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Phylogenetic relationship between the endosymbiont “Candidatus Riesia pediculicola” and its human louse host

auteur

Alissa Hammoud, Meriem Louni, Dorothée Missé, Sébastien Cortaredona, Florence Fenollar, Oleg Mediannikov

article

Parasites & Vectors, 2022, 15 (1), pp.73. ⟨10.1186/s13071-022-05203-z⟩

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Active Surveillance Program to Increase Awareness on Invasive Fungal Diseases: the French RESSIF Network (2012 to 2018)

auteur

Stéphane Bretagne, Karine Sitbon, Marie Desnos-Ollivier, Dea Garcia-Hermoso, Valérie Letscher-Bru, Sophie Cassaing, Laurence Millon, Florent Morio, Jean-Pierre Gangneux, Lilia Hasseine, Loïc Favennec, Estelle Cateau, Eric Bailly, Maxime Moniot, Julie Bonhomme, Nicole Desbois-Nogard, Taieb Chouaki, André Paugam, Bernard Bouteille, Marc Pihet, Frédéric Dalle, Odile Eloy, Milène Sasso, Magalie Demar, Patricia Mariani-Kurkdjian, Vincent Robert, Olivier Lortholary, Françoise Dromer, The French Mycoses Study Group

article

mBio, American Society for Microbiology, 2022, pp.e0092022. ⟨10.1128/mbio.00920-22⟩

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QuantiFERON-TB Gold Plus Assay in Patients With Latent vs. Active Tuberculosis in a Low Incidence Setting: Level of IFN-γ, CD4/CD8 Responses, and Release of IL-2, IP-10, and MIG

auteur

Séverine Carrère-Kremer, Pratt Kolia-Diafouka, Amandine Pisoni, Karine Bolloré, Marianne Peries, Sylvain Godreuil, Arnaud Bourdin, Philippe van de Perre, Edouard Tuaillon

article

Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2022, 13, ⟨10.3389/fmicb.2022.825021⟩

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Epidemic models: why and how to use them

auteur

Mircea Sofonea, Simon Cauchemez, Pierre-Yves Boëlle

article

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2022, 41 (2), pp.101048. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101048⟩

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Challenges for mathematical epidemiological modelling

auteur

Pascal Crepey, Harold Noël, Samuel Alizon

article

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2022, 41 (2), pp.101053. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101053⟩

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Longitudinal Survey of Coronavirus Circulation and Diversity in Insectivorous Bat Colonies in Zimbabwe

auteur

Vimbiso Chidoti, Hélène de Nys, Valérie Pinarello, Getrude Mashura, Dorothée Missé, Laure Guerrini, Davies Pfukenyi, Julien Cappelle, Ngoni Chiweshe, Ahidjo Ayouba, Gift Matope, Martine Peeters, Elizabeth Gori, Mathieu Bourgarel, Florian Liégeois

article

Viruses, MDPI, 2022, 14 (4), pp.781. ⟨10.3390/v14040781⟩

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Detection and genetic diversity of Mopeia virus in Mastomys natalensis from different habitats in the Limpopo National Park, Mozambique

auteur

Lourenço Mapaco, Laurent Crespin, Dércio Rodrigues, Joelle Gouy de Bellocq, Josef Bryja, Mathieu Bourgarel, Dorothée Missé, Alexandre Caron, Jose Fafetine, Julien Cappelle, Florian Liégeois

article

Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2022, 98, ⟨10.1016/j.meegid.2022.105204⟩

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Understanding dynamics of Plasmodium falciparum gametocytes production: Insights from an age-structured model

auteur

Ramsès Djidjou-Demasse, Arnaud Ducrot, Nicole Mideo, Gaëtan Texier

article

Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2022, 539, ⟨10.1016/j.jtbi.2022.111056⟩

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A preoperative nomogram for predicting long-term survival after resection of large hepatocellular carcinoma (>10 cm)

auteur

Eloy Ruiz, Pascal Pineau, Claudio Flores, Ramiro Fernández, Luis Cano, Juan Cerapio, Sandro Casavilca-Zambrano, Francisco Berrospi, Ivan Chávez, Benjamin Roche, Stephane Bertani

article

HPB, Wiley, 2022, 24 (2), pp.192-202. ⟨10.1016/j.hpb.2021.06.006⟩

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The ecological significance of arthropod vectors of plant, animal, and human pathogens

auteur

Thierry Lefèvre, Nicolas Sauvion, Rodrigo P.P. Almeida, Florence Fournet, Haoues Alout

article

Trends in Parasitology, Elsevier, In press, ⟨10.1016/j.pt.2022.01.004⟩

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Monitoring insecticide resistance of adult and larval Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) in Phnom Penh, Cambodia

auteur

Sébastien Boyer, Pierre-Olivier Maquart, Kalyan Chhuoy, Kimhuor Suor, Moeun Chhum, Kimly Heng, Sokkeang Leng, Didier Fontenille, Sebastien Marcombe

article

Parasites & Vectors, 2022, 15 (1), pp.44. ⟨10.1186/s13071-022-05156-3⟩

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Cancer risk across mammals

auteur

Orsolya Vincze, Fernando Colchero, Jean-Francois Lemaître, Dalia Conde, Samuel Pavard, Margaux Bieuville, Araxi Urrutia, Beata Ujvari, Amy Boddy, Carlo Maley, Frédéric Thomas, Mathieu Giraudeau

article

Nature, Nature Publishing Group, 2022, 601 (7892), pp.263-267. ⟨10.1038/s41586-021-04224-5⟩

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High throughput single-cell genome sequencing gives insights into the generation and evolution of mosaic aneuploidy in Leishmania donovani

auteur

Gabriel Negreira, Pieter Monsieurs, Hideo Imamura, Ilse Maes, Nada Kuk, Akila Yagoubat, Frederik Van den broeck, Yvon Sterkers, Jean-Claude Dujardin, Malgorzata Domagalska

article

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2022, 50 (1), pp.293-305. ⟨10.1093/nar/gkab1203⟩

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Cáncer de hígado: ¿Antigua o nueva amenaza para los jóvenes de países en vía de desarrollo?

auteur

Juan Cerapio, Juan Contreras-Mancilla, Ramiro Fernández, Jean-Jacques Fournié, Eric Deharo, Stephane Bertani, Pascal Pineau, Sandro Casavilca-Zambrano, Eloy Ruiz

article

Revista peruana de ciencias de la salud, Universidad de Huánuco, 2022, 4 (1), pp.5-8. ⟨10.37711/rpcs.2022.4.1.362⟩

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Getting out of crises: Environmental, social-ecological and evolutionary research is needed to avoid future risks of pandemics

auteur

Delphine Destoumieux-Garzón, Franziska Matthies-Wiesler, Nicolas Bierne, Aurélie Binot, Jérôme Boissier, Anaïs Devouge, Jeanne Garric, Kim Gruetzmacher, Christoph Grunau, Jean-François Guégan, Sylvie Hurtrez-Boussès, Anke Huss, Serge Morand, Clare Palmer, Denis Sarigiannis, Roel Vermeulen, Robert Barouki

article

Environment International, Elsevier, 2022, 158, 12 p. ⟨10.1016/j.envint.2021.106915⟩

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Impact of health system strengthening on delivery strategies to improve child immunisation coverage and inequalities in rural Madagascar

auteur

Elinambinina Rajaonarifara, Matthew Bonds, Ann Miller, Felana Angella Ihantamalala, Laura Cordier, Benedicte Razafinjato, Feno Rafenoarimalala, Karen Finnegan, Rado Rakotonanahary, Giovanna Cowley, Baolova Ratsimbazafy, Florent Razafimamonjy, Marius Randriamanambintsoa, Estelle Raza-Fanomezanjanahary, Andriamihaja Randrianambinina, C Jessica Metcalf, Benjamin Roche, Andres Garchitorena

article

BMJ Global Health, BMJ Publishing Group Ltd, 2022, 7 (1), pp.e006824. ⟨10.1136/bmjgh-2021-006824⟩

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The evolution and ecology of benign tumors

auteur

Justine Boutry, Sophie Tissot, Beata Ujvari, Jean-Pascal Capp, Mathieu Giraudeau, Aurora Nedelcu, Frédéric Thomas

article

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Reviews on Cancer, Elsevier, 2022, 1877 (1), ⟨10.1016/j.bbcan.2021.188643⟩

