UMR 5290MIVEGEC développe une recherche intégrative sur les mécanismes moléculaires et écologiques qui entretiennent et/ou amplifient le maintien et la transmission d’agents pathogènes.

Les thématiques couvrent un large spectre alliant des aspects fondamentaux en biologie, génétique, écologie et évolution des systèmes parasitaires et symbiotiques à des objectifs plus finalisés de développement d’outils et de stratégies aptes à réduire la propagation des maladies chez l’homme et l’animal, notamment via la gestion intégrée des écosystèmes et la lutte contre les insectes vecteurs.

Ceci place MIVEGEC à l’interface entre Santé publique et Environnement, Biologie et Médecine, Ecologie et Evolution.

Ces recherches s’appliquent à divers modèles infectieux (parasites, virus, bactéries…) ainsi qu’à des modèles non strictement infectieux comme le cancer.

Label : Unité Mixte de Recherche (UMR)
Tutelles principales : CNRS, UM, IRD
Tutelle secondaire :
INRAE
Département scientifique : Biologie, écologie, évolution, environnement, sciences de la terre et de l’eau
Écoles doctorales
: Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé ; Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau

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IRD
911 Avenue Agropolis
BP 64 501
34394 Montpellier Cedex 5 France

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Publications (extraction HAL)

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Publications HAL de la structure 166573

2022

Article dans une revue

titre
Impact of health system strengthening on delivery strategies to improve child immunisation coverage and inequalities in rural Madagascar
auteur
Elinambinina Rajaonarifara, Matthew H Bonds, Ann C Miller, Felana Angella Ihantamalala, Laura Cordier, Benedicte Razafinjato, Feno H Rafenoarimalala, Karen E Finnegan, Rado J L Rakotonanahary, Giovanna Cowley, Baolova Ratsimbazafy, Florent Razafimamonjy, Marius Randriamanambintsoa, Estelle M Raza-Fanomezanjanahary, Andriamihaja Randrianambinina, C Jessica Jessica Metcalf, Benjamin Roche, Andres Garchitorena
article
BMJ Global Health, BMJ Publishing Group Ltd, 2022, 7 (1), pp.e006824. ⟨10.1136/bmjgh-2021-006824⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03529747/file/e006824.full.pdf BibTex
titre
Getting out of crises: Environmental, social-ecological and evolutionary research is needed to avoid future risks of pandemics
auteur
Delphine Destoumieux-Garzón, Franziska Matthies-Wiesler, Nicolas Bierne, Aurélie Binot, Jérôme Boissier, Anaïs Devouge, Jeanne Garric, Kim Gruetzmacher, Christoph Grunau, Jean-François Guégan, Sylvie Hurtrez-Boussès, Anke Huss, Serge Morand, Clare Palmer, Denis Sarigiannis, Roel Vermeulen, Robert Barouki
article
Environment International, Elsevier, 2022, 158, 12 p. ⟨10.1016/j.envint.2021.106915⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03428100/file/Destoumieux-GarzonEnvInt2021.pdf BibTex
titre
The evolution and ecology of benign tumors
auteur
Justine Boutry, Sophie Tissot, Beata Ujvari, Jean-Pascal Capp, Mathieu Giraudeau, Aurora Nedelcu, Frédéric Thomas
article
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Reviews on Cancer, Elsevier, 2022, 1877 (1), ⟨10.1016/j.bbcan.2021.188643⟩
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BibTex
titre
In Silico Characterisation of Putative Prophages in Lactobacillaceae Used in Probiotics for Vaginal Health
auteur
Anna-Ursula Happel, Brian Kullin, Hoyam Gamieldien, Heather Jaspan, Arvind Varsani, Darren Martin, Jo-Ann Passmore, Rémy Froissart
article
Microorganisms, MDPI, 2022, 10 (2), pp.214. ⟨10.3390/microorganisms10020214⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03539275/file/microorganisms-10-00214.pdf BibTex
titre
First Evidence of Natural SARS-CoV-2 Infection in Domestic Rabbits
auteur
Matthieu Fritz, Daphné de Riols de Fonclare, Déborah Garcia, Stéphanie Beurlet, Pierre Becquart, Serge Rosolen, Alexandra Briend-Marchal, Eric M. Leroy
article
Veterinary Sciences, MDPI, 2022, 9 (2), pp.49. ⟨10.3390/vetsci9020049⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03635487/file/2022%20vetsci-09-00049-v2.pdf BibTex
titre
Cancer Susceptibility as a Cost of Reproduction and Contributor to Life History Evolution
auteur
Antoine Dujon, Justine Boutry, Sophie Tissot, Jean-François Lemaître Lemaître, Amy Boddy, Anne-Lise Gérard, Alexandra Alvergne, Audrey Arnal, Orsolya Vincze, Delphine Nicolas, Mathieu Giraudeau, Marina Telonis-Scott, Aaron Schultz, Pascal Pujol, Peter Biro, Christa Beckmann, Rodrigo Hamede, Benjamin Roche, Beata Ujvari, Frédéric Thomas
article
Frontiers in Ecology and Evolution, Frontiers Media S.A, 2022, 10, pp.861103. ⟨10.3389/fevo.2022.861103⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03663551/file/fevo-10-861103.pdf BibTex
titre
Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics
auteur
Baptiste Elie, Bénédicte Roquebert, Mircea T Sofonea, Sabine Trombert-Paolantoni, Vincent Foulongne, Jérémie Guedj, Stéphanie Haim-Boukobza, Samuel Alizon
article
Journal of Medical Virology, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1002/jmv.27757⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03651890/file/SARS_CoV2_within_host_wildtype_alpha_delta_v2_nolineno.pdf BibTex
titre
Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics
auteur
Bastien Reyné, Quentin Richard, Christian Selinger, Mircea T Sofonea, Ramsès Djidjou-Demasse, Samuel Alizon
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03629334/file/mmnp220048%283%29.pdf BibTex
titre
Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics
auteur
Bastien Reyné, Quentin Richard, Christian Selinger, Mircea T. Sofonea, Ramsès Djidjou-Demasse, Samuel Alizon
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03623917/file/mmnp220048.pdf BibTex
titre
A need for null models in understanding disease transmission: the example of Mycobacterium ulcerans (Buruli ulcer disease)
auteur
Joseph Receveur, Alexandra Bauer, Jennifer Pechal, Sophie Picq, Magdalene Dogbe, Heather Jordan, Alex Rakestraw, Kayla Fast, Michael Sandel, Christine Chevillon, Jean-François Guégan, John Wallace, M Eric Benbow
article
FEMS Microbiology Reviews, Wiley-Blackwell, 2022, 46 (1), ⟨10.1093/femsre/fuab045⟩
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BibTex
titre
Antimicrobial resistance in enterobacterales recovered from urinary tract infections in France
auteur
E. Farfour, L. Dortet, Thomas Guillard, N. Chatelain, A. Poisson, A. Mizrahi, D. Fournier, R.A. Bonnin, N. Degand, P. Morand, F. Janvier, V. Fihman, S. Corvec, L. Broutin, Cécile Le Brun, N. yin, G. Héry-Arnaud, A. Grillon, E. Bille, H. Jean-Pierre, M. Amara, F. Jaureguy, C. Isnard, Vincent Cattoir, T. Diedrich, E. Flevin, A. Merens, H. Jacquier, M. Vasse
article
Pathogens, MDPI, 2022, 11 (3), pp.356. ⟨10.3390/pathogens11030356⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03633007/file/pathogens-11-00356-v3.pdf BibTex
titre
Biodiversity and vector‐borne diseases: Host dilution and vector amplification occur simultaneously for Amazonian leishmaniases
auteur
Arthur Kocher, Josselin Cornuault, Jean‐charles Gantier, Sophie Manzi, Agathe Chavy, Romain Girod, Isabelle Dusfour, Pierre-Michel Forget, Marine Ginouves, Ghislaine Prevot, Jean‐françois Guégan, Anne-Laure Bañuls, Benoît Thoisy, Jérôme Murienne
article
Molecular Ecology, Wiley, 2022, ⟨10.1111/mec.16341⟩
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titre
Using a pupal exuvia to designate the undamaged neotype of a species belonging to a complex of sibling species – the case of Aedes coluzzii (Diptera, Culicidae)
auteur
Audric Berger, Gilbert Le Goff, Philippe Boussès, Nil Rahola, Jean-Baptiste Ferré, Diego Ayala, Vincent Robert
article
Parasite, EDP Sciences, 2022, 29, pp.1-8. ⟨10.1051/parasite/2022020⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03623918/file/parasite210169.pdf BibTex
titre
The mosquito microbiome includes habitat-specific but rare symbionts
auteur
Hans Schrieke, Loïs Maignien, Florentin Constancias, Florian Trigodet, Sarah Chakloute, Ignace Rakotoarivony, Albane Marie, Gregory L'Ambert, Patrick Makoundou, Nonito Pages, A. Murat Eren, Mylène Weill, Mathieu Sicard, Julie Reveillaud
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, Elsevier, 2022, 20, pp.410-420. ⟨10.1016/j.csbj.2021.12.019⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03624763/file/1-s2.0-S2001037021005286-main.pdf BibTex
titre
Use of different cotton pest control strategies (conventional, organic and transgenic) had no impact on insecticide resistance in Anopheles gambiae s.l. populations in Burkina Faso, West Africa
auteur
Moussa Namountougou, Dieudonné Diloma Soma, Ibrahim Sangare, Rousseau Djouaka, Aristide Hien, Mahamadi Kientega, Alexandre Kaboré, Simon Sawadogo, Azize Millogo, Mahamoudou Balboné, Thierry Baldet, Jean-Bosco Ouedraogo, Thibaud Martin, Frédéric Simard, Georges Anicet Ouedraogo, Abdoulaye Diabaté, Olivier Gnankiné, Roch Kounbobr Dabiré
article
International Journal of Pest Management, Taylor & Francis, In press, pp.1-12. ⟨10.1080/09670874.2022.2051642⟩
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titre
A Cohort Study on the Duration of Plasmodium falciparum Infections During the Dry Season in The Gambia
auteur
