeline Barnaud, Benedicte Rhone, Christian Dupuy, Olivier François, Cecile Berthouly-Salazar, Yves Vigouroux

article

Nature Ecology & Evolution, Nature, 2018, 2 (9), pp.1377-1380. ⟨10.1038/s41559-018-0643-y⟩

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AgBioData consortium recommendations for sustainable genomics and genetics databases for agriculture

auteur

Lisa Harper, Jacqueline Campbell, Ethalinda Cannon, Sook Jung, Monica Poelchau, Ramona Walls, Carson Andorf, Elizabeth Arnaud, Tanya Berardini, Clayton Birkett, Steve Cannon, James Carson, Bradford Condon, Laurel Cooper, Nathan Dunn, Christine Elsik, Andrew Farmer, Stephen Ficklin, David Grant, Jodi Hu, Emily Grau, Nic Herndon, Zhi-Liang Hu, Jodi Humann, Pankaj Jaiswal, Clement Jonquet, Marie-Angélique Laporte, Pierre Larmande, Gerard Lazo, Fiona Mccarthy, Naama Menda, Christopher Mungall, Monica Muñoz-Torres, Sushma Naithani, Rex Nelson, Daureen Nesdill, Carissa Park, James Reecy, Leonore Reiser, Lacey-Anne Sanderson, Taner Sen, Margaret Staton, Sabarinath Subramaniam, Marcela Karey Tello-Ruiz, Victor Unda, Deepak Unni, Liya Wang, Doreen Ware, Jill Wegrzyn, Jason Williams, Margaret Woodhouse, Jing Yu, Doreen Main

article

Database -Weston-, Online Inc., 2018, 2018, pp.#bay088. ⟨10.1093/database/bay088⟩

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Cell remodeling and subtilase gene expression in the actinorhizal plant Discaria trinervis highlight host orchestration of intercellular Frankia colonization

auteur

Joëlle Fournier, Leandro Imanishi, Mireille Chabaud, Iltaf Abdou-Pavy, Andrea Genre, Lukas Brichet, Hernán Ramiro Lascano, Nacira Muñoz, Alice Vayssières, Elodie Pirolles, Laurent Brottier, Hassen Gherbi, Valerie Hocher, Sergio Svistoonoff, David Barker, Luis Wall

article

New Phytologist, Wiley, 2018, 219 (3), pp.1018-1030. ⟨10.1111/nph.15216⟩

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The Rise and Fall of African Rice Cultivation Revealed by Analysis of 246 New Genomes

auteur

Philippe Cubry, Christine Tranchant-Dubreuil, Anne-Céline Thuillet, Cécile Monat, Marie-Noelle Ndjiondjop, Karine Labadie, Corinne Cruaud, Stefan Engelen, Nora Scarcelli, Benedicte Rhone, Concetta Burgarella, Christian Dupuy, Pierre Larmande, Patrick Wincker, Olivier François, François François, Yves Vigouroux

article

Current Biology - CB, Elsevier, 2018, 28 (14), pp.2274-2282.e6

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Beyond trees: Biogeographical regionalization of tropical Africa

auteur

Vincent Droissart, Gilles Dauby, Olivier Hardy, Vincent Deblauwe, David Harris, Jan Janssens, Barbara a. Mackinder, Anne Blach-Overgaard, Bonaventure Sonké, Marc Sosef, Tariq Stévart, Jens-Christian Svenning, Jan Wieringa, Thomas Couvreur

article

Journal of Biogeography, Wiley, 2018, 45 (5), pp.1153 - 1167. ⟨10.1111/jbi.13190⟩

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Transposable elements: all mobile, all different, some stress responsive, some adaptive?

auteur

Sophie Lanciano, Marie Mirouze

article

Current Opinion in Genetics & Development, 2018, 49, pp.106-114. ⟨10.1016/j.gde.2018.04.002⟩

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Dicer-2-Dependent Generation of Viral DNA from Defective Genomes of RNA Viruses Modulates Antiviral Immunity in Insects

auteur

Enzo Poirier, Bertsy Goic, Lorena Tomé-Poderti, Lionel Frangeul, Jeremy Boussier, Valérie Gausson, Hervé Blanc, Thomas Vallet, Hyelee Loyd, Laura Levi, Sophie Lanciano, Chloé Baron, Sarah Merkling, Louis Lambrechts, Marie Mirouze, Susan Carpenter, Marco Vignuzzi, Maria-Carla Saleh

article

Cell Host and Microbe, Elsevier, 2018, 23 (3), pp.353-365.e8. ⟨10.1016/j.chom.2018.02.001⟩

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AgroPortal: A vocabulary and ontology repository for agronomy

auteur

Clement Jonquet, Anne Toulet, Elizabeth Arnaud, Sophie Aubin, Esther Dzale Yeumo, Vincent Emonet, John Graybeal, Marie-Angélique Laporte, Mark Musen, Valeria Pesce, Pierre Larmande

article

Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2018, 144, pp.126-143. ⟨10.1016/j.compag.2017.10.012⟩

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A protocol combining multiphoton microscopy and propidium iodide for deep 3D root meristem imaging in rice: application for the screening and identification of tissue-specific enhancer trap lines.

auteur

Charlotte Bureau, Nadège Lanau, Mathieu Ingouff, Boukhaddaoui Hassan, Anne-Cécile Meunier, Fanchon Divol Malgoire, Maria Sevilla, Delphine Mieulet, Anne Dievart, Christophe Perin

article

Plant Methods, BioMed Central, 2018, 14, pp.96. ⟨10.1186/s13007-018-0364-x⟩

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Arabidopsis pollen tube germination and growth depend on the mitochondrial calcium uniporter complex.

auteur

Benjamin Selles, Caroline Michaud, Tou Cheu Xiong, Olivier Leblanc, Mathieu Ingouff

article

New Phytologist, Wiley, 2018, 219 (1), pp.58-65. ⟨10.1111/nph.15189⟩

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Actinorhizal signaling molecules : Frankia root hair deforming factor shares properties with NIN inducing factor

auteur

Maimouna Cissoko, Valérie Hocher, Hassen Gherbi, Djamel Gully, Alyssa Carré-Mlouka, Seyni Sane, Sarah Pignoly, Antony Champion, Mariama Ngom, Petar Pujic, Pascale Fournier, Maher Gtari, Erik Swanson, Céline Pesce, Louis S. Tisa, Mame Oureye Sy, Sergio Svistoonoff

article

Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2018, 9, 12 p. ⟨10.3389/fpls.2018.01494⟩

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Sub-cellular markers highlight intracellular dynamics of membrane proteins in response to abiotic treatments in rice

auteur

Thi Thu Huyen Chu, Thi Giang Hoang, Duy Chi Trinh, Charlotte Bureau, Donaldo Meynard, Aurore Vernet, Matthieu Ingouff, Nang Vinh Do, Christophe Perin, Emmanuel Guiderdoni, Pascal Gantet, Christophe Maurel, Doan Luu

article

Rice, Springer Open, 2018, 11 (1), pp.23. ⟨10.1186/s12284-018-0209-2⟩

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Date Palm Agrobiodiversity (Phoenix dactylifera L.) in Siwa Oasis, Egypt: Combining Ethnography, Morphometry, and Genetics

auteur

Vincent Battesti, Muriel Gros-Balthazard, Clémence Ogéron, Sarah Ivorra, Jean-Frederic Terral, Claire Newton

article

Human Ecology, Springer Verlag, 2018, 46 (4), pp.529-546. ⟨10.1007/s10745-018-0006-y⟩

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Metabarcoding by capture using a single COI probe (MCSP) to identify and quantify fish species in ichthyoplankton swarms

auteur

C. Mariac, Y. Vigouroux, F. Duponchelle, C. García-Dávila, J. Nunez, E. Desmarais, J.F. Renno

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2018, 13 (9), pp.e0202976. ⟨10.1371/journal.pone.0202976⟩

