Alors que le variant Omicron et ses multiples mutations font l’objet de toutes les attentions, l’épidémie de Covid-19 repart à la hausse en Europe, où se produit désormais la majorité des nouvelles contaminations recensées dans le monde.

Mircea T. Sofonea, Université de Montpellier et Samuel Alizon, Institut de recherche pour le développement (IRD)

AdobeStock_111046064_© sudok1 – stock.adobe.com

Chercheurs au sein de l’unité « Maladies Infectieuses et Vecteurs : Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle » (IRD / CNRS / Université de Montpellier), Mircea Sofonea, maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses, et Samuel Alizon, directeur de recherche spécialiste de la propagation des maladies infectieuses, décryptent la situation française et reviennent sur les mesures annoncées par le gouvernement.


The Conversation : Le nombre de contaminations repart à la hausse dans notre pays. Cette progression est-elle « fulgurante », comme l’a affirmé le porte-parole du gouvernement Gabriel Attal ? Comment s’explique-t-elle ?

Mircea Sofonea : Le terme « fulgurant relève de la communication : la reprise de l’épidémie est attestée depuis plusieurs semaines. Les vacances scolaires de la Toussaint ont joué un rôle de tampon, à l’image de ce que l’on avait observé lors des précédentes vagues. À la réouverture des écoles, les contaminations sont reparties à la hausse et l’épidémie est en croissance depuis le début du mois d’octobre.

Samuel Alizon : La rentrée scolaire et professionnelle a été une bonne surprise, car les effets conjugués de la vaccination, du passe sanitaire et du maintien du port du masque ont permis de mener une vie presque normale. Mais avec l’arrivée de l’hiver, la reprise épidémique était assez prévisible : les études estiment que les conditions climatiques expliquent, directement ou indirectement, 20 % des variations de vitesse de propagation de l’épidémie.

MS : La question qui se pose est de savoir si ce que nous observons est un rythme de croisière, ou s’il faut craindre une accélération supplémentaire avec l’entrée dans l’hiver. On constate en effet que le nombre de reproduction de l’épidémie croît depuis la fin des vacances de la Toussaint. Il était de l’ordre de 1,1 en octobre. Aujourd’hui, il est en moyenne de 1,3 selon les hospitalisations et 1,5 selon les dépistages. Autrement dit, 10 personnes infectées la semaine dernière en ont infecté en moyenne 15 autres.

(aussi appelé « R effectif », le nombre de reproduction est une estimation, sur les 7 derniers jours, du nombre moyen d’individus contaminés par une personne infectée, ndlr)

Le déroulé de la vague est toujours le même : une circulation initialement faible fait place à une reprise des contaminations, qui se propage ensuite à toutes les classes d’âges. L’incidence atteint alors rapidement des niveaux élevés, avec à l’horizon toujours le risque de tensions hospitalières, au moins locales.

TC : Que prévoient vos modèles à ce sujet ? Lors de la conférence de presse du 25 novembre, Jérôme Salomon a annoncé que le R effectif actuel de l’épidémie en France était de 1,6 : quelle implication cela a-t-il en matière de dynamique ? Quels scénarios se dessinent ?

MS : En règle générale, nos estimations diffèrent très peu des chiffres officiels, cependant cette fois-ci nous mesurons de notre côté un nombre de reproduction moins élevé à partir des dépistages : tout au plus 1,5. Quoi qu’il en soit, dans les deux cas, cela dénote une progression très rapide de l’épidémie, avec un temps de doublement de l’incidence qui se situe sous la barre des 10 jours. La dynamique hospitalière est pour le moment plus lente, puisque le temps de doublement des hospitalisations est d’au moins 2 semaines. Toutefois, comme vous le savez, la cinétique des hospitalisations est systématiquement en retard sur l’incidence.