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Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics

auteur

Bastien Reyné, Quentin Richard, Christian Selinger, Mircea T. Sofonea, Ramsès Djidjou-Demasse, Samuel Alizon

article

Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩

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Use of different cotton pest control strategies (conventional, organic and transgenic) had no impact on insecticide resistance in Anopheles gambiae s.l. populations in Burkina Faso, West Africa

auteur

Moussa Namountougou, Dieudonné Diloma Soma, Ibrahim Sangare, Rousseau Djouaka, Aristide Hien, Mahamadi Kientega, Alexandre Kaboré, Simon Sawadogo, Azize Millogo, Mahamoudou Balboné, Thierry Baldet, Jean-Bosco Ouedraogo, Thibaud Martin, Frédéric Simard, Georges Anicet Ouedraogo, Abdoulaye Diabaté, Olivier Gnankiné, Roch Kounbobr Dabiré

article

International Journal of Pest Management, Taylor & Francis, In press, pp.1-12. ⟨10.1080/09670874.2022.2051642⟩

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The mosquito microbiome includes habitat-specific but rare symbionts

auteur

Hans Schrieke, Loïs Maignien, Florentin Constancias, Florian Trigodet, Sarah Chakloute, Ignace Rakotoarivony, Albane Marie, Gregory l'Ambert, Patrick Makoundou, Nonito Pages, A. Murat Eren, Mylène Weill, Mathieu Sicard, Julie Reveillaud

article

Computational and Structural Biotechnology Journal, Elsevier, 2022, 20, pp.410-420. ⟨10.1016/j.csbj.2021.12.019⟩

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An epi‐evolutionary model for predicting the adaptation of spore‐producing pathogens to quantitative resistance in heterogeneous environments

auteur

Frédéric Fabre, Jean-Baptiste Burie, Arnaud Ducrot, Sébastien Lion, Quentin Richard, Ramsès Djidjou-Demasse

article

Evolutionary Applications, Blackwell, 2022, pp.95-110. ⟨10.1111/eva.13328⟩

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Antimicrobial resistance in enterobacterales recovered from urinary tract infections in France

auteur

E. Farfour, L. Dortet, Thomas Guillard, N. Chatelain, A. Poisson, A. Mizrahi, D. Fournier, R.A. Bonnin, N. Degand, P. Morand, F. Janvier, V. Fihman, S. Corvec, L. Broutin, Cécile Le Brun, N. Yin, G. Héry-Arnaud, A. Grillon, E. Bille, H. Jean-Pierre, M. Amara, F. Jaureguy, C. Isnard, Vincent Cattoir, T. Diedrich, E. Flevin, A. Merens, H. Jacquier, M. Vasse

article

Pathogens, MDPI, 2022, 11 (3), pp.356. ⟨10.3390/pathogens11030356⟩

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Cancer Susceptibility as a Cost of Reproduction and Contributor to Life History Evolution

auteur

Antoine Dujon, Justine Boutry, Sophie Tissot, Jean-François Lemaître, Amy Boddy, Anne-Lise Gérard, Alexandra Alvergne, Audrey Arnal, Orsolya Vincze, Delphine Nicolas, Mathieu Giraudeau, Marina Telonis-Scott, Aaron Schultz, Pascal Pujol, Peter Biro, Christa Beckmann, Rodrigo Hamede, Benjamin Roche, Beata Ujvari, Frédéric Thomas

article

Frontiers in Ecology and Evolution, Frontiers Media S.A, 2022, 10, pp.861103. ⟨10.3389/fevo.2022.861103⟩

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Biodiversity and vector‐borne diseases: Host dilution and vector amplification occur simultaneously for Amazonian leishmaniases

auteur

Arthur Kocher, Josselin Cornuault, Jean‐charles Gantier, Sophie Manzi, Agathe Chavy, Romain Girod, Isabelle Dusfour, Pierre-Michel Forget, Marine Ginouves, Ghislaine Prevot, Jean‐françois Guégan, Anne-Laure Bañuls, Benoît Thoisy, Jérôme Murienne

article

Molecular Ecology, Wiley, 2022, ⟨10.1111/mec.16341⟩

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titre

A Cohort Study on the Duration of Plasmodium falciparum Infections During the Dry Season in The Gambia

auteur

Katharine Collins, Sukai Ceesay, Sainabou Drammeh, Fatou Jaiteh, Marc-Antoine Guery, Kjerstin Lanke, Lynn Grignard, Will Stone, David Conway, Umberto D’alessandro, Teun Bousema, Antoine Claessens

article

Journal of Infectious Diseases, Oxford University Press (OUP), In press, ⟨10.1093/infdis/jiac116⟩

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In Silico Characterisation of Putative Prophages in Lactobacillaceae Used in Probiotics for Vaginal Health

auteur

Anna-Ursula Happel, Brian Kullin, Hoyam Gamieldien, Heather Jaspan, Arvind Varsani, Darren Martin, Jo-Ann Passmore, Rémy Froissart

article

Microorganisms, MDPI, 2022, 10 (2), pp.214. ⟨10.3390/microorganisms10020214⟩

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titre

First Evidence of Natural SARS-CoV-2 Infection in Domestic Rabbits

auteur

Matthieu Fritz, Daphné de Riols de Fonclare, Déborah Garcia, Stéphanie Beurlet, Pierre Becquart, Serge Rosolen, Alexandra Briend-Marchal, Eric Leroy

article

Veterinary Sciences, MDPI, 2022, 9 (2), pp.49. ⟨10.3390/vetsci9020049⟩

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Dengue virus infection modifies mosquito blood-feeding behavior to increase transmission to the host

auteur

Benjamin Wong Wei Xiang, Wilfried Saron, James Stewart, Arthur Hain, Varsha Walvekar, Dorothée Missé, Frédéric Thomas, R. Manjunatha Kini, Benjamin Roche, Adam Claridge-Chang, Ashley St. John, Julien Pompon

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2022, 119 (3), pp.e2117589119. ⟨10.1073/pnas.2117589119⟩

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titre

Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics

auteur

Bastien Reyné, Quentin Richard, Christian Selinger, Mircea Sofonea, Ramsès Djidjou-Demasse, Samuel Alizon

article

Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩

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titre

Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics

auteur

Baptiste Elie, Bénédicte Roquebert, Mircea Sofonea, Sabine Trombert-Paolantoni, Vincent Foulongne, Jérémie Guedj, Stéphanie Haim-Boukobza, Samuel Alizon

article

Journal of Medical Virology, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1002/jmv.27757⟩

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titre

Using a pupal exuvia to designate the undamaged neotype of a species belonging to a complex of sibling species – the case of Aedes coluzzii (Diptera, Culicidae)

auteur

Audric Berger, Gilbert Le Goff, Philippe Boussès, Nil Rahola, Jean-Baptiste Ferré, Diego Ayala, Vincent Robert

article

Parasite, EDP Sciences, 2022, 29, pp.1-8. ⟨10.1051/parasite/2022020⟩

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titre

Detecting anal human papillomavirus infection in men who have sex with men living with HIV: implications of assay variability

auteur

Montserrat Torres, Ana Silva-Klug, Elena Ferrer, Maria Saumoy, Loris Trenti, Sara Tous, Ana Esteban, Nuria Baixeras, Isabel Catala, August Vidal, Ignacio Bravo, Daniel Podzamczer, Silvia de Sanjose

article

Sexually Transmitted Infections, BMJ Publishing Group, In press, ⟨10.1136/sextrans-2021-055303⟩

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titre

Les lois de la contagion. Fake news, virus, tendances…

auteur

Samuel Alizon

article

Natures Sciences Sociétés, EDP Sciences, A paraître, 30 (1)

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titre

Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020

auteur

Samuel Alizon, Christian Selinger, Mircea Sofonea, Stéphanie Haim-Boukobza, Jean-Marc Giannoli, Laetitia Ninove, Sylvie Pillet, V. Thibault, Alexis de Rougemont, Camille Tumiotto, Robin Stephan, Céline Bressollette-Bodin, Maud Salmona, Anne-Sophie L’honneur, Sylvie Behillil, Caroline Lefeuvre, Julia Dina, Sébastien Hantz, Cédric Hartard, David Veyer, Héloïse Delagrèverie, Slim Fourati, Benoît Visseaux, Cécile Henquell, Bruno Lina, Vincent Foulongne, Sonia Burrel

article

Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩

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Article dans une revue

titre

Traits of a mussel transmissible cancer are reminiscent of a parasitic life style

auteur

E. Burioli, M. Hammel, N. Bierne, F. Thomas, Maryline Houssin, D. Destoumieux-Garzón, G. Charrière

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.24110. ⟨10.1038/s41598-021-03598-w⟩

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titre

Tuberculosis Diagnosis in HIV-Infected Children: Comparison of the 2012 and 2015 Clinical Case Definitions for Classification of Intrathoracic Tuberculosis Disease

auteur

Olivier Marcy, Sophie Goyet, Laurence Borand, Philippe Msellati, Vibol Ung, Mathurin Tejiokem, Giang Do Chau, Francis Ateba-Ndongo, Abdoul Salam Ouedraogo, Bunnet Dim, Paul Perez, Julien Asselineau, Guislaine Carcelain, Stephane Blanche, Christophe Delacourt, Sylvain Godreuil

article

Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society, Oxford University Press 2021, ⟨10.1093/jpids/piab113⟩