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Response to early drought stress and identification of QTLs controlling biomass production under drought in pearl millet

auteur

Marilyne Debieu, Bassirou Sine, Sixtine Passot, Alexandre Grondin, Eyanawa Akata, Prakash Gangashetty, Vincent Vadez, Pascal Gantet, Daniel Fonceka, Laurent Cournac, Charles Tom Hash, Ndjido Ardo Kane, Yves Vigouroux, Laurent Laplaze

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2018, 13 (10)

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Integrative analysis of the late maturation programme and desiccation tolerance mechanisms in intermediate coffee seeds.

auteur

Stéphane Dussert, Julien Serret, Aldecinei Bastos-Siqueira, Fabienne Morcillo, Eveline Déchamp, Valerie Rofidal, Philippe Lashermes, Hervé Etienne, Thierry Joët

article

Journal of experimental botany, 2018, ⟨10.1093/jxb/erx492⟩

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Estimation of stem and leaf dry biomass using a non-destructive method applied to African Coffea species

auteur

Michelle Okoma, S. Akaffou, Philippe de Reffye, P. Hamon, S. Hamon, O. Konan, H. Kouassi, H. Legnate, V. Letort, Sylvie Sabatier

article

Agroforestry Systems, Springer Verlag, 2018, 92 (3), pp.667 - 675. ⟨10.1007/s10457-016-0031-z⟩

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Article dans une revue

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Inhibition of RNA polymerase II allows controlled mobilisation of retrotransposons for plant breeding

auteur

Michael Thieme, Sophie Lanciano, Sandrine Balzergue, Nicolas Daccord, Marie Mirouze, Etienne Bucher

article

Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), ⟨10.1186/s13059-017-1265-4⟩

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titre

Ecological plant epigenetics: Evidence from model and non-model species, and the way forward

auteur

Christina Richards, Conchita Alonso, Claude Becker, Oliver Bossdorf, Etienne Bucher, Maria Colome-Tatche, Walter Durka, Jan Engelhardt, Bence Gaspar, Andreas Gogol-Döring, Ivo Grosse, Thomas van Gurp, Katrin Heer, Ilkka Kronholm, Christian Lampei, Vít Latzel, Marie Mirouze, Lars Opgenoorth, Ovidiu Paun, Sonja Prohaska, Stefan Rensing, Peter Stadler, Emiliano Trucchi, Kristian Ullrich, Koen Verhoeven, Tim Coulson

article

Ecology Letters, Wiley, 2017, 20 (12), pp.1576-1590. ⟨10.1111/ele.12858⟩

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titre

Molecular basis of African yam domestication: analyses of selection point to root development, starch biosynthesis, and photosynthesis related genes

auteur

Roland Akakpo, Nora Scarcelli, Hana Chaïr, Alexandre Dansi, Gustave Djedatin, Anne-Céline Thuillet, Benedicte Rhone, Olivier François, Karine Alix, Yves Vigouroux

article

BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18 (1), ⟨10.1186/s12864-017-4143-2⟩

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Identification of a hypervirulent pathotype of Rice yellow mottle virus: A threat to genetic resistance deployment in West-Central Africa

auteur

Eugénie Hébrard, Agnès Pinel-Galzi, Aderonke Oludare, Nils Poulicard, Jamel Aribi, Sandrine Fabre, Souley Issaka, Cédric Mariac, Alexis Dereeper, Laurence Albar, Drissa Silué, Denis Fargette

article

Phytopathology, American Phytopathological Society, 2017, ⟨10.1094/PHYTO-05-17-0190-R⟩

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titre

Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities

auteur

Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet

article

Future Generation Computer Systems, Elsevier, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩

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titre

Toward a general tropical forest biomass prediction model from very high resolution optical satellite images

auteur

P. Ploton, N. Barbier, P. Couteron, C. M. Antin, N. Ayyappan, N. Balachandran, N. Barathan, J.-F. Bastin, G. Chuyong, G. Dauby, V. Droissart, J.-P. Gastellu-Etchegorry, N. Kamdem, D. Kenfack, M. Libalah, G. Mofack, S. Momo, S. Pargal, P. Petronelli, C. Proisy, M. Réjou-Méchain, B. Sonké, N. Texier, D. Thomas, P. Verley, D. Zebaze Dongmo, U. Berger, R. Pélissier

article

Remote Sensing of Environment, Elsevier, 2017, 200, pp.140 - 153. ⟨10.1016/j.rse.2017.08.001⟩

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titre

The Empirical Distribution of Singletons for Geographic Samples of DNA Sequences

auteur

Philippe Cubry, Yves Vigouroux, Olivier François

article

Frontiers in Genetics, Frontiers, 2017, 8

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titre

Virtual plants need water too : functional-structural root system models in the context of drought tolerance breeding

auteur

Adama Ndour, Vincent Vadez, Christophe Pradal, Mikael Lucas

article

Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.1-18. ⟨10.3389/fpls.2017.01577⟩

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titre

DNA Methylation in Rice and Relevance for Breeding

auteur

Sophie Lanciano, Marie Mirouze

article

Epigenomes, 2017, 1 (2), pp.10. ⟨10.3390/epigenomes1020010⟩

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titre

Genetic diversity of Southeastern Nigerien date palms reveals a secondary structure within Western populations

auteur

Oumarou Zango, Emira Cherif, Nathalie Chabrillange, Salwa Zehdi-Azouzi, Muriel Gros-Balthazard, Summar Abbas Naqvi, Alain Lemansour, Hervé Rey, Yacoubou Bakasso, Frédérique Aberlenc

article

Tree Genetics and Genomes, Springer Verlag, 2017, 13 (4), ⟨10.1007/s11295-017-1150-z⟩

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titre

A Combination of Histological, Physiological, and Proteomic Approaches Shed Light on Seed Desiccation Tolerance of the Basal Angiosperm Amborella trichopoda.

auteur

Matthieu Villegente, Philippe Marmey, Claudette Job, Marc Galland, Gwendal Cueff, Beatrice Godin, Loïc Rajjou, Thierry Balliau, Michel Zivy, Bruno Fogliani, Valerie Burtet-Sarramegna, Dominique Job

article

Proteomes, MDPI, 2017, 5 (3), pp.19. ⟨10.3390/proteomes5030019⟩

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Sequencing the extrachromosomal circular mobilome reveals retrotransposon activity in plants

auteur

Sophie Lanciano, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Edouard Jobet, Dagmara Robakowska-Hyzorek, Eric Lasserre, Alain Ghesquière, Olivier Panaud, Marie Mirouze, Cédric Feschotte

article

PLoS Genetics, Public Library of Science, 2017, 13 (2), pp.e1006630. ⟨10.1371/journal.pgen.1006630⟩

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titre

Fine mapping of RYMV3: a new resistance gene to Rice yellow mottle virus from Oryza glaberrima

auteur

Hélène Pidon, Alain Ghesquière, Sophie Chéron, Souley Issaka, Eugénie Hébrard, François Sabot, Olufisayo Kolade, Drissa Silué, Laurence Albar

article

TAG Theoretical and Applied Genetics, Springer Verlag, 2017, 130 (4), pp.807 - 818. ⟨10.1007/s00122-017-2853-0⟩

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titre

Signatures of local adaptation in lowland and highland teosintes from whole-genome sequencing of pooled samples

auteur

M.-A. Fustier, J.-T. Brandenburg, Simon Boitard, Jason Lapeyronnie, L. E. Eguiarte, Y. Vigouroux, D. Manicacci, M. I. Tenaillon

article

Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (10), pp.2738-2756. ⟨10.1111/mec.14082⟩