Katharine Collins, Sukai Ceesay, Sainabou Drammeh, Fatou Jaiteh, Marc-Antoine Guery, Kjerstin Lanke, Lynn Grignard, Will Stone, David Conway, Umberto D’alessandro, Teun Bousema, Antoine Claessens
article
Journal of Infectious Diseases, Oxford University Press (OUP), In press, ⟨10.1093/infdis/jiac116⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03664364/file/Collins22.pdf BibTex
titre
Les lois de la contagion. Fake news, virus, tendances…
auteur
Samuel Alizon
article
Natures Sciences Sociétés, EDP Sciences, A paraître, 30 (1)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03664004/file/Alizon2022_Kucharski.pdf BibTex
titre
Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020
auteur
Samuel Alizon, Christian Selinger, Mircea T Sofonea, Stéphanie Haim-Boukobza, Jean-Marc Giannoli, Laetitia Ninove, Sylvie Pillet, V. Thibault, Alexis de Rougemont, Camille Tumiotto, Robin Stephan, Céline Bressollette-Bodin, Maud Salmona, Anne-Sophie L’honneur, Sylvie Behillil, Caroline Lefeuvre, Julia Dina, Sébastien Hantz, Cédric Hartard, David Veyer, Héloïse M Delagrèverie, Slim Fourati, Benoît Visseaux, Cécile Henquell, Bruno Lina, Vincent Foulongne, Sonia Burrel
article
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03175551/file/AlizonEtal2022_SFM.pdf BibTex
titre
An epi‐evolutionary model for predicting the adaptation of spore‐producing pathogens to quantitative resistance in heterogeneous environments
auteur
Frédéric Fabre, Jean-Baptiste Burie, Arnaud Ducrot, Sébastien Lion, Quentin Richard, Ramsès Djidjou-Demasse
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2022, pp.95-110. ⟨10.1111/eva.13328⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03465168/file/Fabre_EvolApp_2021.pdf BibTex
titre
Detecting anal human papillomavirus infection in men who have sex with men living with HIV: implications of assay variability
auteur
Montserrat Torres, Ana Silva-Klug, Elena Ferrer, Maria Saumoy, Loris Trenti, Sara Tous, Ana Esteban, Nuria Baixeras, Isabel Catala, August Vidal, Ignacio G Bravo, Daniel Podzamczer, Silvia de Sanjose
article
Sexually Transmitted Infections, BMJ Publishing Group, In press, ⟨10.1136/sextrans-2021-055303⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03671143/file/2022%20Torres%20Detecting%20anal%20human%20papillomavirus%20infection%20in%20men%20who%20have%20sex%20with%20men%20living%20with%20HIV-%20implications%20of%20assay%20variability.pdf BibTex
titre
Dengue virus infection modifies mosquito blood-feeding behavior to increase transmission to the host
auteur
Benjamin Wong Wei Xiang, Wilfried Saron, James Stewart, Arthur Hain, Varsha Walvekar, Dorothée Missé, Frédéric Thomas, R. Manjunatha Kini, Benjamin Roche, Adam Claridge-Chang, Ashley St. John, Julien Pompon
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2022, 119 (3), pp.e2117589119. ⟨10.1073/pnas.2117589119⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03521021/file/Xiang%20et%20al%202022-PNAS.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Global dynamics of a spore producing pathogens epidemic system with nonlocal diffusion process
auteur
Ramsès Djidjou-Demasse, Cassandra Lemdjo, Ousmane Seydi
article
Nonlinear Analysis, Geometry and Applications, 2022
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Sortir des crises : One Health en pratiques
auteur
Sébastien Gardon, Amandine Gautier, Gwenola Le Naour, Serge Morand
article
Éditions Quae, pp.262, 2022, 978-2-7592-3296-3
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2021

Article dans une revue

titre
Traits of a mussel transmissible cancer are reminiscent of a parasitic life style
auteur
E. A. V. Burioli, M. Hammel, N. Bierne, F. Thomas, Maryline Houssin, D. Destoumieux-Garzón, G. M. Charrière
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.24110. ⟨10.1038/s41598-021-03598-w⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03498948/file/s41598-021-03598-w.pdf BibTex
titre
Tuberculosis Diagnosis in HIV-Infected Children: Comparison of the 2012 and 2015 Clinical Case Definitions for Classification of Intrathoracic Tuberculosis Disease
auteur
Olivier Marcy, Sophie Goyet, Laurence Borand, Philippe Msellati, Vibol Ung, Mathurin Tejiokem, Giang Do Chau, Francis Ateba-Ndongo, Abdoul Salam Ouedraogo, Bunnet Dim, Paul Perez, Julien Asselineau, Guislaine Carcelain, Stephane Blanche, Christophe Delacourt, Sylvain Godreuil
article
Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society, Oxford University Press 2021, ⟨10.1093/jpids/piab113⟩
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BibTex
titre
First evaluation of antibody responses to Culex quinquefasciatus salivary antigens as a serological biomarker of human exposure to Culex bites: A pilot study in Côte d’Ivoire
auteur
Bi Zamble H. Zamble, Serge yao, Akré Adja, Mahfoud Bakli, Dounin Zoh, Françoise Mathieu-Daudé, Serge Assi, Franck Remoue, Lionel Almeras, Anne Poinsignon
article
PLoS Neglected Tropical Diseases, Public Library of Science, 2021, 15 (12), pp.e0010004. ⟨10.1371/journal.pntd.0010004⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03663558/file/journal.pntd.0010004.pdf BibTex
titre
Amputation of a type II diabetic patient with cutaneous leishmaniasis due to Leishmania major
auteur
Arezki Izri, Amina Bendjaballah-Laliam, Denis Sereno, Ihcene Kherachi Djenad, Zoubir Harrat, Mohammad Akhoundi
article
BMC Infectious Diseases, BioMed Central, 2021, 21 (1), pp.1227. ⟨10.1186/s12879-021-06909-8⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-03555486/file/s12879-021-06909-8.pdf BibTex
titre
EvoLaps: a web interface to visualize continuous phylogeographic reconstructions
auteur
François Chevenet, Denis Fargette, Stéphane Guindon, Anne-Laure Bañuls
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2021, 22 (1), pp.#463. ⟨10.1186/s12859-021-04386-z⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03378825/file/s12859-021-04386-z.pdf BibTex
titre
Can we eradicate viral pathogens?
auteur
Samuel Alizon, Paul E Turner
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (12), pp.1851-1854. ⟨10.1111/jeb.13958⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03500287/file/JEB_HAL.pdf BibTex
titre
Effect of seasonal malaria chemoprevention plus azithromycin on Plasmodium falciparum transmission: gametocyte infectivity and mosquito fitness
auteur
Koudraogo Bienvenue yaméogo, Rakiswendé Serge yerbanga, Seydou Bienvenu Ouattara, Franck yao, Thierry Lefèvre, Issaka Zongo, Frederic Nikièma, yves Daniel Compaoré, Halidou Tinto, Daniel Chandramohan, Brian Greenwood, Adrien Belem, Anna Cohuet, Jean Bosco Ouédraogo
article
Malaria Journal, BioMed Central, 2021, 20 (1), ⟨10.1186/s12936-021-03855-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450530/file/s12936-021-03855-3.pdf BibTex
titre
A non-destructive sugar-feeding assay for parasite detection and estimating the extrinsic incubation period of Plasmodium falciparum in individual mosquito vectors
auteur
Edwige Guissou, Jessica Waite, Matthew Jones, Andrew Bell, Eunho Suh, Koudraogo yameogo, Nicaise Djègbè, Dari Da, Domonbabele Hien, Rakiswende yerbanga, Anicet Ouedraogo, Kounbobr Roch. Dabiré, Anna Cohuet, Matthew Thomas, Thierry Lefèvre
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-88659-w⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450545/file/s41598-021-88659-w.pdf BibTex
titre
Infection with Borrelia afzelii and manipulation of the egg surface microbiota have no effect on the fitness of immature Ixodes ricinus ticks
auteur
Georgia Hurry, Elodie Maluenda, Anouk Sarr, Alessandro Belli, Phineas Hamilton, Olivier Duron, Olivier Plantard, Maarten Voordouw
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-90177-8⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03233893/file/s41598-021-90177-8.pdf BibTex
titre
Epidemiological analysis of nail aspergillosis and non‐dermatophyte moulds. Criteria for the involvement of Aspergillus in 102 cases of onychomycosis at Montpellier University Hospital, France (1991–2019)
auteur
Laëtitia Laroche, Nathalie Bourgeois, Laurence Lachaud, Philippe Rispail
article
Mycoses, Wiley, 2021, 64 (12), pp.1546-1553. ⟨10.1111/myc.13366⟩
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BibTex
titre
An overview of bacterial meningitis epidemics in Africa from 1928 to 2018 with a focus on epidemics “outside-the-belt”
auteur
Serge Mazamay, Jean-François Guégan, Neby Diallo, Didier Bompangue, Eric Bokabo, Jean-Jacques Muyembe, Nadège Taty, Tonton Paul Vita, Hélène Broutin
article
BMC Infectious Diseases, BioMed Central, 2021, 21 (1), ⟨10.1186/s12879-021-06724-1⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03378298/file/s12879-021-06724-1-1.pdf BibTex
titre
Predicting the public health impact of a malaria transmission-blocking vaccine
auteur
Joseph Challenger, Daniela Olivera Mesa, Dari Da, R. Serge yerbanga, Thierry Lefèvre, Anna Cohuet, Thomas Churcher
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-21775-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450550/file/s41467-021-21775-3.pdf BibTex
titre
What evidence exists on the impact of specific ecosystem components and functions on infectious diseases? A systematic map
auteur