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titre

First evaluation of antibody responses to Culex quinquefasciatus salivary antigens as a serological biomarker of human exposure to Culex bites: A pilot study in Côte d’Ivoire

auteur

Bi Zamble H. Zamble, Serge Yao, Akré Adja, Mahfoud Bakli, Dounin Zoh, Françoise Mathieu-Daudé, Serge Assi, Franck Remoue, Lionel Almeras, Anne Poinsignon

article

PLoS Neglected Tropical Diseases, Public Library of Science, 2021, 15 (12), pp.e0010004. ⟨10.1371/journal.pntd.0010004⟩

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titre

Amputation of a type II diabetic patient with cutaneous leishmaniasis due to Leishmania major

auteur

Arezki Izri, Amina Bendjaballah-Laliam, Denis Sereno, Ihcene Djenad, Zoubir Harrat, Mohammad Akhoundi

article

BMC Infectious Diseases, BioMed Central, 2021, 21 (1), pp.1227. ⟨10.1186/s12879-021-06909-8⟩

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titre

A non-destructive sugar-feeding assay for parasite detection and estimating the extrinsic incubation period of Plasmodium falciparum in individual mosquito vectors

auteur

Edwige Guissou, Jessica Waite, Matthew Jones, Andrew Bell, Eunho Suh, Koudraogo Yameogo, Nicaise Djègbè, Dari Da, Domonbabele Hien, Rakiswende Yerbanga, Anicet Ouedraogo, Kounbobr Roch. Dabiré, Anna Cohuet, Matthew Thomas, Thierry Lefèvre

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-88659-w⟩

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titre

Epidemiological analysis of nail aspergillosis and non‐dermatophyte moulds. Criteria for the involvement of Aspergillus in 102 cases of onychomycosis at Montpellier University Hospital, France (1991–2019)

auteur

Laëtitia Laroche, Nathalie Bourgeois, Laurence Lachaud, Philippe Rispail

article

Mycoses, Wiley, 2021, 64 (12), pp.1546-1553. ⟨10.1111/myc.13366⟩

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titre

Infection with Borrelia afzelii and manipulation of the egg surface microbiota have no effect on the fitness of immature Ixodes ricinus ticks

auteur

Georgia Hurry, Elodie Maluenda, Anouk Sarr, Alessandro Belli, Phineas Hamilton, Olivier Duron, Olivier Plantard, Maarten Voordouw

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-90177-8⟩

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titre

An overview of bacterial meningitis epidemics in Africa from 1928 to 2018 with a focus on epidemics “outside-the-belt”

auteur

Serge Mazamay, Jean-François Guégan, Neby Diallo, Didier Bompangue, Eric Bokabo, Jean-Jacques Muyembe, Nadège Taty, Tonton Paul Vita, Hélène Broutin

article

BMC Infectious Diseases, BioMed Central, 2021, 21 (1), ⟨10.1186/s12879-021-06724-1⟩

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EvoLaps: a web interface to visualize continuous phylogeographic reconstructions

auteur

François Chevenet, Denis Fargette, Stéphane Guindon, Anne-Laure Bañuls

article

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2021, 22 (1), pp.#463. ⟨10.1186/s12859-021-04386-z⟩

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What evidence exists on the impact of specific ecosystem components and functions on infectious diseases? A systematic map

auteur

Léa Lugassy, Ludivine Amdouni-Boursier, Haoues Alout, Romuald Berrebi, Christophe Boëte, Franck Boué, Nathalie Boulanger, Thierry Durand, Michel de Garine-Wichatitsky, Sylvain Larrat, Marie Moinet, Catherine Moulia, Nonito Pagès, Olivier Plantard, Vincent Robert, Barbara Livoreil

article

Environmental Evidence, BioMed Central, 2021, 10 (1), pp.11. ⟨10.1186/s13750-021-00220-4⟩

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titre

Predicting the public health impact of a malaria transmission-blocking vaccine

auteur

Joseph Challenger, Daniela Olivera Mesa, Dari Da, R. Serge Yerbanga, Thierry Lefèvre, Anna Cohuet, Thomas Churcher

article

Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-21775-3⟩

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titre

Correction to: How effective are strategies to control the dissemination of antibiotic resistance in the environment? A systematic review (vol 9, 4, 2020)

auteur

Anais Goulas, Drifa Belhadi, Alexandre Descamps, Antoine Andremont, Pierre Benoit, Sophie Courtois, Christophe Dagot, Nathalie Grall, David Makowski, Sylvie Nazaret, Sylvie Nelieu, Dominique Patureau, Fabienne Petit, Céline Roose-Amsaleg, Marion Vittecoq, Barbara Livoreil, Cédric Laouenan

article

Environmental Evidence, BioMed Central, 2021, 10 (1), pp.9. ⟨10.1186/s13750-021-00222-2⟩

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titre

Effect of seasonal malaria chemoprevention plus azithromycin on Plasmodium falciparum transmission: gametocyte infectivity and mosquito fitness

auteur

Koudraogo Bienvenue Yaméogo, Rakiswendé Serge Yerbanga, Seydou Bienvenu Ouattara, Franck Yao, Thierry Lefèvre, Issaka Zongo, Frederic Nikièma, Yves Daniel Compaoré, Halidou Tinto, Daniel Chandramohan, Brian Greenwood, Adrien Belem, Anna Cohuet, Jean Bosco Ouédraogo

article

Malaria Journal, BioMed Central, 2021, 20 (1), ⟨10.1186/s12936-021-03855-3⟩

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Can we eradicate viral pathogens?

auteur

Samuel Alizon, Paul Turner

article

Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, 34 (12), pp.1851-1854. ⟨10.1111/jeb.13958⟩

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Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

auteur

Gonché Danesh, Baptiste Elie, Yannis Michalakis, Mircea Sofonea, Antonin Bal, Sylvie Behillil, Grégory Destras, David Boutolleau, Sonia Burrel, Anne-Geneviève Marcelin, Jean-Christophe Plantier, Vincent Thibault, Etienne Simon-Loriere, Sylvie van der Werf, Bruno Lina, Laurence Josset, Vincent Enouf, Samuel Alizon

article

Peer Community Journal, Peer Community In/Centre Mersenne, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩

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titre

Treating symptomatic infections and the co-evolution of virulence and drug resistance

auteur

Samuel Alizon

article

Peer Community Journal, Peer Community In/Centre Mersenne, 2021, 1, pp.e47. ⟨10.24072/pcjournal.38⟩

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titre

Presence and Persistence of Putative Lytic and Temperate Bacteriophages in Vaginal Metagenomes from South African Adolescents

auteur

Anna-Ursula Happel, Christina Balle, Brandon Maust, Iyaloo Konstantinus, Katherine Gill, Linda-Gail Bekker, Rémy Froissart, Jo-Ann Passmore, Ulas Karaoz, Arvind Varsani, Heather Jaspan

article

Viruses, MDPI, 2021, Phage-Bacteria Interplay in Health and Disease, ⟨10.3390/v13122341⟩

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Lipid Interactions Between Flaviviruses and Mosquito Vectors

auteur

Thomas Vial, Guillaume Marti, Dorothée Missé, Julien Pompon

article

Frontiers in Physiology, Frontiers, 2021, 12, pp.763195. ⟨10.3389/fphys.2021.763195⟩

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Prevalence and Characterization of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Enterobacteriaceae in Major Hospitals in Gabon

auteur

Annicet-Clotaire Dikoumba, Richard Onanga, Larson Boundenga, Michelle Bignoumba, Edgard-Brice Ngoungou, Sylvain Godreuil

article

Microbial Drug Resistance, Mary Ann Liebert, 2021, 27 (11), pp.1525-1534. ⟨10.1089/mdr.2020.0497⟩

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titre

Inferring within‐flock transmission dynamics of highly pathogenic avian influenza H5N8 virus in France, 2020

auteur

Timothée Vergne, Simon Gubbins, Claire Guinat, Billy Bauzile, Mattias Delpont, Debapriyo Chakraborty, Hugo Gruson, Benjamin Roche, Mathieu Andraud, Mathilde Paul, Jean-Luc Guérin

article

Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2021, 68 (6), pp.3151-3155. ⟨10.1111/tbed.14202⟩

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titre

Efficacy of dihydroartemisinin/piperaquine in patients with noncomplicated Plasmodium falciparum malaria in Yaoundé, Cameroon

auteur

Mélissa Mairet-Khedim, Sandrine Nsango, Christelle Ngou, Sandie Menard, Camille Roesch, Nimol Khim, Sreynet Srun, Xavier Iriart, Thomas Lanot, Laure Otam, Francis Abega, Lawrence Ayong, Isabelle Morlais, Peggy Gandia, Benoit Witkowski, Antoine Berry

article

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2021, 76 (11), pp.3037-3044. ⟨10.1093/jac/dkab281⟩