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titre

Evolutionary forces affecting synonymous variations in plant genomes

auteur

Yves Clément, Sarah Gallien, Yan Holtz, Félix Homa, Stéphanie Pointet, Sandy Contreras, Benoit Nabholz, François Sabot, Laure Saune, Morgane Ardisson, Roberto Bacilieri, Guillaume Besnard, Angélique Berger, Céline Cardi, Fabien de Bellis, Olivier Fouet, Cyril Jourda, Bouchaib Khadari, Claire Lanaud, Thierry Leroy, David Pot, Christopher Sauvage, Nora Scarcelli, James Tregear, Yves Vigouroux, Nabila Yahiaoui, Manuel Ruiz, Sylvain Santoni, Jean-Pierre Labouisse, Jean-Louis Pham, Jacques David, Sylvain Glémin

article

PLoS Genetics, Public Library of Science, 2017, 13 (5), pp.e1006799. ⟨10.1371/journal.pgen.1006799⟩

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titre

Generalization of the QST framework in hierarchically structured populations: Impacts of inbreeding and dominance

auteur

Philippe Cubry, Ivan Scotti, Sylvie Muratorio, Francois Lefèvre

article

Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2017, ⟨10.1111/1755-0998.12693⟩

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titre

Demographic inference through approximate-Bayesian-computation skyline plots

auteur

Miguel Navascués, Raphaël Leblois, Concetta Burgarella

article

PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.1-17. ⟨10.7717/peerj.3530⟩

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titre

ConR: An R package to assist large-scale multispecies preliminary conservation assessments using distribution data

auteur

Gilles Dauby, Tariq Stévart, Vincent Droissart, Ariane Cosiaux, Vincent Deblauwe, Murielle Simo-Droissart, Marc S. M. Sosef, Peter P. Lowry, Georg E. Schatz, Roy E. Gereau, Thomas L. P. Couvreur

article

Ecology and Evolution, 2017, 7 (24), pp.11292--11303. ⟨10.1002/ece3.3704⟩

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The Discovery of Wild Date Palms in Oman Reveals a Complex Domestication History Involving Centers in the Middle East and Africa

auteur

M. Gros-Balthazard, M. Galimberti, A. Kousathanas, C. Newton, Sarah Ivorra, L. Paradis, Y. Vigouroux, R. Carter, M. Tengberg, V. Battesti, Sylvain Santoni, L. Falquet, J. C. Pintaud, J. F. Terral, D. Wegmann

article

Current Biology - CB, Elsevier, 2017, 27 (14), pp.2211-2218. ⟨10.1016/j.cub.2017.06.045⟩

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GhERF-IIb3 regulates the accumulation of jasmonate and leads to enhanced cotton resistance to blight disease.

auteur

Jean-Luc Cacas, Martial Pré, Maxime Pizot, Maimouna Cissoko, Issa Diedhiou, Aida Jalloul, Patrick Doumas, Michel Nicole, Antony Champion

article

Molecular Plant Pathology, Wiley, 2017, 18 (6), pp.825-836. ⟨10.1111/mpp.12445⟩

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titre

Detection of active transposable elements in Arabidopsis thaliana using Oxford Nanopore Sequencing technology

auteur

Emilie Debladis, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Marie Mirouze, Olivier Panaud

article

BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18, art. 537 [8 p.]. ⟨10.1186/s12864-017-3753-zg⟩

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titre

DNA Metabarcoding of Amazonian Ichthyoplankton Swarms

auteur

M.E. Maggia, Y. Vigouroux, J. F. Renno, F. Duponchelle, E. Desmarais, J. Nunez, C. García-Dávila, F. M. Carvajal-Vallejos, E. Paradis, Jean-François Martin, C. Mariac

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0170009. ⟨10.1371/journal.pone.0170009⟩

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titre

Assessment of genetic diversity among cultivated Pearl millet (Pennisetum glaucum, Poaceae) accessions from Benin, West Africa

auteur

Kifouli Adeoti, Gustave Djedatin, Ebenezer Ewedje, Thierry Beulé, Sylvain Santoni, Alain Rival, Estelle Jaligot

article

African Journal of Biotechnology, Academic Journals, 2017, 16 (15), pp.782-790. ⟨10.5897/ajb2017.15898⟩

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titre

A large set of 26 new reference transcriptomes dedicated to comparative population genomics in crops and wild relatives

auteur

Gautier Sarah, Félix Homa, Stéphanie Pointet, Sandy Contreras, François Sabot, Benoit Nabholz, Sylvain Santoni, Laure Saune, Morgane Ardisson, Nathalie Chantret, Christopher Sauvage, James Tregear, Cyril Jourda, David Pot, Yves Vigouroux, Hana Chair, Nora Scarcelli, Claire Billot, Nabila Yahiaoui, Roberto Bacilieri, Bouchaib Khadari, Michel Boccara, Adeline Barnaud, Jean-Pierre Peros, Jean-Pierre Labouisse, Jean-Louis Pham, Jacques David, Sylvain Glémin, Manuel Ruiz

article

Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2017, 17 (3), pp.565 - 580. ⟨10.1111/1755-0998.12587⟩

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Article dans une revue

titre

AgroLD API. Une architecture orientée services pour l'extraction de connaissances dans la base de données liées AgroLD

auteur

Gildas Tagny Ngompe, Aravind Venkatesan, Nordine El Hassouni, Manuel Ruiz, Pierre Larmande

article

Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série ISI : Ingénierie des Systèmes d'Information, Lavoisier, 2016, 21 (5-6), pp.133-158. ⟨10.3166/isi.21.5-6.133-157⟩

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titre

Mutations in Rice yellow mottle virus Polyprotein P2a Involved in RYMV2 Gene Resistance Breakdown

auteur

Agnès Pinel-Galzi, Christine Dubreuil-Tranchant, Eugénie Hébrard, Cédric Mariac, Alain Ghesquière, Laurence Albar

article

Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, ⟨10.3389/fpls.2016.01779⟩

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titre

Spatial and temporal variation in selection of genes associated with pearl millet varietal quantitative traits in situ

auteur

Manoj Prasad, Dongying Gao, Deepmala Sehgal, Cédric Mariac, Issaka Ousseini, Abdel-Kader Alio, Hélène Jugdé, Jean-Louis Pham, Gilles Bezançon, Joelle Ronfort, Luc Descroix, Yves Vigouroux

article

Frontiers in Genetics, Frontiers, 2016, 7, ⟨10.3389/fgene.2016.00130⟩

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titre

Adaptation to Global Change: A Transposable Element–Epigenetics Perspective

auteur

Olivier Rey, Etienne Danchin, Marie Mirouze, Celine Loot, Simon Blanchet

article

Trends in Ecology and Evolution, Elsevier, 2016, 31 (7), pp.514-526. ⟨10.1016/j.tree.2016.03.013⟩

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titre

Gigwa—Genotype investigator for genome- wide analyses

auteur

Guilhem Sempéré, Florian Philippe, Alexis Dereeper, Manuel Ruiz, Gautier Sarah, Pierre Larmande

article

GigaScience, BioMed Central, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-016-0131-8⟩

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titre

Transcriptome Changes in Hirschfeldia incana in Response to Lead Exposure

auteur

Florence Auguy, Mouna Fahr, Patricia Moulin, Mohamed El Mzibri, Abdelaziz Smouni, Abdelkarim Filali-Maltouf, Gilles Béna, Patrick Doumas

article

Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 6, pp.1231. ⟨10.3389/fpls.2015.01231⟩

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titre

La diversité génétique des plantes cultivées à l'heure de l'informatique génétique à haut débit: génomique comparative de la domestication

auteur

Gautier Sarah, B. Nabholtz, Francois Sabot, Yan Holtz, Abdel Félix Homa, Stéphanie Pointet, Sandy Contreras, Laure Saune, Morgane Ardisson, Roberto Bacilieri, Bouchaib Khadari, Claire Lanaud, David Pot, Christopher Sauvage, Nora Scarcelli, James Tregear, Yves Vigouroux, Nabila Yahiaoui, Manuel Ruiz, Sylvain Santoni, Jean-Pierre Labouisse, Jean-Louis Pham

article

Sélectionneur Français, 2016, pp.3-13

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titre

Symbiotic performance of diverse Frankia strains on salt-stressed Casuarina glauca and Casuarina equisetifolia plants

auteur

Mariama Ngom, Krystelle Gray, Nathalie Diagne, Rediet Oshone, Joël Fardoux, Hassen Gherbi, Valérie Hocher, Sergio Svistoonoff, Laurent Laplaze, Louis S. Tisa, Mame O. Sy, Antony Champion

article

Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, 16 p. ⟨10.3389/fpls.2016.01331⟩

