L’Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) est un centre de recherche pluridisciplinaire.

L’activité principale de l’IGF est consacrée à la recherche fondamentale s’appuyant sur la génomique fonctionnelle pour explorer les processus normaux et pathologiques de signalisation et de communication cellulaires dans divers domaines, en particulier en neurobiologie, cardiologie, endocrinologie et oncologie.

Les principales activités vont de la pharmacologie structurale à la biologie des systèmes, du développement de modèles précliniques de maladies à la recherche translationnelle, et ce, pour étudier diverses pathologies, y compris les maladies neurologiques et psychiatriques, le dysfonctionnement cardiaque, le diabète et le cancer.

Un des principaux objectifs de l’IGF est d’identifier de nouveaux concepts en médecine moléculaire et d’évaluer de nouvelles stratégies permettant le développement d’outils diagnostiques et thérapeutiques.

Label : Unité Mixte de Recherche (UMR)
Tutelles principales : CNRS, UM, Inserm
Département scientifique : Biologie Santé
École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé

Site web

Contact

CNRS
141 Rue de la Cardonille
34094 Montpellier cedex 5 France

Courriel

Publications (extraction HAL)

Sélectionner une année :

Publications HAL de la structure 2001

2022

Article dans une revue

titre
Genetic control of rhizosheath formation in pearl millet
auteur
C. de la Fuente Cantó, M N Diouf, P M S Ndour, M. Debieu, A. Grondin, S. Passot, A. Champion, C. Barrachina, M. Pratlong, P. Gantet, K. Assigbetsé, N. Kane, P. Cubry, A G Diedhiou, T. Heulin, W. Achouak, Y. Vigouroux, Laurent Cournac, Laurent Laplaze
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2022, 12 (1), pp.9205. ⟨10.1038/s41598-022-13234-w⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03714569/file/de%20la%20Fuente%20Cant%C3%B3-SR-2022-CC-BY.pdf BibTex
titre
Mesorhizobium ventifaucium sp. nov. and Mesorhizobium escarrei sp. nov., two novel root-nodulating species isolated from Anthyllis vulneraria
auteur
Roba Mohamad, Anne Willems, Antoine Le Quéré, Marjorie Pervent, Géraldine Maynaud, Maurine Bonabaud, Emeric Dubois, Jean-Claude Cleyet-Marel, Brigitte Brunel
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2022, 45 (5), ⟨10.1016/j.syapm.2022.126341⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
PUCHI represses early meristem formation in developing lateral roots of Arabidopsis thaliana
auteur
Kevin Bellande, Duy-Chi Trinh, Anne-Alicia Gonzalez, Emeric Dubois, Anne-Sophie Petitot, Mikaël Lucas, Antony Champion, Pascal Gantet, Laurent Laplaze, Soazig Guyomarc’h
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2022, 73 (11), pp.3496-3510. ⟨10.1093/jxb/erac079⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Transcriptomic profiles of consistent risk-taking behaviour across time and contexts in European sea bass
auteur
Bastien Sadoul, Sébastien Alfonso, Conor Goold, Marine Pratlong, Stéphanie Rialle, Benjamin Geffroy, Marie-Laure Bégout
article
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Royal Society, The, 2022, 289 (1975), pp.20220399. ⟨10.1098/rspb.2022.0399⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
SMAD4 TGF-β–independent function preconditions naive CD8+ T cells to prevent severe chronic intestinal inflammation
auteur
Ramdane Igalouzene, Hector Hernandez-Vargas, Nicolas Benech, Alexandre Guyennon, David Bauché, Célia Barrachina, Emeric Dubois, Julien Marie, Saïdi M’homa Soudja
article
The Journal of clinical investigation, 2022, 132 (8), ⟨10.1172/JCI151020⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
FishmiRNA: An evolutionarily supported microRNA annotation and expression database for ray-finned fishes
auteur
Thomas Desvignes, Philippe Bardou, Jérôme Montfort, Jason Sydes, Cervin Guyomar, Simon George, John H Postlethwait, Julien Bobe
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2022, 39 (2), pp.msac004. ⟨10.1093/molbev/msac004⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03528022/file/desvignes_mbe_2022.pdf BibTex
titre
CRISPR/Cas9-mediated gene knockout and interallelic gene conversion in human induced pluripotent stem cells using non-integrative bacteriophage-chimeric retrovirus-like particles
auteur
Joffrey Mianné, Amel Nasri, Chloé Nguyen Van, Chloé Bourguignon, Mathieu Fieldès, Engi Ahmed, Christine Duthoit, Nicolas Martin, Hugues Parrinello, Anaïs Louis, Alexandra Iché, Régis Gayon, Florine Samain, Lucille Lamouroux, Pascale Bouillé, Arnaud Bourdin, Said Assou, John de Vos
article
BMC Biology, BioMed Central, 2022, 20 (1), pp.8. ⟨10.1186/s12915-021-01214-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03518180/file/2022%20Miann%C3%A9%20et%20al.%2C%20CRISPR%20et%20Cas9%20mediated.pdf BibTex
titre
Single cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity in Biomphalaria glabrata: Plasticity over diversity
auteur
Remi Pichon, Silvain Pinaud, Emmanuel Vignal, Cristian Chaparro, Marine Pratlong, Anaïs Portet, David Duval, Richard Galinier, Benjamin Gourbal
article
Frontiers in Immunology, Frontiers, In press, 13, ⟨10.3389/fimmu.2022.956871⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03772193/file/Pichon-2022-FrontImmunol-Single.pdf BibTex

Proceedings/Recueil des communications

titre
Ageing decreases heart rate variability in the small primate Microcebus murinus
auteur
Manon Marrot, Cuoq Joel, Melanie Faure, Pascaline Fontes, Faustine Hugon, Méline Peguet, Stéphanie Barrère-Lemaire, Nadine Mestre-Francés, Matteo Elia Mangoni, Angelo Torrente
article
14 (2), pp.163-164, 2022, ⟨10.1016/j.acvdsp.2022.04.022⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
PPARβ/δ preconditioning increased the cardioprotective effects of MSC in IR injury
auteur
Rafael Contreras, Charlotte Sarre, Nitirut Nerpermpisooth, Anne Vincent, Joel Nargeot, Christophe Piot, Christian Jorgensen, Farida Djouad, Stéphanie Barrère-Lemaire
article
14 (2), pp.174-175, 2022, ⟨10.1016/j.acvdsp.2022.04.044⟩
Accès au bibtex
BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
SUMOylation controls the rapid transcriptional reprogramming induced by anthracyclines in Acute Myeloid Leukemias
auteur
Mathias Boulanger, Chamseddine Kifagi, Marko Ristic, Ludovic Gabellier, Denis Tempé, Jon-Otti Sigurdsson, Tony Kaoma, Charlotte Andrieu-Soler, Thierry Forné, Eric Soler, Yosr Hicheri, Elise Gueret, Laurent Vallar, Jesper Olsen, Guillaume Cartron, Marc Piechaczyk, Guillaume Bossis
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03759840/file/2022-04-04%20Boulanger%20Manuscript.pdf BibTex