SA : La dynamique hospitalière est malheureusement à la hausse. Tant que le nombre de reproduction se situait aux alentours de 1,1, comme début novembre, on pouvait envisager de le voir redescendre à 1, ou même en dessous, en quelques semaines. On aurait alors pu observer une vague d’hospitalisations modérées, à l’image de ce qui s’est passé cet été. Mais si le nombre de reproduction se stabilise à 1,2 ou au-delà, comme cela semble être le cas, la vague épidémique risque de se traduire par une vague d’hospitalisations de trop grande ampleur pour être absorbée par les services de santé.

Pour donner un ordre de grandeur, comme nous l’expliquions dans notre rapport du 17 mars 2020, dans les grands centres urbains, avec ces valeurs, en deux mois une personne sur 4 contracterait l’infection.

TC : Les mesures annoncées par le gouvernement (passe sanitaire valable 24 h après un test PCR au lieu de 72 h, modification du protocole dans les écoles, rappel vaccinal avancé, pas de vaccination des enfants avant 2022…) sont-elles capables de limiter la hauteur de la courbe ?

SA : Personne ne peut répondre avec certitude à cette question, car nous nous n’avons pas de quantification précise des effets de chaque intervention dans ce nouveau contexte, et encore moins leur synergie. À ceci s’ajoute un éventuel changement spontané de comportements, dont l’amplitude est imprévisible.

Une chose est certaine, si dans deux semaines l’épidémie continue de progresser à ce rythme, l’instauration immédiate de nouvelles mesures plus fortes sera nécessaire pour éviter que les hôpitaux ne se retrouvent sous tension à la fin du mois de décembre.

TC : Quelles pourraient être les zones géographiques de plus grande tension ?

MS : L’ouest de la France a été moins touché par les précédentes vagues, l’immunité post-infectieuse – qui par ailleurs renforce la réponse immunitaire post-vaccinale – y est donc moins élevée. Toutefois, la couverture vaccinale y est aussi plus élevée que la moyenne métropolitaine. Donc même si des clusters continueront à apparaître et à augmenter transitoirement le taux d’incidence dans des territoires jusqu’ici peu exposés, ces deux effets auront tendance à se compenser.

Avec l’entrée dans la saison hivernale, nous nous attendons à ce que ce soit de nouveau la densité de population qui compte pour beaucoup : le nombre de reproduction de l’épidémie a en effet toujours été plus élevé dans les métropoles que dans les territoires peu densément peuplés. Au niveau national, le risque concerne donc a priori majoritairement les grandes villes.

*TC : Une chose est claire, la vaccination ne suffira pas à contrôler l’épidémie, même si aujourd’hui 89 % des personnes de plus de 18 ans ont reçu deux doses (et un certain nombre de personnes, trois)… *

SA : Étant donné la contagiosité du variant Delta et le niveau d’efficacité des vaccins, ce n’est pas une surprise. On sait depuis juin que la vaccination ne peut contenir l’épidémie à elle seule, et qu’elle doit donc être combinée avec d’autres types d’interventions. Certaines, comme le port du masque et les gestes barrière, sont déjà en place, mais pourraient être mieux appliquées. Il existe également une marge d’amélioration en matière de suivi de contacts et de dépistage.

D’autres solutions, telles que l’installation, dans les lieux publics, de dispositifs pour assainir l’air, sont aujourd’hui quasiment inexistantes, faute d’investissements suffisants. Enfin, il existe aussi désormais des options thérapeutiques prometteuses, avec l’arrivée de nouveaux traitements. Malheureusement, compter sur une mise en place dans les prochaines semaines semble peu réaliste.

MS : En matière d’impact sanitaire, il faut aussi garder en tête qu’une prévalence élevée finit par compenser l’efficacité vaccinale (qui n’est pas parfaite). Dans ce contexte, les personnes non vaccinées risquent de se faire contaminer, y compris par des personnes vaccinées.

TC : Dans une telle situation, peut-on déterminer quelles seraient les mesures les plus efficaces pour maintenir l’épidémie sous contrôle ?