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titre

Genome scan reveals selection acting on genes linked to stress response in wild pearl millet

auteur

Cecile Berthouly-Salazar, Anne Celine Thuillet, Benedicte Rhoné, Cédric Mariac, Issaka Salia Ousseini, Marie Couderc, Maud Tenaillon, Yves Vigouroux

article

Molecular Ecology, Wiley, 2016, 25 (21), pp.5500-5512. ⟨10.1111/mec.13859⟩

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titre

Eucalyptus hairy roots, a fast, efficient and versatile tool to explore function and expression of genes involved in wood formation.

auteur

Anna Plasencia, Marçal Soler, Annabelle Dupas, Nathalie Ladouce, Guilherme Silva-Martins, Yves Martinez, Catherine Lapierre, Claudine Franche, Isabelle Truchet, Jacqueline Grima-Pettenati

article

Plant Biotechnology Journal, Wiley, 2016, ⟨10.1111/pbi.12502⟩

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titre

miR2118-triggered phased siRNAs are differentially expressed during the panicle development of wild and domesticated African rice species

auteur

K. N. Ta, F. Sabot, H. Adam, Y. Vigouroux, Stéphane de Mita, A. Ghesquiere, N. V. Do, P. Gantet, S. Jouannic

article

Rice, Springer Open, 2016, 9, pp.1-14. ⟨10.1186/s12284-016-0082-9⟩

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titre

Le riz, une plante modèle à croquer

auteur

Sebastien Cunnac, Pascal Gantet, Alain Ghesquière, Emmanuel Guiderdoni, Doan Luu

article

Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2016, 380, pp.30-34

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titre

Characterization of pearl millet root architecture and anatomy reveals three types of lateral roots

auteur

Sixtine Passot, Fatoumata Gnacko, Daniel Moukouanga, Mikael Lucas, Soazig Guyomarc'H, Beatriz Moreno-Ortega, Jonathan A Atkinson, Marème N. Belko, Malcolm J Bennett, Pascal Gantet, Darren M Wells, Yann Guédon, Yves Vigouroux, Jean-Luc Verdeil, Bertrand Muller, Laurent Laplaze

article

Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7 (829), pp.11. ⟨10.3389/fpls.2016.00829⟩

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titre

Les rizières du Mékong et du fleuve Rouge menacées par le sel

auteur

Pascal Gantet, Doan Luu

article

Sciences au Sud, 2016, pp.8

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titre

A multi-scale model of the interplay between cell signalling and hormone transport in specifying the root meristem of Arabidopsis thaliana

auteur

Daniele Muraro, Antoine Larrieu, M. Lucas, J Chopard, H Byrne, Christophe Godin, J King

article

Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 404, pp.182 - 205. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.04.036⟩

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titre

RAINBIO: a mega-database of tropical African vascular plants distributions

auteur

Gilles Dauby, Rainer Zaiss, Anne Blach-Overgaard, Luís Catarino, Theo Damen, Vincent Deblauwe, Steven Dessein, John Dransfield, Vincent Droissart, María Duarte, Henry Engledow, Geoffrey Fadeur, Rui Figueira, Roy Gereau, Olivier Hardy, David Harris, Janneke de Heij, Steven Janssens, Yannick Klomberg, Alexandra Ley, Barbara Mackinder, Pierre Meerts, Jeike van de Poel, Bonaventure Sonké, Marc Sosef, Tariq Stévart, Piet Stoffelen, Jens-Christian Svenning, Pierre Sepulchre, Xander van der Burgt, Jan Wieringa, Thomas Couvreur

article

PhytoKeys, Pensoft, 2016, 74, pp.1-18. ⟨10.3897/phytokeys.74.9723⟩

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Article dans une revue

titre

IL-1β produced by aggressive breast cancer cells is one of the factors that dictate their interactions with mesenchymal stem cells through chemokine production

auteur

Pauline Escobar, Céline Bouclier, Julien Serret, Ivan Bièche, Madly Brigitte, Andrès Caicedo, Elodie Sanchez, Sophie Vacher, Marie-Luce Vignais, Philippe Bourin, David Geneviève, Franck Molina, Christian Jorgensen, Gwendal Lazennec

article

Oncotarget, Impact journals, 2015, 6 (30), pp.29034-47. ⟨10.18632/oncotarget.4732⟩

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titre

Alnus peptides modify membrane porosity and induce the release of nitrogen-rich metabolites from nitrogen-fixing Frankia.

auteur

Lorena Carro, Petar Pujic, Nicole Alloisio, Pascale Fournier, Hasna Boubakri, Anne E Hay, Franck Poly, Philippe François, Valerie Hocher, Peter Mergaert, Severine Balmand, Marjolaine Rey, Abdelaziz Heddi, Philippe Normand

article

The ISME journal, International Society for Microbial Ecology 2015, 9 (8), pp.1723-33. ⟨10.1038/ismej.2014.257⟩

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Mapping the genetic and tissular diversity of 64 phenolic compounds in Citrus species using a UPLC-MS approach

auteur

Marie Durand-Hulak, Audray Dugrand, Thibault Duval, Luc Bidel, Christian Jay-Allemand, Yann Froelicher, Frederic Bourgaud, Anne-Laure Fanciullino

article

Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2015, 115 (5), pp.861-877. ⟨10.1093/aob/mcv012⟩

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titre

Dynamics of flavonol accumulation in leaf tissues under different UV-B regimes in [i]Centella asiatica[/i] (Apiaceae)

auteur

Luc Bidel, Guillaume Chomicki, Fabien Bonini, Laurence Mondolot, Julien Soule, Marc Coumans, Philippe La Fisca, Yves Baissac, Valérie Petit, A. Loiseau, Zoran G. Cerovic, Kevin S. Gould, Christian Jay-Allemand

article

Planta, Springer Verlag, 2015, 242 (3), pp.545-559. ⟨10.1007/s00425-015-2291-7⟩

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titre

Pervasive Local-Scale Tree-Soil Habitat Association in a Tropical Forest Community

auteur

Elodie Allie, Raphaël Pélissier, Julien Engel, Pascal Petronelli, Vincent Freycon, Vincent Deblauwe, Laure Soucémarianadin, Jean Weigel, Christopher Baraloto

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0141488⟩

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titre

Regulation of FATTY ACID ELONGATION1 expression in embryonic and vascular tissues of Brassica napus

auteur

Hélène Chiron, Jeroen Wilmer, Marie-Odile Lucas, Nathalie Nesi, Michel Delseny, Martine Devic, Thomas J. Roscoe

article

Plant Molecular Biology Reporter, Springer Verlag, 2015, 88 (1-2), pp.65-83. ⟨10.1007/s11103-015-0309-y⟩

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titre

Seeing Central African forests through their largest trees

auteur

J. Bastin, N. Barbier, M. Réjou-Méchain, A. Fayolle, S. Gourlet-Fleury, D. Maniatis, T. de Haulleville, F. Baya, H. Beeckman, D. Beina, P. Couteron, G. Chuyong, G. Dauby, J. Doucet, V. Droissart, M. Dufrêne, C. Ewango, J. Gillet, C. Gonmadje, T. Hart, T. Kavali, D. Kenfack, Moses Libalah, Y. Malhi, J. Makana, R. Pélissier, Pierre Ploton, A. Serckx, B. Sonké, Tarik Stévart, D.W. Thomas, C. de Cannière, J. Bogaert