2021

Article dans une revue

titre
LIM homeobox-2 suppresses hallmarks of adult and pediatric liver cancers by inactivating MAPK/ERK and Wnt/beta-catenin pathways
auteur
Nicola Mosca, Fatma Zohra Khoubai, Sandrine Fedou, Juan Carrillo-Reixach, Stefano Caruso, Alvaro del Rio-Alvarez, Emeric Dubois, Christophe Avignon, Nathalie Dugot-Senan, Catherine Guettier, Charlotte Mussini, Jessica Zucman-Rossi, Carolina Armengol, Pierre Thiébaud, Philippe Veschambre, Christophe François Grosset
article
Liver Cancer, S. Karger, 2021, Online ahead of print. ⟨10.1159/000521595⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://www.hal.inserm.fr/inserm-03556999/file/LiveCancer521595.pdf BibTex
titre
Unraveling the genotype by environment interaction in a thermosensitive fish with a polygenic sex determination system
auteur
Benjamin Geffroy, Mathieu Besson, Núria Sánchez-Baizán, Frederic Clota, Alexander Goikoetxea, Bastien Sadoul, François Ruelle, Marie-Odile Blanc, Hugues Parrinello, Sophie Hermet, Eva Blondeau-Bidet, Marine Pratlong, Francesc Piferrer, Marc Vandeputte, François Allal
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2021, 118 (50), pp.e2112660118. ⟨10.1073/pnas.2112660118⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Circulating miRNA repertoire as a biomarker of metabolic and reproductive states in rainbow trout
auteur
Emilie Cardona, Cervin Guyomar, Thomas Desvignes, Jérôme Montfort, Samia Guendouz, John H Postlethwait, Sandrine Skiba-Cassy, Julien Bobe
article
BMC Biology, BioMed Central, 2021, 19 (1), ⟨10.1186/s12915-021-01163-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03436712/file/2021_Cardona_BMCBiology.pdf BibTex
titre
Ensifer aridi LMR001T Symbiosis and Tolerance to Stress Do Not Require the Alternative Sigma Factor RpoE2
auteur
Meryem Belfquih, Ilham Sakrouhi, Hassan Ait-Benhassou, Emeric Dubois, Dany Severac, Abdelkarim Filali-Maltouf, Antoine Le Quere
article
Agronomy, MDPI, 2021, 11 (9), ⟨10.3390/agronomy11091787⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03443021/file/2021_Belfquih_Agronomy.pdf BibTex
titre
Concurrent BMP Signaling Maintenance and TGF-β Signaling Inhibition Is a Hallmark of Natural Resistance to Muscle Atrophy in the Hibernating Bear
auteur
Laura Cussonneau, Christian Boyer, Charlotte Brun, Christiane Deval, Emmanuelle Loizon, Emmanuelle Meugnier, Elise Gueret, Emeric Dubois, Daniel Taillandier, Cécile Polge, Daniel Béchet, Guillemette Gauquelin-Koch, Alina Evans, Jon Arnemo, Jon Swenson, Stéphane Blanc, Chantal Simon, Etienne Lefai, Fabrice Bertile, Lydie Combaret
article
Cells, MDPI, 2021, 10 (8), pp.1873. ⟨10.3390/cells10081873⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03314541/file/cells-10-01873-v2%20%281%29.pdf BibTex
titre
Ethinylestradiol (EE2) residues from birth control pills impair nervous system development and swimming behavior of zebrafish larvae
auteur
Ahmed Nasri, Ali Mezni, Pierre-André Lafon, Aymen Wahbi, Nicolas Cubedo, Philippe Clair, Abdel Halim Harrath, Hamouda Beyrem, Mireille Rossel, Véronique Perrier
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 770, pp.145272. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145272⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://www.hal.inserm.fr/inserm-03334060/file/1-s2.0-S0048969721003387-main.pdf BibTex
titre
Fra-1 regulates its target genes via binding to remote enhancers without exerting major control on chromatin architecture in triple negative breast cancers
auteur
Fabienne Bejjani, Claire Tolza, Mathias Boulanger, Damien Downes, Raphaël Romero, Muhammad Ahmad Maqbool, Amal Zine El Aabidine, Jean Christophe Andrau, Sophie Lèbre, Laurent Brehelin, Hughes Parrinello, Marine Rohmer, Tony Kaoma, Laurent Vallar, Jim r. Hughes, Kazem Zibara, Charles-Henri Lecellier, Marc Piechaczyk, Isabelle Jariel-Encontre
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2021, 49 (5), pp.2488-2508. ⟨10.1093/nar/gkab053⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03253453/file/gkab053.pdf BibTex
titre
Mutation accumulation in chromosomal inversions maintains wing pattern polymorphism in a butterfly
auteur
Paul Jay, Mathieu Chouteau, Annabel Whibley, Héloïse Bastide, Violaine Llaurens, Hugues Parrinello, Mathieu Joron
article
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2021, 53 (3), pp.288-293. ⟨10.1101/736504⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03425009/file/jay19biorxiv.pdf BibTex
titre
Sublethal Exposure Effects of the Neonicotinoid Clothianidin Strongly Modify the Brain Transcriptome and Proteome in the Male Moth Agrotis ipsilon
auteur
Camille Meslin, Françoise Bozzolan, Virginie Braman, Solenne Chardonnet, Cédric Pionneau, Marie-Christine François, Dany Severac, Christophe Gadenne, Sylvia Anton, Martine Maibèche, Emmanuelle Jacquin-Joly, David Siaussat
article
Insects, MDPI, 2021, 12 (2), ⟨10.3390/insects12020152⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03138710/file/Meslin%20et%20al%202021.pdf BibTex
titre
Family-effects in the epigenomic response of red blood cells to a challenge test in the European sea bass (Dicentrarchus labrax, L.)
auteur
Madoka Vera Krick, Erick Desmarais, Athanasios Samaras, Elise Guéret, Arkadios Dimitroglou, Michalis Pavlidis, Costas Tsigenopoulos, Bruno Guinand
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2021, 22 (1), pp.111. ⟨10.1186/s12864-021-07420-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://www.hal.inserm.fr/inserm-03218486/file/s12864-021-07420-9.pdf BibTex
titre
Photoperiod dependent transcriptional modifications in key metabolic pathways in Coffea arabica
auteur
Doâa Djerrab, Benoit Bertrand, Jean-Christophe Breitler, Sophie Leran, Eveline Déchamp, Claudine Campa, Célia Barrachina, Genevieve Conejero, Hervé Etienne, Ronan Sulpice
article
Tree Physiology, Oxford University Press (OUP), 2021, 41 (2), pp.302-316. ⟨10.1093/treephys/tpaa130⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02974057/file/tpaa130.pdf BibTex
titre
An environmentally relevant mixture of polychlorinated biphenyls (PCBs) and polybrominated diphenylethers (PBDEs) disrupts mitochondrial function, lipid metabolism and neurotransmission in the brain of exposed zebrafish and their unexposed F2 offspring
auteur
Mélanie Blanc, Sébastien Alfonso, Marie-Laure Bégout, Célia Barrachina, Tuulia Hyötyläinen, Steffen Keiter, Xavier Cousin
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 754, pp.142097. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.142097⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03341157/file/1-s2.0-S0048969720356266-main.pdf BibTex
titre
Genetic pathways underpinning hormonal stress responses in fish exposed to short- and long-term warm ocean temperatures
auteur
Alexander Goikoetxea, Bastien Sadoul, Eva Blondeau-Bidet, Johan Aerts, Marie-Odile Blanc, Hugues Parrinello, Célia Barrachina, Marine Pratlong, Benjamin Geffroy
article
Ecological Indicators, Elsevier, 2021, 120, pp.106937. ⟨10.1016/j.ecolind.2020.106937⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03147019/file/1-s2.0-S1470160X20308761-main.pdf BibTex
titre
Circulating Tumor Cell Lines: an Innovative Tool for Fundamental and Translational Research
auteur
Guillaume Belthier, Zeinab Homayed, Céline Bouclier, Muriel Asari, Julie Pannequin
article
Journal of visualized experiments : JoVE, JoVE, 2021, 178, ⟨10.3791/62329⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Convergent morphology and divergent phenology promote the coexistence of Morpho butterfly species
auteur
Camille Le Roy, Camille Roux, Elisabeth Authier, Hugues Parrinello, Héloïse Bastide, Vincent Debat, Violaine Llaurens
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), pp.7248. ⟨10.1038/s41467-021-27549-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03655196/file/Le%20Roy%20et%20al%202021%20Nature%20Com.pdf BibTex

