Un pied dans la génomique évolutive, l’autre dans la bioinformatique, Anna-Sophie Fiston-Lavier de l’Institut des sciences de l’évolution de Montpellier (Isem) scrute les génomes à la recherche des éléments répétés capables d’influer sur l’adaptation des espèces. Elle promeut la bioinformatique comme une discipline scientifique à part entière.

A l’heure du séquençage à haut-débit, la génomique évolutive doit pouvoir traiter les masses de données produites à partir des génomes décodés. Avec ses deux casquettes de génomicienne et de bioinformaticienne, Anna-Sophie Fiston-Lavier est une scientifique accomplie. L’enseignante-chercheuse de l’Institut des sciences de l’évolution de Montpellier (Isem) combine des approches expérimentales et informatiques pour comprendre comment des éléments répétés des génomes influent sur les processus évolutifs comme l’adaptation des espèces.

« Dans mon travail de recherche, j’aime être au début et à la fin de la chaîne : collecter les échantillons, réfléchir au protocole du séquençage, puis interpréter les analyses avec éventuellement les algorithmes et les outils informatiques que je développe. » Seule biologiste du département d’enseignement en informatique de l’UM, elle défend l’importance de sa spécialité pour extraire des informations pertinentes des nombreux jeux de données non-homogènes collectées. « Le bioinformaticien n’est pas juste un programmateur qui répare des imprimantes et appuie sur des boutons… Il doit surtout traduire la question biologique, comprendre les théories qui sous-tendent les outils existants et avoir l’expertise et le recul critique nécessaires pour les améliorer si besoin ».

Le monde des éléments transposables

Pionnière, Anna-Sophie Fiston-Lavier a suivi le premier master de bioinformatique à Paris-Diderot en 2000. Celle qui était alors jeune étudiante en biologie se rappelle être tombée de haut lors du premier cours devant un écran noir balayé de caractères verts : « C’était Matrix, j’ai réalisé que c’était à nous étudiants de programmer pour développer les logiciels d’analyse de données biologiques ! » Une formation qui ouvre à cette bachelière scientifique l’accès vers une thèse à l’Institut Jaques Monod où elle plonge dans le monde des éléments transposables (ET). Sa recherche – une comparaison des génomes de drosophiles – conforte l’hypothèse de l’impact d’un élément baptisé « élément P » sur l’évolution des génomes.

Repérée par un professeur de Stanford invité lors d’un séminaire en France, elle se voit proposer un post-doctorat dans l’université californienne. Alors que les techniques de séquençage à haut-débit se perfectionnent rapidement, la jeune chercheuse française est pionnière dans le développement d’outils de détection des ET dans les données de séquençage. En particulier, avec le développement de T-lex, « la grosse bête qui permet de détecter et d’analyser les ET dans les données de séquençage ». Une référence au T-rex évidemment, mais aussi à Solexa, une des premières entreprises de séquençage. 

Son travail est aussi efficace que son inspiration. En comparant des drosophiles ancestrales d’Afrique de l’Est aux populations actuelles américaines et européennes, Anna-Sophie Fiston-Lavier a contribué à mettre en évidence la dynamique particulière des ET et leur impact sur les processus d’adaptation. Certains ET semblent agir sur la régulation des gènes codants pour les récepteurs odorants, des caractères décisifs pour l’adaptation de l’espèce. Depuis, elle continue à s’intéresser aux technologies de séquençage qui elles aussi évoluent, et permettent de mieux comprendre les processus d’adaptation, plus particulièrement chez les insectes. Par exemple, elle a contribué à l’étude du génome du moucheron Belgica Antarctica, le seul insecte vivant en Antarctique.

« Embarquer les étudiantes et les étudiants dans la recherche »

Après cinq années au cœur de l’émulation internationale de Stanford, la jeune chercheuse rentre en France pour des motifs familiaux, « un moment un peu difficile où j’ai dû me réadapter au système français ». Son recrutement à l’UM en 2013, lui permet de découvrir  la région montpelliéraine : « pour une parisienne comme moi, ça me rappelle un peu la Californie ! ». Rattachée au département informatique, elle prend goût à l’innovation pédagogique en occupant pendant six ans le poste de responsable du master de bioinformatique. « Au-delà de la transmission de connaissances, l’enseignement m’a poussée à trouver des dispositifs pédagogiques pour embarquer étudiantes et étudiants dans la recherche », explique celle qui anime plusieurs projets d’innovation pédagogique comme le Bioinformatics Learning Lab, les Montpellier Omics days ou encore des bootcamp, sous l’influence anglo-saxonne d’une pédagogie par projet.

C’est dans sa propre expérience et dans son parcours qu’Anna-Sophie Fiston-Lavier puise l’énergie de se mobiliser auprès des jeunes. Comme souvent, la chercheuse raconte l’importance des « belles rencontres » qui ont jalonné sa carrière mais en esquisse aussi d’autres plus funestes comme au lycée Jehan de Chelles où elle échappe à une réorientation basée sur des préjugés. « Pour des raisons fallacieuses, la direction du lycée m’a fermée la voix scientifique. Heureusement, avec le soutien ferme de ma mère, j’ai réussi à changer de lycée et avoir mon bac scientifique haut la main ».

Présidente de la Société française de bioinformatique

Une énergie qu’elle n’hésite pas à mettre au service de son autre cheval de bataille : la reconnaissance de la bioinformatique. « La recherche se tire une balle dans le pied en ne reconnaissant pas la valeur des bioinformaticiens, ils sont réduits à la précarité avec des postes en CDD ce qui empêche toute capitalisation de leurs connaissances ». Son engagement lui vaut d’être élue présidente de la Société française de bioinformatique en 2021. Ces dernières années, l’enseignante-chercheuse consacre à nouveau plus de temps à sa recherche grâce notamment à un financement CNRS MITI obtenu en  2019 et à sa nomination comme membre junior à l’Institut Universitaire de France en 2021.