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5 (1), ⟨10.1038/srep13156⟩

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titre

Terminal-repeat Retrotransposons with GAG domain (TR-GAG) in plant genomes: A new testimony on the complex world of transposable elements

auteur

Cristian Chaparro, T. Gayraud, R.F. de Souza, D.S. Domingues, S. Akaffou, A.L. Laforga Vanzela, A. de Kohcko, M. Rigoreau, D. Crouzillat, S. Hamon, P. Hamon, R. Guyot

article

Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (2), pp.493-504. ⟨10.1093/gbe/evv001⟩

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titre

Large distribution and high sequence identity of a Copia‑type retrotransposon in angiosperm families

auteur

Elaine Silva Dias, Clémence Hatt, Perla Hamon, Serge Hamon, M. Rigoreau, D. Crouzillat, C.M.A. Carareto, Alexandre De Kochko, Romain Guyot

article

Plant Molecular Biology, Springer Verlag (Germany), 2015, 89 (1-2), pp.83-97

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titre

Farmer seed networks make a limited contribution to agriculture? Four common misconceptions

auteur

Oliver Coomes, Shawn Mcguire, Eric Garine, Sophie Caillon, Doyle Mckey, Elise Demeulenaere, Devra Jarvis, Guntra Aistara, Adeline Barnaud, Pascal Clouvel, Laure Emperaire, Sélim Louafi, Pierre Martin, François Massol, Marco Pautasso, Chloé Violon, Jean Wencélius

article

Food Policy, Elsevier, 2015, 56, pp.41-50. ⟨10.1016/j.foodpol.2015.07.008⟩

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titre

The velamen protects photosynthetic orchid roots against UV-B damage, and a large dated phylogeny implies multiple gains and losses of this function during the Cenozoic

auteur

Guillaume Chomicki, Luc Bidel, Feng Ming, Mario Coiro, Xuan Zhang, Yaofeng Wang, Yves Baissac, Christian Jay-Allemand, Susanne S. Renner

article

New Phytologist, Wiley, 2015, 205 (3), pp.1330 - 1341. ⟨10.1111/nph.13106⟩

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titre

Cryopreservation of [i]Prunus spp.[/i] using aluminium cryo-plates

auteur

Tatjana Vujović, Philippe Chatelet, Đurđina Ružić, Florent Engelmann

article

Scientia Horticulturae, Elsevier, 2015, 195, pp.173-182. ⟨10.1016/j.scienta.2015.09.016⟩

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titre

Identification of CROWN ROOTLESS1-regulated genes in rice reveals specific and conserved elements of postembryonic root formation

auteur

Y Coudert, Thi van Anh Le, H Adam, M Bes, Florence Vignols, Stéphane Jouannic, Emmanuel Guiderdoni, Pascal Gantet

article

New Phytologist, Wiley, 2015, 206, pp.243-254

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titre

In situ observations of the basal angiosperm Amborella trichopoda reveal a long fruiting cycle overlapping two annual flowering periods

auteur

Fanny Fourcade, Robin Pouteau, Philippe Marmey, Tanguy Jaffré

article

Journal of Plant Research, Springer Verlag, 2015, 128 (5), pp.821-828. ⟨10.1007/s10265-015-0744-5⟩

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titre

Genetic structure of the date palm (Phoenix dactylifera) in the Old World reveals a strong differentiation between eastern and western populations

auteur

Salwa Zehdi-Azouzi, Emira Cherif, Souhila Moussouni, Muriel Gros-Balthazard, Summar Abbas Naqvi, Bertha Ludena, Karina Castillo, Nathalie Chabrillange, Nadia Bouguedoura, Malika Bennaceur, Farida Si-Dehbi, Sabira Abdoulkader, Abdourahman Daher, Jean-Frederic Terral, Sylvain Santoni, Marco Ballardini, Antonio Mercuri, Mohamed Ben Salah, Karim Kadri, Ahmed Othmani, Claudio Littardi, Amel Salhi-Hannachi, Jean-Christophe Pintaud, Frederique Aberlenc-Bertossi

article

Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2015, 116 (1), pp.101-12. ⟨10.1093/aob/mcv068⟩

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Article dans une revue

titre

Transcriptome population genomics reveals severe bottleneck and domestication cost in the African rice ( Oryza glaberrima )

auteur

Benoit Nabholz, Gautier Sarah, François Sabot, Manuel Ruiz, Hélène Adam, Sabine Nidelet, Alain Ghesquière, Sylvain Santoni, Jacques David, Sylvain Glémin

article

Molecular Ecology, Wiley, 2014, 23 (9), pp.2210 - 2227. ⟨10.1111/mec.12738⟩

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titre

Widespread and frequent horizontal transfers of transposable elements in plants.

auteur

Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Richard Cooke, Dongying Gao, Eric Lasserre, Christel Llauro, Marie Mirouze, Nathalie Picault, Scott A Jackson, Olivier Panaud

article

Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014, 24 (5), pp.831-8

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titre

Genes controlling root development in rice

auteur

Chung D Mai, Nhung Tp Phuong, Thi Mai Huong To, Mathieu Gonin, Giang T Hoang, Khanh L Nguyen, Vinh N Do, Brigitte Courtois, Pascal Gantet

article

Rice, Springer Open, 2014, 7 (30)

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titre

The roots of future rice harvests

auteur

Nourollah Ahmadi, Alain Audebert, Malcolm J Bennett, Anthony Bishopp, Antonio de Oliveira, Brigitte Courtois, Abdala Diedhiou, Anne Diévart, Pascal Gantet, Alain Ghesquière, Emmanuel Guiderdoni, Amelia Henry, Yoshiaki Inukai, Leon Kochian, Laurent Laplaze, Mikael Lucas, Doan Luu, Baboucarr Manneh, Xiaorong Mo, Raveendran Muthurajan, Christophe Périn, Adam Price, Sabariappan Robin, Hervé Sentenac, Bassirou Sine, Yusaku Uga, Anne Véry, Matthias Wissuwa, Ping Wu, Jian Xu

article

Rice, Springer Open, 2014, 7 (1), pp.29. ⟨10.1186/s12284-014-0029-y⟩

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titre

In silico mining of microsatellites in coding sequences of the date palm (arecaceae) genome, characterization and transferability

auteur

Frédérique Aberlenc-Bertossi, Karina Castillo, Christine Tranchant-Dubreuil, Emira Cherif, Marco Ballardini, Sabira Abdoulkder, Muriel Gros-Balthazard, Nathalie Chabrillange, Sylvain Santoni, Antonio Mercuri, Jean Christophe Pintaud

article

Applications in Plant Sciences, Wiley, 2014, 2 (1), ⟨10.3732/apps.1300058⟩

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titre

Quel pourrait être le territoire des semences des sorghos que cultivent les Duupa du Massif de Poli (Nord du Cameroun) ?

auteur

Eric Garine, Adeline Barnaud, Christine Raimond

article

Cahiers d’Outre-Mer. Revue de géographie de Bordeaux, Presses universitaires de Bordeaux, 2014, p. 67-92. ⟨10.4000/com.7075⟩

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titre

Impact of recurrent gene duplication on adaptation of plant genomes

auteur

Iris Fischer, Jacques Dainat, Vincent Ranwez, Sylvain Glémin, Jean-François Dufayard, Nathalie Chantret

article

BMC Plant Biology, BioMed Central, 2014, 14, pp.151

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titre

Characterizing the phylogenetic tree community structure of a protected tropical rain forest area in Cameroon

auteur

Stéphanie Manel, Thomas Couvreur, François Munoz, Pierre Couteron, Olivier Hardy, Bonaventure Sonke

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9, pp.e98920

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titre

Palm snorkelling: leaf bases as aeration structures in the mangrove palm (Nypa fruticans)

auteur

G. Chomicki, Luc Bidel, William. J. Baker, Christian Jay-Allemand

article

Botanical Journal of the Linnean Society, Linnean Society of London, 2014, 174 (2), pp.257-270. ⟨10.1111/boj.12133⟩