SA : Estimer l’effet d’une mesure en particulier est délicat, car elles sont souvent implémentées de concert. Les comparaisons entre pays peuvent aider mais il faut alors tenir compte des fortes spécificités locales. Enfin, la notion d’efficacité a plusieurs facettes en santé publique, car il faut inclure non seulement le versant hospitalier, mais aussi une dimension de santé plus globale, ainsi que les conséquences sociales des mesures.

Si on se limite au niveau sanitaire, parmi les interventions non pharmaceutiques qui limitent le plus le nombre d’hospitalisations, une étude sur le sujet a montré montrait que l’interdiction des petits rassemblements et la fermeture des écoles sortent du lot. À noter que la diffusion des savoirs et l’éducation populaire ont aussi un impact, selon celle même étude.

MS : Le problème est que le nombre de paramètres qui influencent la dynamique de l’épidémie augmente à mesure que le temps passe : baisse de l’immunité post-infectieuse et vaccinale au fil des mois, administration de la troisième dose, respect plus ou moins strict des gestes barrière, du passe sanitaire… Malheureusement, les épidémiologistes français manquent de données (ainsi que de soutien et de financements) pour pouvoir déterminer comment ces divers paramètres influent précisément sur l’épidémie. Or, certains dʼentre eux doivent être actualisés. C’est le cas par exemple de la distribution du délai écoulé entre contaminations successives d’une chaîne de transmission de variant Delta.

L’idéal serait de mener des enquêtes systématiques, sur le terrain, pour caractériser précisément les contextes de contamination, et quantifier la modulation du risque par chaque mesure, en croisant avec le statut vaccinal. Une analyse rigoureuse basée sur ce type de données permettrait d’identifier les combinaisons de mesures les mieux acceptées et les plus efficaces pour contrôler la dynamique épidémique.

TC : Comment la France se situe-t-elle par rapport à ses voisins européens ? Leur situation nous apporte-t-elle des informations ?

MS : Dans notre pays, contrairement à ce qui s’est passé à l’automne dernier, l’épidémie est « en retard » par rapport à ce qu’elle est chez certains de nos voisins. C’est aussi le cas en Italie et en Espagne : le taux d’incidence y est plus faible qu’en France. Ce n’est pas étonnant : dans ces pays, non seulement le niveau de vaccination est élevé, mais qui plus est, leurs populations ont été fortement touchées par les vagues précédentes. En outre, des mesures sanitaires contraignantes y ont été maintenues (l’Italie a notamment également mis en place un passe sanitaire).

La situation est inverse dans les pays de l’Est, en particulier en Roumanie, en Bulgarie et en Hongrie. Les premières vagues ont été moins importantes que dans l’ouest de l’Europe, en partie grâce à une densité d’habitat plus faible. Mais l’arrivée du variant Delta a changé la donne, car sa contagiosité a contrebalancé ce frein structurel. Dans un contexte de vaccination faible, et avec une immunité post-infectieuse limitée, la situation s’est dégradée très fortement, et la mortalité cumulée relative a désormais dépassé celle de l’ouest du continent.

Le cas du Royaume-Uni est particulier. L’épidémie a repris à la fin de l’été, suite à l’arrêt du port du masque et à l’absence du passe sanitaire. Toutefois, l’épidémie ne décolle ni ne régresse complètement : le nombre de reproduction oscille, franchissant régulièrement 1 avant de diminuer à nouveau. Autour de ce seuil, chaque changement de régime devient difficile à expliquer, mais c’est ce à quoi il faut s’attendre sur le chemin vers l’endémie.The Conversation

Mircea T. Sofonea, Maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses, laboratoire MIVEGEC, Université de Montpellier et Samuel Alizon, Directeur de Recherche au CNRS, Institut de recherche pour le développement (IRD)

Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons. Lire l’article original.