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titre

Human host genetics and susceptibility to ZIKV infection

auteur

Pauline Ferraris, Sineewanlaya Wichit, Nadège Cordel, Dorothée Missé

article

Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2021, 95, pp.105066. ⟨10.1016/j.meegid.2021.105066⟩

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Favipiravir inhibits Mayaro virus infection in mice

auteur

Michèle Bengue, Ai-Rada Pintong, Florian Liégeois, Antoine Nougairède, Rodolphe Hamel, Julien Pompon, Xavier de Lamballerie, Pierre Roques, Valérie Choumet, Dorothée Missé

article

Viruses, MDPI, 2021, 13 (11), pp.2213. ⟨10.3390/v13112213⟩

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The Rare, the Best: Spread of Antimalarial-Resistant Plasmodium falciparum Parasites by Anopheles Mosquito Vectors

auteur

Antoine Berry, Sandie Menard, Sandrine Nsango, Luc Abate, Didier Concordet, Majoline Tsapi, Xavier Iriart, Parfait Awono-Ambéné, Benjamin Roche, Isabelle Morlais

article

Microbiology Spectrum, American Society for Microbiology, 2021, 9 (2), ⟨10.1128/Spectrum.00852-21⟩

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Selection on ancestral genetic variation fuels repeated ecotype formation in bottlenose dolphins

auteur

Marie Louis, M Galimberti, Frederick Archer, Simon Berrow, Andrew Brownlow, Ramon Fallon, Milaja Nykänen, Joanne O’brien, Kelly M. Robertson, Patricia E. Rosel, Benoit Simon-Bouhet, Daniel Wegmann, Michael C. Fontaine, Andrew D. Foote, Oscar E Gaggiotti

article

Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7, pp.eabg1245. ⟨10.1126/sciadv.abg1245⟩

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Detection of SARS‐CoV‐2 in two cats during the second wave of the COVID‐19 pandemic in France

auteur

Matthieu Fritz, Nicolas Nesi, Solène Denolly, Bertrand Boson, Vincent Legros, Serge Rosolen, Alexandra Briend‐marchal, Meriadeg Ar Gouilh, Eric Leroy

article

Veterinary Medicine and Science, Wiley, 2021, pp.Online Version of Record before inclusion in an issue. ⟨10.1002/vms3.638⟩

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Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics

auteur

Olivier Thomine, Samuel Alizon, Corentin Boennec, Marc Barthelemy, Mircea Sofonea

article

eLife, eLife Sciences Publication, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩

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Repurposing the Hybrid Capture 2 (HC2) screening test for whole-genome sequencing of human papillomaviruses

auteur

A. Debernardi, W. Jarassier, C. Soret, C. Mougin, Samuel Alizon, Ignacio G. Bravo, D. Guenat, J. Prétet, Q. Lepiller

article

Archives of Virology, Springer Verlag, 2021, ⟨10.1007/s00705-021-05259-9⟩

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Performance of the RealStar ® Pneumocystis jirovecii PCR kit for the diagnosis of Pneumocystis pneumonia

auteur

Margot Salsé, Victor Mercier, Marie‐josé Carles, Catherine Lechiche, Milène Sasso

article

Mycoses, Wiley, 2021, 64 (10), pp.1230-1237. ⟨10.1111/myc.13354⟩

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SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France

auteur

Benedicte Roquebert, Stéphanie Haim-Boukobza, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Sonia Burrel, Samuel Alizon, Mircea Sofonea

article

International Journal of Infectious Diseases, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩

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Reconstructing contact network structure and cross-immunity patterns from multiple infection histories

auteur

Christian Selinger, Samuel Alizon

article

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009375. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009375⟩

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Quantifying transmission dynamics of acute hepatitis C virus infections in a heterogeneous population using sequence data

auteur

Gonché Danesh, Victor Virlogeux, Christophe Ramière, Caroline Charre, Laurent Cotte, Samuel Alizon

article

PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009916. ⟨10.1371/journal.ppat.1009916⟩

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On the need for integrating cancer into the One Health perspective

auteur

Antoine Dujon, Joel Brown, Delphine Destoumieux-Garzon, Marion Vittecoq, Rodrigo Hamede, Aurélie Tasiemski, Justine Boutry, Sophie Tissot, Catherine Alix‐panabieres, Pascal Pujol, François Renaud, Frédéric Simard, Benjamin Roche, Beata Ujvari, Frédéric Thomas

article

Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, ⟨10.1111/eva.13303⟩

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Bridging Tumorigenesis and Therapy Resistance With a Non-Darwinian and Non-Lamarckian Mechanism of Adaptive Evolution

auteur

Francesco Catania, Beata Ujvari, Benjamin Roche, Jean-Pascal Capp, Frédéric Thomas

article

Frontiers in Oncology, Frontiers, 2021, 11, ⟨10.3389/fonc.2021.732081⟩

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Aedes albopictus Adult Medium Mass Rearing for SIT Program Development

auteur

David Damiens, Lucie Marquereau, Cyrille Lebon, Gilbert Le Goff, Benjamin Gaudillat, Nausicaa Habchi-Hanriot, Louis-Clément Gouagna

article

Insects, MDPI, 2021, 10 (8), pp.246. ⟨10.3390/insects10080246⟩

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titre

Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections

auteur

Thomas Beneteau, Christian Selinger, Mircea Sofonea, Samuel Alizon

article

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩

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titre

Geographic barriers to achieving universal health coverage: evidence from rural Madagascar

auteur

Andres Garchitorena, Felana Ihantamalala, Christophe Révillion, Laura Cordier, Mauricianot Randriamihaja, Benedicte Razafinjato, Feno Rafenoarivamalala, Karen Finnegan, Jean Andrianirinarison, Julio Rakotonirina, Vincent Herbreteau, Matthew Bonds

article

Health Policy and Planning, Oxford University Press (OUP), 2021, ⟨10.1093/heapol/czab087⟩

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titre

Évolutions et involutions dans la biomédecine. Thérapie phagique et traitement des infections bactériennes antibiorésistantes

auteur

Charlotte Brives, Rémy Froissart

article

Revue d'Anthropologie des Connaissances, Société d'Anthropologie des Connaissances, 2021, Un tournant microbien ?, 15 (3), pp.[en ligne]

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titre

Predator biomass and vegetation influence the coastal distribution of threespine stickleback morphotypes

auteur

Casey Yanos, Eeke Haanstra, Fiona Colgan Carey, Sorsha Passmore, Johan Eklöf, Ulf Bergström, Joakim Hansen, Michael C. Fontaine, Martine Maan, Britas Eriksson

article

Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2021, 11 (18), pp.12485-12496. ⟨10.1002/ece3.7993⟩

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Additive genetic variance for traits least related to fitness increases with environmental stress in the desert locust, Schistocerca gregaria

auteur

Marie-Pierre Chapuis, Benjamin Pélissié, Cyril Piou, Floriane Chardonnet, Christine Pages, Antoine Foucart, Elodie Chapuis, Hélène Jourdan‐pineau

article

Ecology and Evolution, Wiley Open Access, In press, 2021-09-21, ⟨10.1002/ece3.8099⟩

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titre

Variability in Codon Usage in Coronaviruses Is Mainly Driven by Mutational Bias and Selective Constraints on CpG Dinucleotide

auteur

Josquin Daron, Ignacio G. Bravo

article

Viruses, MDPI, 2021, 13 (9), pp.1800. ⟨10.3390/v13091800⟩

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A need for null models in understanding disease transmission: the example of Mycobacterium ulcerans (Buruli ulcer disease)

auteur

Joseph Receveur, Alexandra Bauer, Jennifer Pechal, Sophie Picq, Magdalene Dogbe, Heather Jordan, Alex Rakestraw, Kayla Fast, Michael Sandel, Christine Chevillon, Jean-François Guégan, John Wallace, M Eric Benbow

article

FEMS Microbiology Reviews, Wiley-Blackwell, 2021, ⟨10.1093/femsre/fuab045⟩

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Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats

auteur

Benoît de Thoisy, Olivier Duron, Loïc Epelboin, Lise Musset, Philippe Quénel, Benjamin Roche, Florian Binetruy, Sébastien Briolant, Luisiane Carvalho, Agathe Chavy, Pierre Couppié, Magalie Pierre Demar, Maylis Douine, I. Dusfour, Sébastien Gourbière, Yanouk Epelboin, Claude Flamand, Alain Franc, Marine Ginouvès, Emeline Houël, Arthur Kocher, Anne Lavergne, Paul Le Turnier, Luana Mathieu, Jérôme Murienne, Mathieu Nacher, Roxane Schaub, Stéphane Pelleau, Ghislaine Prévot, Dominique Rousset, Emmanuel Roux, Stanislas Talaga, Pauline Thill, Sourakhata Tirera, Jean-François Guégan

article

Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2021, 93, pp.104916. ⟨10.1016/j.meegid.2021.104916⟩