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titre

Effect of shooting medium and source of material on grapevine (Vitis Vinifera L.) shoot tip recovery after cryopreservation

auteur

Zvjezdana Markovic, Philippe Chatelet, Darko Preiner, Isabelle Sylvestre, Jasminka Karoglan Kontić, Florent Engelmann

article

Cryo Letters, Cryo Letters, 2014, 35 (1), pp.40-47

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titre

Exodermis structure controls fungal invasion in the leafless epiphytic orchid Dendrophylax lindenii (Lindl.) Benth. ex Rolfe

auteur

Guillaume Chomicki, Luc Bidel, Christian Jay-Allemand

article

Flora, Elsevier, 2014, 209 (2), pp.88 - 94. ⟨10.1016/j.flora.2014.01.001⟩

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titre

Role of auxin during intercellular infection of Discaria trinervis by Frankia

auteur

Leandro Imanishi, Francine Manuelle Perrine-Walker, Adama Ndour, Alice Vayssieres, Geneviève Conejero, Mikael Lucas, Antony Champion, Laurent Laplaze, Luis Wall, Sergio Svistoonoff

article

Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2014, 5, pp.399. ⟨10.3389/fpls.2014.00399⟩

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titre

Morphological and histological impacts of the laurina mutation on fructification and seed characteristics in Coffea arabica L

auteur

Sophie Adler, Jean-Luc Verdeil, Marc Lartaud, Isabelle Fock-Bastide, Thierry Joët, Geneviève Conéjéro, Michel Noirot

article

Trees - Structure and Function, Springer Verlag, 2014, 28 (2), pp.585-595. ⟨10.1007/s00468-013-0974-x⟩

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titre

Regulation of galactomannan biosynthesis in coffee seeds

auteur

Thierry Joët, Andréina Laffargue, Jordi Salmona, Sylvie Doulbeau, Frédéric Descroix, Benoît Bertrand, Philippe Lashermes, Stéphane Dussert

article

Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 65, pp.323--337. ⟨10.1093/jxb/ert380⟩

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Article dans une revue

titre

Lateral root morphogenesis is dependent on the mechanical properties of the overlaying tissues

auteur

Mikaël Lucas, Kim Kenobi, Daniel von Wangenheim, Ute Voß, Kamal Swarup, Ive de Smet, Daniël van Damme, Tara Lawrence, Benjamin Péret, Eric Moscardi, Daniel Barbeau, Christophe Godin, David Salt, Soazig Guyomarc'H, Ernst H K Stelzer, Alexis Maizel, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (13), pp.5229-5234. ⟨10.1073/pnas.1210807110⟩

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titre

Male-specific DNA markers provide genetic evidence of an XY chromosome system, a recombination arrest and allow the tracing of paternal lineages in date palm

auteur

Emira Cherif, Karina Castillo, Nathalie Chabrillange, Sabira Abdoulkader Bourhan, Jean-Christophe Pintaud, Sylvain Santoni, Amel Salhi-Hannachi, Sylvain Glémin, Frédérique Aberlenc-Bertossi

article

New Phytologist, Wiley, 2013, 197 (2), pp.409-415. ⟨10.1111/nph.12069 JAN 2013 ⟩

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titre

The Amborella Genome and the Evolution of Flowering Plants

auteur

Victor A. Albert, W. Bradley Barbazuk, Claude W. Depamphilis, Joshua P. Der, James Leebens-Mack, Hong Ma, Jeffrey D. Palmer, Steve Rounsley, David Sankoff, Stephan C. Schuster, Douglas E. Soltis, Pamela S. Soltis, Susan R. Wessler, Rod A. Wing, Jetty S. S. Ammiraju, Srikar Chamala, Andre S. Chanderbali, Ronald Determann, Paula Ralph, Jason Talag, Lynn Tomsho, Brandon Walts, Stefan Wanke, Tien-Hao Chang, Tianying Lan, Siwaret Arikit, Michael J. Axtell, Saravanaraj Ayyampalayam, James M. Burnette, Emanuele de Paoli, James C. Estill, Nina P. Farrell, Alex Harkess, Yuannian Jiao, Kun Liu, Wenbin Mei, Blake C. Meyers, Saima Shahid, Eric Wafula, Jixian Zhai, Xiaoyu Zhang, Lorenzo Carretero-Paulet, Eric Lyons, Haibao Tang, Chunfang Zheng, Naomi S. Altman, Feng Chen, Jian-Qun Chen, Vincent Chiang, Bruno Fogliani, Chunce Guo, Jesper Harholt, Claudette Job, Dominique Job, Sangtae Kim, Hongzhi Kong, Guanglin Li, Lin Li, Jie Liu, Jongsun Park, Xinshuai Qi, Loïc Rajjou, Valerie Burtet-Sarramegna, Ron Sederoff, Ying-Hsuan Sun, Peter Ulvskov, Matthieu Villegente, Jia-Yu Xue, Ting-Feng Yeh, Xianxian Yu, Juan J. Acosta, Riva A. Bruenn, Alexandre de Kochko, Luis R. Herrera-Estrella, Enrique Ibarra-Laclette, Matias Kirst, Solon P. Pissis, Valerie Poncet

article

Science, American Association for the Advancement of Science, 2013, 342 (6165), pp.1-10. ⟨10.1126/science.1241089⟩

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titre

Silencing of the chalcone synthase gene in Casuarina glauca highlights the important role of flavonoids during nodulation

auteur

Khalid Abdel-Lateif, Virginie Vaissayre, Hassen Gherbi, Clotilde Verries, Emmanuelle Meudec, Francine Perrine-Walker, Veronique Cheynier, Sergio Svistoonoff, Claudine Franche, Didier Bogusz, Valerie Hocher

article

New Phytologist, Wiley, 2013, 199 (4), pp.1012 - 1021. ⟨10.1111/nph.12326⟩

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titre

Effect of proline pretreatment on grapevine shoot-tip response to a droplet-vitrification protocol

auteur

Zvjezdana Markovic, Philippe Chatelet, André Peyriere, Darko Preiner, Isabelle Engelmann-Sylvestre, Jasminka Karoglan-Kontić, Florent Engelmann

article

American Journal of Plant Sciences, Scientific Research Publishing, 2013, 4, pp.2414-2417. ⟨10.4236/ajps.2013.412299⟩

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titre

Clever generation of rich SPARQL queries from annotated relational schema: application to Semantic Web Service creation for biological databases

auteur

Julien Wollbrett, Pierre Larmande, Frederic de Lamotte Guéry, Manuel Ruiz

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14, ⟨10.1186/1471-2105-14-126⟩

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titre

Detecting selection along environmental gradients: analysis of eight methods and their effectiveness for outbreeding and selfing populations

auteur

Stéphane de Mita, Anne-Céline Thuillet, Laurène Gay, Nourollah Ahmadi, Stéphanie Manel, Joelle Ronfort, Yves Vigouroux

article

Molecular Ecology, Wiley, 2013, 22 (5), pp.1383-1399 ⟨10.1111/mec.12182⟩

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titre

Cryopreservation of grapevine (Vitis vinifera L.) in vitro shoot tips

auteur

Zvjezdana Markovic, Philippe Chatelet, Isabelle Sylvestre, Jasminka Karoglan Kontic, Florent Engelmann

article

Central European Journal of Biology, Springer Verlag, 2013, 8 (10), pp.993-1000. ⟨10.2478/s11535-013-0223-8⟩

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titre

Agrobiodiversity performance in contrasting island environments: The case of shifting cultivation in Vanuatu, Pacific

auteur

Julien Blanco, Laurence Pascal, Laurence Ramon, Henri Vandenbroucke, Stéphanie Carrière

article

Agriculture, Ecosystems and Environment, Elsevier Masson, 2013, 174, pp.28 - 39. ⟨10.1016/j.agee.2013.04.015⟩

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Article dans une revue

titre

AUX/LAX genes encode a family of auxin influx transporters that perform distinct functions during Arabidopsis development.