Poster de conférence

titre
CDK8 and CDK19 act redundantly to control the CFTR pathway in the intestinal epithelium
auteur
Susana Prieto, Geronimo Dubra, Lucie Angevin, Ana Bella Aznar, Alain Camasses, Christina Begon-Pescia, Nelly Pirot, François Gerbe, Philippe Jay, Liliana Krasinska, Daniel Fisher
article
17eme Journees Canceropole GSO, Nov 2021, Carcassonne, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03866091/file/Poster%2017eme%20Journees%20Canceropole%20Carcassone%202021.pdf BibTex
titre
Deciphering the pluripotency continuum in rabbit pre-implantation embryos
auteur
Wilhelm Bouchereau, Thierry Joly, Luc Jouneau, Catherine Archilla, Murielle Godet, Irène Aksoy, Anaïs Moulin, Véronique Duranthon, Marine Pratlong, Dany Severac, Marielle Afanassieff, Pierre Savatier, Nathalie Beaujean
article
4th Annual Meeting French Society for Stem Cell Research (FSSCR), Nov 2021, Montpellier, France
Accès au bibtex
BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
The NADPH oxidase NOX2 is a marker of adverse prognosis involved in chemoresistance of Acute Myeloid Leukemias
auteur
Paolillo Rosa, Mathias Boulanger, Gâtel Pierre, Gabellier Ludovic, Tempé Denis, Hallal Rawan, de Toledo Marion, Moreaux Jérome, Baik Hayeon, Elise Gueret, Récher Christian, Sarry Jean-Emmanuel, Cartron Guillaume, Marc Piechaczyk, Bossis Guillaume
article
2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-03431962/file/Paolillo%20et%20al.pdf BibTex
titre
Autoregulation dependent and independent mechanisms are responsible for the systemic control of nodule formation by the plant N demand
auteur
Marjorie Pervent, Ilana Lambert, Marc Tauzin, Alicia Karouani, Martha Nigg, Marie-Françoise Jardinaud, Dany Severac, Stefano Colella, Marie-Laure Martin-Magniette, Marc Lepetit
article
2021
Accès au bibtex
BibTex