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The predictive ability of the 313 variant–based polygenic risk score for contralateral breast cancer risk prediction in women of European ancestry with a heterozygous BRCA1 or BRCA2 pathogenic variant

auteur

Inge Lakeman, Alexandra van den Broek, Juliën Vos, Daniel Barnes, Julian Adlard, Irene Andrulis, Adalgeir Arason, Norbert Arnold, Banu Arun, Judith Balmaña, Daniel Barrowdale, Javier Benitez, Ake Borg, Trinidad Caldés, Maria Caligo, Wendy Chung, Kathleen Claes, J Margriet Collée, Fergus Couch, Mary Daly, Joe Dennis, Mallika Dhawan, Susan Domchek, Ros Eeles, Christoph Engel, D Gareth Evans, Lidia Feliubadaló, Lenka Foretova, Eitan Friedman, Debra Frost, Patricia Ganz, Judy Garber, Simon Gayther, Anne-Marie Gerdes, Andrew Godwin, David Goldgar, Eric Hahnen, Christopher Hake, Ute Hamann, Frans Hogervorst, Maartje Hooning, John Hopper, Peter Hulick, Evgeny Imyanitov, Claudine Isaacs, Louise Izatt, Anna Jakubowska, Paul James, Ramunas Janavicius, Uffe Birk Jensen, Yue Jiao, Esther John, Vijai Joseph, Beth Karlan, Carolien Kets, Irene Konstantopoulou, Ava Kwong, Clémentine Legrand, Goska Leslie, Fabienne Lesueur, Jennifer Loud, Jan Lubiński, Siranoush Manoukian, Lesley Mcguffog, Austin Miller, Denise Molina Gomes, Marco Montagna, Emmanuelle Mouret-Fourme, Katherine Nathanson, Susan Neuhausen, Heli Nevanlinna, Joanne Ngeow Yuen Yie, Edith Olah, Olufunmilayo Olopade, Sue Park, Michael Parsons, Paolo Peterlongo, Marion Piedmonte, Paolo Radice, Johanna Rantala, Gad Rennert, Harvey Risch, Rita Schmutzler, Priyanka Sharma, Jacques Simard, Christian Singer, Zsofia Stadler, Dominique Stoppa-Lyonnet, Christian Sutter, Yen Yen Tan, Manuel Teixeira, Soo Hwang Teo, Alex Teulé, Mads Thomassen, Darcy Thull, Marc Tischkowitz, Amanda Toland, Nadine Tung, Elizabeth van Rensburg, Ana Vega, Barbara Wappenschmidt, Peter Devilee, Christi van Asperen, Jonine Bernstein, Kenneth Offit, Douglas Easton, Matti Rookus, Georgia Chenevix-Trench, Antonis Antoniou, Mark Robson, Marjanka Schmidt, Kathleen B.M. Claes, Emmanuelle Barouk-Simonet, Muriel Belotti, Pascaline Berthet, Yves-Jean Bignon, Valérie Bonadona, Brigitte Bressac-de Paillerets, Bruno Buecher, Sandrine Caputo, Olivier Caron, Laurent Castera, Virginie Caux-Moncoutier, Chrystelle Colas, Marie-Agnès Collonge-Rame, Isabelle Coupier, Antoine de Pauw, Capucine Delnatte, Camille Elan, Laurence Faivre, Sandra Fert Ferrer, Marion Gauthier-Villars, Paul Gesta, Sophie Giraud, Lisa Golmard, Claude Houdayer, Christine Lasset, Maïté Laurent, Dominique Leroux, Michel Longy, Véronique Mari, Sylvie Mazoyer, Noura Mebirouk, Isabelle Mortemousque, Fabienne Prieur, Pascal Pujol, Claire Saule, Helene Schuster, Nicolas Sevenet, Hagay Sobol, Johanna Sokolowska, Laurence Venat-Bouvet, Munaza Ahmed, Julian Barwell, Angela Brady, Paul Brennan, Carole Brewer, Jackie Cook, Rosemarie Davidson, Alan Donaldson, Alison Dunning, Jacqueline Eason, Diana Eccles, Helen Gregory, Helen Hanson, Patricia Harrington, Alex Henderson, Shirley Hodgson, M. John Kennedy, Fiona Lalloo, Clare Miller, Patrick Morrison, Kai-Ren Ong, Aoife O’shaughnessy-Kirwan, Jo Perkins, Mary Porteous, Mark Rogers, Lucy Side, Katie Snape, Lisa Walker, Gord Glendon, Anna Marie Mulligan, Cora Aalfs, Muriel Adank, Margreet G.E.M. Ausems, Marinus Blok, Encarna Gómez Garcia, Bernadette A.M. Heemskerk-Gerritsen, Antoinette Hollestelle, Agnes Jager, Linetta Koppert, Marco Koudijs, Mieke Kriege, Hanne E.J. Meijers-Heijboer, Arjen Mensenkamp, Thea Mooij, Jan Oosterwijk, Ans M.W. van den Ouweland, Frederieke van der Baan, Annemieke van der Hout, Lizet van der Kolk, Rob van der Luijt, Carolien H.M. van Deurzen, Helena van Doorn, Klaartje van Engelen, Liselotte van Hest, Theo A.M. van Os, Senno Verhoef, Maartje Vogel, Juul Wijnen, Jonathan Beesley, Stephen Fox, Helene Holland, Kelly-Anne Phillips, Amanda Spurdle

article

Genetics in Medicine, Nature Publishing Group, 2021, 23 (9), pp.1726-1737. ⟨10.1038/s41436-021-01198-7⟩

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2021 Taxonomic update of phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales

auteur

Jens Kuhn, Scott Adkins, Bernard Agwanda, Rim Al Kubrusli, Sergey Alkhovsky, Gaya Amarasinghe, Tatjana Avšič-Županc, María Ayllón, Justin Bahl, Anne Balkema-Buschmann, Matthew Ballinger, Christopher Basler, Sina Bavari, Martin Beer, Nicolas Bejerman, Andrew Bennett, Dennis Bente, Éric Bergeron, Brian Bird, Carol Blair, Kim Blasdell, Dag-Ragnar Blystad, Jamie Bojko, Wayne Borth, Steven Bradfute, Rachel Breyta, Thomas Briese, Paul Brown, Judith Brown, Ursula Buchholz, Michael Buchmeier, Alexander Bukreyev, Felicity Burt, Carmen Büttner, Charles Calisher, Mengji Cao, Inmaculada Casas, Kartik Chandran, Rémi Charrel, Qi Cheng, Yuya Chiaki, Marco Chiapello, Il-Ryong Choi, Marina Ciuffo, J. Christopher S. Clegg, Ian Crozier, Elena Dal Bó, Juan Carlos de la Torre, Xavier de Lamballerie, Rik de Swart, Humberto Debat, Nolwenn Dheilly, Emiliano Di Cicco, Nicholas Di Paola, Francesco Di Serio, Ralf Dietzgen, Michele Digiaro, Olga Dolnik, Michael Drebot, J. Felix Drexler, William Dundon, W. Paul Duprex, Ralf Dürrwald, John Dye, Andrew Easton, Hideki Ebihara, Toufic Elbeaino, Koray Ergünay, Hugh Ferguson, Anthony Fooks, Marco Forgia, Pierre Formenty, Jana Fránová, Juliana Freitas-Astúa, Jingjing Fu, Stephanie Fürl, Selma Gago-Zachert, George Fú Gāo, María Laura García, Adolfo García-Sastre, Aura Garrison, Thomas Gaskin, Jean-Paul Gonzalez, Anthony Griffiths, Tony Goldberg, Martin Groschup, Stephan Günther, Roy Hall, John Hammond, Tong Han, Jussi Hepojoki, Roger Hewson, Jiang Hong, Ni Hong, Seiji Hongo, Masayuki Horie, John Hu, Tao Hu, Holly Hughes, Florian Hüttner, Timothy Hyndman, M. Ilyas, Risto Jalkanen, Dàohóng Jiāng, Gilda Jonson, Sandra Junglen, Fujio Kadono, Karia Kaukinen, Michael Kawate, Boris Klempa, Jonas Klingström, Gary Kobinger, Igor Koloniuk, Hideki Kondō, Eugene Koonin, Mart Krupovic, Kenji Kubota, Gael Kurath, Lies Laenen, Amy Lambert, Stanley Langevin, Benhur Lee, Elliot Lefkowitz, Eric Leroy, Shaorong Li, Longhui Li, Jiànróng Lǐ, Huazhen Liu, Igor Lukashevich, Piet Maes, William Marciel de Souza, Marco Marklewitz, Sergio Marshall, Shin-Yi Marzano, Sebastien Massart, John Mccauley, Michael Melzer, Nicole Mielke-Ehret, Kristina Miller, Tobi Ming, Ali Mirazimi, Gideon Mordecai, Hans-Peter Mühlbach, Elke Mühlberger, Rayapati Naidu, Tomohide Natsuaki, José Navarro, Sergey Netesov, Gabriele Neumann, Norbert Nowotny, Márcio Nunes, Alejandro Olmedo-Velarde, Gustavo Palacios, Vicente Pallás, Bernadett Pályi, Anna Papa, Sofia Paraskevopoulou, Adam Park, Colin Parrish, David Patterson, Alex Pauvolid-Corrêa, Janusz Pawęska, Susan Payne, Carlotta Peracchio, Daniel Pérez, Thomas Postler, Liying Qi, Sheli Radoshitzky, Renato Resende, Carina Reyes, Bertus Rima, Gabriel Robles Luna, Víctor Romanowski, Paul Rota, Dennis Rubbenstroth, Luisa Rubino, Jonathan Runstadler, Sead Sabanadzovic, Amadou Alpha Sall, Maria Salvato, Rosemary Sang, Takahide Sasaya, Angela Schulze, Martin Schwemmle, Mang Shi, Xiǎohóng Shí, Zhènglì Shí, Yoshifumi Shimomoto, Yukio Shirako, Stuart Siddell, Peter Simmonds, Manuela Sironi, Guy Smagghe, Sophie Smither, Jin-Won Song, Kirsten Spann, Jessica Spengler, Mark Stenglein, David Stone, Jari Sugano, Curtis Suttle, Amy Tabata, Ayato Takada, Shigeharu Takeuchi, David Tchouassi, Amy Teffer, Robert Tesh, Natalie Thornburg, Yasuhiro Tomitaka, Keizō Tomonaga, Noël Tordo, Baldwyn Torto, Jonathan Towner, Shinya Tsuda, Changchun Tu, Massimo Turina, Ioannis Tzanetakis, Janice Uchida, Tomio Usugi, Anna Maria Vaira, Marta Vallino, Bernadette van den Hoogen, Arvind Varsani, Nikos Vasilakis, Martin Verbeek, Susanne von Bargen, Jiro Wada, Victoria Wahl, Peter Walker, Lin-Fa Wang, Guoping Wang, Yanxiang Wang, Yaqin Wang, Muhammad Waqas, Tàiyún Wèi, Shaohua Wen, Anna Whitfield, John Williams, Yuri Wolf, Jiangxiang Wu, Lei Xu, Hironobu Yanagisawa, Caixia Yang, Zuokun Yang, F. Murilo Zerbini, Lifeng Zhai, Yong-Zhen Zhang, Song Zhang, Jinguo Zhang, Zhe Zhang, Xueping Zhou