Léa Lugassy, Ludivine Amdouni-Boursier, Haoues Alout, Romuald Berrebi, Christophe Boëte, Franck Boué, Nathalie Boulanger, Thierry Durand, Michel de Garine-Wichatitsky, Sylvain Larrat, Marie Moinet, Catherine Moulia, Nonito Pagès, Olivier Plantard, Vincent Robert, Barbara Livoreil
article
Environmental Evidence, BioMed Central, 2021, 10 (1), pp.11. ⟨10.1186/s13750-021-00220-4⟩
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titre
Correction to: How effective are strategies to control the dissemination of antibiotic resistance in the environment? A systematic review (vol 9, 4, 2020)
auteur
Anais Goulas, Drifa Belhadi, Alexandre Descamps, Antoine Andremont, Pierre Benoit, Sophie Courtois, Christophe Dagot, Nathalie Grall, David Makowski, Sylvie Nazaret, Sylvie Nelieu, Dominique Patureau, Fabienne Petit, Céline Roose-Amsaleg, Marion Vittecoq, Barbara Livoreil, Cédric Laouenan
article
Environmental Evidence, BioMed Central, 2021, 10 (1), pp.9. ⟨10.1186/s13750-021-00222-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03216922/file/s13750-021-00222-2 BibTex
titre
Treating symptomatic infections and the co-evolution of virulence and drug resistance
auteur
Samuel Alizon
article
Peer Community Journal, Peer Community In/Centre Mersenne, 2021, 1, pp.e47. ⟨10.24072/pcjournal.38⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03001103/file/Alizon2021_PCJ.pdf BibTex
titre
Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France
auteur
Gonché Danesh, Baptiste Elie, yannis Michalakis, Mircea T Sofonea, Antonin Bal, Sylvie Behillil, Grégory Destras, David Boutolleau, Sonia Burrel, Anne-Geneviève Marcelin, Jean-Christophe Plantier, Vincent Thibault, Etienne Simon-Loriere, Sylvie van Der Werf, Bruno Lina, Laurence Josset, Vincent Enouf, Samuel Alizon
article
Peer Community Journal, Peer Community In/Centre Mersenne, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03001114/file/DaneshEtal2021_PCJ.pdf BibTex
titre
Presence and Persistence of Putative Lytic and Temperate Bacteriophages in Vaginal Metagenomes from South African Adolescents
auteur
Anna-Ursula Happel, Christina Balle, Brandon S Maust, Iyaloo N Konstantinus, Katherine Gill, Linda-Gail Bekker, Rémy Froissart, Jo-Ann Passmore, Ulas Karaoz, Arvind Varsani, Heather Jaspan
article
Viruses, MDPI, 2021, Phage-Bacteria Interplay in Health and Disease, ⟨10.3390/v13122341⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03443194/file/Happel%20et%20al.%20-%202021%20-%20Presence%20and%20Persistence%20of%20Putative%20Lytic%20and%20Tem.pdf BibTex
titre
Lipid Interactions Between Flaviviruses and Mosquito Vectors
auteur
Thomas Vial, Guillaume Marti, Dorothée Missé, Julien Pompon
article
Frontiers in Physiology, Frontiers, 2021, 12, pp.763195. ⟨10.3389/fphys.2021.763195⟩
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https://hal-univ-tlse3.archives-ouvertes.fr/hal-03542654/file/Vial_2021.pdf BibTex
titre
Prevalence and Characterization of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Enterobacteriaceae in Major Hospitals in Gabon
auteur
Annicet-Clotaire Dikoumba, Richard Onanga, Larson Boundenga, Michelle Bignoumba, Edgard-Brice Ngoungou, Sylvain Godreuil
article
Microbial Drug Resistance, Mary Ann Liebert, 2021, 27 (11), pp.1525-1534. ⟨10.1089/mdr.2020.0497⟩
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BibTex
titre
Favipiravir inhibits Mayaro virus infection in mice
auteur
Michèle Bengue, Ai-Rada Pintong, Florian Liégeois, Antoine Nougairède, Rodolphe Hamel, Julien Pompon, Xavier de Lamballerie, Pierre Roques, Valérie Choumet, Dorothée Missé
article
Viruses, MDPI, 2021, 13 (11), pp.2213. ⟨10.3390/v13112213⟩
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https://hal.ird.fr/ird-03610133/file/DMiss%C3%A9_Bengue%20Favipiravir.pdf BibTex
titre
Inferring within‐flock transmission dynamics of highly pathogenic avian influenza H5N8 virus in France, 2020
auteur
Timothée Vergne, Simon Gubbins, Claire Guinat, Billy Bauzile, Mattias Delpont, Debapriyo Chakraborty, Hugo Gruson, Benjamin Roche, Mathieu Andraud, Mathilde Paul, Jean-Luc Guérin
article
Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2021, 68 (6), pp.3151-3155. ⟨10.1111/tbed.14202⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03479732/file/TED-07-2021.pdf BibTex
titre
Efficacy of dihydroartemisinin/piperaquine in patients with noncomplicated Plasmodium falciparum malaria in Yaoundé, Cameroon
auteur
Mélissa Mairet-Khedim, Sandrine Nsango, Christelle Ngou, Sandie Menard, Camille Roesch, Nimol Khim, Sreynet Srun, Xavier Iriart, Thomas Lanot, Laure Otam, Francis Abega, Lawrence Ayong, Isabelle Morlais, Peggy Gandia, Benoit Witkowski, Antoine Berry
article
Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2021, 76 (11), pp.3037-3044. ⟨10.1093/jac/dkab281⟩
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titre
Human host genetics and susceptibility to ZIKV infection
auteur
Pauline Ferraris, Sineewanlaya Wichit, Nadège Cordel, Dorothée Missé
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2021, 95, pp.105066. ⟨10.1016/j.meegid.2021.105066⟩
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https://hal.ird.fr/ird-03610066/file/DMiss%C3%A9_Human%20Host%20genetics%20Pauline.pdf BibTex
titre
The Rare, the Best: Spread of Antimalarial-Resistant Plasmodium falciparum Parasites by Anopheles Mosquito Vectors
auteur
Antoine Berry, Sandie Menard, Sandrine E Nsango, Luc Abate, Didier Concordet, Majoline Tchioffo Tsapi, Xavier Iriart, Parfait H Awono-Ambéné, Benjamin Roche, Isabelle Morlais
article
Microbiology Spectrum, American Society for Microbiology, 2021, 9 (2), ⟨10.1128/Spectrum.00852-21⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03510741/file/2021-DC_%20Microbiol%20Spectrum.-00852-21.pdf BibTex
titre
Selection on ancestral genetic variation fuels repeated ecotype formation in bottlenose dolphins
auteur
Marie Louis, M Galimberti, Frederick Archer, Simon Berrow, Andrew Brownlow, Ramon Fallon, Milaja Nykänen, Joanne O’brien, Kelly M. Robertson, Patricia E. Rosel, Benoit Simon-Bouhet, Daniel Wegmann, Michael C. Fontaine, Andrew D. Foote, Oscar E Gaggiotti
article
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7, pp.eabg1245. ⟨10.1126/sciadv.abg1245⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03020428/file/2020.10.05.325159v1.full.pdf BibTex
titre
Detection of SARS‐CoV‐2 in two cats during the second wave of the COVID‐19 pandemic in France
auteur
Matthieu Fritz, Nicolas Nesi, Solène Denolly, Bertrand Boson, Vincent Legros, Serge G. Rosolen, Alexandra Briend‐marchal, Meriadeg Ar Gouilh, Eric M. Leroy
article
Veterinary Medicine and Science, Wiley, 2021, pp.Online Version of Record before inclusion in an issue. ⟨10.1002/vms3.638⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03408737/file/vms3.638.pdf BibTex
titre
Viral genome wide association study identifies novel hepatitis C virus polymorphisms associated with sofosbuvir treatment failure
auteur
David Smith, Carlota Fernandez-Antunez, Andrea Magri, Rory Bowden, Nimisha Chaturvedi, Jacques Fellay, John Mclauchlan, Graham Foster, William Irving, Peter Simmonds, Vincent Pedergnana, Santseharay Ramirez, Jens Bukh, Eleanor Barnes, M. Azim Ansari
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), pp.6105. ⟨10.1038/s41467-021-25649-6⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03684839/file/Smith_NatureComm_2021.pdf BibTex
titre
Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics
auteur
Olivier Thomine, Samuel Alizon, Corentin Boennec, Marc Barthelemy, Mircea T Sofonea
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03415297/file/ThomineEtal2021.pdf BibTex
titre
Repurposing the Hybrid Capture 2 (HC2) screening test for whole-genome sequencing of human papillomaviruses
auteur
A. Debernardi, W. Jarassier, C. Soret, C. Mougin, Samuel Alizon, Ignacio G. Bravo, D. Guenat, J. L. Prétet, Q. Lepiller
article
Archives of Virology, Springer Verlag, 2021, ⟨10.1007/s00705-021-05259-9⟩
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titre
Performance of the RealStar ® Pneumocystis jirovecii PCR kit for the diagnosis of Pneumocystis pneumonia
auteur
Margot Salsé, Victor Mercier, Marie‐josé Carles, Catherine Lechiche, Milène Sasso
article
Mycoses, Wiley, 2021, 64 (10), pp.1230-1237. ⟨10.1111/myc.13354⟩
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titre
SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France
auteur
Benedicte Roquebert, Stéphanie Haim-Boukobza, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Sonia Burrel, Samuel Alizon, Mircea T Sofonea
article
International Journal of Infectious Diseases, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03366559/file/Manuscript.pdf BibTex
titre
Reconstructing contact network structure and cross-immunity patterns from multiple infection histories
auteur
Christian Selinger, Samuel Alizon
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009375. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009375⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03357549/file/SelingerEtal2021plosCB.pdf BibTex
titre
Quantifying transmission dynamics of acute hepatitis C virus infections in a heterogeneous population using sequence data
auteur
Gonché Danesh, Victor Virlogeux, Christophe Ramière, Caroline Charre, Laurent Cotte, Samuel Alizon