2020

Article dans une revue

titre
Sex chromosome and sex locus characterization in goldfish, Carassius auratus (Linnaeus, 1758)
auteur
Ming Wen, Romain Feron, Qiaowei Pan, Justine Guguin, Elodie Jouanno, Amaury Herpin, Christophe C. Klopp, Cédric Cabau, Margot Zahm, Hugues Parrinello, Laurent Journot, Shawn M Burgess, Yoshihiro Omori, John H Postlethwait, Manfred Schartl, Yann Guiguen
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2020, 21 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s12864-020-06959-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02937875/file/2020_BMCGenomics_Wen.pdf BibTex
titre
LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine
auteur
Nikolaus Rajewsky, Geneviève Almouzni, Stanislaw Gorski, Stein Aerts, Ido Amit, Michela Bertero, Christoph Bock, Annelien Bredenoord, Giacomo Cavalli, Susanna Chiocca, Hans Clevers, Bart de Strooper, Angelika Eggert, Jan Ellenberg, Xosé Fernández, Marek Figlerowicz, Susan Gasser, Norbert Hubner, Jørgen Kjems, Jürgen Knoblich, Grietje Krabbe, Peter Lichter, Sten Linnarsson, Jean-Christophe Marine, John Marioni, Marc Marti-Renom, Mihai Netea, Dörthe Nickel, Marcelo Nollmann, Halina Novak, Helen Parkinson, Stefano Piccolo, Inês Pinheiro, Ana Pombo, Christian Popp, Wolf Reik, Sergio Roman-Roman, Philip Rosenstiel, Joachim Schultze, Oliver Stegle, Amos Tanay, Giuseppe Testa, Dimitris Thanos, Fabian Theis, Maria-Elena Torres-Padilla, Alfonso Valencia, Céline Vallot, Alexander van Oudenaarden, Marie Vidal, Thierry Voet, Monsef Benkirane, Laurent Journot
article
Nature, Nature Publishing Group, 2020, 587 (7834), pp.377-386. ⟨10.1038/s41586-020-2715-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02999344/file/LifeTime_white_paper_Revision_ACCEPTED.pdf BibTex
titre
Differential immune gene expression associated with contemporary range expansion of two invasive rodents in Senegal
auteur
Nathalie Charbonnel, Maxime Galan, Caroline Tatard, Anne Loiseau, Christophe Amidi Diagne, Ambroise Dalecky, Hugues Parrinello, Stéphanie Rialle, Dany Severac, Carine Brouat
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, Peer Community in Ecology, 10, pp.18257. ⟨10.1101/442160⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02790736/file/s41598-020-75060-2.pdf BibTex
titre
Quantifying Genomic Imprinting at Tissue and Cell Resolution in the Brain
auteur
Annie Varrault, Emeric Dubois, Anne Le Digarcher, Tristan Bouschet
article
Epigenomes, MDPI, 2020, 4 (3), pp.21. ⟨10.3390/epigenomes4030021⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03364539/file/epigenomes-04-00021-v2.pdf BibTex
titre
Responses of mature symbiotic nodules to the whole-plant systemic nitrogen signaling
auteur
Ilana Lambert, Marjorie Pervent, Antoine Le Quéré, Gilles Clement, Marc Tauzin, Dany Severac, Claire Benezech, Pascal Tillard, Marie-Laure Martin-Magniette, Stefano Colella, Marc Lepetit
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 71 (16), pp.5039-5052. ⟨10.1093/jxb/eraa221⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02921428/file/eraa221.pdf BibTex
titre
In vitro shared transcriptomic responses of Aedes aegypti to arboviral infections: example of dengue and Rift Valley fever viruses
auteur
Séverine Licciardi, Etienne Loire, Eric Cardinale, Marie Gislard, Emeric Dubois, Catherine Cêtre-Sossah
article
Parasites and Vectors, BioMed Central, 2020, 13 (1), pp.395. ⟨10.1186/s13071-020-04253-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02914990/file/s13071-020-04253-5.pdf BibTex
titre
A transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
auteur
Mohamed Mourdas, Nguyet Thi-Minh Dang, Yuki Ogyama, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Matthieu Boulesteix, Vincent Mérel, Philippe Veber, Judit Salces-Ortiz, Dany Severac, Alain Pélisson, Cristina Vieira, François Sabot, Marie Fablet, Séverine Chambeyron
article
Cells, MDPI, 2020, 9 (8), pp.1776. ⟨10.3390/cells9081776⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02905128/file/cells-864342-revised.pdf BibTex
titre
TALC: Transcript-level Aware Long-read Correction
auteur
Lucile Broseus, Aubin Thomas, Andrew Oldfield, Dany Severac, Emeric Dubois, William Ritchie
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2020, ⟨10.1093/bioinformatics/btaa634⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03070194/file/btaa634%281%29.pdf BibTex
titre
The role of copy-number variation in the reinforcement of sexual isolation between the two European subspecies of the house mouse
auteur
Henry North, Pierre Caminade, Dany Severac, Khalid Belkhir, Carole Smadja
article
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Royal Society, The, 2020, 375 (1806), pp.20190540. ⟨10.1098/rstb.2019.0540⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02565709/file/North%20et%20al._Philosophical%20Transactions%20of%20the%20Royal%20Society%20B%20Biological%20Sciences_2020.pdf BibTex
titre
Dopamine D2-Like Receptors Modulate Intrinsic Properties and Synaptic Transmission of Parvalbumin Interneurons in the Mouse Primary Motor Cortex
auteur
Jérémy Cousineau, Léa Lescouzères, Anne Taupignon, Lorena Delgado-Zabalza, Emmanuel Valjent, Jérôme Baufreton, Morgane Le Bon-Jégo
article
eNeuro, Society for Neuroscience, 2020, 7 (3), pp.ENEURO.0081-20.2020. ⟨10.1523/ENEURO.0081-20.2020⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02988866/file/Cousineau2020eNeuro.pdf BibTex
titre
Transcriptome of tambaqui Colossoma macropomum during gonad differentiation: Different molecular signals leading to sex identity
auteur
Igor Kelvyn Cavalcante Lobo, Aquila Rodrigues Do Nascimento, Michel Eduardo Beleza Yamagishi, Yann Guiguen, Gilvan Ferreira Da Silva, Dany Severac, Aldessandro da Costa Amaral, Vanessa Ribeiro Reis, Fernanda Loureiro De Almeida
article
Genomics, Elsevier, 2020, 112 (3), pp.2478-2488. ⟨10.1016/j.ygeno.2020.01.022⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Lamin C Counteracts Glucose Intolerance in Aging, Obesity, and Diabetes Through β-Cell Adaptation
auteur
Marion de Toledo, Isabel C. Lopez-Mejia, Patricia Cavelier, Marine Pratlong, Célia Barrachina, Xavier Gromada, Jean-Sébastien Annicotte, Jamal Tazi, Carine Chavey
article
Diabetes, American Diabetes Association, 2020, 69 (4), pp.647-660. ⟨10.2337/db19-0377⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03065207/file/de%20Toledo%20et%20al.%20-%202020%20-%20Lamin%20C%20Counteracts%20Glucose%20Intolerance%20in%20Aging%2C%20.pdf BibTex
titre
A Sustained Immune Response Supports Long-Term Antiviral Immune Priming in the Pacific Oyster, Crassostrea gigas
auteur
Maxime Lafont, Agnès Vergnes, Jeremie Vidal-Dupiol, Julien de Lorgeril, Yannick Guéguen, Philippe Haffner, Bruno Petton, Cristian Chaparro, Célia Barrachina, Delphine Destoumieux-Garzón, Guillaume Mitta, Benjamin Gourbal, Caroline Montagnani
article
mBio, 2020, ⟨10.1128/mBio.02777-19⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02527469/file/Lafont-2020-MBio.pdf BibTex
titre
Genome sequence of the euryhaline Javafish Medaka, Oryzias javanicus: A small aquarium fish model for studies on adaptation to salinity
auteur
Yusuke Takehana, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe C. Klopp, Céline Roques, Olivier Bouchez, Cécile Donnadieu, Célia Barrachina, Laurent Journot, Mari Kawaguchi, Shigeki Yasumasu, Satoshi Ansai, Kiyoshi Naruse, Koji Inoue, Chuya Shinzato, Manfred Schartl, Yann Guiguen, Amaury Herpin
article
G3, Genetics Society of America, 2020, 10 (3), pp.907-915. ⟨10.1534/g3.119.400725⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02624885/file/907.full.pdf BibTex
titre
Post-production modifications of murine mesenchymal stem cell (mMSC) derived extracellular vesicles (EVs) and impact on their cellular interaction
auteur
Sarah Le Saux, Hanna Aarrass, Josephine Lai-Kee-Him, Patrick Bron, J. Armengaud, Guylaine Miotello, Justine Bertrand-Michel, Emeric Dubois, Simon George, Orestis Faklaris, Jean-Marie Devoisselle, Philippe Legrand, Joel Chopineau, Marie Morille
article
Biomaterials, Elsevier, 2020, 231, pp.119675. ⟨10.1016/j.biomaterials.2019.119675⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02414428/file/S0142961219307744.pdf BibTex
titre
TAG-RNAi overcomes off-target effects in cancer models
auteur
Julien Champagne, Laetitia K. Linares, Benjamin Maurel, Alexandre Zampieri, Maeva Moreno, Ivanna Fuentes, Emeric Dubois, Dany Severac, Adrien Decorsière, Frédéric Bienvenu
article
Oncogene, Nature Publishing Group, 2020, 39 (4), pp.935-945. ⟨10.1038/s41388-019-1020-2⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Near-chromosome level genome assembly of the fruit pest Drosophila suzukii using long-read sequencing
auteur
Mathilde Paris, Roxane Boyer, Rita Jaenichen, Jochen Wolf, Marianthi Karageorgi, Jack Green, Mathilde Cagnon, Hugues Parrinello, Arnaud Estoup, Mathieu Gautier, Nicolas Gompel, Benjamin Prud’homme
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), pp.11227. ⟨10.1038/s41598-020-67373-z⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02908174/file/2020_paris_scientific_report.pdf BibTex
titre
The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization
auteur
Kang Du, Matthias Stöck, Susanne Kneitz, Christophe C. Klopp, Joost Woltering, Mateus Contar Adolfi, Romain Feron, Dmitry Prokopov, Alexey Makunin, Ilya Kichigin, Cornelia Schmidt, Petra Fischer, Heiner Kuhl, Sven Wuertz, Jörn Gessner, Werner Kloas, Cédric Cabau, Carole Iampietro, Hugues Parrinello, Chad Tomlinson, Laurent Journot, John Postlethwait, Ingo Braasch, Vladimir Trifonov, Wesley C Warren, Axel Meyer, Yann Guiguen, Manfred Schartl
article
Nature Ecology & Evolution, Nature, 2020, 4 (6), pp.841-852. ⟨10.1038/s41559-020-1166-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02640938/file/s41559-020-1166-x.pdf BibTex
titre
Routine CYP2C19 genotyping to adjust antiplatelet therapy
auteur
Jean-Sébastien Hulot, Bernard Chevalier, Loic Belle, Guillaume Cayla, Khalife Khalife, François Funck, Romain Berthier, Christophe Piot, Muriel Tafflet, Gilles Montalescot
article
JACC: Cardiovascular Interventions, Elsevier/American College of Cardiology, In press, ⟨10.1016/j.jcin.2020.01.219⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02474384/file/Routine%20CYP2C19%20Genotyping%20to%20Adjust%20Thienopyridine%20Treatment%20after%20primary%20PCI%20for%20STelevation.pdf BibTex
titre
A whole-genome scan for association with invasion success in the fruit fly Drosophila suzukii using contrasts of allele frequencies corrected for population structure
auteur
Laure Olazcuaga, Anne Loiseau, Hugues Parrinello, Mathilde Paris, Antoine Fraimout, Christelle Guedot, Lauren M Diepenbrock, Marc Kenis, Jinping Zhang, Xiao Chen, Nicolas Borowiec, Benoit Facon, Heidrun Vogt, Donald K Price, Heiko Vogel, Benjamin Prud’homme, Arnaud Estoup, Mathieu Gautier
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2020, 37 (8), pp.2369-2385. ⟨10.1093/molbev/msaa098⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02563272/file/2020_olazcuaga_molecular_biology_and_evolution.pdf BibTex
titre
LIX1 regulates YAP activity and controls gastrointestinal cancer cell plasticity
auteur
Amandine Guérin, Delphine Martire, Eva Trenquier, Tom Lesluyes, Sébastien Sagnol, Marine Pratlong, Elise Lefebvre, Frédéric Chibon, Pascal de Santa Barbara, Sandrine Faure
article
Journal of Cellular and Molecular Medicine, Wiley Open Access, 2020, ⟨10.1111/jcmm.15569⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02893572/file/Guerin%20et%20al%202020.pdf BibTex
titre
Seed comparative genomics in three coffee species identify desiccation tolerance mechanisms in intermediate seeds
auteur
Anna K Stavrinides, Stéphane Dussert, Marie-Christine Combes, Isabelle Fock-Bastide, Dany Severac, Jérôme Minier, Aldecinei Bastos-Siqueira, Vincent Demolombe, Sonia Hem, Philippe Lashermes, Thierry Joët
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2020, 71 (4), pp.1-16/erz508. ⟨10.1093/jxb/erz508⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.univ-reunion.fr/hal-02403786/file/erz508.pdf BibTex