article

Archives of Virology, Springer Verlag, 2021, 166 (12), pp.3513-3566. ⟨10.1007/s00705-021-05143-6⟩

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Borrelia afzelii Infection in the Rodent Host Has Dramatic Effects on the Bacterial Microbiome of Ixodes ricinus Ticks

auteur

Phineas Hamilton, Elodie Maluenda, Anouk Sarr, Alessandro Belli, Georgia Hurry, Olivier Duron, Olivier Plantard, Maarten Voordouw

article

Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2021, 87 (18), pp.e00641-21. ⟨10.1128/AEM.00641-21⟩

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titre

Inter‐Group Social Behavior, Contact Patterns and Risk for Pathogen Transmission in Cape Buffalo Populations

auteur

Elodie Wielgus, Alexandre Caron, Emily Bennitt, Michel de Garine‐wichatitsky, Bradley Cain, Herve Fritz, Eve Miguel, Daniel Cornélis, Simon Chamaillé-Jammes

article

Journal of Wildlife Management, Wiley, In press, ⟨10.1002/jwmg.22116⟩

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Monocyte human leukocyte antigen-DR but not β-d-glucan may help early diagnosing invasive Candida infection in critically ill patients

auteur

Boris Jung, Clément Le Bihan, Pierre Portales, Nathalie Bourgeois, Thierry Vincent, Laurence Lachaud, Gerald Chanques, Matthieu Conseil, Philippe Corne, Pablo Massanet, Jean François Timsit, Samir Jaber

article

Annals of Intensive Care, SpringerOpen, 2021, 11 (1), pp.129. ⟨10.1186/s13613-021-00918-1⟩

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titre

Genomic Variation Influences Methanothermococcus Fitness in Marine Hydrothermal Systems

auteur

Michael Hoffert, Rika Anderson, Julie Reveillaud, Leslie Murphy, Ramunas Stepanauskas, Julie Huber

article

Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2021, 12, pp.714920. ⟨10.3389/fmicb.2021.714920⟩

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Impact of selection regime and introgression on deltamethrin resistance in the arbovirus vector Aedes aegypti – a comparative study between contrasted situations in New Caledonia and French Guiana

auteur

Julien Cattel, Marine Minier, Nausicaa Habchi-Hanriot, Morgane Pol, Frederic Faucon, Thierry Gaude, Pascal Gaborit, Jean Issaly, Emma Ferrero, Fabrice Chandre, Nicolas Pocquet, Jean-Philippe David, Isabelle Dusfour

article

Pest Management Science, Wiley, 2021, 77 (12), pp.5589-5598. ⟨10.1002/ps.6602⟩

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Predicting COVID-19 incidence in French hospitals using human contact network analytics

auteur

Christian Selinger, Marc Choisy, Samuel Alizon

article

International Journal of Infectious Diseases, Elsevier, 2021, 111, pp.100 - 107. ⟨10.1016/j.ijid.2021.08.029⟩

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titre

Avian blood parasite richness decreases with major histocompatibility complex class I loci number

auteur

Orsolya Vincze, Claire Loiseau, Mathieu Giraudeau

article

Biology Letters, Royal Society, The, 2021, 17 (8), ⟨10.1098/rsbl.2021.0253⟩

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Ecological plasticity to ions concentration determines genetic response and dominance of Anopheles coluzzii larvae in urban coastal habitats of Central Africa

auteur

Neil Longo-Pendy, Billy Tene-Fossog, Robert Tawedi, Ousman Akone-Ella, Céline Toty, Nil Rahola, Jean-Jacques Braun, Nicolas Berthet, Pierre Kengne, Carlo Costantini, Diego Ayala

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.15781. ⟨10.1038/s41598-021-94258-6⟩

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titre

The COVID-19 pandemic in francophone West Africa: from the first cases to responses in seven countries

auteur

Emmanuel Bonnet, Oriane Bodson, Frédéric Le Marcis, Adama Faye, Emmanuel Sambieni, Florence Fournet, Florence Boyer, Abdourahmane Coulibaly, Kadidiatou Kadio, Fatoumata Diongue, Valery Ridde

article

BMC Public Health, BioMed Central, 2021, 21 (Article number: 1490), pp.1-17. ⟨10.1186/s12889-021-11529-7⟩

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titre

La formation des vésicules intraluminales de l’endosome est contrôlée par la tension membranaire

auteur

Victor Mercier, Jorge Larios, Guillaume Molinard, Antoine Goujon, Stefan Matile, Aurélien Roux, Jean Gruenberg

article

médecine/sciences, EDP Sciences, 2021, 37 (8-9), pp.697-700. ⟨10.1051/medsci/2021096⟩

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titre

New Insights into the Biology of the Emerging Tembusu Virus

auteur

Rodolphe Hamel, Thipruethai Phanitchat, Sineewanlaya Wichit, Ronald Enrique Morales Vargas, Jiraporn Jaroenpool, Cheikh Tidiane Diagne, Julien Pompon, Dorothée Missé

article

Pathogens, MDPI, 2021, 10 (8), pp.1010. ⟨10.3390/pathogens10081010⟩

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Multicenter Comparative Assessment of the TIB MolBiol Toxoplasma gondii Detection Kit and Four Laboratory-Developed PCR Assays for Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis

auteur

Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Florence Robert-Gangneux, Isabelle Accoceberry, Simon Pichard, Cécile Garnaud, Hélène Fricker-Hidalgo, Maude Lévêque, Gautier Hoarau, Hervé Pelloux, Patrick Bastien, Yvon Sterkers, Emmanuelle Varlet-Marie

article

Journal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology (ASIP), 2021, 23 (8), pp.1000-1006. ⟨10.1016/j.jmoldx.2021.05.010⟩

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titre

Is There One Key Step in the Metastatic Cascade?