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009916. ⟨10.1371/journal.ppat.1009916⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03357552/file/DaneshEtal2021plos.pdf BibTex
titre
On the need for integrating cancer into the One Health perspective
auteur
Antoine Dujon, Joel S Brown, Delphine Destoumieux-Garzon, Marion Vittecoq, Rodrigo Hamede, Aurélie Tasiemski, Justine Boutry, Sophie Tissot, Catherine Alix‐panabieres, Pascal Pujol, François Renaud, Frédéric Simard, Benjamin Roche, Beata Ujvari, Frédéric Thomas
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, ⟨10.1111/eva.13303⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03372780/file/Dujon-2021-EvolAppl-OnTheNeed.pdf BibTex
titre
Bridging Tumorigenesis and Therapy Resistance With a Non-Darwinian and Non-Lamarckian Mechanism of Adaptive Evolution
auteur
Francesco Catania, Beata Ujvari, Benjamin Roche, Jean-Pascal Capp, Frédéric Thomas
article
Frontiers in Oncology, Frontiers, 2021, 11, ⟨10.3389/fonc.2021.732081⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03442567/file/2021_Catania_Frontiers-in-Oncology.pdf BibTex
titre
Aedes albopictus Adult Medium Mass Rearing for SIT Program Development
auteur
David Damiens, Lucie Marquereau, Cyrille Lebon, Gilbert Le Goff, Benjamin Gaudillat, Nausicaa Habchi-Hanriot, Louis-Clément Gouagna
article
Insects, MDPI, 2021, 10 (8), pp.246. ⟨10.3390/insects10080246⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03358996/file/2019-3_Damiens%20et%20al.%20Medium%20Mass%20Rearing.pdf BibTex
titre
Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections
auteur
Thomas Beneteau, Christian Selinger, Mircea T Sofonea, Samuel Alizon
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03357550/file/BeneteauEtal2021.pdf BibTex
titre
Geographic barriers to achieving universal health coverage: evidence from rural Madagascar
auteur
Andres Garchitorena, Felana A Ihantamalala, Christophe Révillion, Laura F Cordier, Mauricianot Randriamihaja, Benedicte Razafinjato, Feno H Rafenoarivamalala, Karen E Finnegan, Jean Claude Andrianirinarison, Julio Rakotonirina, Vincent Herbreteau, Matthew H Bonds
article
Health Policy and Planning, Oxford University Press (OUP), 2021, ⟨10.1093/heapol/czab087⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-03332070/file/czab087.pdf BibTex
titre
Predator biomass and vegetation influence the coastal distribution of threespine stickleback morphotypes
auteur
Casey L yanos, Eeke P Haanstra, Fiona Colgan Carey, Sorsha A Passmore, Johan S Eklöf, Ulf Bergström, Joakim P Hansen, Michael C. Fontaine, Martine E Maan, Britas Klemens Eriksson
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2021, 11 (18), pp.12485-12496. ⟨10.1002/ece3.7993⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03408086/file/58795B14-E4E9-4F49-A42D-D0A452E983EE.pdf BibTex
titre
Évolutions et involutions dans la biomédecine. Thérapie phagique et traitement des infections bactériennes antibiorésistantes
auteur
Charlotte Brives, Rémy Froissart
article
Revue d'Anthropologie des Connaissances, Société d'Anthropologie des Connaissances, 2021, Un tournant microbien ?, 15 (3), pp.[en ligne]
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-03375004/file/rac-24239-1.pdf BibTex
titre
Demographic and Clinical Characteristics Associated With Severity, Clinical Outcomes, and Mortality of COVID-19 Infection in Gabon
auteur
Berthe Amélie Iroungou, Laurette Guignali Mangouka, Berthold Bivigou-Mboumba, Pamela Moussavou-Boundzanga, Judicael Obame Nkoghe, Farrel Nzigou Boucka, Augustin Mouinga-Ondémé, Avelin Fobang Aghokeng, Romain Tchoua, Pascal Pineau, Jean Raymond Nzenze
article
JAMA Network Open, American Medical Association, 2021, 4 (9), pp.e2124190
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03707152/file/iroungou_2021_oi_210710_1630679162.1881.pdf BibTex
titre
Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats
auteur
Benoît de Thoisy, Olivier Duron, Loïc Epelboin, Lise Musset, Philippe Quénel, Benjamin Roche, Florian Binetruy, Sébastien Briolant, Luisiane Carvalho, Agathe Chavy, Pierre Couppié, Magalie Pierre Demar, Maylis Douine, I. Dusfour, Sébastien Gourbière, yanouk Epelboin, Claude Flamand, Alain A. Franc, Marine Ginouvès, Emeline S Houël, Arthur Kocher, Anne Lavergne, Paul Le Turnier, Luana Mathieu, Jérôme Murienne, Mathieu Nacher, Roxane Schaub, Stéphane Pelleau, Ghislaine Prévot, Dominique Rousset, Emmanuel Roux, Stanislas Talaga, Pauline Thill, Sourakhata Tirera, Jean-François Guégan
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2021, 93, pp.104916. ⟨10.1016/j.meegid.2021.104916⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03261181/file/de%20Thoisy%20et%20al.%20-%202021%20-%20Ecology%2C%20evolution%2C%20and%20epidemiology%20of%20zoonotic%20a.pdf BibTex
titre
The predictive ability of the 313 variant–based polygenic risk score for contralateral breast cancer risk prediction in women of European ancestry with a heterozygous BRCA1 or BRCA2 pathogenic variant
auteur
Inge Lakeman, Alexandra van den Broek, Juliën Vos, Daniel Barnes, Julian Adlard, Irene Andrulis, Adalgeir Arason, Norbert Arnold, Banu Arun, Judith Balmaña, Daniel Barrowdale, Javier Benitez, Ake Borg, Trinidad Caldés, Maria Caligo, Wendy Chung, Kathleen Claes, J Margriet Collée, Fergus Couch, Mary Daly, Joe Dennis, Mallika Dhawan, Susan Domchek, Ros Eeles, Christoph Engel, D Gareth Evans, Lidia Feliubadaló, Lenka Foretova, Eitan Friedman, Debra Frost, Patricia Ganz, Judy Garber, Simon Gayther, Anne-Marie Gerdes, Andrew Godwin, David Goldgar, Eric Hahnen, Christopher Hake, Ute Hamann, Frans Hogervorst, Maartje Hooning, John Hopper, Peter Hulick, Evgeny Imyanitov, Claudine Isaacs, Louise Izatt, Anna Jakubowska, Paul James, Ramunas Janavicius, Uffe Birk Jensen, yue Jiao, Esther John, Vijai Joseph, Beth Karlan, Carolien Kets, Irene Konstantopoulou, Ava Kwong, Clémentine Legrand, Goska Leslie, Fabienne Lesueur, Jennifer Loud, Jan Lubiński, Siranoush Manoukian, Lesley Mcguffog, Austin Miller, Denise Molina Gomes, Marco Montagna, Emmanuelle Mouret-Fourme, Katherine Nathanson, Susan Neuhausen, Heli Nevanlinna, Joanne Ngeow yuen yie, Edith Olah, Olufunmilayo Olopade, Sue Park, Michael Parsons, Paolo Peterlongo, Marion Piedmonte, Paolo Radice, Johanna Rantala, Gad Rennert, Harvey Risch, Rita Schmutzler, Priyanka Sharma, Jacques Simard, Christian Singer, Zsofia Stadler, Dominique Stoppa-Lyonnet, Christian Sutter, yen yen Tan, Manuel Teixeira, Soo Hwang Teo, Alex Teulé, Mads Thomassen, Darcy Thull, Marc Tischkowitz, Amanda Toland, Nadine Tung, Elizabeth van Rensburg, Ana Vega, Barbara Wappenschmidt, Peter Devilee, Christi van Asperen, Jonine Bernstein, Kenneth Offit, Douglas Easton, Matti Rookus, Georgia Chenevix-Trench, Antonis Antoniou, Mark Robson, Marjanka Schmidt, Kathleen B.M. Claes, Emmanuelle Barouk-Simonet, Muriel Belotti, Pascaline Berthet, yves-Jean Bignon, Valérie Bonadona, Brigitte Bressac-de Paillerets, Bruno Buecher, Sandrine Caputo, Olivier Caron, Laurent Castera, Virginie Caux-Moncoutier, Chrystelle Colas, Marie-Agnès Collonge-Rame, Isabelle Coupier, Antoine de Pauw, Capucine Delnatte, Camille Elan, Laurence Faivre, Sandra Fert Ferrer, Marion Gauthier-Villars, Paul Gesta, Sophie Giraud, Lisa Golmard, Claude Houdayer, Christine Lasset, Maïté Laurent, Dominique Leroux, Michel Longy, Véronique Mari, Sylvie Mazoyer, Noura Mebirouk, Isabelle Mortemousque, Fabienne Prieur, Pascal Pujol, Claire Saule, Helene Schuster, Nicolas Sevenet, Hagay Sobol, Johanna Sokolowska, Laurence Venat-Bouvet, Munaza Ahmed, Julian Barwell, Angela Brady, Paul Brennan, Carole Brewer, Jackie Cook, Rosemarie Davidson, Alan Donaldson, Alison Dunning, Jacqueline Eason, Diana Eccles, Helen Gregory, Helen Hanson, Patricia Harrington, Alex Henderson, Shirley Hodgson, M. John Kennedy, Fiona Lalloo, Clare Miller, Patrick Morrison, Kai-Ren Ong, Aoife O’shaughnessy-Kirwan, Jo Perkins, Mary Porteous, Mark Rogers, Lucy Side, Katie Snape, Lisa Walker, Gord Glendon, Anna Marie Mulligan, Cora Aalfs, Muriel Adank, Margreet G.E.M. Ausems, Marinus Blok, Encarna Gómez Garcia, Bernadette A.M. Heemskerk-Gerritsen, Antoinette Hollestelle, Agnes Jager, Linetta Koppert, Marco Koudijs, Mieke Kriege, Hanne E.J. Meijers-Heijboer, Arjen Mensenkamp, Thea Mooij, Jan Oosterwijk, Ans M.W. van den Ouweland, Frederieke van Der Baan, Annemieke van Der Hout, Lizet van Der Kolk, Rob van Der Luijt, Carolien H.M. van Deurzen, Helena van Doorn, Klaartje van Engelen, Liselotte van Hest, Theo A.M. van Os, Senno Verhoef, Maartje Vogel, Juul Wijnen, Jonathan Beesley, Stephen Fox, Helene Holland, Kelly-Anne Phillips, Amanda Spurdle
article
Genetics in Medicine, Nature Publishing Group, 2021, 23 (9), pp.1726-1737. ⟨10.1038/s41436-021-01198-7⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03652349/file/1-s2.0-S1098360021051017-main.pdf BibTex
titre
Variability in Codon Usage in Coronaviruses Is Mainly Driven by Mutational Bias and Selective Constraints on CpG Dinucleotide
auteur
Josquin Daron, Ignacio G. Bravo
article
Viruses, MDPI, 2021, 13 (9), pp.1800. ⟨10.3390/v13091800⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03345049/file/2021%20Daron%20Variability%20in%20Codon%20Usage%20in%20Coronaviruses%20Is%20Mainly%20Driven%20by%20Mutational%20Bias%20and%20Selective%20Constraints%20on%20CpG%20Dinucleotide.pdf BibTex