Thèse

titre
Réseaux de protéines associés aux récepteurs de la sérotonine : rôle et options thérapeutiques pour la Maladie d'Alzheimer
auteur
Hugo Payan
article
Médecine humaine et pathologie. Université Montpellier, 2020. Français. ⟨NNT : 2020MONTT012⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03629349/file/2020_PAYAN_archivage.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
A genome-wide CRISPR/Cas9 knock-out screen identifies the DEAD box RNA helicase DDX42 as a broad antiviral inhibitor
auteur
Boris Bonaventure, Antoine Rebendenne, Francisco Garcia de Gracia, Marine Tauziet, Joe Mckellar, Ana Luiza Chaves Valadão, Valérie Courgnaud, Eric Bernard, Laurence Briant, Nathalie Gros, Wassila Djilli, Mary Arnaud-Arnould, Hugues Parrinello, Stéphanie Rialle, Olivier Moncorgé, Caroline Goujon
article
2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03017363/file/BioRXiv%20Bonaventure%20et%20al.pdf BibTex
titre
The genomic basis of colour pattern polymorphism in the harlequin ladybird
auteur
Mathieu Gautier, Junichi Yamaguchi, Julien Foucaud, Anne Loiseau, Aurélien Ausset, Benoit Facon, Bernhard Gschloessl, Jacques Lagnel, Etienne Loire, Hugues Parrinello, Dany Severac, Celine Lopez-Roques, Cecile Donnadieu, Maxime Manno, Helene Berges, Karim Gharbi, Lori Lawson-Handley, Lian-Sheng Zang, Heiko Vogel, Arnaud A Estoup, Benjamin Prud'Homme Ben
article
2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02791082/file/publis18-pvbmt-004_genomic_foucaud_1.pdf BibTex