auteur

Antoine Dujon, Jean-Pascal Capp, Joel Brown, Pascal Pujol, Robert Gatenby, Beata Ujvari, Catherine Alix-Panabières, Frédéric Thomas

article

Cancers, MDPI, 2021, 13 (15), ⟨10.3390/cancers13153693⟩

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titre

Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France

auteur

Mircea Sofonea, Samuel Alizon

article

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩

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titre

A new hybrid record linkage process to make epidemiological databases interoperable: application to the GEMO and GENEPSO studies involving BRCA1 and BRCA2 mutation carriers

auteur

Yue Jiao, Fabienne Lesueur, Chloé-Agathe Azencott, Maïté Laurent, Noura Mebirouk, Lilian Laborde, Juana Beauvallet, Marie-Gabrielle Dondon, Séverine Eon-Marchais, Anthony Laugé, Catherine Noguès, Nadine Andrieu, Dominique Stoppa-Lyonnet, Sandrine Caputo, Nadia Boutry-Kryza, Alain Calender, Sophie Giraud, Mélanie Léone, Brigitte Bressac- de Paillerets, Olivier Caron, Marine Guillaud-Bataille, Yves-Jean Bignon, Nancy Uhrhammer, Valérie Bonadona, Christine Lasset, Pascaline Berthet, Laurent Castera, Dominique Vaur, Violaine Bourdon, Tetsuro Noguchi, Cornel Popovici, Audrey Remenieras, Hagay Sobol, Isabelle Coupier, Pierre-Olivier Harmand, Pascal Pujol, Paul Vilquin, Aurélie Dumont, Françoise Révillion, Danièle Muller, Emmanuelle Barouk-Simonet, Françoise Bonnet, Virginie Bubien, Michel Longy, Nicolas Sevenet, Laurence Gladieff, Rosine Guimbaud, Viviane Feillel, Christine Toulas, Hélène Dreyfus, Dominique Leroux, Magalie Peysselon, Christine Rebischung, Amandine Baurand, Geoffrey Bertolone, Fanny Coron, Laurence Faivre, Vincent Goussot, Caroline Jacquot, Caroline Sawka, Caroline Kientz, Marine Lebrun, Fabienne Prieur, Sandra Fert-Ferrer, Véronique Mari, Laurence Venat-Bouvet, Stéphane Bézieau, Capucine Delnatte, Isabelle Mortemousque, Florence Coulet, Florent Soubrier, Mathilde Warcoin, Myriam Bronner, Sarab Lizard, Johanna Sokolowska, Marie-Agnès Collonge-Rame, Alexandre Damette, Paul Gesta, Hakima Lallaoui, Jean Chiesa, Denise Molina-Gomes, Olivier Ingster, Sylvie Manouvrier-Hanu, Sophie Lejeune, Pauline Pontois, Dominique Stoppa Lyonnet, Marion Gauthier-Villars, Bruno Buecher, Emmanuelle Mouret-Fourme, Jean-Pierre Fricker, Elisabeth Luporsi, Marc Frenay, Francois Eisinger, Jessica Moretta, Catherine Dugast, Chrystelle Colas, Alain Lortholary, Philippe Vennin, Claude Adenis, Tan Dat Nguyen, Annick Rossi, Julie Tinat, Isabelle Tennevet, Jean-Marc Limacher, Christine Maugard, Jean-Yves Bignon, Liliane Demange, Odile Cohen-Haguenauer, Brigitte Gilbert, Hélène Zattara-Cannoni

article

BMC Medical Research Methodology, BioMed Central, 2021, 21 (1), pp.155. ⟨10.1186/s12874-021-01299-6⟩

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Human-vector malaria transmission model structured by age, time since infection and waning immunity

auteur

Quentin Richard, Marc Choisy, Thierry Lefèvre, Ramsès Djidjou-Demasse

article

Nonlinear Analysis: Real World Applications, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.nonrwa.2021.103393⟩

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Evolutionary biology and development model of medicines: A necessary ‘pas de deux’ for future successful bacteriophage therapy

auteur

Rémy Froissart, Charlotte Brives

article

Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2021, Special section: Virus evolution on the mutualist-parasite continuum, 34 (12), pp.1855-1866. ⟨10.1111/jeb.13904⟩

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titre

Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021

auteur

Samuel Alizon, Stéphanie Haim-Boukobza, Vincent Foulongne, Laura Verdurme, Sabine Trombert-Paolantoni, Emmanuel Lecorche, Bénédicte Roquebert, Mircea Sofonea

article

Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-⟩

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Feasibility study of a field survey to measure antimicrobial usage in humans and animals in the Mekong Delta region of Vietnam

auteur

Nguyen Cuong, Nguyen Ly, Nguyen Van, Doan Phu, Bach Kiet, Vo Hien, Pawin Padungtod, Guy Thwaites, Marc Choisy, Juan Carrique-Mas

article

JAC-Antimicrobial Resistance, 2021, 3 (3), ⟨10.1093/jacamr/dlab107⟩

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Invasive aspergillosis due to Aspergillus cryptic species: A prospective multicentre study

auteur

Sebastien Imbert, Sophie Cassaing, Christine Bonnal, Anne‐cecile Normand, Frederic Gabriel, Damien Costa, Marion Blaize, Laurence Lachaud, Lilia Hasseine, Lise Kristensen, Juliette Guitard, Christine Schuttler, Helene Raberin, Sophie Brun, Marijke Hendrickx, Renaud Piarroux, Arnaud Fekkar

article

Mycoses, Wiley, 2021, ⟨10.1111/myc.13348⟩

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Using host genetics to infer the global spread and evolutionary history of HCV subtype 3a

auteur

Shang-Kuan Lin, Nicola de Maio, Vincent Pedergnana, Chieh-Hsi Wu, Julien Thézé, Daniel Wilson, Eleanor Barnes, M Azim Ansari

article

Virus Evolution, Oxford University Press, 2021, 7 (2), pp.veab065. ⟨10.1093/ve/veab065⟩

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Evaluation of Two Commercial Kits on the Automated ELITe InGenius PCR Platform for Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis

auteur

Céline Nourrisson, Maxime Moniot, Philippe Poirier, Yvon Sterkers

article

Journal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology (ASIP), 2021, 23 (7), pp.865-871. ⟨10.1016/j.jmoldx.2021.04.004⟩

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Non-English languages enrich scientific knowledge: The example of economic costs of biological invasions

auteur

Elena Angulo, Christophe Diagne, Liliana Ballesteros-Mejia, Tasnime Adamjy, Danish A Ahmed, Evgeny Akulov, Achyut K Banerjee, César Capinha, Cheikh a K M Dia, Gauthier Dobigny, Virginia G Duboscq-Carra, Marina Golivets, Phillip J Haubrock, Gustavo Heringer, Natalia Kirichenko, Melina Kourantidou, Chunlong Liu, Martin A Nuñez, D Renault, David Roiz, Ahmed Taheri, Laura N H Verbrugge, Yuya Watari, Wen Xiong, Franck Courchamp

article

Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 775, pp.144441. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.144441⟩

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Phenotypic and genetic characterization of MERS coronaviruses from Africa to understand their zoonotic potential

auteur

Ziqi Zhou, Kenrie Hui, Ray So, Huibin Lv, Ranawaka Perera, Daniel Chu, Esayas Gelaye, Harry Oyas, Obadiah Njagi, Takele Abayneh, Wilson Kuria, Elias Walelign, Rinah Wanglia, Ihab El Masry, Sophie von Dobschuetz, Wantanee Kalpravidh, Véronique Chevalier, Eve Miguel, Ouafaa Fassi-Fihri, Amadou Trarore, Weiwen Liang, Yanqun Wang, John Nicholls O, Jincun Zhao, Michael Chan, Leo Poon, Chris Ka, Pun Mok, Malik Peiris

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2021, 118 (25), pp.e2103984118. ⟨10.1073/pnas.2103984118/-/DCSupplemental⟩

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The kinesin of the flagellum attachment zone in Leishmania is required for cell morphogenesis, cell division and virulence in the mammalian host

auteur

Rosa Corrales, Slavica Vaselek, Rachel Neish, Laurence Berry, Camille Brunet, Lucien Crobu, Nada Kuk, Julio Mateos-Langerak, Derrick R Robinson, Petr Volf, Jeremy Mottram, Yvon Sterkers, Patrick Bastien

article

PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2021, 17 (6), pp.e1009666. ⟨10.1371/journal.ppat.1009666⟩

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Experimental infections with Zika virus strains reveal high vector competence of Aedes albopictus and Aedes aegypti populations from Gabon (Central Africa) for the African virus lineage

auteur

Davy Jiolle, Isabelle Moltini-Conclois, Judicaël Obame-Nkoghe, Patrick Yangari, Angélique Porciani, Bethsabée Scheid, Pierre Kengne, Diego Ayala, Anna-Bella Failloux, Christophe Paupy

article

Emerging microbes & infections, Earliest : Springer-Nature ; Latest : Taylor & Francis, 2021, 10 (1), pp.1244-1253. ⟨10.1080/22221751.2021.1939167⟩