titre
Additive genetic variance for traits least related to fitness increases with environmental stress in the desert locust, Schistocerca gregaria
auteur
Marie-Pierre Chapuis, Benjamin Pélissié, Cyril Piou, Floriane Chardonnet, Christine Pages, Antoine Foucart, Elodie Chapuis, Hélène Jourdan‐pineau
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, In press, 2021-09-21, ⟨10.1002/ece3.8099⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03364279/file/ece3.8099.pdf BibTex
titre
2021 Taxonomic update of phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales
auteur
Jens Kuhn, Scott Adkins, Bernard Agwanda, Rim Al Kubrusli, Sergey Alkhovsky, Gaya Amarasinghe, Tatjana Avšič-Županc, María Ayllón, Justin Bahl, Anne Balkema-Buschmann, Matthew Ballinger, Christopher Basler, Sina Bavari, Martin Beer, Nicolas Bejerman, Andrew Bennett, Dennis Bente, Éric Bergeron, Brian Bird, Carol Blair, Kim Blasdell, Dag-Ragnar Blystad, Jamie Bojko, Wayne Borth, Steven Bradfute, Rachel Breyta, Thomas Briese, Paul Brown, Judith Brown, Ursula Buchholz, Michael Buchmeier, Alexander Bukreyev, Felicity Burt, Carmen Büttner, Charles Calisher, Mengji Cao, Inmaculada Casas, Kartik Chandran, Rémi N. Charrel, Qi Cheng, yuya Chiaki, Marco Chiapello, Il-Ryong Choi, Marina Ciuffo, J. Christopher S. Clegg, Ian Crozier, Elena Dal Bó, Juan Carlos de La Torre, Xavier de Lamballerie, Rik de Swart, Humberto Debat, Nolwenn Dheilly, Emiliano Di Cicco, Nicholas Di Paola, Francesco Di Serio, Ralf Dietzgen, Michele Digiaro, Olga Dolnik, Michael Drebot, J. Felix Drexler, William Dundon, W. Paul Duprex, Ralf Dürrwald, John Dye, Andrew Easton, Hideki Ebihara, Toufic Elbeaino, Koray Ergünay, Hugh Ferguson, Anthony Fooks, Marco Forgia, Pierre Formenty, Jana Fránová, Juliana Freitas-Astúa, Jingjing Fu, Stephanie Fürl, Selma Gago-Zachert, George Fú Gāo, María Laura García, Adolfo García-Sastre, Aura Garrison, Thomas Gaskin, Jean-Paul Gonzalez, Anthony Griffiths, Tony Goldberg, Martin Groschup, Stephan Günther, Roy Hall, John Hammond, Tong Han, Jussi Hepojoki, Roger Hewson, Jiang Hong, Ni Hong, Seiji Hongo, Masayuki Horie, John Hu, Tao Hu, Holly Hughes, Florian Hüttner, Timothy Hyndman, M. Ilyas, Risto Jalkanen, Dàohóng Jiāng, Gilda Jonson, Sandra Junglen, Fujio Kadono, Karia Kaukinen, Michael Kawate, Boris Klempa, Jonas Klingström, Gary Kobinger, Igor Koloniuk, Hideki Kondō, Eugene Koonin, Mart Krupovic, Kenji Kubota, Gael Kurath, Lies Laenen, Amy Lambert, Stanley Langevin, Benhur Lee, Elliot Lefkowitz, Eric M. Leroy, Shaorong Li, Longhui Li, Jiànróng Lǐ, Huazhen Liu, Igor Lukashevich, Piet Maes, William Marciel de Souza, Marco Marklewitz, Sergio Marshall, Shin-yi Marzano, Sebastien Massart, John Mccauley, Michael Melzer, Nicole Mielke-Ehret, Kristina Miller, Tobi Ming, Ali Mirazimi, Gideon Mordecai, Hans-Peter Mühlbach, Elke Mühlberger, Rayapati Naidu, Tomohide Natsuaki, José Navarro, Sergey Netesov, Gabriele Neumann, Norbert Nowotny, Márcio Nunes, Alejandro Olmedo-Velarde, Gustavo Palacios, Vicente Pallás, Bernadett Pályi, Anna Papa, Sofia Paraskevopoulou, Adam Park, Colin Parrish, David Patterson, Alex Pauvolid-Corrêa, Janusz Pawęska, Susan Payne, Carlotta Peracchio, Daniel Pérez, Thomas Postler, Liying Qi, Sheli Radoshitzky, Renato Resende, Carina Reyes, Bertus Rima, Gabriel Robles Luna, Víctor Romanowski, Paul Rota, Dennis Rubbenstroth, Luisa Rubino, Jonathan Runstadler, Sead Sabanadzovic, Amadou Alpha Sall, Maria Salvato, Rosemary Sang, Takahide Sasaya, Angela Schulze, Martin Schwemmle, Mang Shi, Xiǎohóng Shí, Zhènglì Shí, yoshifumi Shimomoto, yukio Shirako, Stuart Siddell, Peter Simmonds, Manuela Sironi, Guy Smagghe, Sophie Smither, Jin-Won Song, Kirsten Spann, Jessica Spengler, Mark Stenglein, David Stone, Jari Sugano, Curtis Suttle, Amy Tabata, Ayato Takada, Shigeharu Takeuchi, David Tchouassi, Amy Teffer, Robert Tesh, Natalie Thornburg, yasuhiro Tomitaka, Keizō Tomonaga, Noël Tordo, Baldwyn Torto, Jonathan Towner, Shinya Tsuda, Changchun Tu, Massimo Turina, Ioannis Tzanetakis, Janice Uchida, Tomio Usugi, Anna Maria Vaira, Marta Vallino, Bernadette van den Hoogen, Arvind Varsani, Nikos Vasilakis, Martin Verbeek, Susanne von Bargen, Jiro Wada, Victoria Wahl, Peter Walker, Lin-Fa Wang, Guoping Wang, yanxiang Wang, yaqin Wang, Muhammad Waqas, Tàiyún Wèi, Shaohua Wen, Anna Whitfield, John Williams, yuri Wolf, Jiangxiang Wu, Lei Xu, Hironobu yanagisawa, Caixia yang, Zuokun yang, F. Murilo Zerbini, Lifeng Zhai, yong-Zhen Zhang, Song Zhang, Jinguo Zhang, Zhe Zhang, Xueping Zhou
article
Archives of Virology, Springer Verlag, 2021, 166 (12), pp.3513-3566. ⟨10.1007/s00705-021-05143-6⟩
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BibTex
titre
Borrelia afzelii Infection in the Rodent Host Has Dramatic Effects on the Bacterial Microbiome of Ixodes ricinus Ticks
auteur
Phineas Hamilton, Elodie Maluenda, Anouk Sarr, Alessandro Belli, Georgia Hurry, Olivier Duron, Olivier Plantard, Maarten Voordouw
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2021, 87 (18), pp.e00641-21. ⟨10.1128/AEM.00641-21⟩
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BibTex
titre
Inter‐Group Social Behavior, Contact Patterns and Risk for Pathogen Transmission in Cape Buffalo Populations
auteur
Elodie Wielgus, Alexandre Caron, Emily Bennitt, Michel de Garine‐wichatitsky, Bradley Cain, Herve Fritz, Eve Miguel, Daniel Cornélis, Simon Chamaillé-Jammes
article
Journal of Wildlife Management, Wiley, In press, ⟨10.1002/jwmg.22116⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03337922/file/jwmg.22116.pdf BibTex
titre
Monocyte human leukocyte antigen-DR but not β-d-glucan may help early diagnosing invasive Candida infection in critically ill patients
auteur
Boris Jung, Clément Le Bihan, Pierre Portales, Nathalie Bourgeois, Thierry Vincent, Laurence Lachaud, Gerald Chanques, Matthieu Conseil, Philippe Corne, Pablo Massanet, Jean François Timsit, Samir Jaber
article
Annals of Intensive Care, SpringerOpen, 2021, 11 (1), pp.129. ⟨10.1186/s13613-021-00918-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03327871/file/s13613-021-00918-1.pdf BibTex
titre
Genomic Variation Influences Methanothermococcus Fitness in Marine Hydrothermal Systems
auteur
Michael Hoffert, Rika E Anderson, Julie Reveillaud, Leslie G Murphy, Ramunas Stepanauskas, Julie A Huber
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2021, 12, pp.714920. ⟨10.3389/fmicb.2021.714920⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03471319/file/Hoffert-FiM-2021-CC-BY.pdf BibTex
titre
Impact of selection regime and introgression on deltamethrin resistance in the arbovirus vector Aedes aegypti – a comparative study between contrasted situations in New Caledonia and French Guiana
auteur
Julien Cattel, Marine Minier, Nausicaa Habchi-Hanriot, Morgane Pol, Frederic Faucon, Thierry Gaude, Pascal Gaborit, Jean Issaly, Emma Ferrero, Fabrice Chandre, Nicolas Pocquet, Jean-Philippe David, Isabelle Dusfour
article
Pest Management Science, Wiley, 2021, 77 (12), pp.5589-5598. ⟨10.1002/ps.6602⟩
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BibTex
titre
Predicting COVID-19 incidence in French hospitals using human contact network analytics
auteur
Christian Selinger, Marc Choisy, Samuel Alizon
article
International Journal of Infectious Diseases, Elsevier, 2021, 111, pp.100 - 107. ⟨10.1016/j.ijid.2021.08.029⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03267059/file/SelingerEtal2021ijid%20%281%29.pdf BibTex
titre
Ecological plasticity to ions concentration determines genetic response and dominance of Anopheles coluzzii larvae in urban coastal habitats of Central Africa
auteur
Neil M. Longo-Pendy, Billy Tene-Fossog, Robert E. Tawedi, Ousman Akone-Ella, Céline Toty, Nil Rahola, Jean-Jacques Braun, Nicolas Berthet, Pierre Kengne, Carlo Costantini, Diego Ayala
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.15781. ⟨10.1038/s41598-021-94258-6⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03516004/file/s41598-021-94258-6.pdf BibTex
titre
Avian blood parasite richness decreases with major histocompatibility complex class I loci number
auteur
Orsolya Vincze, Claire Loiseau, Mathieu Giraudeau
article
Biology Letters, Royal Society, The, 2021, 17 (8), ⟨10.1098/rsbl.2021.0253⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03418441/file/RSBL-2021-0253.R2_Proof_hi.pdf BibTex
titre
The COVID-19 pandemic in francophone West Africa: from the first cases to responses in seven countries
auteur
Emmanuel Bonnet, Oriane Bodson, Frédéric Le Marcis, Adama Faye, Emmanuel Sambieni, Florence Fournet, Florence Boyer, Abdourahmane Coulibaly, Kadidiatou Kadio, Fatoumata Binetou Diongue, Valery Ridde
article
BMC Public Health, BioMed Central, 2021, 21 (Article number: 1490), pp.1-17. ⟨10.1186/s12889-021-11529-7⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-03313193/file/s12889-021-11529-7.pdf BibTex
titre
Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France
auteur
Mircea T Sofonea, Samuel Alizon
article
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03366541/file/Anticipating%20COVID-19%20intensive%20care%20unit%20capacity%20strain%20a%20look%20back%20at%20epidemiological%20projections%20in%20France_2.pdf BibTex
titre
Is There One Key Step in the Metastatic Cascade?