2019

Article dans une revue

titre
Both anti-inflammatory and antiviral properties of novel drug candidate ABX464 are mediated by modulation of RNA splicing
auteur
Audrey Vautrin, Laurent Manchon, Aude Garcel, Noëlie Campos, Laure Lapasset, Abdelhamid Mahdi Laaref, Roman Bruno, Marie Gislard, Emeric Dubois, Didier Scherrer, J Hartmut Ehrlich, Jamal Tazi
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-018-37813-y⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02867141/file/s41598-018-37813-y.pdf BibTex
titre
Postnatal Tshz3 Deletion Drives Altered Corticostriatal Function and Autism Spectrum Disorder–like Behavior
auteur
Dorian Chabbert, Xavier Caubit, Pierre L. Roubertoux, Michèle Carlier, Bianca Habermann, Bernard Jacq, Pascal Salin, Mehdi Metwaly, Christina Frahm, Ahmed Fatmi, Alistair N Garratt, Dany Severac, Emeric Dubois, Lydia Kerkerian-Le Goff, Laurent Fasano, Paolo Gubellini
article
Biological Psychiatry, Elsevier, 2019, 86 (4), pp.274-285. ⟨10.1016/j.biopsych.2019.03.974⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02323149/file/2019_Chabbert_BiolPsy_Tshz3postnat.pdf BibTex
titre
ISoLDE: a data-driven statistical method for the inference of allelic imbalance in datasets with reciprocal crosses
auteur
Christelle Reynes, Guilhem Kister, Marine Rohmer, Tristan Bouschet, Annie Varrault, Emeric Dubois, Stéphanie Rialle, Laurent Journot, Robert Sabatier
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 36 (2), pp.504-513. ⟨10.1093/bioinformatics/btz564⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Transcriptomic Analysis With the Progress of Symbiosis in ‘Crack-Entry’ Legume Arachis hypogaea Highlights Its Contrast With ‘Infection Thread’ Adapted Legumes
auteur
Kanchan Karmakar, Anindya Kundu, Ahsan Z. Rizvi, Emeric Dubois, Dany Severac, Pierre Czernic, Fabienne Cartieaux, Maitrayee Dasgupta
article
Molecular Plant-Microbe Interactions, American Phytopathological Society, 2019, 32 (3), pp.271-285. ⟨10.1094/MPMI-06-18-0174-R⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
The genome of the arapaima (Arapaima gigas) provides insights into gigantism, fast growth and chromosomal sex determination system
auteur
Kang Du, Sven Wuertz, Mateus Adolfi, Susanne Kneitz, Matthias Stöck, Marcos Oliveira, Rafael Nóbrega, Jenny Ormanns, Werner Kloas, Romain Feron, Christophe C. Klopp, Hugues Parrinello, Laurent Journot, Shunping He, John Postlethwait, Axel Meyer, Yann Guiguen, Manfred Schartl
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.1-11. ⟨10.1038/s41598-019-41457-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02090589/file/Du_2019_ScientReports.pdf BibTex
titre
Draft genome assembly and annotation of the gila topminnow Poeciliopsis occidentalis
auteur
Mariana Mateos, Du Kang, Christophe C. Klopp, Hugues Parrinello, Mateo Garcia-Olazabal, Molly Schumer, Nathaniel K. Jue, Yann Guiguen, Manfred Schartl
article
Frontiers in Ecology and Evolution, Frontiers Media S.A, 2019, 7, pp.1-7. ⟨10.3389/fevo.2019.00404⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02620825/file/Poeciliopsis%20occidentalis%20genome%20draft_1.pdf BibTex
titre
What makes a bad egg? Egg transcriptome reveals dysregulation of translational machinery and novel fertility genes important for fertilization
auteur
Caroline Cheung, Thuy Thao Vi Nguyen, Aurélie Le Cam, Amélie Patinote, Laurent Journot, Christelle Reynes, Julien Bobe
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20:584 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s12864-019-5930-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02185873/file/2019_Cheung_BMC_Genomics.pdf BibTex
titre
Spodoptera frugiperda transcriptional response to infestation by Steinernema carpocapsae
auteur
Louise Huot, Simon George, Pierre-Alain Girard, Dany Severac, Nicolas Nègre, Bernard Duvic
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), 13 p. ⟨10.1038/s41598-019-49410-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02306099/file/Huot-2019-Spodoptera%20frugiperda%20transcriptiona.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Sex chromosome and sex locus characterization in the goldfish, Carassius auratus
auteur
Ming Wen, Romain Feron, Qiaowei Pan, Justine Guguin, Elodie Jouanno, Amaury Herpin, Christophe C. Klopp, Cédric Cabau, Margot Zahm, Hugues Parrinello, Laurent Journot, Shawn M. Burgess, Yoshihiro Omori, John Postlethwait, Manfred Schartl, Yann Guiguen
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02790844/file/2019_MingWen_BioRxiv_1.pdf BibTex
titre
Genome sequence of the euryhaline Javafish medaka, Oryzias javanicus: a small aquarium fish model for studies on adaptation to salinity
auteur
Yusuke Takehana, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe C. Klopp, Céline Roques, Olivier Bouchez, Cécile Donnadieu, Célia Barrachina, Laurent Journot, Mari Kawaguchi, Shigeki Yasumasu, Satoshi Ansai, Kiyoshi Naruse, Koji Inoue, Chuya Shinzato, Manfred Schartl, Yann Guiguen, Amaury Herpin
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02790965/file/2019_Takehana_BioRxiv_1.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda
auteur
Yves Moné, Sandra Nhim, Sylvie Gimenez, Fabrice Legeai, Imène Séninet, Hugues Parrinello, Nicolas Negre, Emmanuelle d'Alençon
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2018, 19 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-5119-6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01926342/file/s12864-018-5119-6 BibTex
titre
High-salt Recovered Sequences are associated with the active chromosomal compartment and with large ribonucleoprotein complexes including nuclear bodies
auteur
Marie Baudement, Axel Cournac, Franck Court, Marie Seveno, Hugues Parrinello, Christelle Reynes, Robert Sabatier, Tristan Bouschet, Zhou Yi, Sephora Sallis, Mathilde Tancelin, Cosette Rebouissou, Guy Cathala, Annick Lesne, Julien Mozziconacci, Laurent Journot, Thierry Forné
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2018, 28 (11), pp.1733 - 1746. ⟨10.1101/gr.237073.118⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01912447/file/Baudement_et_al_2018.pdf BibTex
titre
SNAP23-Kif5 complex controls mGlu1 receptor trafficking
auteur
F. Raynaud, Vincent Homburger, Martial Séveno, Oana Vigy, Enora Moutin, Laurent Fagni, Julie Perroy
article
Journal of molecular cell biology, Oxford UP, 2018, 10 (5), pp.423 - 436. ⟨10.1093/jmcb/mjy031⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-01816297/file/SNAP23%E2%80%93Kif5.pdf BibTex
titre
Transcriptome profiling of the honeybee parasite Varroa destructor provides new biological insights into the mite adult life cycle
auteur
Fanny Mondet, Andrea Rau, Christophe C. Klopp, Marine Rohmer, Dany Severac, Yves Le Conte, Cédric Alaux
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2018, 19 (1), pp.328. ⟨10.1186/s12864-018-4668-z⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://www.hal.inserm.fr/inserm-02063466/file/s12864-018-4668-z.pdf BibTex
titre
Changes in chromatin state reveal ARNT2 at a node of a tumorigenic transcription factor signature driving glioblastoma cell aggressiveness
auteur