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The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021

auteur

Bénédicte Roquebert, Sabine Trombert-Paolantoni, Stéphanie Haim-Boukobza, Emmanuel Lecorche, Laura Verdurme, Vincent Foulongne, Mircea Sofonea, Samuel Alizon

article

Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩

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No leading-edge effect in North Atlantic harbor porpoises: Evolutionary and conservation implications

auteur

Yacine Ben Chehida, Roisin Loughnane, Julie Thumloup, Kristin Kaschner, Cristina Garilao, Patricia Rosel, Michael C. Fontaine

article

Evolutionary Applications, Blackwell, 2021, 14 (6), pp.1588-1611. ⟨10.1111/eva.13227⟩

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A review of the potential effects of climate change on disseminated neoplasia with an emphasis on efficient detection in marine bivalve populations

auteur

Georgina Bramwell, Aaron Schultz, Craig D.H. Sherman, Mathieu Giraudeau, Frédéric Thomas, Beata Ujvari, Antoine Dujon

article

Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 775, pp.145134. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145134⟩

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Habitat segregation of plate phenotypes in a rapidly expanding population of three-spined stickleback

auteur

Britas Klemens Eriksson, Casey Yanos, Sarah Bourlat, Serena Donadi, Michael C. Fontaine, Joakim Hansen, Eglė Jakubavičiūtė, Karine Kiragosyan, Martine Maan, Juha Merilä, Åsa Austin, Jens Olsson, Katrin Reiss, Göran Sundblad, Ulf Bergström, Johan Eklöf

article

Ecosphere, Ecological Society of America, 2021, 12 (6), pp.e03561. ⟨10.1002/ecs2.3561⟩

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Fast Unsupervised Multi-Scale Characterization of Urban Landscapes Based on Earth Observation Data

auteur

Claire Teillet, Benjamin Pillot, Thibault Catry, Laurent Demagistri, Dominique Lyszczarz, Marc Lang, Pierre Couteron, Nicolas Barbier, Arsène Adou Kouassi, Quentin Gunther, Nadine Dessay

article

Remote Sensing, MDPI, 2021, 13 (12), pp.2398. ⟨10.3390/rs13122398⟩

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Kazachstania slooffiae: An unexpected journey to a human pleural sample

auteur

Victor Mercier, M. Desnos-Ollivier, Anaïs Lamy, Martin Mahul, Milène Sasso

article

Journal of Medical Mycology / Journal de Mycologie Médicale, Elsevier Masson, 2021, 31 (2), pp.101109. ⟨10.1016/j.mycmed.2020.101109⟩

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Cytokine response following perturbation of the cervicovaginal milieu during HPV genital infection

auteur

Christian Selinger, Massilva Rahmoun, Carmen Lia Murall, Claire Bernat, Vanina Boué, Marine Bonneau, Christelle Graf, Sophie Grasset, Soraya Groc, Jacques Reynes, Christophe Hirtz, Nathalie Jacobs, Samuel Alizon

article

Immunologic Research, Humana Press, 2021, 69 (3), pp.255-263. ⟨10.1007/s12026-021-09196-2⟩

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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

auteur

Mircea Sofonea, Corentin Boennec, Yannis Michalakis, Samuel Alizon

article

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, Elsevier Masson, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩

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Europe as a bridgehead in the worldwide invasion history of grapevine downy mildew, Plasmopara viticola

auteur

Michaël Fontaine, Frédéric Labbé, Yann Dussert, Laurent Delière, Sylvie Richart-Cervera, Tatiana Giraud, François Delmotte

article

Current Biology - CB, Elsevier, 2021, 31 (10), pp.2155-2166.e4. ⟨10.1016/j.cub.2021.03.009⟩

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Detection of Plasmodium falciparum in laboratory-reared and naturally infected wild mosquitoes using near-infrared spectroscopy

auteur

Dari Da, Ruth Mccabe, Bernard Somé, Pedro Esperança, Katarzyna Sala, Josua Blight, Andrew Blagborough, Floyd Dowell, Serge Yerbanga, Thierry Lefèvre, Karine Mouline, Roch Dabiré, Thomas Churcher

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-89715-1⟩

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Unresolved advantages of multipartitism in spatially structured environments

auteur

Mark Zwart, Stéphane Blanc, Marcelle Johnson, Susanna Manrubia, Yannis Michalakis, Mircea Sofonea

article

Virus Evolution, Oxford University Press, 2021, 7 (1), ⟨10.1093/ve/veab004⟩

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Optimizing the early detection of low pathogenic avian influenza H7N9 virus in live bird markets

auteur

Claire Guinat, Damian Tago, Tifenn Corre, Christian Selinger, Ramsès Djidjou-Demasse, Mathilde Paul, Didier Raboisson, Thuy Nguyen Thi Thanh, Ken Inui, Long Pham Thanh, Pawin Padungtod, Timothée Vergne

article

Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2021, 18 (178), pp.20210074. ⟨10.1098/rsif.2021.0074⟩

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Exercise training has morph-specific effects on telomere, body condition and growth dynamics in a color-polymorphic lizard

auteur

Christopher Friesen, Mark Wilson, Nicky Rollings, Joanna Sudyka, Mathieu Giraudeau, Camilla Whittington, Mats Olsson

article

Journal of Experimental Biology, The Company of Biologists, 2021, 224 (9), ⟨10.1242/jeb.242164⟩

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Does Cancer Biology Rely on Parrondo’s Principles ?

auteur

Jean-Pascal Capp, Aurora Nedelcu, Antoine Dujon, Benjamin Roche, Francesco Catania, Beata Ujvari, Catherine Alix-Panabières, Frédéric Thomas

article

Cancers, MDPI, 2021, 13 (9), ⟨10.3390/cancers13092197⟩

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Cutaneous Leishmaniasis in Algeria; Highlight on the Focus of M’Sila

auteur

Razika Benikhlef, Karim Aoun, Abdelkarim Boudrissa, Meriem Ben Abid, Kamel Cherif, Wafa Aissi, Souad Benrekta, Said Boubidi, Gerald F Späth, Aïda Bouratbine, Denis Sereno, Zoubir Harrat

article

Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (5), pp.962. ⟨10.3390/microorganisms9050962⟩

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Characterisation of the Viral Community Associated with the Alfalfa Weevil (Hypera postica) and Its Host Plant, Alfalfa (Medicago sativa)

auteur

Sarah François, Aymeric Antoine-Lorquin, Maximilien Kulikowski, Marie Frayssinet, Denis Filloux, Emmanuel Fernandez, Philippe Roumagnac, Rémy Froissart, Mylène Ogliastro

article

Viruses, MDPI, 2021, 13 (5), pp.791. ⟨10.3390/v13050791⟩

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Population genomic evidence of Plasmodium vivax Southeast Asian origin

auteur

J. Daron, A. Boissiere, L. Boundenga, B. Ngoubangoye, S. Houze, C. Arnathau, C. Sidobre, J.-F. Trape, P. Durant, F. Renaud, Michael C. Fontaine, F. Prugnolle, Virginie Rougeron

article

Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2021, 7, pp.eabc3713. ⟨10.1126/sciadv.abc3713⟩

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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

auteur

Mircea Sofonea, Bastien Reyné, Baptiste Elie, Ramsès Djidjou-Demasse, Christian Selinger, Yannis Michalakis, Samuel Alizon

article

Epidemics, Elsevier, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩

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Emerging Invasive Fungal Infections in Critically Ill Patients: Incidence, Outcomes and Prognosis Factors, a Case-Control Study

auteur

R. Larcher, Laura Platon, Matthieu Amalric, Vincent Brunot, Noemie Besnard, Racim Benomar, Delphine Daubin, Patrice Ceballos, Philippe Rispail, Laurence Lachaud, Nathalie Bourgeois, Kada Klouche

article

Journal of Fungi, MDPI, 2021, 7 (5), pp.330. ⟨10.3390/jof7050330⟩

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Antimicrobial use through consumption of medicated feeds in chicken flocks in the Mekong Delta of Vietnam: A three-year study before a ban on antimicrobial growth promoters

auteur

Nguyen Cuong, Bach Kiet, Vo Hien, Bao Truong, Doan Phu, Guy Thwaites, Marc Choisy, Juan Carrique-Mas

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2021, 16, ⟨10.1371/journal.pone.0250082⟩

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Case Report: Leishmania and HIV Co-Diagnosis: How to Understand Medical History?

auteur

Arthur Dujardin, Arnaud de la Blanchardière, Julia Dina, Karl Stefic, Christophe Ravel, Julie Bonhomme, Renaud Verdon, Anna Lucie Fournier

article

Frontiers in Immunology, Frontiers, 2021, 12, ⟨10.3389/fimmu.2021.669723⟩

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