auteur
Antoine M Dujon, Jean-Pascal Capp, Joel S Brown, Pascal Pujol, Robert A Gatenby, Beata Ujvari, Catherine Alix-Panabières, Frédéric Thomas
article
Cancers, MDPI, 2021, 13 (15), ⟨10.3390/cancers13153693⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03442172/file/2021_Dujon_Cancers.pdf BibTex
titre
Multicenter Comparative Assessment of the TIB MolBiol Toxoplasma gondii Detection Kit and Four Laboratory-Developed PCR Assays for Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis
auteur
Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Florence Robert-Gangneux, Isabelle Accoceberry, Simon Pichard, Cécile Garnaud, Hélène Fricker-Hidalgo, Maude Lévêque, Gautier Hoarau, Hervé Pelloux, Patrick Bastien, yvon Sterkers, Emmanuelle Varlet-Marie
article
Journal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology (ASIP), 2021, 23 (8), pp.1000-1006. ⟨10.1016/j.jmoldx.2021.05.010⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03282456/file/Tir%C3%A9ApartHAL_BrenierPinchart.pdf BibTex
titre
La formation des vésicules intraluminales de l’endosome est contrôlée par la tension membranaire
auteur
Victor Mercier, Jorge Larios, Guillaume Molinard, Antoine Goujon, Stefan Matile, Aurélien Roux, Jean Gruenberg
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2021, 37 (8-9), pp.697-700. ⟨10.1051/medsci/2021096⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03337372/file/msc200463.pdf BibTex
titre
New Insights into the Biology of the Emerging Tembusu Virus
auteur
Rodolphe Hamel, Thipruethai Phanitchat, Sineewanlaya Wichit, Ronald Enrique Morales Vargas, Jiraporn Jaroenpool, Cheikh Tidiane Diagne, Julien Pompon, Dorothée Missé
article
Pathogens, MDPI, 2021, 10 (8), pp.1010. ⟨10.3390/pathogens10081010⟩
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https://hal.ird.fr/ird-03610023/file/DMiss%C3%A9_Papier%20Tembusu%20pathogens.pdf BibTex
titre
A new hybrid record linkage process to make epidemiological databases interoperable: application to the GEMO and GENEPSO studies involving BRCA1 and BRCA2 mutation carriers
auteur
yue Jiao, Fabienne Lesueur, Chloé-Agathe Azencott, Maïté Laurent, Noura Mebirouk, Lilian Laborde, Juana Beauvallet, Marie-Gabrielle Dondon, Séverine Eon-Marchais, Anthony Laugé, Catherine C. Noguès, Nadine Andrieu, Dominique Stoppa-Lyonnet, Sandrine M Caputo, Nadia Boutry-Kryza, Alain Calender, Sophie Giraud, Mélanie Léone, Brigitte Bressac- de Paillerets, Olivier Caron, Marine Guillaud-Bataille, yves-Jean Bignon, Nancy Uhrhammer, Valérie Bonadona, Christine Lasset, Pascaline Berthet, Laurent Castera, Dominique Vaur, Violaine Bourdon, Tetsuro Noguchi, Cornel Popovici, Audrey Remenieras, Hagay Sobol, Isabelle Coupier, Pierre-Olivier Harmand, Pascal Pujol, Paul Vilquin, Aurélie Dumont, Françoise Révillion, Danièle Muller, Emmanuelle Barouk-Simonet, Françoise Bonnet, Virginie Bubien, Michel Longy, Nicolas Sevenet, Laurence Gladieff, Rosine Guimbaud, Viviane Feillel, Christine Toulas, Hélène Dreyfus, Dominique Leroux, Magalie Peysselon, Christine Rebischung, Amandine Baurand, Geoffrey Bertolone, Fanny Coron, Laurence Faivre, Vincent Goussot, Caroline Jacquot, Caroline Sawka, Caroline Kientz, Marine Lebrun, Fabienne Prieur, Sandra Fert-Ferrer, Véronique Mari, Laurence Venat-Bouvet, Stéphane Bézieau, Capucine Delnatte, Isabelle Mortemousque, Florence Coulet, Florent Soubrier, Mathilde Warcoin, Myriam Bronner, Sarab Lizard, Johanna Sokolowska, Marie-Agnès Collonge-Rame, Alexandre Damette, Paul Gesta, Hakima Lallaoui, Jean Chiesa, Denise Molina-Gomes, Olivier Ingster, Sylvie Manouvrier-Hanu, Sophie Lejeune, Pauline Pontois, Dominique Stoppa Lyonnet, Marion Gauthier-Villars, Bruno Buecher, Emmanuelle Mouret-Fourme, Jean-Pierre Fricker, Elisabeth Luporsi, Marc Frenay, Francois Eisinger, Jessica Moretta, Catherine Dugast, Chrystelle Colas, Alain Lortholary, Philippe Vennin, Claude Adenis, Tan Dat Nguyen, Annick Rossi, Julie Tinat, Isabelle Tennevet, Jean-Marc Limacher, Christine Maugard, Jean-yves Bignon, Liliane Demange, Odile Cohen-Haguenauer, Brigitte Gilbert, Hélène Zattara-Cannoni
article
BMC Medical Research Methodology, BioMed Central, 2021, 21 (1), pp.155. ⟨10.1186/s12874-021-01299-6⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-03313811/file/s12874-021-01299-6.pdf BibTex
titre
Human-vector malaria transmission model structured by age, time since infection and waning immunity
auteur
Quentin Richard, Marc Choisy, Thierry Lefèvre, Ramsès Djidjou-Demasse
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.nonrwa.2021.103393⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03090649/file/Human-Vector-Malria-MultiStructures.pdf BibTex
titre
Evolutionary biology and development model of medicines: A necessary ‘pas de deux’ for future successful bacteriophage therapy
auteur
Rémy Froissart, Charlotte Brives
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, Special section: Virus evolution on the mutualist-parasite continuum, 34 (12), pp.1855-1866. ⟨10.1111/jeb.13904⟩
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-03426403/file/J%20of%20Evolutionary%20Biology.pdf BibTex
titre
Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021
auteur
Samuel Alizon, Stéphanie Haim-Boukobza, Vincent Foulongne, Laura Verdurme, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Bénédicte Roquebert, Mircea T Sofonea
article
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03289622/file/AlizonEtal2021_delta.pdf BibTex
titre
Feasibility study of a field survey to measure antimicrobial usage in humans and animals in the Mekong Delta region of Vietnam
auteur
Nguyen Van Cuong, Nguyen Phuong Cam Ly, Nguyen Thi Bich Van, Doan Hoang Phu, Bach Tuan Kiet, Vo Be Hien, Pawin Padungtod, Guy Thwaites, Marc Choisy, Juan Carrique-Mas
article
JAC-Antimicrobial Resistance, 2021, 3 (3), ⟨10.1093/jacamr/dlab107⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03565601/file/dlab107.pdf BibTex
titre
Invasive aspergillosis due to Aspergillus cryptic species: A prospective multicentre study
auteur
Sebastien Imbert, Sophie Cassaing, Christine Bonnal, Anne‐cecile Normand, Frederic Gabriel, Damien Costa, Marion Blaize, Laurence Lachaud, Lilia Hasseine, Lise Kristensen, Juliette Guitard, Christine Schuttler, Helene Raberin, Sophie Brun, Marijke Hendrickx, Renaud Piarroux, Arnaud Fekkar
article
Mycoses, Wiley, 2021, ⟨10.1111/myc.13348⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03390620/file/Imbert%20et%20al.%20-%20Invasive%20aspergillosis%20due%20to%20Aspergillus%20cryptic%20.pdf BibTex
titre
Using host genetics to infer the global spread and evolutionary history of HCV subtype 3a
auteur
Shang-Kuan Lin, Nicola de Maio, Vincent Pedergnana, Chieh-Hsi Wu, Julien Thézé, Daniel J Wilson, Eleanor Barnes, M Azim Ansari
article
Virus Evolution, Oxford University Press, 2021, 7 (2), pp.veab065. ⟨10.1093/ve/veab065⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03358372/file/veab065.pdf BibTex
titre
Evaluation of Two Commercial Kits on the Automated ELITe InGenius PCR Platform for Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis
auteur
Céline Nourrisson, Maxime Moniot, Philippe Poirier, yvon Sterkers
article
Journal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology (ASIP), 2021, 23 (7), pp.865-871. ⟨10.1016/j.jmoldx.2021.04.004⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03323951/file/Nourrisson_Tir%C3%A9APart_HAL.pdf BibTex
titre
Non-English languages enrich scientific knowledge: The example of economic costs of biological invasions
auteur
Elena Angulo, Christophe Diagne, Liliana Ballesteros-Mejia, Tasnime Adamjy, Danish A Ahmed, Evgeny Akulov, Achyut K Banerjee, César Capinha, Cheikh a K M Dia, Gauthier Dobigny, Virginia G Duboscq-Carra, Marina Golivets, Phillip J Haubrock, Gustavo Heringer, Natalia Kirichenko, Melina Kourantidou, Chunlong Liu, Martin A Nuñez, D Renault, David A Roiz, Ahmed Taheri, Laura N H Verbrugge, yuya Watari, Wen Xiong, Franck Courchamp
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 775, pp.144441. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.144441⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03192043/file/STE_06_2021.pdf BibTex
titre
Phenotypic and genetic characterization of MERS coronaviruses from Africa to understand their zoonotic potential
auteur