Alexandra Bogeas, Ghislaine Morvan-Dubois, Elías El-Habr, François-Xavier Lejeune, Matthieu Defrance, Ashwin Narayanan, Klaudia Kuranda, Fanny Burel-Vandenbos, Salwa Sayd, Virgile Delaunay, Luiz Dubois, Hugues Parrinello, Stéphanie Rialle, Sylvie Fabrega, Ahmed Idbaih, Jacques Haiech, Ivan Bièche, Thierry Virolle, Michele Goodhardt, Herve Chneiweiss, Marie-Pierre Junier
article
Acta Neuropathologica, Springer Verlag, 2018, 135 (2), pp.267-283. ⟨10.1007/s00401-017-1783-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://www.hal.inserm.fr/inserm-02368647/file/Bogeas2018_Article_ChangesInChromatinStateRevealA.pdf BibTex
titre
Transcriptomic response of female adult moths to host and non-host plants in two closely related species
auteur
Marion Orsucci, Philippe Audiot, Sabine Nidelet, Franck Dorkeld, Alexandra Pommier, Marin Vabre, Dany Severac, Marine Rohmer, Bernhard Gschloessl, Rejane Streiff
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2018, 18, ⟨10.1186/s12862-018-1257-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01918051/file/Publis18-cbgp-060_orsucci_transcriptomic_1.pdf BibTex
titre
Larval transcriptomic response to host plants in two related phytophagous lepidopteran species: implications for host specialization and species divergence
auteur
Marion Orsucci, Philippe Audiot, Franck Dorkeld, Alexandra Pommier, Marin Vabre, Bernhard Gschloessl, Stéphanie Rialle, Dany Severac, Denis Bourguet, Rejane Streiff
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2018, 19, ⟨10.1186/s12864-018-4589-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01837316/file/document%286%29.pdf BibTex
titre
Lysosomal and network alterations in human mucopolysaccharidosis type VII iPSC-derived neurons
auteur
Neus Bayo-Puxan, Ana Paula Terrasso, Sophie Creyssels, Daniel Simao, Christina Begon-Pescia, Marina Lavigne, Sara Salinas, Florence F. Bernex, Assumpció Bosch, Vasiliki Kalatzis, Thierry Levade, Ana Maria Cuervo, Philippe Lory, Antonella Consiglio, Catarina Brito, Eric J. Kremer
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8, pp.16644. ⟨10.1038/s41598-018-34523-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-02090806/file/Lysosomal%20and%20network%20alterations.pdf BibTex
titre
Enhanced brain expression of genes related to cell proliferation and neural differentiation is associated with cortisol receptor expression in fishes
auteur
Bastien Sadoul, S. Alfonso, E. Bessa, A. Bouchareb, E. Blondeau-Bidet, Philippe Clair, B. Chatain, M. L. Begout, B. Geffroy
article
General and Comparative Endocrinology, Elsevier, 2018, 267, pp.76-81. ⟨10.1016/j.ygcen.2018.06.001⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
The Genomic Basis of Color Pattern Polymorphism in the Harlequin Ladybird
auteur
Mathieu Gautier, Junichi Yamaguchi, Julien Foucaud, Anne Loiseau, Aurélien Ausset, Benoit Facon, Bernhard Gschloessl, Jacques Lagnel, Etienne Loire, Hugues Parrinello, Dany Severac, Celine Lopez-Roques, Cecile Donnadieu, Maxime Manno, Helene Berges, Karim Gharbi, Lori Lawson-Handley, Lian-Sheng Zang, Heiko Vogel, Arnaud Estoup, Benjamin Prud’homme
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2018, 28 (20), pp.1-7. ⟨10.1016/j.cub.2018.08.023⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01864435/file/gautier.current.biology.2018.pdf BibTex
titre
Transcriptome Profiles of Nod Factor-independent Symbiosis in the Tropical Legume Aeschynomene evenia
auteur
Djamel Gully, Pierre Czernic, Stéphane Cruveiller, Frédéric Mahé, Cyrille Longin, David Vallenet, Philippe François, Sabine Nidelet, Stéphanie Rialle, Eric Giraud, Jean-François Arrighi, Maitrayee Dasgupta, Fabienne Cartieaux
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), pp.10934. ⟨10.1038/s41598-018-29301-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-02506906/file/s41598-018-29301-0.pdf BibTex
titre
Parent-of-Origin Dependent Gene Expression in Male and Female Schistosome Parasites
auteur
Julien Kincaid-Smith, Marion A.-L. Picard, Celine Cosseau, Jerome Boissier, Dany Severac, Christoph Grunau, Eve Toulza
article
Genome Biology and Evolution, In press, 10 (3), pp.840-856. ⟨10.1093/gbe/evy037⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01729365/file/Kincaid-2018-GenBiolEvol-Parent.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Transcriptome profiling of the honeybee parasite Varroa destructor provides new biological insights into the mite adult life cycle
auteur
Fanny Mondet, Andrea Rau, Christophe C. Klopp, Marine Rohmer, Dany Severac, Yves Le Conte, Cédric Alaux
article
Eurbee 2018 : 8th European Conference of Apidology, Sep 2018, Gent, Belgium
Accès au bibtex
BibTex
titre
Molecular portrait of egg quality and novel maternal-effect genes
auteur
Caroline Cheung, Thuy Thao Vi Nguyen, Aurélie Le Cam, Amélie Patinote, D. Zarski, Laurent Journot, Christelle Reynes, Julien Bobe
article
11. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Manaus, BRA, Jun 2018, Manaus, Brazil. 251 p
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01809604/file/2018_Cheung_ISRF_1.pdf BibTex
titre
Sex determination diversity in fish
auteur
M. Adolfi, Anabel Martinez-Bengochea, A.S. Roco, V. Kottler, - Du, K., S. Kneitz, Qiaowei Pan, Romain Feron, Elodie Jouanno, Ming Wen, Boudjema Imarazene, Jennifer Anderson, Z. Wang, C. Wilson, B. Mccluskey, A. Amores, T. Desvignes, Christophe C. Klopp, Celine Lopez-Roques, O. Chabrol, Cecile Donnadieu, Hugues Parrinello, Laurent Journot, Amaury Herpin, J. Postlethwait, Yann Guiguen, M. Schartl
article
11. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Manaus, BRA., Jun 2018, Manaus, Brazil. 251 p
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02737595/file/2018_Adolfi_ISRF_1.pdf BibTex
titre
Genome-wide approaches to elucidate evolution of sex determination systems and sex determining genes in fish
auteur
Qiaowei Pan, Romain Feron, Elodie Jouanno, Ming Wen, Boudjema Imarazene, Jennifer Anderson, Verena A. Kottler, Alvaro Santacruz Roco, Kang Du, Suzanne Kneitz, Zhongwei Wang, Mateus C. Adolfi, Catherine Wilson, Braedan M. Mccluskey, Angel Amores, Thomas Desvignes, Christophe C. Klopp, Celine Lopez-Roques, Olivier Chabrol, Cecile Donnadieu, Hugues Parrinello, Laurent Journot, Amaury Herpin, John H Postlethwait, Manfred Schartl, Yann Guiguen
article
8. International Symposium on the Biology of Vertebrate Sex Determination, Apr 2018, Kona (Hawaii), United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02733991/file/2018_Pan_ISBVSD_Kona_1.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Lost in translation: egg transcriptome reveals molecular signature to predict developmental success and novel maternal-effect genes
auteur
Caroline T. Cheung, Thuy Thao Vi Nguyen, Aurélie Le Cam, Amélie Patinote, Laurent Journot, Christelle Reynes, Julien Bobe
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03169273/file/2018_Cheung_BioXriv.pdf BibTex
titre
Transcriptional plasticity evolution in two strains of Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) feeding on alternative host-plants
auteur
Marion Orsucci, Yves Moné, Philippe Audiot, Sylvie Gimenez, Sandra Nhim, Rima Nait-Saidi, Marie Frayssinet, Guillaume Dumont, Alexandra Pommier, Jean Paul Boudon, Marin Vabre, Stéphanie Rialle, R. Kouad, Gael Kergoat, R. N. Nagoshi, R Meagher, Emmanuelle d'Alençon, Nicolas Nègre
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02790065/file/Orsucci_2018_1.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