auteur

Benjamin Péret, Kamal Swarup, Alison Ferguson, Malvika Seth, Yaodong Yang, Stijn Dhondt, Nicholas James, Ilda Casimiro, Paula Perry, Adnan Syed, Haibing Yang, Jesica Reemmer, Edward Venison, Caroline Howells, Miguel A Perez-Amador, Jeonga Yun, Jose Alonso, Gerrit T S Beemster, Laurent Laplaze, Angus Murphy, Malcolm J Bennett, Erik Nielsen, Ranjan Swarup

article

Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2012, 24 (7), pp.2874-85. ⟨10.1105/tpc.112.097766⟩

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In-depth molecular and phenotypic characterization in a rice insertion line library facilitates gene identification through reverse and forward genetics approaches.

auteur

Mathias Lorieux, Mélisande Blein, Jaime Lozano, Mathieu Bouniol, Gaétan Droc, Anne Diévart, Christophe Périn, Delphine Mieulet, Nadège Lanau, Martine Bès, Claire Rouvière, Céline Gay, Pietro Piffanelli, Pierre Larmande, Corinne Michel, Isabelle Barnola, Corinne Biderre-Petit, Christophe Sallaud, Pascual Perez, Fabienne Bourgis, Alain Ghesquière, Pascal Gantet, Joe Tohme, Jean Benoit Morel, Emmanuel Guiderdoni

article

Plant Biotechnology Journal, Wiley, 2012, 10 (5), pp.555-68. ⟨10.1111/j.1467-7652.2012.00689.x⟩

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Paleogenetic Analyses Reveal Unsuspected Phylogenetic Affinities between Mice and the Extinct Malpaisomys insularis, an Endemic Rodent of the Canaries

auteur

Marie Pages, P Chevret, Muriel Gros-Balthazard, Sandrine Hughes, Josep Antoni Alcover, Rainer Hutterer, Juan Carlos Rando, Jacques Michaux, Catherine Hänni

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (2), pp.e31123. ⟨10.1371/journal.pone.0031123⟩

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Historical Contingencies Modulate the Adaptability of Rice Yellow Mottle Virus

auteur

Nils Poulicard, Agnès Pinel-Galzi, Oumar Traoré, Florence Vignols, Alain Ghesquière, Gnissa Konaté, Eugénie Hébrard, Denis Fargette

article

PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2012, 8 (1), ⟨10.1371/journal.ppat.1002482⟩

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Analyzing lateral root development: how to move forward.

auteur

Ive de Smet, Philip J White, a Glyn Bengough, Lionel Dupuy, Boris Parizot, Ilda Casimiro, Renze Heidstra, Marta Laskowski, Marc Lepetit, Frank Hochholdinger, Xavier Draye, Hanma Zhang, Martin R Broadley, Benjamin Péret, John P Hammond, Hidehiro Fukaki, Sacha Mooney, Jonathan P Lynch, Philippe Nacry, Ulrich Schurr, Laurent Laplaze, Philip Benfey, Tom Beeckman, Malcolm Bennett

article

Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2012, 24 (1), pp.15-20. ⟨10.1105/tpc.111.094292⟩

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SSR markers in transcripts of genes linked to post-transcriptional and transcriptional regulatory functions during vegetative and reproductive development of Elaeis guineensis

auteur

Timothy Tranbarger, W. Kluabmongkol, D. Sangsrakru, F. Morcillo, James Tregear, S. Tragoonrung, N. Billotte

article

BMC Plant Biology, BioMed Central, 2012, 12, pp.1. ⟨10.1186/1471-2229-12-1⟩

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Temporal and spatial expression of polygalacturonase gene family members reveals divergent regulation during fleshy fruit ripening and abscission in the monocot species oil palm

auteur

P. Roongsattham, F. Morcillo, C. Jantasuriyarat, Maxime Pizot, S. Moussu, D. Jayaweera, Myriam Collin, Z. H. Gonzalez-Carranza, P. Amblard, James Tregear, S. Tragoonrung, J. L. Verdeil, Timothy Tranbarger

article

BMC Plant Biology, BioMed Central, 2012, 12, pp.150. ⟨10.1186/1471-2229-12-150⟩

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EggLib: processing, analysis and simulation tools for population genetics and genomics

auteur

Stéphane de Mita, Mathieu Siol

article

BMC Genetics, BioMed Central, 2012, 13, ⟨10.1186/1471-2156-13-27⟩

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Transposable elements are a major cause of somatic polymorphism in Vitis vinifera L.

auteur

Gregory Carrier, Loic Le Cunff, Alexis Dereeper, Delphine Legrand, François Sabot, Olivier Bouchez, Laurent Audeguin, Jean-Michel Boursiquot, Patrice This

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7, online (3), Non paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0032973⟩

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Climatic factors directly impact the volatile organic compound fingerprint in green Arabica coffee bean as well as coffee beverage quality

auteur

Benoit Bertrand, Renaud Boulanger, Stéphane Dussert, Fabienne Ribeyre, Laurent Berthiot, Frédéric Descroix, Thierry Joët

article

Food Chemistry, Elsevier, 2012, 135, pp.2575--2583. ⟨10.1016/j.foodchem.2012.06.060⟩

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A survey of mangiferin and hydroxycinnamic acid ester accumulation in coffee (Coffea) leaves: biological implications and uses

auteur

Claudine Campa-Rocheteau, Laurence Mondolot, Arsene Rakotondravao, Luc Bidel, Annick Gargadennec, Emmanuel Couturon, Philippe La Fisca, Jean Jacques Rakotomalala, Christian Jay-Allemand, Aaron Davis

article

Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2012, 110 (3), pp.595-613 ⟨10.1093/aob/mcs119⟩

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Article dans une revue

titre

Isolation of C-glycosyl xanthones from Coffea pseudozanguebariae and their location.

auteur

Pascale Talamond, Geneviève Conejero, Jean-Luc Verdeil, Jean-Luc Poëssel

article

Nat Prod Commun, 2011, 6 (12), pp.1885-8

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titre

Maternal epigenetic pathways control parental contributions to Arabidopsis early embryogenesis.

auteur

Daphné Autran, Célia Baroux, Michael T Raissig, Thomas Lenormand, Michael Wittig, Stefan Grob, Andrea Steimer, Matthias Barann, Ulrich C Klostermeier, Olivier Leblanc, Jean-Philippe Vielle-Calzada, Phillip Rosenstiel, Daniel Grimanelli, Ueli Grossniklaus

article

Cell, Elsevier, 2011, 145 (5), pp.707-19. ⟨10.1016/j.cell.2011.04.014⟩

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A Plant-Specific Transcription Factor IIB-Related Protein, pBRP2, Is Involved in Endosperm Growth Control

auteur

Emilie Cavel, Marion Pillot, Dominique Pontier, Sylvie Lahmy, Natacha Bies-Etheve, Danielle Vega, Daniel Grimanelli, Thierry Lagrange

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (2), pp.e17216. ⟨10.1371/journal.pone.0017216⟩

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titre

Regulatory mechanisms underlying oil palm fruit mesocarp maturation, ripening, and functional specialization in lipid and carotenoid metabolism

auteur

Timothy Tranbarger, Stéphane Dussert, Thierry Joët, X. Argout, M. Summo, Antony Champion, D. Cros, A. Omore, B. Nouy, Fabienne Morcillo

article

Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2011, 156 (2), pp.564-584. ⟨10.1104/pp.111.175141⟩

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Trancript profiling of crown root less 1 stem base reveals new elements associated with crown root development in rice

auteur

Y Coudert, M Bes, Thi van Anh Le, M Pre, E. Guiderdoni, Pascal Gantet

article

BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12 (e387)

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titre

Divergent Expression Patterns of miR164 and CUP-SHAPED COTYLEDON Genes in Palms and Other Monocots: Implication for the Evolution of Meristem Function in Angiosperms

auteur

Hélène Adam, Melaine Marguerettaz, Qadri Rashad, Bernard Adroher, Frédérique Richaud, Myriam Collin, Anne-Céline Thuillet, Yves Vigouroux, Patrick Laufs, James Tregear, Stefan Jouannic

article

Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, 28 (4), pp.1439-1454. ⟨10.1093/molbev/msq328⟩

