Chercheuse à l’Inria, la statisticienne Julie Josse a rejoint l’Institut Desbrest d’épidémiologie et de santé publique (IDESP) en janvier 2021 . La spécialiste des données manquantes applique depuis près de dix ans la puissance statistique au domaine de la santé.

Difficile a priori de faire un lien entre la prise en charge des traumas crâniens et la recherche en statistique. Depuis 2013, la statisticienne Julie Josse travaille pourtant avec des médecins en réanimation pour améliorer le traitement des patients polytraumatisés. « Depuis l’arrivée des pompiers jusqu’à la prise en charge à l’hôpital, il y a une importante perte d’information et des erreurs de décision. L’objectif du projet TrauMatrix est de faire une typologie des accidentés pour mieux orienter les premiers soins », explique la chercheuse.

Données manquantes

Le traitement statistique des données collectées par les trente Trauma Centers impliqués dans ce projet permet ainsi d’identifier des profils types de patients en fonction des informations médicales enregistrées par les secours (pression artérielle, rythme cardiaque…). En amont du traitement statistique, Julie Josse accompagne aussi les médecins dans la collecte des données : « Pour qu’un travail statistique soit utile, il faut connaître le domaine d’application. » Sa spécialité, les données manquantes dans l’analyse statistique, est ici indispensable puisque des informations manquent souvent, soit par oubli dans l’urgence, soit parce que l’état du patient n’a pas permis certains examens.

Autre enjeu de ce projet, évaluer l’efficacité des traitements apportés aux traumas crâniens. Avec les accidents graves, les études cliniques sont très difficiles à mettre en place, en premier lieu car le consentement du patient est souvent impossible. L’analyse statistique est alors un moyen d’évaluation, grâce à la méthode d’inférence causale. « Cette méthode permet ici de comprendre, entre différents traitements, si les différences observées sont effectivement dues aux différents traitements et pas à d’autres variables. Il faut donc démêler les effets » explique la scientifique. Et de donner un exemple parlant, celui de l’hydroxychloroquine : « La méthode d’inférence causale a par exemple permis de montrer que les effets positifs sur les personnes traitées à l’hydroxychloroquine à l’hôpital étaient liés à la jeunesse des patients traités et non à l’efficacité du médicament administré. »

Silicon Valley

Appliquée à de nombreux domaines, l’inférence causale est très en vogue. Julie Josse a fourbi ses connaissances au sein de l’équipe Google brain en 2016 : « Une petite bulle où des chercheurs ont tous les moyens à leur disposition pour conduire une recherche fondamentale. » Ce n’est pas la première fois que la jeune chercheuse rencontre le gratin scientifique. Avant d’intégrer l’Inria en 2020, elle a été accueillie 18 mois à l’université de Stanford entre 2013 et 2016, puis elle a été professeure à Polytechnique entre 2016 et 2020. Deux expériences de l’excellence scientifique très différentes : « la convivialité américaine de la Silicon Valley face à l’austérité de l’école française ».

Sa licence de mathématique appliquée obtenue à Brest n’avait pas prédestiné Julie Josse à ce prestigieux parcours. Matheuse, elle préférait d’ailleurs la précision des démonstrations aux aléas des statistiques. Le hasard des orientations étudiantes l’amène finalement vers un master en statistique appliquée puis un poste d’ingénieur statistique à Agrocampus en 2007. Là, ses premiers travaux sur le traitement statistique des études sensorielles scellent son goût pour la discipline. Elle se lance dans un doctorat sur la gestion statistique des données manquantes, qui lui vaut en 2010 le prix de la meilleure thèse.

« Le monde académique de la statistique est très ouvert »

Son implication dans la communauté scientifique statistique autour du libre accès et du partage des savoirs lui a ouvert des portes. « Le monde académique de la statistique est très ouvert, comme le montre par exemple R project qui propose aux chercheurs de mettre à disposition gratuitement en ligne leurs programmes de traitement statistique », explique celle qui a été élue à la fondation du logiciel R, à la suite de ses contributions. Thésarde, elle organise dès 2009 une rencontre de cette communauté à Rennes, sous l’œil dubitatif de certains collègues qui voient mal comment la doctorante va rallier la recherche mondiale en statistique. « Pourtant des grands statisticiens internationaux sont venus, en particulier Trevo Hastie de l’université de Stanford. Une rencontre qui m’a valu une invitation là-bas ! »

Les rencontres et l’originalité de sa recherche sur les données manquantes n’expliquent pas tout. Le parcours de Julie Josse impressionne aussi par sa capacité à mener systématiquement deux travails à la fois : ingénieure et doctorante pendant trois ans, enseignante-chercheuse à Agrocampus avec un mi-temps supplémentaire dans la Silicon Valley les trois années suivantes, puis professeur à Polytechnique tout en participant à Google Brain. Et pendant le confinement lié à l’épidémie de Covid, elle s’associe aux urgentistes pour créer une application permettant de connaître en temps réel la disponibilité en lits des hôpitaux (projet Icubam).

Avec un financement Muse pour monter son équipe, Julie Josse rejoint aujourd’hui Institut Desbrest d’épidémiologie et de santé publique (IDESP) pour renforcer les recherches statistiques en santé, en particulier sur les allergies. Son équipe Inria-Inserm, intitulée PreMeDICaL (precision medicine by data integration and causal learning), vise à améliorer la prise en charge des patients en croisant l’expertise clinique et la richesse des données multi-sources.