titre
Initiation of DNA replication requires actin dynamics and formin activity
auteur
Nikolaos Parisis, Liliana Krasinska, Bethany Harker, Serge Urbach, Michel Rossignol, Alain Camasses, James Dewar, Nathalie Morin, Daniel Fisher
article
EMBO Journal, EMBO Press, 2017, 36 (21), pp.3212--3231. ⟨10.15252/embj.201796585⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Characterization of microRNAs from Arabidopsis galls highlights a role for miR159 in the plant response to the root-knot nematode Meloidogyne incognita
auteur
Clémence Medina, Martine da Rocha, Marc Magliano, Alizée Ratpopoulo, Benoît Revel, Nathalie Marteu, Virginie Magnone, Kevin Lebrigand, Javier Cabrera, Marta Barcala, Ana Cláudia Silva, Anthony Millar, Carolina Escobar, Pierre Abad, Bruno Favery, Stéphanie Jaubert-Possamai
article
New Phytologist, Wiley, 2017, 216 (3), pp.882-896. ⟨10.1111/nph.14717⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Do changes in gene expression contribute to sexual isolation and reinforcement in the house mouse?
auteur
Etienne Loire, Sergio Tusso, Pierre Caminade, Dany Severac, Pierre Boursot, Guila Ganem, Carole Smadja
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (19), pp.5189 - 5202. ⟨10.1111/mec.14212⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-01815471/file/Loire_et_al_2017_Molecular-Ecology_HAL.pdf BibTex
titre
Targeting the Wnt Pathway and Cancer Stem Cells with Anti-progastrin Humanized Antibodies as a Potential Treatment for K-RAS-Mutated Colorectal Cancer
auteur
Alexandre Prieur, Monica Cappellini, Guillaume Habif, Marie-Paule Lefranc, Thibault Mazard, Eric Morency, Jean-Marc Pascussi, Maud Flacelière, Nathalie Cahuzac, Bérengère Vire, Benjamin Dubuc, Amandine Durochat, Pierre Liaud, Jérémy Ollier, Caroline Pfeiffer, Sophie Poupeau, Véronique Saywell, Chris Planque, Eric Assenat, Frédéric Bibeau, Jean-François Bourgaux, Pascal Pujol, Alain Sézeur, Marc Ychou, Dominique Joubert
article
Clinical Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2017, 23 (17), pp.5267--5280. ⟨10.1158/1078-0432.CCR-17-0533⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Dynamics of H3K4me3 Chromatin Marks Prevails over H3K27me3 for Gene Regulation during Flower Morphogenesis in Arabidopsis thaliana
auteur
Julia Engelhorn, Robert Blanvillain, Christian Kröner, Hugues Parrinello, Marine Rohmer, David Posé, Felix Ott, Markus Schmid, Cristel Carles
article
Epigenomes, MDPI, 2017, 1 (2), pp.8. ⟨10.3390/epigenomes1020008⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01744808/file/epigenomes-01-00008-v2.pdf BibTex
titre
Transcriptome and proteome analysis reveal new insight into proximal and distal responses of wheat to foliar infection by Xanthomonas translucens
auteur
Daniel Garçia Seco, Marco Chiapello, Marcella Bracale, Céline Pesce, Paolo Bagnaresi, Emeric Dubois, Lionel Moulin, Candida Vannini, Ralf Koebnik
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), pp.10157. ⟨10.1038/s41598-017-10568-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03626122/file/s41598-017-10568-8.pdf BibTex
titre
HEXIM1 and NEAT1 Long Non-coding RNA Form a Multi-subunit Complex that Regulates DNA-Mediated Innate Immune Response
auteur
Mehdi Morchikh, Alexandra Cribier, Raoul Raffel, Sonia Amraoui, Julien Cau, Dany Severac, Emeric Dubois, Olivier Schwartz, Yamina Bennasser, Monsef Benkirane
article
Molecular Cell, Cell Press, 2017, 67 (3), pp.387-399. ⟨10.1016/j.molcel.2017.06.020⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Native metabotropic glutamate receptor 4 depresses synaptic transmission through an unusual Gαq transduction pathway.
auteur
Solenne Chardonnet, Thomas Bessiron, Cathy Isaura Ramos, Raoudha Dammak, Marie-Ange Richard, Céline Boursier, Christelle Cadilhac, Frédéric M Coquelle, Simon Bossi, Fabrice Ango, Pierre Le Maréchal, Paulette Decottignies, Catherine Berrier, Heather Mclean, Hervé Daniel
article
Neuropharmacology, Elsevier, 2017, 121, pp.247-260. ⟨10.1016/j.neuropharm.2017.04.036⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
In mammalian foetal testes, SOX9 regulates expression of its target genes by binding to genomic regions with conserved signatures
auteur
Massilva Rahmoun, Rowena Lavery, Sabine Laurent-Chaballier, Nicolas Bellora, Gayle K. Philip, Moïra Rossitto, Aleisha Symon, Eric Pailhoux, Florence Cammas, Jessica Chung, Stefan Bagheri-Fam, Mark Murphy, Vivian Bardwell, David Zarkower, Brigitte Boizet-Bonhoure, Philippe Clair, Vincent R. Harley, Francis Poulat
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (12), pp.7191 - 7211. ⟨10.1093/nar/gkx328⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01596005/file/2017_Rahmoun_AcidNucleicRes_1.pdf BibTex
titre
PEGylation rate influences peptide-based nanoparticles mediated siRNA delivery in vitro and in vivo
auteur
Gudrun Aldrian, Anaïs Vaissière, Karidia Konate, Quentin Seisel, Eric Vivès, Frédéric Fernandez, Véronique Viguier, Coralie Genevois, Franck Couillaud, Hélène Déméné, Dina Aggad, Aurélie Covinhes, Stéphanie Barrère-Lemaire, Sebastien Deshayes, Prisca Boisguerin
article
Journal of Controlled Release, Elsevier, 2017, 256, pp.79-91. ⟨10.1016/j.jconrel.2017.04.012⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Argonaute proteins regulate HIV-1 multiply spliced RNA and viral production in a Dicer independent manner
auteur
Agathe Eckenfelder, Emmanuel Ségéral, Natalia Pinzón, Damien Ulveling, Céline Amadori, Marine Charpentier, Sabine Nidelet, Jean-Paul Concordet, Jean-François Zagury, Jc Paillart, Clarisse Berlioz-Torrent, Hervé Seitz, Stéphane Emiliani, Sarah Gallois-Montbrun
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (7), pp.4158-4173. ⟨10.1093/nar/gkw1289⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01539171/file/gkw1289.pdf BibTex
titre
In Vitro Corticogenesis from Embryonic Stem Cells Recapitulates the In Vivo Epigenetic Control of Imprinted Gene Expression
auteur
Tristan Bouschet, Emeric Dubois, Christelle Reynes, Satya Kota, Stéphanie Rialle, Stéphanie Maupetit-Méhouas, Mikaël Pezet, Anne Le Digarcher, Sabine Nidelet, Vincent Demolombe, Patricia Cavelier, Céline Meusnier, Chloé Maurizy, Robert Sabatier, Robert Feil, Philippe P. Arnaud, Laurent Journot, Annie Varrault
article
Cerebral Cortex, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/cercor/bhw102⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-01788685/file/bhw102.pdf BibTex
titre
IGF-1 Induces GHRH Neuronal Axon Elongation during Early Postnatal Life in Mice
auteur
Lyvianne Decourtye, Erik Mire, Maud Clemessy, Victor Heurtier, Tatiana Ledent, Iain C. Robinson, Patrice Mollard, Jacques Epelbaum, Michael J. Meaney, Sonia Garel, Yves Le Bouc, Laurent Kappeler
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0170083. ⟨10.1371/journal.pone.0170083⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01438813/file/journal.pone.0170083.pdf BibTex
titre
An antimicrobial peptide-resistant minor subpopulation of Photorhabdus luminescens is responsible for virulence
auteur
Annabelle Mouammine, Sylvie Pages, Anne Lanois-Nouri, Sophie Gaudriault, Grégory Jubelin, Maurine Bonabaud, Stéphane Cruveiller, Emeric Dubois, David Roche, Ludovic Legrand, Julien Brillard, Alain Givaudan
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, pp.43670. ⟨10.1038/srep43670⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01606548/file/2017_Mouammine_Sci_Rep_1.pdf BibTex
titre
De Novo Assemblies of Three Oryza glaberrima Accessions Provide First Insights about Pan-Genome of African Rices
auteur
Cécile Monat, Bérengère Pera, Marie-Noelle Ndjiondjop, Mounirou Sow, Christine Tranchant-Dubreuil, Leila Bastianelli, Alain Ghesquière, Francois Sabot
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2017, 9 (1), pp.1-6. ⟨10.1093/gbe/evw253⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03208675/file/evw253.pdf BibTex
titre
Acute and long-term cardioprotective effects of the Traditional Chinese Medicine MLC901 against myocardial ischemia-reperfusion injury in mice
auteur
Anne Vincent, Aurélie Covinhes, Christian Barrère, Laura Gallot, Soulit Thoumala, Christophe Piot, Catherine Heurteaux, Michel Lazdunski, Joël Nargeot, Stéphanie Barrère-Lemaire
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), pp.14701. ⟨10.1038/s41598-017-14822-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-02506308/file/s41598-017-14822-x.pdf BibTex
titre
Control of nerve cord formation by Engrailed and Gooseberry-Neuro: A multi-step, coordinated process
auteur
Nathalie Bonneaud, Sophie Layalle, Sophie Colomb, Christophe Jourdan, Alain Ghysen, Dany Severac, Christelle Dantec, Nicolas Negre, Florence Maschat
article
Developmental Biology, Elsevier, 2017, 432 (2), pp.273-285. ⟨10.1016/j.ydbio.2017.10.018⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Cell Type-Specific mRNA Dysregulation in Hippocampal CA1 Pyramidal Neurons of the Fragile X Syndrome Mouse Model
auteur
Laura Ceolin, Nathalie Bouquier, Jihane Boubaker-Vitre, Stéphanie Rialle, Dany Severac, Emmanuel Valjent, Julie Perroy, Emma Puighermanal
article
Frontiers in Molecular Neuroscience, Frontiers Media, 2017, 10, pp.340. ⟨10.3389/fnmol.2017.00340⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-02506581/file/fnmol-10-00340.pdf BibTex
titre
Identification of Plagl1/Zac1 binding sites and target genes establishes its role in the regulation of extracellular matrix genes and the imprinted gene network
auteur
Annie Varrault, Christelle Dantec, Anne Le Digarcher, Laetitia Chotard, Benoit Bilanges, Hugues Parrinello, Emeric Dubois, Stéphanie Rialle, Dany Severac, Tristan Bouschet, Laurent Journot
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (18), pp.10466 - 10480. ⟨10.1093/nar/gkx672⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-01788661/file/gkx672.pdf BibTex
titre
Mesorhizobium delmotii and Mesorhizobium prunaredense are two new species containing rhizobial strains within the symbiovar anthyllidis
auteur
Roba Mohamad, Anne Willems, Antoine Le Quere, Géraldine Maynaud, Marjorie Pervent, Maurine Bonabaud, Emeric Dubois, Jean Claude Cleyet-Marel, Brigitte Brunel
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2017, 40 (3), pp.135-143. ⟨10.1016/j.syapm.2017.01.004⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
A multistrain approach to studying the mechanisms underlying compatibility in the interaction between Biomphalaria glabrata and Schistosoma mansoni
auteur
Richard Galinier, Emmanuel Roger, Yves Moné, David Duval, Anaïs Portet, Silvain Pinaud, Cristian Chaparro, Christoph Grunau, Clémence Genthon, Emeric Dubois, Anne Rognon, Nathalie Arancibia, Bernard Dejean, André Théron, Benjamin Gourbal, Guillaume Mitta
article
PLoS Neglected Tropical Diseases, 2017, 11 (3), pp.e0005398. ⟨10.1371/journal.pntd.0005398.s005⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01511153/file/Galinier-2017-PlosNTD-Multistrain.pdf BibTex
titre
DNA Adenine Methyltransferase (Dam) Overexpression Impairs Photorhabdus luminescens Motility and Virulence
auteur
Amaury Payelleville, Anne Lanois-Nouri, Marie Gislard, Emeric Dubois, David Roche, Stéphane Cruveiller, Alain Givaudan, Julien Brillard
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, 14 p. ⟨10.3389/fmicb.2017.01671⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01628662/file/Payelleville%202017_%7B3AE875A1-39E8-4676-A750-8A19053D6606%7D.pdf BibTex
titre
Genomic characterization of Ensifer aridi, a proposed new species of nitrogen-fixing rhizobium recovered from Asian, African and American deserts
auteur
Antoine Le Quere, Nisha Tak, Hukam Singh Gehlot, Céline Lavire, Thibault Meyer, David Chapulliot, Sonam Rathi, Ilham Sakrouhi, Guadalupe Rocha, Marine Rohmer, Dany Severac, Abdelkarim Filali-Maltouf, José-Antonio Munive
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18, pp.24. ⟨10.1186/s12864-016-3447-y⟩
Accès au texte intégral et bibtex