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Article dans une revue

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Caracterización de la resiliencia ecológica de poblaciones de palmeras

auteur

Fabien Anthelme, Rommel Montúfar-Galárraga, Jean-Christophe Pintaud

article

Ecologia en Bolivia, Revista del Instituto de Ecología, 2010, 45 (3), pp.23-29

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titre

Inactivation of a DNA methylation pathway in maize reproductive organs results in apomixis-like phenotypes.

auteur

Marcelina Garcia-Aguilar, Caroline Michaud, Olivier Leblanc, Daniel Grimanelli

article

Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2010, 22 (10), pp.3249-67. ⟨10.1105/tpc.109.072181⟩

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titre

Embryo and endosperm inherit distinct chromatin and transcriptional states from the female gametes in Arabidopsis.

auteur

Marion Pillot, Célia Baroux, Mario Arteaga Vazquez, Daphné Autran, Olivier Leblanc, Jean Philippe Vielle-Calzada, Ueli Grossniklaus, Daniel Grimanelli

article

Plant Cell, American Society of Plant Biologists, 2010, 22 (2), pp.307-20. ⟨10.1105/tpc.109.071647⟩

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titre

Use of the growing environment as a source of variation to identify the quantitative trait transcripts and modules of co-expressed genes that determine chlorogenic acid accumulation

auteur

Thierry Joët, Jordi Salmona, Andréina Laffargue, Frédéric Descroix, Stéphane Dussert

article

Plant, Cell and Environment, Wiley, 2010, 33, pp.1220--1233. ⟨10.1111/j.1365-3040.2010.02141.x⟩

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titre

Improved management of Malagasy Eucalyptus grandis seed orhards using microsatellites paternity assignment

auteur

G. Chaix, P. Vigneron, V. Razafimaharo, S. Hamon

article

Journal of Tropical Forest Science, 2010, 22 (3), pp.271-280

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titre

Parasite-mediated protection against osmotic stress for Paramecium caudatum infected by Holospora undulata is host genotype specific

auteur

Alison Duncan, Simon Fellous, Robin Accot, Kevin Chantung Sobandi, Marie Alart, Ariane Cosiaux, Oliver Kaltz

article

FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2010, 74 (2), pp.353-360. ⟨10.1111/j.1574-6941.2010.00952.x⟩

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titre

Influence of environmental factors, wet processing and their interactions on the biochemical composition of green Arabica coffee beans

auteur

Thierry Joët, Andréina Laffargue, Frédéric Descroix, Sylvie Doulbeau, Benoit Bertrand, Alexandre de Kochko, Stéphane Dussert

article

Food Chemistry, Elsevier, 2010, 118, pp.693--701. ⟨10.1016/j.foodchem.2009.05.048⟩

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Article dans une revue

titre

Selective epigenetic control of retrotransposition in Arabidopsis

auteur

Marie Mirouze, Jon Reinders, Etienne Bucher, Taisuke Nishimura, Korbinian Schneeberger, Stephan Ossowski, Jun Cao, Detlef Weigel, Jerzy Paszkowski, Olivier Mathieu

article

Nature, Nature Publishing Group, 2009, 461 (7262), pp.427 - 430. ⟨10.1038/nature08328⟩

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titre

Arabidopsis lateral root development: an emerging story.

auteur

Benjamin Péret, Bert de Rybel, Ilda Casimiro, Eva Benková, Ranjan Swarup, Laurent Laplaze, Tom Beeckman, Malcolm J Bennett

article

Trends in Plant Science, Elsevier, 2009, 14 (7), pp.399-408. ⟨10.1016/j.tplants.2009.05.002⟩

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titre

Metabolic pathways in tropical dicotyledonous albuminous seeds : #Coffea arabica# as a case study

auteur

Thierry Joët, Andréina Laffargue, Jordi Salmona, Sylvie Doulbeau, Frédéric Descroix, Benoit Bertrand, Alexandre de Kochko, Stéphane Dussert

article

New Phytologist, Wiley, 2009, 182, pp.146--162. ⟨10.1111/j.1469-8137.2008.02742.x⟩

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Article dans une revue

titre

The auxin influx carrier LAX3 promotes lateral root emergence.

auteur

Kamal Swarup, Eva Benková, Ranjan Swarup, Ilda Casimiro, Benjamin Péret, Yaodong Yang, Geraint Parry, Erik Nielsen, Ive de Smet, Steffen Vanneste, Mitch P Levesque, David Carrier, Nicholas James, Vanessa Calvo, Karin Ljung, Eric Kramer, Rebecca Roberts, Neil Graham, Sylvestre Marillonnet, Kanu Patel, Jonathan D G Jones, Christopher G Taylor, Daniel P Schachtman, Sean May, Goran Sandberg, Philip Benfey, Jiri Friml, Ian Kerr, Tom Beeckman, Laurent Laplaze, Malcolm J Bennett

article

Nature Cell Biology, Nature Publishing Group, 2008, 10 (8), pp.946-54. ⟨10.1038/ncb1754⟩

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titre

A Role for auxin during actinorhizal symbioses formation?

auteur

Benjamin Péret, Sergio Svistoonoff, Benoit Lahouze, Florence Auguy, Carole Santi, Patrick Doumas, Laurent Laplaze

article

Plant Signaling and Behavior, Taylor & Francis, 2008, 3 (1), pp.34-5

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titre

Deciphering transcriptional networks that govern #Coffea arabica# seed development using combined cDNA array and real-time RT-PCR approaches

auteur

Jordi Salmona, Stéphane Dussert, Frédéric Descroix, Alexandre de Kochko, Benoit Bertrand, Thierry Joët

article

Plant Molecular Biology, Springer Verlag (Germany), 2008, 66, pp.105--124. ⟨10.1007/s11103-007-9256-6⟩

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Article dans une revue

titre

Auxin influx activity is associated with Frankia infection during actinorhizal nodule formation in Casuarina glauca.

auteur

Benjamin Péret, Ranjan Swarup, Leen Jansen, Gaëlle Devos, Florence Auguy, Myriam Collin, Carole Santi, Valérie Hocher, Claudine Franche, Didier Bogusz, Malcolm Bennett, Laurent Laplaze

article

Plant Physiology, American Society of Plant Biologists, 2007, 144 (4), pp.1852-62. ⟨10.1104/pp.107.101337⟩

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titre

Are phenological observations sufficient to estimate the quality of seed crops from a Eucalyptus grandis open-pollinated seed orchard? Consequences for seed collections

auteur

Gilles Chaix, Philippe Vigneron, Vololoniriana Razafimaharo, Serge Hamon

article

New Forests, Springer Verlag, 2007, 33, pp.41-52

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titre

SSR mining in coffee tree EST databases : potential use of EST-SSRs as markers for the Coffea genus

auteur

Valérie Poncet, Myriam Rondeau, Christine Tranchant, Anne Cayrel, Serge Hamon, Alexandre De Kochko, Perla Hamon

article

Molecular Genetics and Genomics, Springer Verlag, 2006, 276 (5), pp.436-449

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Article dans une revue

titre

Rice genomics: Present and future

auteur

Michel Delseny, Jérôme Salse, Richard Cooke, Christophe Sallaud, Farid Regad, Pierre Lagoda, Emmanuel Guiderdoni, Marjolaine Ventelon, Christophe Brugidou, Alain Ghesquière

article

Plant Physiology and Biochemistry, Elsevier, 2001, 39 (3-4), pp.323-334. ⟨10.1016/S0981-9428(01)01245-1⟩

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Article dans une revue

titre

Expression of a self-incompatibility gene in a self-compatible line of Brassica oleracea.

auteur

T Gaude, A Friry, P. Heizmann, C. Mariac, M. Rougier, I Fobis, C. Dumas

article

The Plant cell, American Society of Plant Biologists (ASPB), 1993, 5 (1), pp.75-86. ⟨10.1105/tpc.5.1.75⟩

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