Ziqi Zhou, Kenrie P y Hui, Ray T y So, Huibin Lv, Ranawaka a P M Perera, Daniel K W Chu, Esayas Gelaye, Harry Oyas, Obadiah Njagi, Takele Abayneh, Wilson Kuria, Elias Walelign, Rinah Wanglia, Ihab El Masry, Sophie von Dobschuetz, Wantanee Kalpravidh, Véronique Chevalier, Eve Miguel, Ouafaa Fassi-Fihri, Amadou Trarore, Weiwen Liang, yanqun Wang, John M Nicholls O, Jincun Zhao, Michael C W Chan, Leo L M Poon, Chris Ka, Pun Mok, Malik Peiris
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2021, 118 (25), pp.e2103984118. ⟨10.1073/pnas.2103984118/-/DCSupplemental⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03326479/file/e2103984118.full.pdf BibTex
titre
The kinesin of the flagellum attachment zone in Leishmania is required for cell morphogenesis, cell division and virulence in the mammalian host
auteur
Rosa Milagros Corrales, Slavica Vaselek, Rachel Neish, Laurence Berry, Camille D Brunet, Lucien Crobu, Nada Kuk, Julio Mateos-Langerak, Derrick R Robinson, Petr Volf, Jeremy C Mottram, yvon Sterkers, Patrick Bastien
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2021, 17 (6), pp.e1009666. ⟨10.1371/journal.ppat.1009666⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03299396/file/journal.ppat.1009666.pdf BibTex
titre
Experimental infections with Zika virus strains reveal high vector competence of Aedes albopictus and Aedes aegypti populations from Gabon (Central Africa) for the African virus lineage
auteur
Davy Jiolle, Isabelle Moltini-Conclois, Judicaël Obame-Nkoghe, Patrick yangari, Angélique Porciani, Bethsabée Scheid, Pierre Kengne, Diego Ayala, Anna-Bella Failloux, Christophe Paupy
article
Emerging microbes & infections, Earliest : Springer-Nature ; Latest : Taylor & Francis, 2021, 10 (1), pp.1244-1253. ⟨10.1080/22221751.2021.1939167⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03323225/file/Experimental%20infections%20with%20Zika%20virus%20strains%20reveal%20high%20vector%20competence%20of%20Aedes%20albopictus%20and%20Aedes%20aegypti%20populations%20from%20Gabon%20Central.pdf BibTex
titre
The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021
auteur
Bénédicte Roquebert, Sabine Trombert-Paolantoni, Stéphanie Haim-Boukobza, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Mircea T Sofonea, Samuel Alizon
article
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03289627/file/RoquebertEtal2021_Eurosurveillance.pdf BibTex
titre
No leading-edge effect in North Atlantic harbor porpoises: Evolutionary and conservation implications
auteur
yacine Ben Chehida, Roisin Loughnane, Julie Thumloup, Kristin Kaschner, Cristina Garilao, Patricia Rosel, Michael C. Fontaine
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, 14 (6), pp.1588-1611. ⟨10.1111/eva.13227⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03015895/file/2020.11.03.366542v1.full.pdf BibTex
titre
Cytokine response following perturbation of the cervicovaginal milieu during HPV genital infection
auteur
Christian Selinger, Massilva Rahmoun, Carmen Lia Murall, Claire Bernat, Vanina Boué, Marine Bonneau, Christelle Graf, Sophie Grasset, Soraya Groc, Jacques Reynes, Christophe Hirtz, Nathalie Jacobs, Samuel Alizon
article
Immunologic Research, Humana Press, 2021, 69 (3), pp.255-263. ⟨10.1007/s12026-021-09196-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03354891/file/Cytokine_Manuscript-minor_revision_all.pdf BibTex
titre
Fast Unsupervised Multi-Scale Characterization of Urban Landscapes Based on Earth Observation Data
auteur
Claire Teillet, Benjamin Pillot, Thibault Catry, Laurent Demagistri, Dominique Lyszczarz, Marc Lang, Pierre Couteron, Nicolas Barbier, Arsène Adou Kouassi, Quentin Gunther, Nadine Dessay
article
Remote Sensing, MDPI, 2021, 13 (12), pp.2398. ⟨10.3390/rs13122398⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03294302/file/2021_Dynafor_remotesensing-13-02398-v3.pdf BibTex
titre
Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France
auteur
Mircea T Sofonea, Corentin Boennec, yannis Michalakis, Samuel Alizon
article
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03289626/file/Sofonea_et_al_Two_waves.pdf BibTex
titre
Kazachstania slooffiae: An unexpected journey to a human pleural sample
auteur
Victor Mercier, M. Desnos-Ollivier, Anaïs Lamy, Martin Mahul, Milène Sasso
article
Journal of Medical Mycology / Journal de Mycologie Médicale, Elsevier Masson, 2021, 31 (2), pp.101109. ⟨10.1016/j.mycmed.2020.101109⟩
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BibTex
titre
Habitat segregation of plate phenotypes in a rapidly expanding population of three-spined stickleback
auteur
Britas Klemens Eriksson, Casey yanos, Sarah Bourlat, Serena Donadi, Michael C. Fontaine, Joakim Hansen, Eglė Jakubavičiūtė, Karine Kiragosyan, Martine Maan, Juha Merilä, Åsa Austin, Jens Olsson, Katrin Reiss, Göran Sundblad, Ulf Bergström, Johan Eklöf
article
Ecosphere, Ecological Society of America, 2021, 12 (6), pp.e03561. ⟨10.1002/ecs2.3561⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02915393/file/BioRxiv_2020.05.08.083873v1.full.pdf BibTex
titre
A review of the potential effects of climate change on disseminated neoplasia with an emphasis on efficient detection in marine bivalve populations
auteur
Georgina Bramwell, Aaron Schultz, Craig D.H. Sherman, Mathieu Giraudeau, Frédéric Thomas, Beata Ujvari, Antoine Dujon
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 775, pp.145134. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145134⟩
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BibTex
titre
Europe as a bridgehead in the worldwide invasion history of grapevine downy mildew, Plasmopara viticola
auteur
Michaël Fontaine, Frédéric Labbé, yann Dussert, Laurent Delière, Sylvie Richart-Cervera, Tatiana E Giraud, François Delmotte
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2021, 31 (10), pp.2155-2166.e4. ⟨10.1016/j.cub.2021.03.009⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02990790/file/Europe%20as%20a%20bridgehead%20in%20the%20worldwide%20invasion%20history%20of%20grapevine%20downy%20mildew%20Plasmopara%20viticola.pdf BibTex
titre
Detection of Plasmodium falciparum in laboratory-reared and naturally infected wild mosquitoes using near-infrared spectroscopy
auteur
Dari Da, Ruth Mccabe, Bernard Somé, Pedro Esperança, Katarzyna Sala, Josua Blight, Andrew Blagborough, Floyd Dowell, Serge yerbanga, Thierry Lefèvre, Karine Mouline, Roch Dabiré, Thomas Churcher
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-89715-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03450542/file/s41598-021-89715-1.pdf BibTex
titre
Unresolved advantages of multipartitism in spatially structured environments
auteur
Mark P Zwart, Stéphane Blanc, Marcelle Johnson, Susanna Manrubia, yannis Michalakis, Mircea T Sofonea
article
Virus Evolution, Oxford University Press, 2021, 7 (1), ⟨10.1093/ve/veab004⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03219672/file/Zwart-VE-2021-CC-BY.pdf BibTex
titre
Optimizing the early detection of low pathogenic avian influenza H7N9 virus in live bird markets
auteur
Claire Guinat, Damian Tago, Tifenn Corre, Christian Selinger, Ramsès Djidjou-Demasse, Mathilde Paul, Didier Raboisson, Thuy Nguyen Thi Thanh, Ken Inui, Long Pham Thanh, Pawin Padungtod, Timothée Vergne
article
Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2021, 18 (178), pp.20210074. ⟨10.1098/rsif.2021.0074⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03285866/file/JRSocInterface-05-2021.pdf BibTex
titre
Exercise training has morph-specific effects on telomere, body condition and growth dynamics in a color-polymorphic lizard
auteur
Christopher Friesen, Mark Wilson, Nicky Rollings, Joanna Sudyka, Mathieu Giraudeau, Camilla Whittington, Mats Olsson
article
Journal of Experimental Biology, The Company of Biologists, 2021, 224 (9), ⟨10.1242/jeb.242164⟩
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BibTex
titre
Cutaneous Leishmaniasis in Algeria; Highlight on the Focus of M’Sila
auteur
Razika Benikhlef, Karim Aoun, Abdelkarim Boudrissa, Meriem Ben Abid, Kamel Cherif, Wafa Aissi, Souad Benrekta, Said C. Boubidi, Gerald F Späth, Aïda Bouratbine, Denis Sereno, Zoubir Harrat
article
Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (5), pp.962. ⟨10.3390/microorganisms9050962⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03512621/file/microorganisms-09-00962-v3.pdf BibTex
titre
Does Cancer Biology Rely on Parrondo’s Principles ?
auteur
Jean-Pascal Capp, Aurora M Nedelcu, Antoine M Dujon, Benjamin Roche, Francesco Catania, Beata Ujvari, Catherine Alix-Panabières, Frédéric Thomas
article
Cancers, MDPI, 2021, 13 (9), ⟨10.3390/cancers13092197⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03274009/file/2021_Capp_Cancers.pdf BibTex
titre
Population genomic evidence of Plasmodium vivax Southeast Asian origin
auteur
J. Daron, A. Boissiere, L. Boundenga, B. Ngoubangoye, S. Houze, C. Arnathau, C. Sidobre, J.-F. Trape, P. Durant, F. Renaud, Michael C. Fontaine, F. Prugnolle, Virginie Rougeron
article
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7, pp.eabc3713. ⟨10.1126/sciadv.abc3713⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02915422/file/2020.04.29.067439v1.full.pdf BibTex
titre
Characterisation of the Viral Community Associated with the Alfalfa Weevil (Hypera postica) and Its Host Plant, Alfalfa (Medicago sativa)
auteur
Sarah François, Aymeric Antoine-Lorquin, Maximilien Kulikowski, Marie Frayssinet, Denis Filloux, Emmanuel Fernandez, Philippe Roumagnac, Rémy Froissart, Mylène Ogliastro
article
Viruses, MDPI, 2021, 13 (5), pp.791. ⟨10.3390/v13050791⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03247676/file/Fran%C3%A7ois-viruses-2021-CC-BY.pdf BibTex
titre
Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics
auteur
Mircea T Sofonea, Bastien Reyné, Baptiste Elie, Ramsès Djidjou-Demasse, Christian Selinger, yannis Michalakis, Samuel Alizon
article
Epidemics, Elsevier, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03289624/file/SofoneaEtal2021epidemics.pdf BibTex
titre
Emerging Invasive Fungal Infections in Critically Ill Patients: Incidence, Outcomes and Prognosis Factors, a Case-Control Study
auteur
R. Larcher, Laura Platon, Matthieu Amalric, Vincent Brunot, Noemie Besnard, Racim Benomar, Delphine Daubin, Patrice Ceballos, Philippe Rispail, Laurence Lachaud, Nathalie Bourgeois, Kada Klouche
article
Journal of Fungi, MDPI, 2021, 7 (5), pp.330. ⟨10.3390/jof7050330⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03214295/file/2021%20Larcher%20et%20al.%20J%20Fungi.pdf BibTex
titre
Antimicrobial use through consumption of medicated feeds in chicken flocks in the Mekong Delta of Vietnam: A three-year study before a ban on antimicrobial growth promoters
auteur
Nguyen Van Cuong, Bach Tuan Kiet, Vo Be Hien, Bao Dinh Truong, Doan Hoang Phu, Guy Thwaites, Marc Choisy, Juan Carrique-Mas
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2021, 16, ⟨10.1371/journal.pone.0250082⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.umontpellier.fr/hal-03412769/file/journal.pone.0250082.pdf BibTex
titre
Case Report: Leishmania and HIV Co-Diagnosis: How to Understand Medical History?
auteur
Arthur Dujardin, Arnaud de La Blanchardière, Julia Dina, Karl Stefic, Christophe Ravel, Julie Bonhomme, Renaud Verdon, Anna Lucie Fournier
article
Frontiers in Immunology, Frontiers, 2021, 12, ⟨10.3389/fimmu.2021.669723⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03244325/file/fimmu-12-669723.pdf BibTex
titre
Levels of pathogen virulence and host resistance both shape the antibody response to an emerging bacterial disease
auteur
Daisy Gates, Molly Staley, Luc Tardy, Mathieu Giraudeau, Geoffrey Hill, Kevin Mcgraw, Camille Bonneaud
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-87464-9⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03418447/file/evaluations_1.pdf BibTex
titre
Living with predators at the larval stage has differential long-lasting effects on adult life history and physiological traits in two anopheline mosquito species
auteur
Olivier Roux, D Renault, Karine Mouline, Abdoulaye Diabaté, Frédéric Simard
article
Journal of Insect Physiology, Elsevier, 2021, 131, pp.104234. ⟨10.1016/j.jinsphys.2021.104234⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03222789/file/Roux%20et%20al.%20-%202021%20-%20Living%20with%20predators%20at%20the%20larval%20stage%20has%20diff.pdf BibTex
titre
Liquid Biopsy: From Discovery to Clinical Application
auteur
Catherine Alix-Panabières, Klaus Pantel
article
Cancer Discovery, American Association for Cancer Research, 2021, 11 (4), pp.858-873. ⟨10.1158/2159-8290.CD-20-1311⟩
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titre
A genomic amplification affecting a carboxylesterase gene cluster confers organophosphate resistance in the mosquito Aedes aegypti : From genomic characterization to high‐throughput field detection
auteur
Julien Cattel, Chloé Haberkorn, Fréderic Laporte, Thierry Gaude, Tristan Cumer, Julien Renaud, Ian W. Sutherland, Jeffrey C. Hertz, Jean-Marc Bonneville, Victor Arnaud, Bénédicte Fustec, Sébastien Boyer, Sébastien Marcombe, Jean-Philippe David
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, 14 (4), pp.1009-1022. ⟨10.1111/eva.13177⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03209039/file/72_Cattel_2020_Evolutionary_Applications.pdf BibTex
titre
Evidence that microbes identified as tick-borne pathogens are nutritional endosymbionts
auteur
Marie Buysse, Olivier Duron
article
Cell, Elsevier, 2021, 184 (9), pp.2259-2260. ⟨10.1016/j.cell.2021.03.053⟩
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titre
Chikungunya and Zika Viruses : Co-Circulation and the Interplay between Viral Proteins and Host Factors
auteur
Sineewanlaya Wichit, Nuttamonpat Gumpangseth, Rodolphe Hamel, Sakda yainoy, Siwaret Arikit, Chuchard Punsawad, Dorothée Missé
article
Pathogens, MDPI, 2021, 10 (4), pp.448. ⟨10.3390/pathogens10040448⟩
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https://hal.ird.fr/ird-03610048/file/DMiss%C3%A9_Papier%20Chikungunya%20Pathogens.pdf BibTex
titre
Identifying key questions in the ecology and evolution of cancer
auteur
Antoine Dujon, Athena Aktipis, Catherine Alix‐panabières, Sarah R Amend, Amy M Boddy, Joel S Brown, Jean‐pascal Capp, James Degregori, Paul Ewald, Robert Gatenby, Marco Gerlinger, Mathieu Giraudeau, Rodrigo K Hamede, Elsa Hansen, Irina Kareva, Carlo C Maley, Andriy Marusyk, Nicholas Mcgranahan, Michael J Metzger, Aurora M Nedelcu, Robert Noble, Leonard Nunney, Kenneth J Pienta, Kornelia Polyak, Pascal Pujol, Andrew F Read, Benjamin Roche, Susanne Sebens, Eric Solary, Kateřina Staňková, Holly Swain Ewald, Frédéric Thomas, Beata Ujvari
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, ⟨10.1111/eva.13190⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03164823/file/2021_Dujon_Evolutionary-Applications.pdf BibTex
titre
Detection of Leishmania tarentolae DNA in Sergentomyia antennata in Togo.
auteur
Etienne Ferlet, Jean-Philippe Martinet, Fano José Randrianambinintsoa, Christophe Ravel, Jérôme Depaquit
article
Journal of Vector Borne Diseases, Medknow Publications, 2021, 58 (2), pp.175-177. ⟨10.4103/0972-9062.316270⟩
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titre
PfGBP2 is a novel G‐quadruplex binding protein in Plasmodium falciparum
auteur
Pratima Gurung, Ana Rita Gomes, Rafael Martins, Stefan Juranek, Patrizia Alberti, Diane-Ethna Mbang-Benet, S Urbach, Elodie Gazanion, Vincent Guitard, Katrin Paeschke, José Juan Lopez-Rubio
article
Cellular Microbiology, Wiley, 2021, 23 (4), pp.e13303. ⟨10.1111/cmi.13303⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03152279/file/CMI-20-0187_Proof_hi%20%281%29.pdf BibTex
titre
This is the theory – Response to Tez on the origins of paediatric cancers (https://doi.org/10.1002/bies.202000324)
auteur
Jean‐pascal Capp, Frédéric Thomas
article
BioEssays, Wiley-VCH Verlag, 2021, 43 (4), ⟨10.1002/bies.202100016⟩
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titre
High and rising economic costs of biological invasions worldwide
auteur
Christophe Diagne, Boris Leroy, Anne-Charlotte Vaissière, Rodolphe E Gozlan, David A Roiz, Ivan Jarić, Jean-Michel Salles, Corey J A Bradshaw, Franck Courchamp
article
Nature, Nature Publishing Group, 2021, 592, pp.571 - 576. ⟨10.1038/s41586-021-03405-6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03410347/file/GlobalInvasionCost-%20Diagne%20et%20al%20-%20AcceptedVersion.pdf BibTex
titre
Group phenotypic composition in